Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011973.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11994, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
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Period size: 335 Copynumber: 5.6 Consensus size: 333
*
1 TTCTAATATCGCTTTTTCCTTCTTCTTTTTTCCCAAATTATTTTCTAATTAAATC-AAACCGGAT
1 TTCTAATATCG-TTTTT-C--CTT-TTTTTT-CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGAT
* * * * * * *
65 TGAGATGCTCGTAAAAATAAATTCATAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGTTGAATATATA
60 TGAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGA
* * * *
130 TTTTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCCGGGCCCTGGAACGCGTTTTT
125 TATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTT
* * * *
195 AGTCAAAAACCGTGATGCAAAAAATT-TTGCATC-ATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAAATTGAC
190 AGTCAAAAACCGTGATG------ATTAGTACA-CGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGAC
* * * *
258 CCGAAAAAATTTCCTTCAATTTTTTGCCACCATACTAAAAAAAAAGTATATAACTCAATGCAAAA
248 CCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTAAAAAAAAA-TATATAACTCAATGCCAAA
323 AAAATTGAAGGGCTTCTCACAT
312 AAAATTGAAGGGCTTCTCACAT
* * * *
345 TTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTT-CATAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCGAATTGAG
1 TTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTCCA-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
409 ATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGATATT
64 ATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGATATT
*
474 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCTTGGAACGCGTTTTTAGTC
129 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTC
* * * *
539 AAAAATCGTGATAATTAGTACACGGTTTCTGTTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAATTT
194 AAAAACCGTGATGATTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAATTT
* * *
604 TCCCTCATTTTTTTGCCACAATACT-AAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAAATTGAAGG
259 TCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTAAAAAAAAATATATAACTCAATGCC-AAAAAAATTGAAGG
* *
668 GTTTCTGACAT
323 GCTTCTCACAT
*
679 TTCTAATATCGCTTTTTCCTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATCAAATCGAAACCGGATTGAGA
1 TTCTAATATCG-TTTTTCCTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGA
* * * *
744 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATAAATATAGATATTT
65 TACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGATATTT
* * * * * * * *
809 CAATGAGTCTTGGTGCAAAAAATCATTCCAAACAGAACCGAGGCTCTAGAATGCGTTTTTAGTCA
130 CAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCA
* * * *
874 AAAACCGTGATGCTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATTGACTCG-AAAATGTT
195 AAAACCGTGATGATTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAT-TT
* ** *
938 TCCCTCAACTTTTTGCCACAATACTAAAATAAAGTTATATAGCTCAATGCCAAAAAAATTGAAGG
259 TCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTAAAA-AAAAATATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGG
1003 GCTTCTCACAT
323 GCTTCTCACAT
* *
1014 TTCTAATATTGTTTTT-CTTATTTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
1 TTCTAATATCGTTTTTCCTT-TTTTTTCCA-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
* *
1078 ATACTCGTAAAAACAAATCCTAAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGACATT
64 ATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGATATT
*
1143 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCACGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTC
129 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTC
** * *
1208 AAAAATTGTGATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAGTT
194 AAAAACCGTGATGATTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAATTT
* *
1273 TCCCTCAAATTTTTGCAACAATACTAAAAAAAAAGTATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGG
259 TCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTAAAAAAAAA-TATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGG
*
1338 GCTTCTCAGAT
323 GCTTCTCACAT
* **
1349 TTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGA
1 TTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGA
* * * *
1414 TACTCGTAAAAAGAAATCCTAAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGACATTC
65 TACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGATATTT
* * * *
1479 CAATGAGTCTTGGGGCAAAAAATCACGCAAAACAGAGCTGGGGCCCTGAAACGCG-TTTTAGTCA
130 CAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCA
* * *
1543 AAAA--TTG-TGA-TGGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATTGACCCGAAAAATTTT
195 AAAACCGTGATGATTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAATTTT
*** * * *
1604 CCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGGAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGT
260 CCCTCAATTTTTTGCCACAATACTAAAAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGC
*
1669 TTCTGACAT
325 TTCTCACAT
* *
1678 TTTTAATATCGCTTTTTCCTTTTTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
1 TTCTAATATCG-TTTTTCC-TTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
* * * * *
1743 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGACTGAGATTTAGTTAGATGAATATAAATTTT
64 ATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGATATT
* *
1808 TCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTC
129 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTC
*
1873 AATAACCGTGA
194 AAAAACCGTGA
1884 AGGGAAAATT
Statistics
Matches: 1373, Mismatches: 143, Indels: 56
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
329 45 0.03
330 230 0.17
331 15 0.01
332 2 0.00
333 23 0.02
334 304 0.22
335 540 0.39
336 28 0.02
337 1 0.00
338 2 0.00
339 18 0.01
340 149 0.11
341 1 0.00
342 1 0.00
343 4 0.00
344 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (333 bp):
TTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGAT
ACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGATATTTC
AATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAA
AAACCGTGATGATTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAATTTTC
CCTCAATTTTTTGCCACAATACTAAAAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCT
TCTCACAT
Found at i:1366 original size:669 final size:664
Alignment explanation
Indices: 1--1883 Score: 2618
Period size: 669 Copynumber: 2.8 Consensus size: 664
* *
1 TTCTAATATCGCTTTTTCCTTCTTCTTTTTTCCCAAATTATTTTCTAATTAAATC-AAACCGGAT
1 TTCTAATATCGCTTTTTCC-T-AT-TTTTTT-CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGAT
* * * * *
65 TGAGATGCTCGTAAAAATAAATTCATAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGTTGAATATATA
62 TGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGA
* * * *
130 TTTTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCCGGGCCCTGGAACGCGTTTTT
127 TATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGA-ACCGGGCCCT-GAACGCGTTTTT
* * *
195 AGTCAAAAACCGTGATGCAAAAAATTTTGCATC-ATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAAATTGACC
190 AGTCAAAAACCGTGATGC------TTGTACA-CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACC
* * * *
259 CGAAAAAATTTCCTTCAATTTTTTGCCACCATACTAAAAAAAAAGTATATAACTCAATGCAAAAA
248 CG-AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACT-AAAAAAAAGTATATAACTCAATGCCAAAA
* *
324 AAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTTCATAATTAATTTCTAAT
311 AAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATTGTTTTTCTTATTTTTTTCA-AATTAATTTCTAAT
* *
389 GAAATCGAAACCGAATTGAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTA
375 TAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTA
454 GATAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGC
440 GATAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGC
* * *
519 CTTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATAATTAGTACACGGTTTCTGTTAAAATTTTGCAA
505 CCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATAATTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* ** * *
584 AAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCATTTTTTTGCCACAATACTAAAAAAAATATGTAACTCAA
570 AAAATTGACCCGAAAAAGTTTCCCTCAAATTTTTGCAACAATACTAAAAAAAATATATAACTCAA
* *
649 CGCCAAAAAAAATTGAAGGGTTTCTGACAT
635 CGCCAAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACAT
*
679 TTCTAATATCGCTTTTTCCT-TTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATCAAATCGAAACCGGATTGAG
1 TTCTAATATCGCTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
* *
743 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATAAATATAGATATT
66 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * *
808 TCAATGAGTCTTGGTGCAAAAAATCATTCCAAACAGAACCGAGGCTCTAGAATGCGTTTTTAGTC
131 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAACCG-GGCCCT-GAACGCGTTTTTAGTC
* *
873 AAAAACCGTGATGCTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATTGACTCGAAAATGTT
194 AAAAACCGTGATGCTT-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAT-TT
* * *
938 TCCCTCAACTTTTTGCCACAATACTAAAATAAAGTTATATAGCTCAATGCCAAAAAAATTGAAGG
257 TCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTAAAAAAAAG-TATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGG
1003 GCTTCTCACATTTCTAATATTGTTTTTCTTATTTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
321 GCTTCTCACATTTCTAATATTGTTTTTCTTATTTTTTTCA-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
*
1068 CCGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAATCCTAAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAA
385 CCGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAA
* *
1133 TATAGACATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCACGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGC
450 TATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGC
* **
1198 GTTTTTAGTCAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACC
515 GTTTTTAGTCAAAAATCGTGATAATTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACC
*
1263 CGAAAAAGTTTCCCTCAAATTTTTGCAACAATACTAAAAAAAAAGTATATAACTCAATGCC-AAA
580 CGAAAAAGTTTCCCTCAAATTTTTGCAACAATACT-AAAAAAAA-TATATAACTCAACGCCAAAA
*
1327 AAAATTGAAGGGCTTCTCAGAT
643 AAAATTGAAGGGCTTCTCACAT
* **
1349 TTCTAATATTG-TTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
1 TTCTAATATCGCTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
* * * * *
1413 ATACTCGTAAAAAGAAATCCTAAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGACATT
66 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * *
1478 CCAATGAGTCTTGGGGCAAAAAATCACGCAAAACAGAGCTGGGGCCCTGAAACGCG-TTTTAGTC
131 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAAC-CGGGCCCTG-AACGCGTTTTTAGTC
** * *
1542 AAAAATTGTGATG---GTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATTGACCCGAAAAATTTT
194 AAAAACCGTGATGCTTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCG-AAAATTTT
** * *
1604 CCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGGAAAAAA-TATGTAACTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGG
258 CCCTCAATTTTTTGCCACAATACT-AAAAAAAAGTATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGG
* * * * *
1668 TTTCTGACATTTTTAATATCGCTTTTTCCTT-TTTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAA
322 CTTCTCACATTTCTAATATTG-TTTTT-CTTATTTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * *
1732 ACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGACTGAGATTTAGTTAGATGA
384 ACCGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGA
* * * *
1797 ATATAAATTTTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACG
449 ATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACG
* *
1862 CGTTTTTAGTCAATAACCGTGA
514 CGTTTTTAGTCAAAAATCGTGA
1884 AGGGAAAATT
Statistics
Matches: 1084, Mismatches: 105, Indels: 45
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
664 45 0.04
665 235 0.22
666 15 0.01
668 15 0.01
669 390 0.36
670 182 0.17
671 15 0.01
673 24 0.02
674 142 0.13
675 1 0.00
677 1 0.00
678 19 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (664 bp):
TTCTAATATCGCTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAG
ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATT
TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAACCGGGCCCTGAACGCGTTTTTAGTCAA
AAACCGTGATGCTTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAATTTTCCC
TCAATTTTTTGCCACAATACTAAAAAAAAGTATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTC
TCACATTTCTAATATTGTTTTTCTTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGAT
TGAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGA
TATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTT
AGTCAAAAATCGTGATAATTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAA
AGTTTCCCTCAAATTTTTGCAACAATACTAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAAATTGA
AGGGCTTCTCACAT
Found at i:2118 original size:290 final size:292
Alignment explanation
Indices: 1596--2173 Score: 903
Period size: 290 Copynumber: 2.0 Consensus size: 292
1586 ATTGACCCGA
*
1596 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGGAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAAT
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGGAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAAT
* * * *
1661 TGAAGGGTTTCTGACATTTTTAATATCGCTTTTTCCTTTTTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAA
66 TGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGCTTTTTCCTTATTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAA
* * *
1726 ATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGACTGAGATTTAGTT
131 ATCGAAACCGGATAGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGACGGAGATTTAGTT
** *
1791 AGATGAATATAAATTTTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCT
196 AGATGAATATAAATACTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCT
*
1856 GGAACGCGTTTTTAGTCAATAACCGTGAAGGG
261 GGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAAGGG
*
1888 AAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC-GAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAAA
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGGAAAAAATATATAACTCAACGCC-AAAAAAA
* *
1952 TTTAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCG-TTTTTCC-TATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTA
65 TTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGCTTTTTCCTTATTTTTTCCAAATTAATTTATAATTA
* * * *
2015 AATCGAAACCGGATAGAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAGATGCAATGTCGA-GGAGATTTCG
130 AATCGAAACCGGATAGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGT-GACGGAGATTTAG
* * *
2079 TTTGATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGCCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCC
194 TTAGATGAATATAAATACTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCC
*
2144 CTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGA
259 CTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGA
2174 TGGTTAGTAC
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 23, Indels: 6
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
290 166 0.64
291 31 0.12
292 64 0.25
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (292 bp):
AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGGAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAAT
TGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGCTTTTTCCTTATTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAA
ATCGAAACCGGATAGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGACGGAGATTTAGTT
AGATGAATATAAATACTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCT
GGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAAGGG
Found at i:2509 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1888--3523 Score: 2305
Period size: 333 Copynumber: 4.9 Consensus size: 332
1878 CCGTGAAGGG
* * *
1888 AAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCG-AAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAAA
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACACGAAAAAAATATGTAACTCAACGCC-AAAAAAA
* *
1952 TTTAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
65 TTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * * *
2017 TCGAAACCGGATAGAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAGATGCAATGTCGAGGAGATTTCGTTT
130 TCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTCGCGGAGA-TTCGTTA
*
2082 GATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGCCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCTG
194 GATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCTG
*
2147 GAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAATTTTTGCAAAAAA
259 GAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAA
*
2212 TTAACCCGA
324 TTGACCCGA
*
2221 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCAAAATACACGAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAAT
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACACGAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAAT
* *
2286 TGAAGGGTTTCTGACATTTCTAATATCGCTTTTTCCTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
66 TGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCG-TTTTTCCTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * *
2351 TCGAAACCGGATTGAGATGCTCCTGAAAACAAATCCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTCAGTTA
130 TCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTCGCGGAGATTC-GTTA
* * * * *
2416 GATGAATATAGATATTTCAATGAGTGTTGACGC-AAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTG
194 GATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCTG
*
2480 GAACGCGTTTTTAGTCAAAAA-CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
259 GAACGCGTTTTTAGTCAAAAATC-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAA
2544 ATTGACCCGA
323 ATTGACCCGA
* *
2554 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTA--AAAAAAATGTATATAACTGAACGCC--AAA
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATAC-ACGAAAAAAA--TATGTAACTCAACGCCAAAAA
* * * * *
2615 AATTGAAGGGCTTCCCACATTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTCT-CATAATTAATTTATAATT
63 AATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCCA-AATTAATTTCTAATT
* *
2679 AAATCGAAACCGGATTGAGATACTTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTC-CAGAAGATTT
127 AAATCGAAACCGGATTGAGATGC-TCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTCGC-GGAGA-TT
*
2743 CGATT-GATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCAAGCAAAACAGAGCCGAG
189 CG-TTAGATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAG
* * * * * *
2807 GCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAATAATTGTAATGGTTAGT-CAACGGTTTTGGCTAAAATTTTG
253 GCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTAC-ACGATTTCGACTAAAATTTTG
2871 CAAAAAATTGACCCGA
317 CAAAAAATTGACCCGA
* * *
2887 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCGAAAAAAATATGTAACTTAAAGCCAAAAAAA
1 AAAATTTTCCCTCAA-TTTTTTGCCACAATACACGAAAAAAATATGTAACTCAACGCC-AAAAAA
* *
2952 ATTGTAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTATCCTATTTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTA
64 ATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTA
* * *
3016 AATCGAAACCGGATTGAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTCGAGGAGATTTTGT
128 AATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTCGCGGAGA-TTCGT
* *
3081 TTGATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAA-CATGCAAAACAGAGCCGAGGCCT
192 TAGATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCC
*
3145 TGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT-AAATATTTGGAAA
257 TGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAT-TTTGCAAA
3209 AAATTGACCCG-
321 AAATTGACCCGA
* * *
3220 AAAATTTTCCCTAAATTTTTTGCCACAATAAACAAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAAT
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACACGAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAAT
* * *
3285 TCAAGGGTTTCTGACATTTCTAATATCGCTTTTTCC-TTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
66 TGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCG-TTTTTCCTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * * * * *
3349 TTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAACCAAAACCATAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTA
130 TCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTCGCGGAGA-TTCGTTA
** *
3414 GATGAATATAGATTTTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCTT
194 GATGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCTG
* *
3479 GAACGCGTTTTTAGTCCAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTC
259 GAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
3524 AAAAAAAGTA
Statistics
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0.87 0.08 0.04
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330 9 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (332 bp):
AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACACGAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAAT
TGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAT
CGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTCGCGGAGATTCGTTAGA
TGAATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCTGGA
ACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATT
GACCCGA
Found at i:3737 original size:272 final size:271
Alignment explanation
Indices: 3252--3777 Score: 770
Period size: 272 Copynumber: 1.9 Consensus size: 271
3242 CCACAATAAA
* * *
3252 CAAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAATTCAAGGGTTTCTGACATTTCTAATATCGCTTT
1 CAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGCTTT
* * * *
3317 TTCCTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAACCAAA
66 TTCCTTTTTTTCCAAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAA
* *
3382 ACCATAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATTTTTCAATGAGTCTTGGCAC
131 ACCATAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAACATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCAC
* * *
3447 AAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGC-CCTTGAACGCGTTTTTAGTCCAAAATCGTGATGGTT
196 AAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCTCC-GGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTT
3511 AGTACATGATTT
260 AGTACATGATTT
* * * * * *
3523 CAAAAAAAGTATATAACTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATCTTG-TTT
1 CAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGCTTT
* * *
3587 TTCCTATTTTTTTCAGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAATA
66 TTCCT-TTTTTTCCA-AATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAAACA
**
3652 AATTC-TCAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAACATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
129 AAACCAT-AAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAACATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
* *
3716 CCCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGA
193 CACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGA
3778 AGGGAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
270 8 0.04
271 61 0.27
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ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (271 bp):
CAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGCTTT
TTCCTTTTTTTCCAAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAA
ACCATAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAACATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCAC
AAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTA
GTACATGATTT
Found at i:4048 original size:292 final size:292
Alignment explanation
Indices: 3524--4070 Score: 796
Period size: 292 Copynumber: 1.9 Consensus size: 292
3514 ACATGATTTC
* * * *
3524 AAAAAAAGTATATAACTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATCTTGTTTTT
1 AAAAAAAGTATATAACTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTT
*
3589 CCTATTTTTTTCAGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAATAAA
66 CCTATTTTTTTCAGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAA
* * * ** * * *
3654 TTCTCAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAACATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCCC
131 TCCTCAAAGGCAATGTCGAGGAGATTTAGTTAGATGAACATAGATACTTCAATGAGTCTTGACAC
* *
3719 AAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAAGGGAA
196 AAAAAATCATACAAAACAGAGCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAAGGGAA
3784 AATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCG
261 AATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCG
* *
3816 AAAAAAA-TATATAACTCAACGCCAAAAAAAATTTAAGGGCTTGTCACATTTCTAATATCGTTTT
1 AAAAAAAGTATATAACTCAACGCC-AAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTT
* *
3880 TCCTATTTTTTTC-GAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCT-TGTAAAAAC
65 TCCTATTTTTTTCAG-AATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCT-TAAAAAC
* * * * *
3943 AAATCCTTAAAGGCAATGTCGAGGAGATTTCGTTTGATGAATATAGATACTTCAATGAGTTTTGA
128 AAATCCTCAAAGGCAATGTCGAGGAGATTTAGTTAGATGAACATAGATACTTCAATGAGTCTTGA
* *
4008 CACAAAAAATCATACAAAACAGAGTCGAGGC-CCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGAA
193 CACAAAAAATCATACAAAACAGAGCCGAGGCTCC-GGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAA
4071 TGGTTAGTAC
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 26, Indels: 8
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
291 19 0.08
292 206 0.92
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (292 bp):
AAAAAAAGTATATAACTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTT
CCTATTTTTTTCAGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAA
TCCTCAAAGGCAATGTCGAGGAGATTTAGTTAGATGAACATAGATACTTCAATGAGTCTTGACAC
AAAAAATCATACAAAACAGAGCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAAGGGAA
AATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCG
Found at i:4391 original size:335 final size:333
Alignment explanation
Indices: 3782--4924 Score: 1560
Period size: 335 Copynumber: 3.4 Consensus size: 333
3772 CCGTGAAGGG
3782 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAAA
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGAAAAAAATATATAACTCAACGCC-AAAAAAA
* * *
3847 TTTAAGGGCTTGTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCGAAATTAATTTCTAATTAA
65 TTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
* * ** *
3912 ATCGAAACCGGATTGAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTCGAGGAGATTTCGTT
129 ATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTTAGTT
* * * * * *
3977 TGATGAATATAGATACTTCAATGAGTTTTGACACAAAAAATCATACAAAACAGAGTCGAGGCCCT
194 AGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCT
* * *
4042 GGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGAATGGTTAGTACACGATTTCGACT-AAATATTTGGAAA
259 GGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTG-ATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAAT-TTTGCAAA
4106 AAATTGACCCG-
322 AAATTGACCCGA
* ** *
4117 AAAATTTTCCCTAAATTTTTTGCCACAATAAACGAAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAAA
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCG-AAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAA
* *
4182 TTGAAGGGTTTCTGACATTTCTAATATCGCTTTTTCCTTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
65 TTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCG-TTTTTCCTTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
* * *
4247 ATTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAAGGCATTGTGGCTGAGATTTAGTT
129 ATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTTAGTT
* * * *
4312 AGATGAATATAGACTTTTTCAATGAGTCTTGAAAC-AAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGGGCAC
194 AGATGAATATAGA-TATTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCC
*
4376 TGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
258 TGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
*
4441 AATTGATCCGA
323 AATTGACCCGA
* * *
4452 AAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAAAAAAAAATTATATAACTCAATGCCAAAAAA
1 AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC-GAAAAAAA-TATATAACTCAACGCCAAAAAA
* * * *
4517 ATTGAAGGGCTTCTCAGATTTCTAATATTGTTTTT-CTTATTTTTTTTCAGAATTAATTTATAAT
64 ATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTT-TTTTTTCT-A-AATTAATTTCTAAT
* * * * *
4581 TAAATCGAAACCCGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAAGGCACTGTGGCTGAGACTTA
126 TAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTTA
* * *
4646 TTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGC
191 GTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGC
* * * *
4711 CCTGGAAAGCGTTTTTCGTTAAAAATCGTGATGGTTACTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAA
256 CCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAA
*
4776 AAAATTGACCTGA
321 AAAATTGACCCGA
* * **
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* * * * * *
4852 CTAAAGGGTTTCTGACATTTCTAATATCGCTTTTTCCTTTTCTTTCCAAATTATTTTCTAATTAA
66 -TGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCG-TTTTTCCTTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
4917 ATCGAAAC
129 ATCGAAAC
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 82, Indels: 30
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
333 29 0.04
334 65 0.09
335 283 0.40
336 121 0.17
337 214 0.30
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
AAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAAT
TGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAAT
CGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTTAGTTAG
ATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGG
AACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAT
TGACCCGA
Done.