Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011991.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12012, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1961
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Found at i:622 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 8--1961 Score: 2662
Period size: 333 Copynumber: 5.8 Consensus size: 333
1 TATAGGC
*
8 TTTTATGAGGGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
1 TTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
* * * *
73 GCCGAAATCATGAACTAACCATCACGGTTTTTTTTTTGGCAAAAAACGCG-TTCTGGGGACCCGG
66 GCCGAAATCATGTACTAACCATCACGG-----TTTTTGG-TAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCCGA
* * * * * *
137 CTCAATTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCCTTGAATTATCTATATTTATCAAACCAAATAT
124 ATCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCT
*
202 CAGTCACATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTGAATTAGAA
189 CAGTCACATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTGAATTAAAA
* * * *
267 ATTAATTCAGACAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTTAAGAACTCTTTAATACTTTTGGT
254 ATTAATTCAGACAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGT
*
332 GTTAAATTATATA-T
319 GTTAAATTATAGAGT
* * * *
346 TTCTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTTAGGACAATATTTTTCAGGTCAATTTTTCCAAAATTTT
1 TT-TTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
* * *
411 AGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTTGTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGAATTAAT
65 AGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGAATCAAT
* * *
476 TTTGCATGATTTTTGGCACCGAGAGTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACGAAATCTCAGTCA
130 TTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCA
* * * * * * * *
541 CATTGGATTTCAGGATTTCATTTCACTAGCTTCTAAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAAT
195 CATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTGAATTAAAAATTAAT
* *
606 TCAGACAAATAATAAGAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGTTAAA
260 TCAGACAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGTTAAA
*
671 TTATAGAGC
325 TTATAGAGT
*
680 TTTTATGAGGGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
1 TTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
* ** *
745 GCTGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTAAAAACGCGTTTCGGGTTCCCAAATCAATT
66 GCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGAATCAATT
* *
810 TTTCACGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCAC
131 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCAC
* * **
875 ATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAAACAAAAATTAATT
196 ATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTGAATTAAAAATTAATT
* * * * *
940 CAGTCAAATAATAAGAAAATGATACTAGAAGCGTGGAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGTTAAAT
261 CAGACAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGTTAAAT
*
1005 TATAGAGC
326 TATAGAGT
* * * *
1013 TTTTACT-A-TGGTTGTGGCTAAAATTTGAGGAAAATTTTTTTCGCGTCAATTTTTGCAAAATTT
1 TTTTA-TGAGT-GTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
* * * **
1076 TAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACCCG-TTCTGCGGCCCCGGCTC
64 TAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-TAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCCGAATC
* ** *
1140 AATTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTAAAATTATCTATATTCATCTAACCAAGTCTCAG
127 AATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
* * * * *
1205 TCACCTAGAATTTAAGGAATTCTTTTTATGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTGAATTAGAAATT
192 TCACATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTGAATTAAAAATT
* * * * **
1270 AATTTAGACAAAAAATAAGAAAACGATATTCGAAGCTTTAAAAACTCTTCAATTCTTTTGGTGTT
257 AATTCAGACAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGTT
*
1335 AAATTATAGATT
322 AAATTATAGAGT
* * *
1347 TTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAATTTGAGAAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTCCAAAATTTTA
1 TTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
* * *
1412 ACCGAAATCATGTACTAACCATAACGGTTTTTGGTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAAATCAATT
66 GCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGAATCAATT
* *
1477 TTGCATGGTTTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCAC
131 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCAC
* *
1542 ATTGAATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTTTTTCGATTGAATTAAAAATTAATT
196 ATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTGAATTAAAAATTAATT
* * *
1607 CAGAC-AAAAATAAGAAAATGAAAATAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGTTAAAT
261 CAGACAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGTTAAAT
1671 TATAGAGT
326 TATAGAGT
* * * * *
1679 TTTTATGAGTGTCT-TTGCAAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTT
1 TTTTATGAGTGT-TGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
* * * *** * * **
1743 AGCCGAAATCATGTATTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACAAATATCGGGGCCGCGGCTCAA
65 AGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-TAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGAATCAA
** * *
1808 TTTTGCGCGATTTTTGGCGCCGAGATTCCTTGAATTTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTC
129 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTC
* *
1873 ACATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATTCTTATTTTGATTTTAATTAAAAATT
194 ACATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAA-TCTTATTTCGA-TTGAATTAAAAATT
* * *
1938 AATTTAGACAAAAAGTACGAAAAT
257 AATTCAGACAAAAAATAAGAAAAT
Statistics
Matches: 1424, Mismatches: 177, Indels: 32
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
332 143 0.10
333 855 0.60
334 306 0.21
335 22 0.02
336 12 0.01
338 2 0.00
339 84 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
TTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
GCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGAATCAATT
TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCAC
ATTGAATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTGAATTAAAAATTAATT
CAGACAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGTTAAAT
TATAGAGT
Done.