Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01012296.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12317, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 830

Length: 1384
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.21, T:0.33


Found at i:95 original size:32 final size:32

Alignment explanation


    Indices: 54--161  Score: 144
    Period size: 32  Copynumber: 3.2  Consensus size: 32

         44 TAGGAAAGGA

                                            
         54 AATTAAGTAAAATAAAGAACTTAATTCAGGGT
          1 AATTAAGTAAAATAAAGAACTTAATTCAGGGT

                       *      *                 
         86 AATTAAGTAAAGTCAATAAAAGGCTTAATTCAGGGT
          1 AATTAAGTAAAAT-AA-AGAA--CTTAATTCAGGGT

                     *                  *   
        122 AATTAAGTAGAATAAAGAACTTAATTCAAGGT
          1 AATTAAGTAAAATAAAGAACTTAATTCAGGGT

                    
        154 AATTAAGT
          1 AATTAAGT

        162 GAAGTTAATA


Statistics
Matches: 66,  Mismatches: 6, Indels: 8
        0.82            0.08        0.10

Matches are distributed among these distances:
  32   32  0.48
  33    2  0.03
  34    6  0.09
  35    2  0.03
  36   24  0.36

ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.17, T:0.29


Consensus pattern (32 bp):   
AATTAAGTAAAATAAAGAACTTAATTCAGGGT

Found at i:113 original size:36 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 54--182  Score: 151
    Period size: 36  Copynumber: 3.8  Consensus size: 34

         44 TAGGAAAGGA

                                *             
         54 AATTAAGTAA--AATAAAGAACTTAATTCAGGGT
          1 AATTAAGTAAGTAATAAAGAGCTTAATTCAGGGT

                                                 
         86 AATTAAGTAAAGTCAATAAA-AGGCTTAATTCAGGGT
          1 AATTAAGT-AAGT-AATAAAGA-GCTTAATTCAGGGT

                                *         *   
        122 AATTAAGT-AG-AATAAAGAACTTAATTCAAGGT
          1 AATTAAGTAAGTAATAAAGAGCTTAATTCAGGGT

                                         
        154 AATTAAGTGAAGTTAATAAAGAGCTTAAT
          1 AATTAAGT-AAG-TAATAAAGAGCTTAAT

        183 CTAGAAAAGA


Statistics
Matches: 83,  Mismatches: 4, Indels: 16
        0.81            0.04        0.16

Matches are distributed among these distances:
  32   34  0.41
  33    3  0.04
  34    4  0.05
  35    1  0.01
  36   41  0.49

ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.17, T:0.29


Consensus pattern (34 bp):   
AATTAAGTAAGTAATAAAGAGCTTAATTCAGGGT

Found at i:140 original size:68 final size:68

Alignment explanation


    Indices: 54--182  Score: 206
    Period size: 68  Copynumber: 1.9  Consensus size: 68

         44 TAGGAAAGGA

                                        *                                    
         54 AATTAAGTAAAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAATAAA-AGGCTTAATTCA
          1 AATTAAGTAAAATAAAGAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAAGTCAATAAAGA-GCTTAATTCA

                
        118 GGGT
         65 GGGT

                     *                              *    *               
        122 AATTAAGTAGAATAAAGAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTGAAGTTAATAAAGAGCTTAAT
          1 AATTAAGTAAAATAAAGAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAAGTCAATAAAGAGCTTAAT

        183 CTAGAAAAGA


Statistics
Matches: 56,  Mismatches: 4, Indels: 2
        0.90            0.06        0.03

Matches are distributed among these distances:
  68   55  0.98
  69    1  0.02

ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.17, T:0.29


Consensus pattern (68 bp):   
AATTAAGTAAAATAAAGAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAAGTCAATAAAGAGCTTAATTCAG
GGT
Done.