Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011974.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11995, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3679
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.31
Found at i:1791 original size:337 final size:332
Alignment explanation
Indices: 377--3679 Score: 3764
Period size: 334 Copynumber: 10.0 Consensus size: 332
367 GCTTCTCACA
* *
377 TTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAAACAAATTCTTAAA
1 TTTC-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
*
442 GGCATTGTGGCTGAGATTTAGATAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGC-AAAAATC
65 GGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATC
* ** *
506 ATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTAAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGG
130 ATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGT-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
* *
571 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTT-CCACAATGCT
194 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACT
* * * ** *
635 TAGAAAAAAATATGTAACTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGCTTCTGTCATTTCCAATATCGTTTT
259 CAAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTT
700 TCCTATTTT
324 TCCTATTTT
* *
709 TTTCCACATTAATTTCTAATTAAATC-AAACCGGATTGAGATGCT-TGTAAAAACAAATCCTTAA
1 TTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCT-TAAAAACAAATCCTTAA
772 AGGACA-TGT--C---G----AGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAA
64 AGG-CATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAA
* * *
827 TCATGCAAAATAGAACTGGGGCCCTGGAATGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
128 TCATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGT-AAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
**
892 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGAATCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATA
192 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATA
* * * * *
957 CTCAAAAAAAAGTATATAACTCGATGCCAAAAAATTGAAGGGCTTGTCACATTTCTAATATTGTT
257 CTCAAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTT
1022 TTTCCTATTTT
322 TTTCCTATTTT
* * *
1033 TTCCATAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
1 TTTCA-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
* *
1098 GGCCTTGTGGCTGAGATTTAG-TACGATGAATATGGATATTTCAATGAGTCTTTG-CGCAAAAAA
65 GGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTA-GATGAATATAGATATTTCAATGAGTC-TTGACGCAAAAAA
* * * *
1161 TCATGCAAAACAGAACCAGGGCCCTGGTACGCGTTTTTAGTCAAAAAAAACGTGATGATTAGTAC
128 TCATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGT---AAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* * * *
1226 ACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAAATTGACCCGGAAAATTTTCCCTTAATTTTTTGCCACAA
190 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAA
** * * * *
1291 TAC-C-CGAAAAAATATGTAACACAACGCCAAAAAAAATTGAAGGGTTTCTGACATTTCTAATAT
255 TACTCAAAAAAAAATATATAACTCAACGCC--AAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATAT
1354 CGCTTTTTCCT-TTTT
318 CG-TTTTTCCTATTTT
* * * * *
1369 TTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTTAA
1 TTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
* * **
1434 GGCATTATGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTCCAATGAGTCTTGACATAAAAAATC
65 GGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATC
* * * * *
1499 ATGAAAAAGAGAGCCGGGGCCATGGAACGCGTTTTTAGT-AAAGCCGTGATGGTTAGTACACGAT
130 ATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
* * * *
1563 TTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTGCACTCAATTTTCTGCCACAATACTC
195 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC
*
1628 AAAAAAAAATTATATAATATAACTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATAT
260 --AAAAAAA--A-AT-ATATAACTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATAT
*
1693 TG-TTTTCCT-TTTT
318 CGTTTTTCCTATTTT
* *
1706 TTTCAGAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACCGGATCGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
1 TTTCA-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
* * *
1771 GGCATTGTGGCTAAGATTTAGTTCGATGAATATGGATATTTCAATGAGTCTTTG-CGCAAAAAAT
65 GGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTC-TTGACGCAAAAAAT
* * * *
1835 CATGCAAAACAGAACCAGGGCCCAGGTACACGTTTTTAGTTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
129 CATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAG-TAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
*
1900 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAATATTTCCCTCAATTTTTTG-C-C---A-
193 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATAC
1959 -C----------A-ATAA-T-------AAAAA-TTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTT
258 TCAAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTT
2003 TTCCTA-TTT
323 TTCCTATTTT
* * * * * *
2012 TTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTATAG
1 TTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAAG
* * * * * **
2077 GCATTGTGGCTGAGGTTTCGTTAGATGGATATTGTTATTTCAATGAGTCTTGGTG-AAAAAATTC
66 GCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAA-TC
** * * * *
2141 ATGCAAAACAGAGTCAGGGCCTTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAGCGTGATGATTAGTACACGA
130 ATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGT-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
* * * * * * *
2206 TTTCGGCTAAAATTTAGCCAAAAATTGACCTGAAAAATTTTCCCTCAA-TATTTGGC-CAATAAT
194 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACT
* *
2269 -AAAAATATATATATATAACACTCAACGCCAATAAAACTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATC
259 CAAAAA-A-AAATATAT-A-ACTCAACGCCAA-AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATC
2333 GTTTTTCCTA-TTT
319 GTTTTTCCTATTTT
* * * * *
2346 TTTCTAAATTAATATCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTGAAAACAAATGCTTAAA
1 TTTC-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
* * * * * * ** *
2411 GGCAATGTGGTTGATATTTTGGTAGATGAATATATATATTTCAATGAGTCTTGGTGCAAAAATTC
65 GGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATC
*** * * *
2476 ATGCAAAACAGAGTTGGGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGATGGTTAGTACACAA
130 ATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGT-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
* * * *
2541 TTTCGGCTAAAATTTAT-CCAAAACTAGACCC-AAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACCATA
194 TTTCGGCTAAAATTT-TGCAAAAAATTGACCCGAAAAAA-TTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATA
* * *
2604 CTC--GAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATCGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATAGT-G
257 CTCAAAAAAAAATATATAACTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATA-TCG
2666 TTTTTCTCTTATTTT
320 TTTTTC-C-TATTTT
* * * * * * *
2681 TTTCCAAATTAATTTCTTATTAAATTGAAACCGGAATGAGATGCTCGTAAAATCAAAACCTTAAA
1 TTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
* * * **
2746 GGCAATGTGGCTGAGATTTCGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAAAA
65 GGCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATC
* * *
2811 ATGCAAAACAGAGCCGGGGACCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTCAGTACACGA
130 ATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGT-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
* * * * *
2876 TTTCGGCTAAAATTTAGCCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCCACAATAAT
194 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACT
* * * *
2941 C-AAAAAATATATATAACTTAACACCAATAAAATTGAAGGGCTTCTCACAATTCTAATATCGTTT
259 CAAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAA-AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTT
3005 TTCCTATTTT
323 TTCCTATTTT
* * * * * *
3015 TTTCCAAATTAATATCTAATTAAATCAAAACCAGATTGAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAA
1 TTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAA
* * *** * *
3080 GGTAATGTGGCTGAGATTTTAG-TAGATTCGTATAAATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAAT
65 GGCATTGTGGCTGAGA-TTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAAT
* ** * * *
3144 CATGCAAAACATAGTCGGGGCCCTGGAACTCGTTTTTAGTCAAAAATCATGATGGTTAGTACACG
129 CATGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGT-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * *
3209 ATTTCGGCTAAAATTTTGCCAAAAATTGACCCGAAAAAGTTTCCTTCAATTTTTTGCCACAATAC
193 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATAC
* * * * * *
3274 TC-GAAAGAAATATATAACTCAACTCCAATAAAATTCAAAGGCTTCTCACATTTCTAATATCATT
258 TCAAAAAAAAATATATAACTCAACGCCAA-AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTT
3338 TTTCCTATTTT
322 TTTCCTATTTT
* * * * * *
3349 TTCCAAATTAATTTCTAATTAGATCGAAACCGAATTGAGATGCTCGTCAAAACAAATCCTTAAAG
1 TTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAAG
* * ** * * * * **
3414 GAAATGTGGAGGATATTTCGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATGAAACAAAAAATCA
66 GCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCA
* * * *
3479 TGCAAAACAGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTGTAGTAAAAAACCGTAATGATTAGTACACGAT
131 TGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGT-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
* ** * * *
3544 TTCAGCTAATTTTTTGCAAAAAAATTGACCCGAAAAAGTTTCCCCCAATATTTTGCCACAATACT
195 TTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACT
* * ** *
3609 CGAAAAAAAATATGTAACTCAATACCAAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATTGTT
259 CAAAAAAAAATATATAACTCAACGCC--AAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTT
3674 TTTCCT
322 TTTCCT
Statistics
Matches: 2550, Mismatches: 321, Indels: 196
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
304 15 0.01
305 226 0.09
306 19 0.01
308 1 0.00
314 1 0.00
315 4 0.00
316 1 0.00
321 1 0.00
322 39 0.02
323 118 0.05
324 95 0.04
325 40 0.02
326 2 0.00
327 1 0.00
329 1 0.00
330 1 0.00
331 39 0.02
332 153 0.06
333 183 0.07
334 490 0.19
335 454 0.18
336 370 0.15
337 170 0.07
338 6 0.00
339 108 0.04
340 12 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (332 bp):
TTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCTTAAAAACAAATCCTTAAAG
GCATTGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCA
TGCAAAACAGAACCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
TCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTCCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA
AAAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTC
CTATTTT
Found at i:3134 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1967--3679 Score: 2217
Period size: 335 Copynumber: 5.1 Consensus size: 333
1957 CACAATAATA
1967 AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTCCAAATTAATTTCTAAT
1 AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAT
* * * * *
2031 TAAATCGAAACCGGATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTATAGGCATTGTGGCTGAG-GTTT
66 TAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTTT
* * * * *
2095 CGTTAGATGGATATTGTTATTTCAATGAGTCTTGGTG-AAAAAATTCATGCAAAACAGAGTCAGG
131 CGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAA-TCATGCAAAACAGAGTCGGG
* * *
2159 GCCTTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAGCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGC
195 GCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGC
* * * *
2224 CAAAAATTGACCTGAAAAATTTTCCCTCAATATTTGG-C-CAATAATAAAAATATATATATATAA
260 CAAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCAAAA-A-A-ATATAT-A
*
2287 CACTCAACGCCAAT
321 -ACTCAACACCAAT
* * *
2301 AAAACTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATATCTAAT
1 AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAT
* * * *
2366 TAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTGAAAACAAATGCTTAAAGGCAATGTGGTTGATATTTT
66 TAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTTT
* * * * *
2431 -GGTAGATGAATATATATATTTCAATGAGTCTTGGTGCAAAAATTCATGCAAAACAGAGTTGGGG
131 CGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGG
* * * *
2495 CCCTGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTATCC
196 CCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGCC
* * * * * * *
2560 AAAACTAGACCCAAAAAATTTTCCCTCAATTTTTTGCCACCATACTCGAAAAAATATATAATTCA
261 AAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCAAAAAAATATATAACTCA
* *
2625 ACGCCAAA
326 ACACCAAT
*
2633 AAAATCGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATAGT-GTTTTTCTCTTATTTTTTTCCAAATTAATTTC
1 AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATA-TCGTTTTTC-C-TA-TTTTTTCCAAATTAATTTC
* * * * *
2697 TTATTAAATTGAAACCGGAATGAGATGCTCGTAAAATCAAAACCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGA
62 TAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGA
** *
2762 -TTTCGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAAAAATGCAAAACAGAGCC
127 TTTTCGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGTC
* *
2826 GGGGACCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTCAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
192 GGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
*
2891 AGCCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCCACAATAATCAAAAAATATATATA
257 AGCCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCAAAAAA-ATATATA
*
2956 ACTTAACACCAAT
321 ACTCAACACCAAT
* *
2969 AAAATTGAAGGGCTTCTCACAATTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATATCTAA
1 AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCCAAATTAATTTCTAA
* * * *
3034 TTAAATCAAAACCAGATTGAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAAGGTAATGTGGCTGAGATTT
65 TTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTT
* *** * *
3099 TAG-TAGATTCGTATAAATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACATAGTCGGG
130 TCGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGG
* * * *
3163 GCCCTGGAACTCGTTTTTAGTCAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
195 GCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGC
* * * *
3228 CAAAAATTGACCCGAAAAAGTTTCCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCGAAAGAAATATATAACT
260 CAAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCCACAATACTC-AAAAAAATATATAACT
*
3293 CAACTCCAAT
324 CAACACCAAT
* * *
3303 AAAATTCAAAGGCTTCTCACATTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAT
1 AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAT
* * * * *
3368 TAGATCGAAACCGAATTGAGATGCTCGTCAAAACAAATCCTTAAAGGAAATGTGG-AG-GATATT
66 TAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGAT-TT
* * *** *
3431 TCGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATGAAACAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGG
130 TCGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGG
* * * * * ** *
3496 GCCCTGGAACGCGTTTGTAGTAAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCAGCTAATTTTTTGC
195 GCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGC
* * * *
3561 AAAAAAATTGACCCGAAAAAGTTTCCCCCAATATTTT-GCCACAATACTCGAAAAAAAATATGTA
260 -CAAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAAT-TTTTGGCCACAATACTC--AAAAAAATATATA
* *
3625 ACTCAATACCAAAA
321 ACTCAACACC-AAT
*
3639 AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATTGTTTTTCCT
1 AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCT
Statistics
Matches: 1200, Mismatches: 159, Indels: 38
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
331 3 0.00
332 51 0.04
333 178 0.15
334 381 0.32
335 479 0.40
336 100 0.08
337 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (333 bp):
AAAATTGAAGGGCTTCTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAT
TAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTTT
CGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGG
CCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGCC
AAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCAAAAAAATATATAACTCA
ACACCAAT
Done.