Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012317.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12338, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22675
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.18, T:0.33
Found at i:182 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 131--217 Score: 147
Period size: 45 Copynumber: 1.9 Consensus size: 45
121 TAGAGTACTG
131 GAATTACTAAAAGATCCCTATCCCGAATTAATGATAAGCTGGGTA
1 GAATTACTAAAAGATCCCTATCCCGAATTAATGATAAGCTGGGTA
* * *
176 GAATTACTAAAAGATCTCTATCCCGGATTAATGATGAGCTGG
1 GAATTACTAAAAGATCCCTATCCCGAATTAATGATAAGCTGG
218 AGAAGTAATC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 39 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
GAATTACTAAAAGATCCCTATCCCGAATTAATGATAAGCTGGGTA
Found at i:603 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 561--681 Score: 197
Period size: 33 Copynumber: 3.7 Consensus size: 33
551 TAGCCACGAT
* *
561 GGAGCCTCCCCACTAGGGCGGCTCAGTCACGGC
1 GGAGCCTCCCCACTAGGGCGGCTCTGCCACGGC
594 GGAGCCTCCCCACTAGGGCGGCTCTGCCACGGC
1 GGAGCCTCCCCACTAGGGCGGCTCTGCCACGGC
*
627 GAAGCCTCCCCACTAGGGCGGCTCTGCCACGGC
1 GGAGCCTCCCCACTAGGGCGGCTCTGCCACGGC
* *
660 GGAGCCCCCCCATTAGGGCGGC
1 GGAGCCTCCCCACTAGGGCGGC
682 AAGGCTATTT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 6, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 82 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.41, G:0.33, T:0.12
Consensus pattern (33 bp):
GGAGCCTCCCCACTAGGGCGGCTCTGCCACGGC
Found at i:7803 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 7796--7824 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 14.5 Consensus size: 2
7786 CTTCTTCTTC
7796 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
7825 TAACTTCTAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:14892 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 14819--14898 Score: 115
Period size: 30 Copynumber: 2.7 Consensus size: 30
14809 AGGAGATGGG
*** *
14819 ATCGCACCAAAGACATCAATGGATGGAGGA
1 ATCGCACCAAAGATGCCATTGGATGGAGGA
*
14849 ATCGCATCAAAGATGCCATTGGATGGAGGA
1 ATCGCACCAAAGATGCCATTGGATGGAGGA
14879 ATCGCACCAAAGATGCCATT
1 ATCGCACCAAAGATGCCATT
14899 TGATCTTTTG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 44 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.25, T:0.17
Consensus pattern (30 bp):
ATCGCACCAAAGATGCCATTGGATGGAGGA
Found at i:16066 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 16024--16165 Score: 212
Period size: 36 Copynumber: 3.9 Consensus size: 36
16014 GATTAAACTC
* * *
16024 TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATCAAGCCT
1 TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
*
16060 TTTATTGACGTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
1 TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
*
16096 TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCC
1 TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG-CCT
* *
16133 TTTATTGACGCTACTTAAATACCCCGAATTAAG
1 TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG
16166 TCCCTAACTT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 8, Indels: 1
0.92 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
36 64 0.66
37 33 0.34
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (36 bp):
TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
Found at i:16163 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 16024--16165 Score: 212
Period size: 73 Copynumber: 2.0 Consensus size: 72
16014 GATTAAACTC
* * * * *
16024 TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATCAAGCCTTTTATTGACGTTACTTAATTACCCTGAAT
1 TTTATTGACGCCACTTAATTACCCTGAATCAAGCCCTTTATTGACGCTACTTAAATACCCCGAAT
16089 TAAGCCT
66 TAAGCCT
* *
16096 TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTTTATTGACGCTACTTAAATACCCCGAA
1 TTTATTGACGCCACTTAATTACCCTGAATCAAG-CCCTTTATTGACGCTACTTAAATACCCCGAA
16161 TTAAG
65 TTAAG
16166 TCCCTAACTT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
72 30 0.48
73 32 0.52
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (72 bp):
TTTATTGACGCCACTTAATTACCCTGAATCAAGCCCTTTATTGACGCTACTTAAATACCCCGAAT
TAAGCCT
Found at i:16200 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 16158--16281 Score: 144
Period size: 37 Copynumber: 3.4 Consensus size: 37
16148 TAAATACCCC
* *
16158 GAATTAAGTCCCTAACT-TGACTTAATTTCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCCTAACTCT-ACTTAATTCCCTTCCTTG
* * * * *
16195 AAATTAAATTCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTG
*
16232 GAATCAAGTCCTCT-ACTCTACTTAACTCCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCC-CTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTG
16269 GAATCAAGTCCCT
1 GAATCAAGTCCCT
16282 TTTTTATCTG
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 11, Indels: 5
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
36 2 0.03
37 70 0.95
38 2 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (37 bp):
GAATCAAGTCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTG
Found at i:16466 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 16405--16652 Score: 266
Period size: 41 Copynumber: 6.4 Consensus size: 40
16395 ACTTAATTAC
* * * *
16405 CCTG-AATTAAGTATGTGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTT
1 CCTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
*
16444 CCTTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTTCTT
1 CC-TGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
* * * *
16485 CACTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC--
1 C-CTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
16522 CCTG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
* * * *
16561 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC--
1 CC-TGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
16598 CCTG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
16637 CCTTGAAATTAAGTCT
1 CC-TGAAATTAAGTCT
16653 GTGTTTACTT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 21, Indels: 28
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
35 30 0.17
36 23 0.13
37 9 0.05
39 12 0.07
40 24 0.14
41 74 0.43
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (40 bp):
CCTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
Found at i:16519 original size:117 final size:115
Alignment explanation
Indices: 16340--16595 Score: 349
Period size: 117 Copynumber: 2.2 Consensus size: 115
16330 TCATCTTTGG
* * * * *
16340 ATTAAGTCTTTGATGACTTTACTTAA--TTCTT-A-TGAAATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAA
1 ATTAAGTCTATGCTTACTTTACCTAATTTTCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTAATTTACTTAA
*
16401 TTACCCTGAATTAAGTATGTGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAA
66 TTACCCTGAATTAAGTATATGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAA
* *
16451 ATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTTCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTT
1 ATTAAGTCTATGCTT-ACTTTACCTAATTTTCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGC-TAATTTACTT
* * *
16516 AATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAA
64 AATTACCCTGAATTAAGTATATGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAA
* *
16568 ATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATT
1 ATTAAGTCTATGCTTACTTTACCTAATT
16596 ACCCTGAATT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 14, Indels: 7
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
111 12 0.10
112 9 0.07
114 5 0.04
115 1 0.01
116 27 0.22
117 71 0.57
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (115 bp):
ATTAAGTCTATGCTTACTTTACCTAATTTTCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTAATTTACTTAA
TTACCCTGAATTAAGTATATGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAA
Found at i:16540 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 16450--16671 Score: 410
Period size: 76 Copynumber: 2.9 Consensus size: 76
16440 CCTTCCTTGA
*
16450 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTTCTTCAC-TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTAC
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTC-CTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTAC
16514 TTAATTACCCTG
65 TTAATTACCCTG
16526 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
16591 TAATTACCCTG
66 TAATTACCCTG
*
16602 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGTTTACTTTACT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
16667 TAATT
66 TAATT
16672 GTTTTTACTT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 2, Indels: 2
0.97 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
75 1 0.01
76 142 0.99
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (76 bp):
AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
TAATTACCCTG
Found at i:16652 original size:117 final size:116
Alignment explanation
Indices: 16340--16631 Score: 334
Period size: 117 Copynumber: 2.6 Consensus size: 116
16330 TCATCTTTGG
* * * * * * *
16340 ATTAAGTCTTTG-ATGACTTTACTTAA-TT-CTTA-TGAAATTAAGTCTTTGC-TAATTTACTTA
1 ATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATTTACTCACTGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACCTA
* *
16400 ATTACCCTGAATTAAGTATGTGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAA
66 ATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAA
* * * *
16451 ATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTTCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTT
1 ATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATTTAC-TCACTGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACCT
* *
16516 AATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAA
65 AATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAA
* * *
16568 ATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC-C-CTG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCT
1 ATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATTTACTCACTGAAATTAAGTCTATGCTT-ACTTTACCT
16628 AATT
65 AATT
16632 TCCTTCCTTG
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 18, Indels: 13
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
111 26 0.17
112 25 0.16
113 3 0.02
114 1 0.01
115 5 0.03
116 25 0.16
117 71 0.46
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (116 bp):
ATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATTTACTCACTGAAATTAAGTCTATGCTTACTTTACCTA
ATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGCCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAA
Found at i:16715 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 16665--16883 Score: 219
Period size: 37 Copynumber: 5.9 Consensus size: 36
16655 GTTTACTTTA
* * *
16665 CTTAATTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
1 CTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
16701 CTTCAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 CTT-AACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
* ** *
16738 CTTAACTGCTTTTACGTAATTGTCCTGAACTAAGTT
1 CTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
*
16774 CTTAACTGCTTTTTACTTAATTATCCTGAATTAAGTT
1 CTTAACTGC-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
* * *
16811 CTTTGAC--CATGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCTC
1 C-TTAACTGC-T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TT
* * *
16849 CTTTGACTGCTTTTACCTT-ATTTCCTTGAATTAAG
1 C-TTAACTGCTTTTA-CTTAATTACCCTGAATTAAG
16884 ATTTTGAATG
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 16, Indels: 14
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
36 43 0.27
37 80 0.50
38 31 0.19
39 4 0.03
40 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (36 bp):
CTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
Found at i:16788 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 16665--16883 Score: 212
Period size: 73 Copynumber: 3.0 Consensus size: 73
16655 GTTTACTTTA
* * * *
16665 CTTAATTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTCAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGA
1 CTTAACTGCTTTTACGTAATTACCCTGAACTAAGTCCTTCAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGA
16730 ATTAAGTT
66 ATTAAGTT
** * *
16738 CTTAACTGCTTTTACGTAATTGTCCTGAACTAAGTTCTT-AACTGCTTTTTACTTAATTATCCTG
1 CTTAACTGCTTTTACGTAATTACCCTGAACTAAGTCCTTCAACTGC-TTTTACTTAATTACCCTG
16802 AATTAAGTT
65 AATTAAGTT
* * * * ** *
16811 CTTTGAC--CATGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCTCCTTTGACTGCTTTTACCTT-ATTTC
1 C-TTAACTGC-T-TTTACGTAATTACCCTGAACTAAG-TCCTTCAACTGCTTTTA-CTTAATTAC
*
16873 CTTGAATTAAG
61 CCTGAATTAAG
16884 ATTTTGAATG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 18, Indels: 12
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
72 7 0.06
73 60 0.50
74 24 0.20
75 22 0.18
76 8 0.07
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (73 bp):
CTTAACTGCTTTTACGTAATTACCCTGAACTAAGTCCTTCAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGA
ATTAAGTT
Found at i:16986 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 16891--17042 Score: 175
Period size: 41 Copynumber: 3.7 Consensus size: 41
16881 AAGATTTTGA
*
16891 ATGTTT-ACTTTTCTTAATTACCCTGGATTAAAAACC-TAACT
1 ATGTTTGAC-TTTCTTAATCACCCTGGATT-AAAACCTTAACT
* * **
16932 ATGTCTGACGTTCTTAATCACCCCAGATT-AAACCTTAACT
1 ATGTTTGACTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACCTTAACT
* *
16972 ATGTTTGACTTTCTTAATCGCCCTGGATTAAAACTTTAACT
1 ATGTTTGACTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACCTTAACT
* **
17013 ATGTTGGACTTTCTTAATCGTCCTGGATTA
1 ATGTTTGACTTTCTTAATCACCCTGGATTA
17043 GAACTTTACT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 13, Indels: 6
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 5 0.05
40 29 0.31
41 59 0.62
42 2 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (41 bp):
ATGTTTGACTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACCTTAACT
Found at i:17177 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 17133--17248 Score: 90
Period size: 40 Copynumber: 3.1 Consensus size: 40
17123 TCTTCCTTGC
17133 TACCCAACTTATGACCTTGACTGCACTTTCTTTTCTTAAT
1 TACCCAACTTATGACCTTGACTGCACTTTCTTTTCTTAAT
* **
17173 TA-CC--C---TGA-ATT-A--GGGCTTTACTTTTCTTAAT
1 TACCCAACTTATGACCTTGACTGCACTTT-CTTTTCTTAAT
* * * *
17204 TGCCCAACTTAGGACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAAT
1 TACCCAACTTATGACCTTGACTGCACTTTCTTTTCTTAAT
17244 TACCC
1 TACCC
17249 TGAATTAAGA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 10, Indels: 22
0.63 0.11 0.25
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.09
31 12 0.22
32 3 0.05
33 2 0.04
34 4 0.07
37 3 0.05
38 2 0.04
39 3 0.05
40 16 0.29
41 5 0.09
ACGTcount: A:0.22, C:0.27, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (40 bp):
TACCCAACTTATGACCTTGACTGCACTTTCTTTTCTTAAT
Found at i:17668 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 17620--17740 Score: 120
Period size: 40 Copynumber: 3.2 Consensus size: 40
17610 AGACTTTAGT
*
17620 TTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTGTACTTTCC
1 TTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTATACTTTCC
* *
17660 TTTCTTAATTACCCTGAA-TTA--A----GACTTTAC--T--
1 TTTCTTAATTGCCC--AACTTAGGACCTTGACTATACTTTCC
17691 TTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTATACTTTCC
1 TTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTATACTTTCC
17731 TTTCTTAATT
1 TTTCTTAATT
17741 ACCCTGAATT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 4, Indels: 26
0.68 0.04 0.28
Matches are distributed among these distances:
29 2 0.03
30 3 0.05
31 13 0.20
32 1 0.02
33 1 0.02
35 7 0.11
36 7 0.11
38 1 0.02
39 1 0.02
40 23 0.36
41 3 0.05
42 2 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (40 bp):
TTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTATACTTTCC
Found at i:17762 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 17074--17775 Score: 1135
Period size: 71 Copynumber: 9.9 Consensus size: 71
17064 TCTAAATTAT
* * * * ** *
17074 GACCTTGACTATACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCCTT-GCTACCC
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGT-TTTCTTAATTGCCC
*
17138 AACTTAT
65 AACTTAG
* * * * *
17145 GACCTTGACTGCACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAGGGCTTTACTTTTCTTAATTGCCCA
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
17210 ACTTAG
66 ACTTAG
17216 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
17281 ACTTAG
66 ACTTAG
*
17287 GACCTTGACTGTACTTCCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTT-GTCTTTCTTAATTG-CC
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGT-TTTCTTAATTGCCC
17350 AACTTAG
65 AACTTAG
17357 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
17422 ACTTAG
66 ACTTAG
*
17428 GACCTTGACTGTACTTCCCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTT-GTCTTTCTTAATTG-C
1 GACCTTGACTGTACTTTCC-TTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGT-TTTCTTAATTGCC
17491 CAACTTAG
64 CAACTTAG
*
17499 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCAA
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
17564 ACTTAG
66 ACTTAG
*
17570 GACCTTGACTGTACTTCCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
17635 ACTTAG
66 ACTTAG
*
17641 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTTTTCTTAATTGCCCA
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
17706 ACTTAG
66 ACTTAG
* * * *
17712 GACCTTGACTATACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTTTCCTTAAGTGCCC
1 GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCC
17776 TTAATCACAC
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 26, Indels: 16
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 112 0.19
71 446 0.75
72 39 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (71 bp):
GACCTTGACTGTACTTTCCTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAGTTTTCTTAATTGCCCA
ACTTAG
Done.