Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012040.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12061, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20739
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Found at i:4853 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 4835--4859 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
4825 CGATCAATAA
4835 TATCTATAACATC
1 TATCTATAACATC
4848 TATCTATAACAT
1 TATCTATAACAT
4860 AAATTTAAAT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.20, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (13 bp):
TATCTATAACATC
Found at i:5937 original size:439 final size:437
Alignment explanation
Indices: 5043--6115 Score: 1417
Period size: 440 Copynumber: 2.5 Consensus size: 437
5033 CCCACTTATA
* * *
5043 ATAAACAAATCA-TTTTTTGCTGG-TCTATTTATCAAATGATCCCTATACTTTTATGCTTTATAC
1 ATAAACAAATAATTTTTTTGCTGGAT-TATTTATCAAATGATCCCTATACTTTTATGATTTATGC
* * *
5106 TATTTAGTCCCTCACAATTTTTGGGTTGGACGATTGAACGTTTTGGCTTTAATTCTTTTATTTTT
65 TATTTAGTCCCTCACAAATTATGGGTTGGACGATTGAACG-TTTGACTTTAATTCTTTTATTTTT
* * *
5171 TGTTTTGTTTGTCCGATGAATGTGATTCAAGTGTCCATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACT
129 TGTTTT-TTTGTCCGATGAAAGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTATAACT
* * * *
5236 TCCATGAGGACTCAAAAGTAAATTTTAATGTTTTAATTCAAAAAAATGCTTCTGAAATTTTGTGG
193 TTCATGAGGACCCAAAAGCAAATGTTAATGTTTTAATTCAAAAAAATGCTTCTGAAATTTTGTGG
* * *
5301 TCTCGATTGCCAATCTATTTGATATCGTATAAATTTCGGTCCACTTGTCCGATTGACATTGTTCA
258 TCTCCATTGCCAATCTATTTAATATCGTATAAATTTCGGTCCACTTGTCCAATTGACATTGTTCA
** * * * *
5366 AGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGTGTAATCTATGACTTTCGTTAAGGGCCTAAAAGCTGAATTTGA
323 AGTGTCAATTAAAAGGTTACTGTATAATCTACGACTTTCATTAAGGGCCTAAAAGCTGAATTTGA
* * * *
5431 TTGATGAGTTTCGTGGAGGGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCC
388 TTAATGAGTTTCGTGGAAGGTTCAAGAGAGAATTTTTATGTTTAGTCTCC
* *
5481 ATAAACAAATAATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCCTATACTTTTATAATTTATGTT
1 ATAAACAAATAATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCCTATACTTTTATGATTTATGCT
* * *
5546 ATTTAGTCCCTCACAAATTCTAGATTGGACGATTGAACGTTTCGACTTTAATTCTTTTATTTTTT
66 ATTTAGTCCCTCACAAATTATGGGTTGGACGATTGAACGTTT-GACTTTAATTCTTTTATTTTTT
*
5611 GTTTTTCTTGTCCGATGAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTATAACTT
130 GTTTTT-TTGTCCGATGAAAGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTATAACTT
* * * *
5676 TCATGAAGGACCCAAAAGCCAATGTTAATGTTTTGATTCTAAAAAATGCTTTTGAAATTTTGTGG
194 TCATG-AGGACCCAAAAGCAAATGTTAATGTTTTAATTCAAAAAAATGCTTCTGAAATTTTGTGG
** * * * * ** **
5741 TCTCCATTGCCGGTTTATTTAATATTGTATAATTTTTGGTCTGCTTGTCCAATTGAGGTTGTTCA
258 TCTCCATTGCCAATCTATTTAATATCGTATAAATTTCGGTCCACTTGTCCAATTGACATTGTTCA
* * *
5806 AGTGTCAATTAAAAGGTTACTGTATGATCTACGACTTTCATTAAGGGCTTGAAAGCTGAATTTGA
323 AGTGTCAATTAAAAGGTTACTGTATAATCTACGACTTTCATTAAGGGCCTAAAAGCTGAATTTGA
5871 TTAATGAGTTTCGTGGAAGGTTCAAGAGAGAATTTTTATGTTTAGTCTCC
388 TTAATGAGTTTCGTGGAAGGTTCAAGAGAGAATTTTTATGTTTAGTCTCC
* * * *
5921 ATAAACAAATATTTTTTTTTGCTGGATTATCTATCAAATAAT-CCTCATACTTTTATGTTTTATG
1 ATAAACAAATA-ATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCCT-ATACTTTTATGATTTATG
* * * * *
5985 CTATTTAATCCTTTA-AAATTATGGGTTGGACGATTTAACGCTTTGAC--T--TT-TTGTATTTT
64 CTATTTAGTCCCTCACAAATTATGGGTTGGACGATTGAACG-TTTGACTTTAATTCTTTTATTTT
* * * * **
6044 CTGTTCTATTTGTCCGATCAAAGTGATTCAAGTGTATATTATGAGGTAATTTCATGATCTATAAC
128 TTGTT-TTTTTGTCCGATGAAAGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTATAAC
6109 TTTCATG
192 TTTCATG
6116 GACTTAGAAG
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 68, Indels: 21
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
435 70 0.13
436 4 0.01
438 16 0.03
439 166 0.30
440 245 0.44
441 57 0.10
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (437 bp):
ATAAACAAATAATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCCTATACTTTTATGATTTATGCT
ATTTAGTCCCTCACAAATTATGGGTTGGACGATTGAACGTTTGACTTTAATTCTTTTATTTTTTG
TTTTTTTGTCCGATGAAAGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTATAACTTTC
ATGAGGACCCAAAAGCAAATGTTAATGTTTTAATTCAAAAAAATGCTTCTGAAATTTTGTGGTCT
CCATTGCCAATCTATTTAATATCGTATAAATTTCGGTCCACTTGTCCAATTGACATTGTTCAAGT
GTCAATTAAAAGGTTACTGTATAATCTACGACTTTCATTAAGGGCCTAAAAGCTGAATTTGATTA
ATGAGTTTCGTGGAAGGTTCAAGAGAGAATTTTTATGTTTAGTCTCC
Found at i:13080 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13059--13090 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
13049 CTCAAACTTT
13059 GAGAAATCTAAATGAA
1 GAGAAATCTAAATGAA
13075 GAGAAATCTAAATGAA
1 GAGAAATCTAAATGAA
13091 ATATTTTTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.06, G:0.19, T:0.19
Consensus pattern (16 bp):
GAGAAATCTAAATGAA
Done.