Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011698.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11719, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27227
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.19, T:0.33
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1090 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 1072--1097 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
1062 GACGAGGAGG
1072 AAGAAAAGAAGAA
1 AAGAAAAGAAGAA
1085 AAGAAAAGAAGAA
1 AAGAAAAGAAGAA
1098 GAAAATATAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.23, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AAGAAAAGAAGAA
Found at i:1459 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1434--1477 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
1424 AAAATTTGGC
* *
1434 TTTTAGTTTATGATTTATGAGT
1 TTTTAGATTATGATTAATGAGT
1456 TTTTAGATTATGATTAATGAGT
1 TTTTAGATTATGATTAATGAGT
1478 AGATCTTATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.18, T:0.55
Consensus pattern (22 bp):
TTTTAGATTATGATTAATGAGT
Found at i:1961 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1920--2563 Score: 847
Period size: 35 Copynumber: 18.9 Consensus size: 35
1910 GTGAGTCAGT
1920 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
1955 ATTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
1990 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTACGAAAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
*
2025 AGAAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
*
2060 ATTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
2095 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * * *
2130 AGTAATCAATTTGATTCAGGGTAAATAAGTGAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
2165 A-T--T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
2196 AGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
*
2231 AGTAATCAATTTAATTCAGGGTAATT-A-T--GTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * *
2262 AATAAGT-AGCTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTC
1 AGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
** *
2297 AGTAATCAACTTAATTCATAGTAATTAAGTGAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
*
2332 AGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * *
2367 AGTAATCAACTTGATTCAGGGTAAATAAGTGAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
2402 A-T--T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
2433 AGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
*
2468 AGTAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAA-T-
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTC
* * *
2502 A--AGT-AGCTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTC
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
2534 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
2564 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 63, Indels: 40
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.00
31 91 0.17
32 9 0.02
33 2 0.00
34 9 0.02
35 412 0.78
36 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
Found at i:2231 original size:101 final size:104
Alignment explanation
Indices: 1920--2563 Score: 816
Period size: 101 Copynumber: 6.3 Consensus size: 104
1910 GTGAGTCAGT
*
1920 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * *
1985 AAATCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTACGAAAGTC
65 AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
2025 AGAAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
2090 AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
65 AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * * *
2130 AGTAATCAATTTGATTCAGGGTAAATAAGTGAGTCA-T-T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * *
2192 ATTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTC
66 AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * * * *
2231 AGTAATCAATTTAATTCAGGGTAATTATGTCAA-TAAG--T-AGCTTAATTCAGGGTGATTAAGT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
** *
2292 AAGTCAGTAATCAACTTAATTCATAGTAATTAAGTGAGTC
65 AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * *
2332 AGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTGATTCAGGGTAAATAAGT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * *
2397 GAGTCA-T--T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTT
65 AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * *
2433 AGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * *
2498 CAA-T-A--AGT-AGCTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTC
65 -AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
2534 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
2564 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 49, Indels: 24
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
100 3 0.01
101 314 0.65
102 4 0.01
104 3 0.01
105 156 0.32
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (104 bp):
AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
AGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
Found at i:2321 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2297--2356 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 3.3 Consensus size: 19
2287 TAAGTAAGTC
2297 AGTAATCAACTTAATTCAT
1 AGTAATCAACTTAATTCAT
* * * *
2316 AGTAATTAA-GTGAGTC--
1 AGTAATCAACTTAATTCAT
2332 AGTAATCAACTTAATTCAT
1 AGTAATCAACTTAATTCAT
*
2351 GGTAAT
1 AGTAAT
2357 TAAGTAAGTC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 9, Indels: 6
0.66 0.20 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.28
17 4 0.14
18 4 0.14
19 13 0.45
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
AGTAATCAACTTAATTCAT
Found at i:2357 original size:237 final size:237
Alignment explanation
Indices: 1927--2563 Score: 1062
Period size: 237 Copynumber: 2.7 Consensus size: 237
1917 AGTAGTAATC
* * * * * *
1927 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAG
* * *
1992 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTACGAAAGTCAGA-AA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
66 TAATCAATTTAATTCAGGGTAATT----AAGTCA-ATAAGT-AGCTTAATTCAGGGTGATTAAGT
*
2055 AAGTCATTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAAT
125 AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAAT
*
2120 TAAGTAAGTCAGTAATCAATTTGATTCAGGGTAAATAAGTGAGTCATT
190 TAAGTAAGTCAGTAATCAACTTGATTCAGGGTAAATAAGTGAGTCATT
2168 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAG
*
2233 TAATCAATTTAATTCAGGGTAATTATGTCAATAAGTAGCTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTCA
66 TAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAATAAGTAGCTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTCA
** * *
2298 GTAATCAACTTAATTCATAGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTA
131 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
2363 AGTCAGTAATCAACTTGATTCAGGGTAAATAAGTGAGTCATT
196 AGTCAGTAATCAACTTGATTCAGGGTAAATAAGTGAGTCATT
2405 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAG
2470 TAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAATAAGTAGCTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTCA
66 TAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAATAAGTAGCTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTCA
2535 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
131 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
2564 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 19, Indels: 8
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
236 1 0.00
237 291 0.78
238 1 0.00
241 82 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (237 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAG
TAATCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAATAAGTAGCTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTCA
GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
AGTCAGTAATCAACTTGATTCAGGGTAAATAAGTGAGTCATT
Found at i:4541 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 4500--4559 Score: 95
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
4490 CAATTTAAAA
*
4500 ATATATTT-AAAAAAGGGTATAATCGGAAAT
1 ATATATTTAAAAAAAGGGTACAATCGGAAAT
*
4530 ATATTTTTAAAAAAAGGGTACAATCGGAAA
1 ATATATTTAAAAAAAGGGTACAATCGGAAA
4560 ACATAAAGTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 7 0.26
31 20 0.74
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (31 bp):
ATATATTTAAAAAAAGGGTACAATCGGAAAT
Found at i:4595 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 4588--4648 Score: 72
Period size: 2 Copynumber: 31.0 Consensus size: 2
4578 TTCGTACTTT
* * *
4588 TA TA TA TA GTA TA GA TA TA TA TA TG TA TA TA TA CA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
4631 TA TA TA TA T- TA TA T- TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
4649 AAAGTATGAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 6
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.04
2 46 0.92
3 2 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:4701 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 4662--4733 Score: 126
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
4652 GTATGAACTC
4662 AAAAATCTTAATTAATCAATTACTAAAATACCCTT
1 AAAAATCTTAATTAATCAATTACTAAAATACCCTT
* *
4697 AAAAATCTTAATTAGTCAATTACTAAAATATCCTT
1 AAAAATCTTAATTAATCAATTACTAAAATACCCTT
4732 AA
1 AA
4734 TATTATAGTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 35 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.15, G:0.01, T:0.35
Consensus pattern (35 bp):
AAAAATCTTAATTAATCAATTACTAAAATACCCTT
Found at i:24094 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 24055--24110 Score: 69
Period size: 19 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
24045 GGTTTTCAAA
*
24055 TTAGGATTTTAATTTTAAT
1 TTAGGATTTTATTTTTAAT
* *
24074 TTATG-TTTTTTTTTTAGAT
1 TTAGGATTTTATTTTTA-AT
24093 TTAGGATTTTATTTTTAA
1 TTAGGATTTTATTTTTAA
24111 AGCATCTTAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 4
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.30
19 11 0.37
20 10 0.33
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.11, T:0.64
Consensus pattern (19 bp):
TTAGGATTTTATTTTTAAT
Done.