Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012006.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12027, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30782
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Found at i:2341 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 2315--2363 Score: 80
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
2305 TGCCCTATGC
2315 CATAGGTATAGTACTATTTTTAG
1 CATAGGTATAGTACTATTTTTAG
* *
2338 CATAGGTATCGTACTGTTTTTAG
1 CATAGGTATAGTACTATTTTTAG
2361 CAT
1 CAT
2364 TAAGAGAAGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 24 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
CATAGGTATAGTACTATTTTTAG
Found at i:3590 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3557--3593 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
3547 TGTCAATTAG
3557 TTAATTTTATATTTAATT
1 TTAATTTTATATTTAATT
3575 TTAATTTTA-A-TTAATT
1 TTAATTTTATATTTAATT
3591 TTA
1 TTA
3594 TAATCTTCCT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.47
17 1 0.05
18 9 0.47
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (18 bp):
TTAATTTTATATTTAATT
Found at i:3632 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3587--3766 Score: 117
Period size: 22 Copynumber: 8.3 Consensus size: 22
3577 AATTTTAATT
*
3587 AATTTT-ATAATCTTCC-TATGA
1 AATTTTGATAAAC-TCCATATGA
*
3608 AATTTTGATAAACTCCATATAA
1 AATTTTGATAAACTCCATATGA
* *
3630 AATTTTGAT-AATTGCCCTATGA
1 AATTTTGATAAACT-CCATATGA
*
3652 AATTTTGAT-AAC-CAGAGTATGA
1 AATTTTGATAAACTC-CA-TATGA
* * *
3674 AATTTTAATAACCTCCATGTGA
1 AATTTTGATAAACTCCATATGA
*
3696 AATTTTGAT-AACTTTCC-CATG-
1 AATTTTGATAAAC--TCCATATGA
* * *
3717 AATTTCGATAATCTCCTTATGA
1 AATTTTGATAAACTCCATATGA
*
3739 AATTTTGAT-AACATCCTTATGA
1 AATTTTGATAAAC-TCCATATGA
3761 AATTTT
1 AATTTT
3767 ATTTTAATAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 21, Indels: 25
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.03
21 27 0.22
22 87 0.70
23 6 0.05
24 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (22 bp):
AATTTTGATAAACTCCATATGA
Found at i:3679 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 3603--3727 Score: 171
Period size: 66 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
3593 ATAATCTTCC
* *
3603 TATGAAATTTTGATAAACTCCATATAAAATTTTGATAA-TTGCCCTATGAAATTTTGATAACCAG
1 TATGAAATTTTAATAAACTCCATATAAAATTTTGATAACTTGCCC-ATG-AATTTCGATAACCAG
3667 AG
64 AG
* * * *
3669 TATGAAATTTTAATAACCTCCATGTGAAATTTTGATAACTTTCCCATGAATTTCGATAA
1 TATGAAATTTTAATAAACTCCATATAAAATTTTGATAACTTGCCCATGAATTTCGATAA
3728 TCTCCTTATG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 3
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
65 10 0.19
66 37 0.71
67 5 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (65 bp):
TATGAAATTTTAATAAACTCCATATAAAATTTTGATAACTTGCCCATGAATTTCGATAACCAGAG
Found at i:3836 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3811--3953 Score: 134
Period size: 22 Copynumber: 6.7 Consensus size: 22
3801 ACATCCCATG
*
3811 AAAATTTTGATAACTACACTAT
1 AAAATTTTGATAACCACACTAT
* * *
3833 AAAAATTTAATATCCTAC-CTAT
1 AAAATTTTGATAACC-ACACTAT
* * *
3855 GAAATTTT-A-AATCTCACTAT
1 AAAATTTTGATAACCACACTAT
*
3875 AAAACTTTGATAACCACACTAT
1 AAAATTTTGATAACCACACTAT
*
3897 AAAATTTTGAAAACCACACTAT
1 AAAATTTTGATAACCACACTAT
* *
3919 AAAATTTAG-TAACCACACAAT
1 AAAATTTTGATAACCACACTAT
*
3940 -GAATTTTGATAACC
1 AAAATTTTGATAACC
3954 TCCAAAATTG
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 20, Indels: 11
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.01
20 18 0.19
21 17 0.18
22 58 0.60
23 2 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.17, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
AAAATTTTGATAACCACACTAT
Found at i:3945 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 3813--3953 Score: 119
Period size: 42 Copynumber: 3.3 Consensus size: 42
3803 ATCCCATGAA
* * * *
3813 AATTTTGATAACTACACTATAAAAATTTAATATCCTAC-CTATG
1 AATTTTGAAAACCACACTAT-AAAATTTAGTAACC-ACACTATG
* * *
3856 AAATTTT--AAATCTCACTATAAAACTTT-GATAACCACACTATAA
1 -AATTTTGAAAACCACACTATAAAA-TTTAG-TAACCACACTAT-G
*
3899 AATTTTGAAAACCACACTATAAAATTTAGTAACCACACAATG
1 AATTTTGAAAACCACACTATAAAATTTAGTAACCACACTATG
*
3941 AATTTTGATAACC
1 AATTTTGAAAACC
3954 TCCAAAATTG
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 12, Indels: 16
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
41 6 0.08
42 37 0.47
43 14 0.18
44 21 0.27
ACGTcount: A:0.45, C:0.18, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (42 bp):
AATTTTGAAAACCACACTATAAAATTTAGTAACCACACTATG
Found at i:6104 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6084--6116 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
6074 CTCAAATAAC
6084 GGGTC-ATTTGGGTTT
1 GGGTCAATTTGGGTTT
*
6099 GGGTCAATTTTGGTTT
1 GGGTCAATTTGGGTTT
6115 GG
1 GG
6117 TTCTTTTTTG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.31
16 11 0.69
ACGTcount: A:0.09, C:0.06, G:0.39, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
GGGTCAATTTGGGTTT
Found at i:6579 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 6534--6592 Score: 91
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
6524 TAACTATCCA
6534 TTTTGGGAAAAATTGACCCCTTAACTTTTT
1 TTTTGGGAAAAATTGACCCCTTAACTTTTT
* * *
6564 TTTTTGGACAAATTGACTCCTTAACTTTT
1 TTTTGGGAAAAATTGACCCCTTAACTTTT
6593 AAAAACGAGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (30 bp):
TTTTGGGAAAAATTGACCCCTTAACTTTTT
Found at i:6853 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 6813--6867 Score: 110
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
6803 TCGGAGTCGG
6813 AACGGGCTGAATTTCTAATATGTCACTC
1 AACGGGCTGAATTTCTAATATGTCACTC
6841 AACGGGCTGAATTTCTAATATGTCACT
1 AACGGGCTGAATTTCTAATATGTCACT
6868 TTCTGAGGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 27 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
AACGGGCTGAATTTCTAATATGTCACTC
Found at i:9206 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9174--9208 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
9164 AACTTTCTTT
9174 TTTCTTTCTTCCTATTTCG
1 TTTCTTTC-TCCTATTTCG
9193 TTTCTTTC-CCTATTTC
1 TTTCTTTCTCCTATTTC
9209 TTTTTCATGC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.50
19 8 0.50
ACGTcount: A:0.06, C:0.29, G:0.03, T:0.63
Consensus pattern (18 bp):
TTTCTTTCTCCTATTTCG
Found at i:10406 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10399--10463 Score: 96
Period size: 2 Copynumber: 32.5 Consensus size: 2
10389 TGCTACTTAG
* *
10399 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT TT GAT TT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT -AT AT AT AT AT AT
10442 AT AT AT A- AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
10464 GGTCTAGCCA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 4
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 55 0.96
3 1 0.02
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:11358 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 11338--11368 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
11328 AGAAATTATT
11338 AGATGGTCCAGATCC
1 AGATGGTCCAGATCC
*
11353 AGATGGTCTAGATCC
1 AGATGGTCCAGATCC
11368 A
1 A
11369 CCATGTCATC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (15 bp):
AGATGGTCCAGATCC
Found at i:13107 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13065--13149 Score: 125
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
13055 TAGGGTCGGT
* * *
13065 GCCGCCCCAGGAGGGCGGCCTGACCATGGTAGA
1 GCCGCCCCAGGGGGGCGGCCTGACCACGATAGA
*
13098 GCCGCCCCAGGGGGGCGGCCTGACCACGATAGG
1 GCCGCCCCAGGGGGGCGGCCTGACCACGATAGA
*
13131 GCCGTCCCAGGGGGGCGGC
1 GCCGCCCCAGGGGGGCGGC
13150 AGTACCATGA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 47 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.35, G:0.44, T:0.07
Consensus pattern (33 bp):
GCCGCCCCAGGGGGGCGGCCTGACCACGATAGA
Found at i:13210 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13142--13225 Score: 107
Period size: 32 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
13132 CCGTCCCAGG
* ** *
13142 GGGGCGGCAGTACCATGATCAGGCTGTCCCCCT
1 GGGGCGGCACTACCATGGCCAGGCCGTCCCCCT
**
13175 GGGGCGGCTTTACCATGGCCAGGCCG-CCCCCT
1 GGGGCGGCACTACCATGGCCAGGCCGTCCCCCT
13207 GGGGCGGCACTACCATGGC
1 GGGGCGGCACTACCATGGC
13226 GGCCTGAGCA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 23 0.52
33 21 0.48
ACGTcount: A:0.13, C:0.36, G:0.36, T:0.15
Consensus pattern (33 bp):
GGGGCGGCACTACCATGGCCAGGCCGTCCCCCT
Found at i:13246 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 13242--13270 Score: 58
Period size: 1 Copynumber: 29.0 Consensus size: 1
13232 AGCAATTTTT
13242 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
13271 CAACACACAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 28 1.00
ACGTcount: A:1.00, C:0.00, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (1 bp):
A
Found at i:15865 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 15860--15899 Score: 71
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
15850 ACACACACAC
15860 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT GAT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT -AT AT AT A
15900 CTAGAGTTGA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 35 0.95
3 2 0.05
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:21404 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 21365--21798 Score: 411
Period size: 31 Copynumber: 12.9 Consensus size: 34
21355 AGTAATAAGA
*
21365 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTGAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AGT
*
21400 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-GT
* *
21434 AATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A--AGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGT
21465 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG-TAGT
* *
21501 AACTTAGTTCAGGGAAATTAAGTAAGTC---AGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGT
* * * * *
21532 AATTTAATTCAGGGTAACTAAGAAATTCAGTTATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAGT
21567 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAA-T-A--AGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAGT
* *
21598 AACTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC---AGC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGT
*
21629 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-GT
21663 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAA-T-A--AGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAGT
*
21694 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAGT
* * * *
21729 AGCTTAATTTAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTAAGTCAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATT----AAGTAAGTCAGT-AGT
* * *
21768 AATTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
21799 TATTAAGTAA
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 34, Indels: 56
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 4 0.01
31 127 0.38
32 6 0.02
33 3 0.01
34 56 0.17
35 86 0.26
36 26 0.08
38 1 0.00
39 28 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (34 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGT
Found at i:21451 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 21431--21483 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 3.5 Consensus size: 15
21421 GTAAGTAATA
21431 GGTAATTTAATTCAG
1 GGTAATTTAATTCAG
*
21446 GGTAA-TTAAGTCAG
1 GGTAATTTAATTCAG
* *
21460 TAAGTAACTTAATTCAG
1 --GGTAATTTAATTCAG
21477 GGTAATT
1 GGTAATT
21484 AAGTAAAGTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 6
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.27
15 10 0.33
16 4 0.13
17 8 0.27
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.21, T:0.36
Consensus pattern (15 bp):
GGTAATTTAATTCAG
Found at i:21488 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 21399--22034 Score: 176
Period size: 31 Copynumber: 19.8 Consensus size: 29
21389 AGTCAGTGAA
*
21399 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGT-A-A-G
*
21433 TAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
*
21464 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAA-T---T-AA--CAGTAAG
* * * *
21500 TAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGTAAGTCAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
* * * *
21531 TAATTTAATTCAGGGTAACTAAGAAATTCAGTTAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAA--CAGTAAG
*
21566 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAATAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
* * *
21597 TAACTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
* *
21628 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGT-A-A-G
*
21662 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAATAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
* *
21693 TAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAA--CAGTAAG
* * *
21728 TAGCTTAATTTAGGGTAATT-A-AGAAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAACAGTAAG
* * * *
21755 TTA-GTAAGTCA--GTAATTTAATTCAGGGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAA-TTAA--CA--GTAAG
** * * **
21786 TAA-GAAATTCA--GTTATTAAGTAAGGCAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
21814 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAA-
1 TAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAA--CAGTAAG
21848 TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAG
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
* *
21880 TAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAA-T---T-AA--CAGTAAG
* * * **
21916 TAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGTAAGGCAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
21947 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAA-
1 TAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAA--CAGTAAG
21981 TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAG
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAA--CAGTAAG
*
22013 TAGCTTAATTCAGGGTAATTAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAA
22035 GTAAAGTCAG
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 78, Indels: 89
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.01
25 2 0.00
26 6 0.01
27 5 0.01
28 5 0.01
29 7 0.01
30 7 0.01
31 218 0.45
32 12 0.02
33 3 0.01
34 58 0.12
35 103 0.21
36 51 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
TAACTTAATTCAGGGTAATTAACAGTAAG
Found at i:21527 original size:40 final size:36
Alignment explanation
Indices: 21360--22592 Score: 750
Period size: 35 Copynumber: 35.8 Consensus size: 36
21350 GAATCAGTAA
* *
21360 TAAGAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
21395 TGAA-TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGT-AA
1 T-AAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
21429 TAGGTAATTTAATTCAGGGTAA-T---T-AAGTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
*
21460 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * * *
21496 TTAGTAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGT-AAGTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
21531 TAA-T---TTAATTCAGGGTAACTAAG-AAATTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * *
21562 TTATTAACTTAATTCAGGGTAA-T---T-AAGTCAA
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
21593 TAAGTAACTTGATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTC--
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * *
21626 --AGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGT-AA
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
21658 TAGGTAACTTAATTCAGGGTAA-T---T-AAGTCAA
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
21689 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * * * *
21724 TTAGTAGCTTAATTTAGGGTAATTAAG-AAAGTTAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * * *
21759 TAAGTCAGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTAAG
1 T-A---AGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAA---AG----TCAG
* *
21806 TAAGGCAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAG
1 T-A---AGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
21845 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAA-T---T-AAGTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
21876 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * * *
21912 TTAGTAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGT-AAG---G
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * *
21944 -CAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
21978 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAA-T---T-AAGTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
22009 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * * * *
22045 TTAGTAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGT-AAGGC-G
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
22079 ---GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * * *
22111 TAA-TCAACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-GAGCCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * *
22146 -CAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
*
22180 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAA-TAAGT-GAGTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
22214 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
22249 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-GAGTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
22284 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * * *
22319 TAA-TCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTTAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
22354 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-GAGTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * *
22389 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAAT-GAGTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * *
22424 TAA-TCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* *
22459 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-GAGTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
* * * * *
22494 TAA-TCAACTTTAATTC-GGGATAATTAGGT-GAGTTAA
1 TAAGT-AAC-TTAATTCAGGG-TAAGTAAGTAAAGTCAG
* * *
22530 TGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT--AGTTCAA
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAG-TCAG
*
22565 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGT
22593 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 102, Indels: 144
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 10 0.01
31 223 0.22
32 10 0.01
33 3 0.00
34 108 0.11
35 480 0.47
36 124 0.12
37 1 0.00
38 1 0.00
39 26 0.03
40 2 0.00
43 3 0.00
46 1 0.00
47 32 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (36 bp):
TAAGTAACTTAATTCAGGGTAAGTAAGTAAAGTCAG
Found at i:21861 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 21815--22592 Score: 924
Period size: 35 Copynumber: 22.7 Consensus size: 35
21805 GTAAGGCAGT
*
21815 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
21850 AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TC
* *
21881 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG-TAATC
* * *
21917 AACTTAGTTCAGGGAAATTAAGTAAGGCAG---T-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
21948 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
21983 AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TC
* *
22014 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG-TAATC
* * * *
22050 AACTTAGTTCAGGGAAATTAAGTAAGGC-G--GT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
22081 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
* * * * *
22116 AACTTAATTCAGGGAAATTAAGTGAGCCAGCAGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
22150 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
22185 AACTTAATTCAGGGTAA-TAAGTGAGTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
22219 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
22254 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
22289 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
* * *
22324 AATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
22359 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
* *
22394 AACTTAATTCAGGGTAATTAAATGAGTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
* *
22429 AATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
*
22464 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
* * * * *
22499 AACTTTAATTC-GGGATAATTAGGTGAGTTAATGAGT-
1 AAC-TTAATTCAGGG-TAATTAAGTAAGTCAGT-AATC
*
22535 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAA-TC
22570 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
22593 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 64, Indels: 60
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 105 0.16
32 5 0.01
34 68 0.10
35 382 0.59
36 83 0.13
37 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATC
Done.