Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011821.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11842, whole genome shotgun sequence
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Indices: 82--3202 Score: 4647
Period size: 668 Copynumber: 4.7 Consensus size: 665
72 TTAGCAAATC
* * * * *
82 ACGGTTTTTGGCTAAAAAAACTGTTCCGGGGCCTCGACTCAGTTTT-CATGATTTTTGGCACTC-
1 ACGGTTTTTGGC--CAAAAAGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC-CA
*
145 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCACTCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTT
63 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTT
* *
210 TTTACGAGCATTAGAATTTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTTAAAAAAAAAATAGGAAAA
128 TTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAA-TT--CAAAAAAATAGGAAAA
* * *
275 ACGATGTTAGAAGCA-TAGAAAA-CCTTTTAATCTTTTTGGCATTGTATTATATATT-TTCTTAC
190 ACGATATTAGAAG-AGT-GAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTT-TTAC
* ** *
337 GACTATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAA
252 GACTATTGTGTCAGAAAATTGAGGAAAAAAATTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC-AAAA
* * *
402 ACCGTG-----TCCATCACGGTTTTTGACTAAAAAGTTGTTCCGGGGCCCCTG-CTCAGTTTTGC
316 ATCGTGTATTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCC-GACTCAGTTTTGC
** * * * *
461 ATGATTTATGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC-AATCCAAATCTCAGTCACAAT
380 ATGATTTATGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAAT-CAAAACTCTGCCACAAT
* * * *
525 TGATTTAAAGA-TGTGTTTTTACGAGCATTAGAA-CTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTC
444 TGATTTAATGACT-TGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGAATTATATTAGAAATTAATTC
*
588 AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAACCTTTTAATC--TTT-GCATTGAATTAT
508 AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
* * *
650 ATATTTTCTTACGAATATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAGTTTTTGCAAAA
573 ATATTTTGTTACGACTATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAA
*
715 TTTTATCAAAAATTGTGTATTATCCATT
638 TTTTATCAAAAATCGTGTATTATCCATT
* *
743 ACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGGCTCCGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG
1 ACGGTTTTTGGCCAAAAAG-TGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG
*
808 ACTCCTTTAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTTTT
65 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTTTT
*
873 TACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTACTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAACGAT
130 TACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAACGAT
* * *
938 ATTCGAAGAGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTATTTAGGACAATT
195 ATTAGAAGAGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGT-TTTACGACTATT
*
1003 GTGTCAGAAAATTGA-GAAAAAAATTTCGGCTCAATTTATGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTA
259 GTGTCAGAAAATTGAGGAAAAAAATTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTA
* *
1067 TTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCGCGATTCAGTTTTGCATGATTTAT
324 TTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTAT
* *
1132 GACGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATCTTTATCAAATCAAAACTCTGCCACAATTGATTTAATG
389 GACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAAACTCTGCCACAATTGATTTAATG
* *
1197 ACTTGTGTTTATGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTATATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGG
454 ACTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGAATTATATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGG
* * *
1262 AAAAACTATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTACACA-TTTGTTA
519 AAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTGTTA
* *
1326 CGACTATTGTGTCAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTTAGTTTTTGCAAAATTTTATCAAA
584 CGACTATTGTGTC-AAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTATCAAA
*
1391 AATCGTGTATTGTCCATT
648 AATCGTGTATTATCCATT
*
1409 ACGGTTTTTTTGGCCAAAAATGTGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
1 ACGG--TTTTTGGCCAAAAA-GTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
*
1474 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGACACAATTGATTTAAAGACGTGTT
63 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTT
* *
1539 TTTACGAGCATTAGAATCTTATTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCATAAAAATAGGAAAAACG
128 TTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAACG
* * *
1604 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTTGCATTGAATAATATATTGTTTTTACGACAA
193 ATATTAGAAGAGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTG-TTTTACGACTA
*
1669 TTGTGTCAGAAAATTGAGGAAAAAAAAATTTCGGCTCAATTTATGCAAAATTTTAGCAAAAATCG
257 TTGTGTCAGAAAATTGAGG--AAAAAAATTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCG
* * *
1734 TGTATTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAACTGTTCCGGGGCCGCGATTCAGTTTTGCATGAT
320 TGTATTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
* * * *
1799 TTATGACGCCAAGAGTCCTTAAAATATCTATGTTTATCAAAGCAAAACTCTGCCACAATTGATTT
385 TTATGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAAACTCTGCCACAATTGATTT
* * *
1864 AATGACTTGTGTTTATGAGCATCGGAATCTTGTTTCGATTTATATTAGAAATTAATTCAAAAAAA
450 AATGACTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGAATTATATTAGAAATTAATTCAAAAAAA
1929 TAGGAAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTT
515 TAGGAAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTT
*
1993 GTTACGACTATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATATTTGCAAAATTTTATC
580 GTTACGACTATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTATC
* *
2058 AAAAATTGTTTATTATCCATT
645 AAAAATCGTGTATTATCCATT
* *
2079 ACGGTTTTTGTCCAAAAAGGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCCGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG
1 ACGGTTTTTGGCCAAAAA-GTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG
*
2144 ACTCCTTTAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTTTT
65 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTTTT
* *
2209 TACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTACTATAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAACGAT
130 TACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAACGAT
* *
2274 ATTAGAAGCGTGAAAAGACTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTTTTTACGACTATT
195 ATTAGAAGAGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTG-TTTTACGACTATT
2339 GTGTCAGAAAATTGA-GAAAAAAATTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTA
259 GTGTCAGAAAATTGAGGAAAAAAATTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTA
* * *
2403 TTATTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGTTGTTCC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
324 TTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTAT
* * * * * * *
2467 GGCGCCAAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATC-AATCCAAATCTCAGCCGCAATTGATTTAAA
389 GACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAAT-CAAAACTCTGCCACAATTGATTTAAT
* * * * *
2531 GACGTGTTTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTACTAGAAATTAATTCAAAAAAATAG
453 GACTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGAATTATATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAG
* * * *
2596 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTTTT
518 GAAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT-TTGT
* * ** * *
2661 TACAACTATTGTGTCAGAAAATTGAGGAAAAAAATTTCTGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAA
582 TACGACTATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTATCAA
*
2726 AAATCGTGTATTATCCATC
647 AAATCGTGTATTATCCATT
* * * * * *
2745 ACGATTTTTGGCTAAAAAACTTTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCCAG
1 ACGGTTTTTGGC-CAAAAAGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG
*
2810 ACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTTTT
65 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTTTT
2875 TACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAAATAGGAAAAACGA
130 TACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTC-AAAAAAATAGGAAAAACGA
* * * *
2940 TATTAGAAGCA-TAAAAAACCTTTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATT-TTCTTACGACTA
194 TATTAGAAG-AGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTT-TTACGACTA
* ** *
3003 TTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTG
257 TTGTGTCAGAAAATTGAGGAAAAAAATTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTG
* *
3068 TATTATCCATCACGGTTTTTGGATAAAAAGCTGTTCCGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
322 TATTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTT
* * *
3132 ATGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATGTTTATCAAATCAAAATTCTGCCACAATTGATTTAA
387 ATGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAAACTCTGCCACAATTGATTTAA
3197 TGACTT
452 TGACTT
3203 ATTTTTAT
Statistics
Matches: 2257, Mismatches: 166, Indels: 68
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
657 15 0.01
658 91 0.04
659 29 0.01
660 26 0.01
661 132 0.06
662 126 0.06
663 79 0.04
664 189 0.08
665 103 0.05
666 342 0.15
667 224 0.10
668 519 0.23
669 3 0.00
670 67 0.03
671 312 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (665 bp):
ACGGTTTTTGGCCAAAAAGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGA
CTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGTTTTT
ACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAACGATA
TTAGAAGAGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTTTTACGACTATTGT
GTCAGAAAATTGAGGAAAAAAATTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTATT
ATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTATGA
CGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAAACTCTGCCACAATTGATTTAATGAC
TTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGAATTATATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAA
AAACGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTGTTACG
ACTATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTATCAAAAAT
CGTGTATTATCCATT
Found at i:2188 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 79--3196 Score: 4518
Period size: 332 Copynumber: 9.4 Consensus size: 333
69 ATTTTAGCAA
* * *
79 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAACTGTTCCGGGGCCTCGACTCAGTTTT-CATGATTTTTGGCAC
1 ATCACGGTTTTTGGCT-AAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
*
143 TC-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCACTCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGT
65 -CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGT
* *
207 GTTTTTACGAGCATTAGAATTTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTTAAAAAAAAAATAGGA
129 GTTTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAA-TT--CAAAAAAATAGGA
* * *
272 AAAACGATGTTAGAAGCATAGAAAA-CCTTTTAATCTTTTTGGCATTGTATTATATATTTTCTTA
191 AAAACGATATTAGAAGCATA-AAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTA
*
336 CGACTATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCAAAA
255 CGACTATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC-AAA
*
401 AACCGTG-----TCC
319 AATCGTGTATTATCC
* * * *
411 ATCACGGTTTTTGACTAAAAAGTTGTTCCGGGGCCCCTG-CTCAGTTTTGCATGATTTATGGTGC
1 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCC-GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* *
475 CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGTCACAATTGATTTAAAGATGTG
65 CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTG
540 TTTTTACGAGCATTAGAA-CTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAA
130 TTTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAA
* * *
604 CGATATTAGAAGCATAAAAAACCTTTTAATC--TTT-GCATTGAATTATATATTTTCTTACGAAT
195 CGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTACGACT
* * *
666 ATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAGTTTTTGCAAAATTTTATCAAAAATTGT
260 ATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGT
731 GTATTATCC
325 GTATTATCC
* * *
740 ATTACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGGCTCCGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
1 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
*
805 AAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
66 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
*
870 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTACTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
131 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
* * * * *
935 GATATTCGAAG-AGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTATTTAGGAC
196 GATATTAGAAGCA-TAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT-TTTTTACGAC
* * ** *
999 AATTGTGTCAGAAAATTGA-GAAAAAAATTTCGGCTCAATTTATGCAAAATTTTAGCAAAAATCG
259 TATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCG
1063 TGTATTATCC
324 TGTATTATCC
* * * *
1073 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCGCGATTCAGTTTTGCATGATTTATGACGCC
1 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
* * * * * * *
1138 AAGAGTCCTTGAAATATCTATCTTTATCAAAT-CAAAACTCTGCCACAATTGATTTAATGACTTG
66 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC-AATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTG
* * * * *
1202 TGTTTATGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTATATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAA
130 TTTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAA
* * * *
1267 CTATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTACACA-TTTGTTACGACT
195 CGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTACGACT
* * *
1331 ATTGTGTCAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTTAGTTTTTGCAAAATTTTATCAAAAATCG
260 ATTGTGTC-AAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCG
*
1396 TGTATTGTCC
324 TGTATTATCC
* * * *
1406 ATTACGGTTTTTTTGGCCAAAAATG-TGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
1 ATCACGG--TTTTTGGCTAAAAA-GCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
*
1470 GCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGACACAATTGATTTAAAGACG
63 GCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACG
* *
1535 TGTTTTTACGAGCATTAGAATCTTATTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCATAAAAATAGGAAA
128 TGTTTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAA
* * * *
1600 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTTGCATTGAATAATATATTGTTTTTACG
193 AACGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT-TTTTTACG
* * ** *
1665 ACAATTGTGTCAGAAAATTGAGGAAAAAAAAATTTCGGCTCAATTTATGCAAAATTTTAGCAAAA
257 ACTATTGTGTCAAAAAATTGAGG--AAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAA
1730 ATCGTGTATTATCC
320 ATCGTGTATTATCC
* * * * *
1744 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAACTGTTCCGGGGCCGCGATTCAGTTTTGCATGATTTATGACGCC
1 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
* * * * ** * * * *
1809 AAGAGTCCTTAAAATATCTATGTTTATCAAAGCAAAACTCTGCCACAATTGATTTAATGACTTGT
66 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
* * ** * *
1874 GTTTATGAGCATCGGAATCTTGTTTCGATTTATATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
131 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
*
1939 GATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTGTTACGACTA
196 GATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTACGACTA
* * * *
2003 TTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATATTTGCAAAATTTTATCAAAAATTGTT
261 TTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTG
2068 TATTATCC
326 TATTATCC
* * * * * *
2076 ATTACGGTTTTTGTCCAAAAAGGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCCGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
1 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
*
2141 AAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
66 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
* *
2206 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTACTATAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
131 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
* * * *
2271 GATATTAGAAGCGTGAAAAGACTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTTTTTACGACT
196 GATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT-TTTTTACGACT
* **
2336 ATTGTGTCAGAAAATTGA-GAAAAAAATTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGT
260 ATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGT
*
2400 GTATTATTC
325 GTATTATCC
*
2409 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGTTGTTCC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
1 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
* *
2473 AAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCGCAATTGATTTAAAGACGTGT
66 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
*
2538 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTACTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
131 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
* * * *
2603 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATAATATATTGTTTTTACAACT
196 GATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT-TTTTTACGACT
* ** *
2668 ATTGTGTCAGAAAATTGAGGAAAAAAATTTCTGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGT
260 ATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGT
2733 GTATTATCC
325 GTATTATCC
* * *
2742 ATCACGATTTTTGGCTAAAAAACTTTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
1 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
* *
2807 CAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
66 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
2872 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAAATAGGAAAAA
131 TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTC-AAAAAAATAGGAAAAA
* * *
2937 CGATATTAGAAGCATAAAAAACCTTTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTCTTACGACT
195 CGATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTACGACT
*
3002 ATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGT
260 ATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGT
3067 GTATTATCC
325 GTATTATCC
* * * * *
3076 ATCACGGTTTTTGGATAAAAAGCTGTTCCGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTATGACACC
1 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
* * * *
3140 AAGACTCCTTGAAATATCTATGTTTATCAAATCAAAAT-TCTGCCACAATTGATTTAA
66 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC-AATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAA
3197 TGACTTATTT
Statistics
Matches: 2495, Mismatches: 256, Indels: 69
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
324 8 0.00
325 81 0.03
326 3 0.00
327 4 0.00
328 42 0.02
329 140 0.06
330 73 0.03
331 69 0.03
332 619 0.25
333 553 0.22
334 343 0.14
335 270 0.11
336 220 0.09
337 17 0.01
338 53 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (333 bp):
ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGCTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAAGACGTGT
TTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGAATTCTATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAAC
GATATTAGAAGCATAAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTACGACTA
TTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTG
TATTATCC
Done.