Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011697.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11718, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7048
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.21, T:0.28
Found at i:55 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5--286 Score: 366
Period size: 35 Copynumber: 8.3 Consensus size: 35
1 CATA
* *
5 GTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCATG
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
*
40 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTGATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
* * *
75 GTAAATAAGTGAGTCA-T--T-AACTTAATTCAGT
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
* * *
106 GTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGA
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
* *
141 GTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAATTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
* *
176 GTAATTAAGTCAA-T-A--AGT-AGCTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGT-AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
*
207 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCATG
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
242 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
277 GTAATTAAGT
1 GTAATTAAGT
287 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 25, Indels: 20
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.01
31 45 0.21
32 5 0.02
34 5 0.02
35 154 0.73
36 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
Found at i:125 original size:66 final size:69
Alignment explanation
Indices: 5--286 Score: 366
Period size: 66 Copynumber: 4.1 Consensus size: 69
1 CATA
*
5 GTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTGAT
1 GTAATTAAGTGAGTCAGT-ATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAAT
70 TCAGG
65 TCAGG
* * *
75 GTAAATAAGTGAGTCA-T-T-AACTTAATTCA-GTGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAAT
1 GTAATTAAGTGAGTCAGTATCAACTTAATTCATG-GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAAT
*
136 TCAGA
65 TCAGG
* * * *
141 GTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAA-T-A--AGT-AGCTTAA
1 GTAATTAAGTGAGTCAGT-ATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAATCAACTTAA
201 TTCAGG
64 TTCAGG
*
207 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAAT
1 GTAATTAAGTGAGTCAGT-ATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAAT
272 TCAGG
65 TCAGG
277 GTAATTAAGT
1 GTAATTAAGT
287 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 15, Indels: 24
0.83 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
65 3 0.02
66 111 0.60
67 5 0.03
69 5 0.03
70 58 0.31
71 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (69 bp):
GTAATTAAGTGAGTCAGTATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATT
CAGG
Found at i:185 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 5--286 Score: 431
Period size: 101 Copynumber: 2.8 Consensus size: 101
1 CATA
* *
5 GTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTGAT
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAAT
* * * * * *
70 TCAGGGTAAATAAGTGAGTCATTAACTTAATTCAGT
66 TCAGGGTAATTAAGTCAATAAGTAACTTAATTCAGG
* * * *
106 GTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCA-GAGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAATTTAA
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCATG-GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
*
170 TTCAGGGTAATTAAGTCAATAAGTAGCTTAATTCAGG
65 TTCAGGGTAATTAAGTCAATAAGTAACTTAATTCAGG
207 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAAT
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAAT
272 TCAGGGTAATTAAGT
66 TCAGGGTAATTAAGT
287 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 17, Indels: 4
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
100 1 0.01
101 160 0.99
102 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (101 bp):
GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAAT
TCAGGGTAATTAAGTCAATAAGTAACTTAATTCAGG
Found at i:6919 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 6852--6945 Score: 107
Period size: 35 Copynumber: 2.7 Consensus size: 34
6842 TCAGTTACTC
* * *
6852 GATCCAGGGCGATTTTTCTTCAGTTAATTTCAATT
1 GATCCAGGGCGATCTTTCTTCAATTAACTTCAA-T
* * *
6887 GGTCCAGGGCGATCATTCTTCAATTTACTTCAAT
1 GATCCAGGGCGATCTTTCTTCAATTAACTTCAAT
* *
6921 GATTCAGGGCGGTCTTTCTTCAATT
1 GATCCAGGGCGATCTTTCTTCAATT
6946 CTCCAATCAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 10, Indels: 1
0.82 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 22 0.45
35 27 0.55
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (34 bp):
GATCCAGGGCGATCTTTCTTCAATTAACTTCAAT
Done.