Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012368.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12389, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5535
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Found at i:856 original size:323 final size:320
Alignment explanation
Indices: 19--1582 Score: 1693
Period size: 320 Copynumber: 4.8 Consensus size: 320
9 TTTAGCGTTA
* * *
19 AATTATGTATTTTCTCTGAGTATTGTGGTAAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTT
1 AATTATATATTTT-TCTGAGTATTGTGG-CAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTT
* * * *
84 AGCCGAAATCCTATACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCA
64 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCA
* * * * * *
149 ATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCAAACCAATTCTCAGC
129 ATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATTCTTTAAATATCTATATTCTTCAAACCAAATCTCAGT
* * *
214 CACAATGGATTTAATGATTTCTTTTTACAAGCATCTG-ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
194 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* * * * * *
278 ATT-AGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTATAAGCGTGAAAAGCCTATCAATCTATTTAGC-GTT
259 ATTCA-G--AAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTTAATCT-TTTTGCTGTT
*
341 A
320 G
* * * * *
342 AATTATGTATTTCTTCTGAGCATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAA-TTTTCGAGTTAGTTTTTT
1 AATTATATATTT-TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTA
* * *
405 GCCGAGATCGTGTACTAACCATCACTA-TTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGAGCCGGACTCA
65 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-AGTTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCA
* * *
469 ATTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAG-ATTCCTTTAAATAACTATATT-TGTCAAACCAATTCTCA
129 ATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATT-CTTTAAATATCTATATTCT-TCAAACCAAATCTCA
* * *
532 GTCACATTGGATTTAAGGATTT-TTTTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAAATAAAAAT
192 GTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * * *
596 TAATTCATAAAAATTTAAAAACGGATATTAGGTAAGCGTTGAAAAGCCCTTTTATTTTTTTTGTT
257 TAATTCAGAAAAATTGAAAAAC-GATATTA-G-AAGCG-TGAAAAG-CCTTTTAATCTTTTTGCT
661 GTTG
317 GTTG
* * *
665 AATTATATATTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTTGGGTCAGTTATTAG
1 AATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAG
* *
730 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGACTAAAAACGCATTTCGGGA-CCCGACTCAAT
66 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCAAT
* * * *
794 TTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTTATTTAAATATCTATATTCTTTAAACCAAATCTCAGTCA
131 TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATTCTTTAAATATCTATATTCTTCAAACCAAATCTCAGTCA
* * * *
859 CATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACATTTGGCCAAAAAAAAAGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
196 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACA---AG-C----------ATCTG-------AATC-T-TG
* * * * * *
924 AATTTTG-TTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGGAAAAATTGAAAAACGATACTAGAAGCGTGA
238 --TTTCGATTT--AATT-A-GA-AA-TTAATTCAGAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* ** *
988 AAAACCCATTAATCTTTTTGCTGGTG
295 AAAGCCTTTTAATCTTTTTGCTGTTG
* * *
1014 AATTATATAATTTTT-TGAGTATTATGACAAAAAATTCAGAAAAAATCTTTTCGGGTCAGTTTTT
1 AATTATAT-ATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAA-CTTTTCGGGTCAGTTTTT
* ** *
1078 AGCCGAAATCGTGTACTAACACCATCACGGTTTTTTAACTAAAAGCGCGTTTCGGGACCCCGACT
64 AGCCGAAATCGTGTACT-A-ACCATCACAGTTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGACT
* *
1143 CAATTTTACATGATTTTTGGCAGAAA-AATTCCTTTAAATAACTATATT-TGTCAAACCAAATCT
127 CAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATT-CTTTAAATATCTATATTCT-TCAAACCAAATCT
* * * * *
1206 TAGTCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTATAAGCATCTGAATGTTGTTTCTATTTAATTAGAA
190 CAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * *
1271 ATTAATTCGGAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGCTGTT
255 ATTAATTCAGAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGCTGTT
1336 G
320 G
* * *
1337 AATTATATATTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAACCTTTTCGGGTAAGTTTTTAG
1 AATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAG
* *
1402 CCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GATTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCTGGACACCGACTCAA
66 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCAA
* * *
1466 TTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAA-AAATCATTTAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGT
130 TTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATTC-TTTAAATATCTATATTCTTCAAACCAAATCTCAGT
* * *
1530 CACATTGGATTTAGGGATTTGTTTTTTCAAACATCTGAATCTTGTTTCGATTT
194 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
1583 TAGATGCGTA
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 135, Indels: 125
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
318 11 0.01
319 26 0.02
320 313 0.30
321 12 0.01
322 87 0.08
323 223 0.21
324 76 0.07
325 1 0.00
326 1 0.00
327 4 0.00
328 4 0.00
329 3 0.00
330 2 0.00
331 1 0.00
332 2 0.00
338 4 0.00
339 4 0.00
345 2 0.00
346 1 0.00
347 2 0.00
348 3 0.00
349 55 0.05
350 48 0.05
351 7 0.01
352 39 0.04
353 95 0.09
354 19 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (320 bp):
AATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAG
CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCAAT
TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATTCTTTAAATATCTATATTCTTCAAACCAAATCTCAGTCA
CATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
TCAGAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGCTGTTG
Found at i:2678 original size:322 final size:321
Alignment explanation
Indices: 1741--5532 Score: 4219
Period size: 322 Copynumber: 11.9 Consensus size: 321
1731 TTTCCATTTA
* * **
1741 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TCTGAAAAGAAAATGGAAAAACGATATTACTAGCG
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G-GAA-AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCG
* * * * * *
1805 TGAAAAGCCCATCAATCTATTTAGCGTCAAATTATGTACTTTTTCTGATTATTATGGCAAAAAAT
63 TGAAAAGCCCATCAATCT-TTTTGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * * * * *
1870 CGAGAACAAAAAACCTTTCGGGTTAGTTTTTTTGCCGAACTCGTTTACTAACTATCACGGTTTTT
127 TGAG---AAAAAACTTTTCGGGTCAG-TTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTT
* ** * *
1935 GGACAAAAAACATGTTTCAAGACCCCGACTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTT
188 GGACTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTT
* * * * * * * * * * *
2000 GAATATTTATA-T--TC-AACCAAATTTGAGCCATAATGGAATTATGAATTTATTTTTACAAGCA
253 AAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCA
2061 TCTG
318 TCTG
* * * *
2065 AATCTTGATTC-AGTTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATGAAAAAACGATATTATAAGCGT
1 AATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTG-AAAAACGATATTAGAAGCGT
* * *
2129 GAAAAGCCTATCAATCTATTTAGCGTTAAATTATGTATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
64 GAAAAGCCCATCAATCT-TTTTGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * * * *
2194 GAGAAAAAACTTTTCGGATCTGTTTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTTTGA
128 GAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGG--TTTTTGGA
** * * * *
2259 CTAAAAACGCAATTCGAGACCCTGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGAAGAAAGACTCCTTCAAA
191 CTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAA
* * * *
2324 TATCTTTATTCATCAATCTAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGGTTTGTTTTTACAAGCATCT
256 TATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCT
2389 G
321 G
* * * * *
2390 AATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTTGGAAAAAATTCAAAAACGATATTAAAAGCATGA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * * *
2455 AAAGCCCATCAATATATTTAGCGTTAAATTATGTATTTTCTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
66 AAAGCCCATCAATCT-TTTTGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
* *
2520 GAAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCCTATACTAACCATCAC-GTTTTTGGACTA
130 G-AAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGACTA
*
2584 AAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATAT
194 AAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATAT
*
2649 CTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
259 CTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
* * ** *
2712 AATGTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCATAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * * * * *
2777 AAAGTCCTTTAATCTTTTTGTTGTTGAATTATATATTTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
66 AAAGCCCATCAATCTTTTTG-CGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
* ** * * *
2842 GAGAAAACTTTTCATGTCAGTTATTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGACTAA
130 GAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAA
* ** *
2907 AAACGCATTTCG-GGTCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATATC
195 AAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATATC
* *
2971 TATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTG
260 TATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
* * * *
3033 AATTTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGAAAAAAATTGAAAAAAACGATATTAGAAGCAG
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTG--AAAAACGATATTAGAAGC-G
** * * * *
3098 -GAAAAGCCCATTGATCTTTTTGCTGGTGAATTATATAATTTTT-TGAGTATTATGGCAAAAAAT
63 TGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGC-GTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
** **
3161 TGAGAAAAAAAAAACTTTTCGTCTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCATTTTT
127 TGAG----AAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTT
* * * * * *
3226 GGACTAAAAAAGCGTTTCGAGACCTCGACTTAATATTCCATGATTTTTGGCAGAAAGAAT--TTT
188 GGACTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTT
** * * * ** *
3289 CGAAATATCTATATTCATGTAAGCAAATATTAAACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAG
253 --AAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAG
*
3354 CATCTT
316 CATCTG
* * *
3360 AATCTTGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAACGTGA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * * * *
3425 AAAGCTCGTTAATCTTTTTGCTGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATT-A
66 AAAGCCCATCAATCTTTTTGC-GTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
* * * *
3489 GGAAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGATATCGTGA-ACTAACCATCATGGTTTTTGGTCT
130 -GAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT-ATACTAACCATCACGGTTTTTGGACT
* *
3553 AAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTGCTTTAAATA
193 AAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATA
* * *
3618 TCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTG
258 TCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
* * * * * * *
3682 AATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTAGAAAAAAATGGAAAAATGATAATATAAGCGTGA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* *
3747 AAAGCCCATC-ATCTATTTAGCGTTAAATTAATGTATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
66 AAAGCCCATCAATCT-TTTTGCGTTAAATT-ATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
** * * * * * **
3811 AGAAAAAAAAATTTCGAGTTAGTTTTCAGCCGAGATCGTGTACTAACCATCACTATTTTTGGACT
129 AG-AAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGACT
* * ** * *
3876 -AAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCAGTTTTAAATGATTTTTGGCAGAAAGATTCCATTAAATA
193 AAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATA
* ** * * *
3940 ACTATATTTGTCAAACCAAATATCAGTCACATTGGATTTAAAGTTTTGTTTTTACAAGCATCTG
258 TCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
*
4004 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
4069 AAAG-----C---C------C--T---TTA-ATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
66 AAAGCCCATCAATCTTTTTGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
** *
4114 AAAACCCTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCG--------------CGGTTTTTGGACTAAA
131 AAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAAA
* * *
4165 AACGCGTTTCGGGACCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAAAATCT
196 AACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATATCT
* * * *
4230 ATATTCATCAAACTAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAAGATTTATTTTTACAAGAATCTG
261 ATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
* * * * * *
4291 AATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTATTTCAGAAAAAGTTGAAGAACGATATTAGAAACGTGA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * ** * *
4356 AAAGCCCATTAATCTTTTTGCTTTTGATATATATAATTTTT-TGCGTATTGTGGCAAAAAATTGA
66 AAAGCCCATCAATCTTTTTGCGTTAAAT-TATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
** *
4420 GAAAAAAAAAAATTT-GTGTCAGTTTTT-------A--G--------CC-T---GGTTTTTGGAC
130 G---AAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGAC
* *
4463 TAAAAACACGTTTCGGGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAAT
192 TAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAAT
* * * *
4528 ATCTATATTTATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
257 ATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
* * * * *
4593 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAGAAAAAAAAATGGAAAAATGATATTATAAGCGT
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG--GAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGT
* * *
4658 GAAAAGCCCATCAATCTATTTAGCGTTAAATTATGTATTTCTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
64 GAAAAGCCCATCAATCT-TTTTGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * * * * **
4723 GAGAAAAAACTTTTCGAGTTAATTTTTAGCCGAGATCGTGTACTAACCATCACTATTTTTGGGAA
128 GAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTT-GG-A
** * * * * * *
4788 AAAAAACACGTGTTTCGGGACCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGATTCATTTTA
191 CTAAAA-ACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAA
** ** *
4853 ATAAATATATTTGTCAAACCAAATCTCAGTCACATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATC
255 ATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATC
4918 TG
320 TG
* * * *
4920 AATGTTGTTTCGATTTTATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * * * *
4985 AAAGCCCTTTAATCTTTTTGCTGTTGAGTTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGC
66 AAAGCCCATCAATCTTTTTGC-GTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
* * * * *
5050 GAAAAAACTTTTTGGGTCAGTTATTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGACTAG
130 GAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAA
* * * *
5115 AAACGCATTTCGGGA-CCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATATT
195 AAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATATC
* *
5179 TATATACATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
260 TATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
* * *
5241 AATTTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGGAAAAAATTGAAAAAAACGATATTAGAAGCAG
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTG--AAAAACGATATTAGAAGC-G
* * * * * *
5306 -GAAAAACTCATTAATCTTTTTGCTGGTGAATTATATAATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAA
63 TGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGC-GTTAAATTATAT-ATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * *
5370 TT-AGGAAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGATATCGTGA-ACTAACCATCATGGTTTTTG
126 TTGA-GAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT-ATACTAACCATCACGGTTTTTG
* * *
5433 GTCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGATTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTA
189 GACTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTA
* *
5498 AATATCTATATTCATCAAACCAATTCTCAGCCACA
254 AATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACA
5533 ATG
Statistics
Matches: 2952, Mismatches: 416, Indels: 199
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
286 11 0.00
287 175 0.06
295 1 0.00
300 28 0.01
301 34 0.01
302 170 0.06
303 12 0.00
304 48 0.02
305 32 0.01
306 2 0.00
307 25 0.01
308 9 0.00
309 10 0.00
310 8 0.00
312 1 0.00
315 1 0.00
317 1 0.00
319 28 0.01
320 17 0.01
321 406 0.14
322 725 0.25
323 242 0.08
324 226 0.08
325 379 0.13
326 92 0.03
327 269 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (321 bp):
AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
AAAGCCCATCAATCTTTTTGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
AAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAAA
AACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATATCT
ATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
Found at i:3388 original size:648 final size:645
Alignment explanation
Indices: 1741--5532 Score: 4109
Period size: 648 Copynumber: 5.9 Consensus size: 645
1731 TTTCCATTTA
* * **
1741 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA-ATCTGAAAAGAAAATGGAAAAACGATATTACTAGCG
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTC-GAAAA-AAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCG
* * * * * *
1805 TGAAAAGCCCATCAATCTATTTAGCGTCAAATTATGTACTTTTTCTGATTATTATGGCAAAAAAT
64 TGAAAAGCCCATTAATCTATTTAGCGTTAAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * * * * * * * *
1870 CGAGAACAAAAAACCTTTCGGGTTAGTTTTTTTGCCGAACTCGTTTACTAACTATCACGGTTTTT
129 TGAGAAAAAAAAACTTTTCGTGTCAG-TTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCGTTTTT
*
1935 GGAC-AAAAAA-CATGTTTCAAGACCCCGACTCAA-TTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCC
193 GGACTAAAAAAGC--GTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTC-CATGATTTTTGGCAGAAAGACT-C
* * * * * * * * * *
1997 TTTGAATATTTATA-T--TC-AACCAAATTTGAGCCATAATGGAATTATGAATTTATTTTTACAA
254 TTTAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAA
* * *
2058 GCATCTGAATCTTGATTC-AGTTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATGAAAAAACGATATTA
319 GCATCTGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAAATTAAAAAACGATATTA
* * * * * *
2122 TAAGCGTGAAAAGCCTATCAATCTATTTAGCGTTAAATTATGTATTTTTTCTGAGTATTGTGGCA
382 GAAGCGTGAAAAGCC-ATTAATCT-TTTTGTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCA
* * * *
2187 AAAAATTGAGA-AAAAACTTTTCGGATCTGTTTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
445 AAAAATTGAGAGAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG--
* ** * * *
2251 TTTTTTGACTAAAAACGCAATTCGAGACCCTGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGAAGAAAGACT
508 TTTTTGGACTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACT
* * * * *
2316 CCTTCAAATATCTTTATTCATCAATCTAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGGTTTGTTTTTAC
572 CCTTTAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
2381 AAGCATCTG
637 AAGCATCTG
* * * * *
2390 AATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTT-GGAAAAAATT-CAAAAACGATATTAAAAGCAT
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT-ATTTCGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGT
* * *
2453 GAAAAGCCCATCAATATATTTAGCGTTAAATTATGT-ATTTTCTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
65 GAAAAGCCCATTAATCTATTTAGCGTTAAATTATATAATTTT-TCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
*
2517 TGAG--AAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCCTATACTAACCATCA-CGTTTTTG
129 TGAGAAAAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCGTTTTTG
*
2579 GACTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAA-TTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTT
194 GACTAAAAAAGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTC-CATGATTTTTGGCAGAAAGACT-CTTT
2643 AAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCA
257 AAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCA
* * * *
2708 TCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCATAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGC
322 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATTAAAAAACGATATTAGAAGC
* *
2773 GTGAAAAGTCCTTTAATCTTTTTGTTGTTGAATTATATATTTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAA
387 GTGAAAAG-CCATTAATCTTTTTG-TGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
** * *
2838 TTGAGAGAAA-ACTTTTCATGTCAGTTATTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG
450 TTGAGAGAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* *
2902 ACTAAAAACGCATTTCGGGTCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAA
515 ACTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAA
* *
2967 TATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCT
580 TATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCT
3032 G
645 G
* * *
3033 AATTTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGAAAAAAATTGAAAAAAACGATATTAGAAGCAG
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGAAAAAAATTG-GAAAAACGATATTAGAAGC-G
* * * * *
3098 -GAAAAGCCCATTGATCT-TTTTGCTGGTGAATTATATAATTTTT-TGAGTATTATGGCAAAAAA
64 TGAAAAGCCCATTAATCTATTTAGC-GTTAAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
* *
3160 TTGAGAAAAAAAAAACTTTTCGTCTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCATTTT
128 TTGAG-AAAAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCGTTTT
* * * *
3225 TGGACTAAAAAAGCGTTTCGAGACCTCGACTTAATATTCCATGATTTTTGGCAGAAAGAAT-TTT
192 TGGACTAAAAAAGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTCCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCTTT
** * * * **
3289 CGAAATATCTATATTCATGTAAGCAAATATTAAACA-AATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAA
257 --AAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAA-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAA
* * * * *
3353 GCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACCATATTAGA
319 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATTAAAAAACGATATTAGA
* * *
3418 AACGTGAAAAGCTCGTTAATCTTTTTGCTGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAA
384 AGCGTGAAAAGC-CATTAATCTTTTTG-TGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA
* * *
3483 AAATT-AG-GAAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGATATCGTGAACTAACCATCATGGTTT
447 AAATTGAGAG-AAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
* * * * *
3546 TTGGTCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTGCT
511 TTGGACTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCT
* * *
3611 TTAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTCTTTTTACAAG
575 TTAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAG
3676 CATCTG
640 CATCTG
* * * * * *
3682 AATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTAGAAAAAAA-TGGAAAAATGATAATATAAGCGTG
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
* * *
3746 AAAAGCCCA-TCATCTATTTAGCGTTAAATTAATGTATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
66 AAAAGCCCATTAATCTATTTAGCGTTAAATT-ATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * * * * **
3810 GAGAAAAAAAAA--TTTCGAGTTAGTTTTCAGCCGAGATCGTGTACTAACCATCACTATTTTTGG
130 GAGAAAAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCGTTTTTGG
* * * ** * *
3873 ACT-AAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCAGTTTTAAATGATTTTTGGCAGAAAGATTCCATTAA
195 ACTAAAAAAGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTCCATGATTTTTGGCAGAAAGACT-CTTTAA
* ** * * * *
3937 ATAACTATATTTGTCAAACCAAATATCAGTCACATTGGATTTAAAGTTTTGTTTTTACAAGCATC
259 ATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATC
* *
4002 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGT
324 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATTAAAAAACGATATTAGAAGCGT
4067 GAAAAGCC------C---------T---TTA-ATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
389 GAAAAGCCATTAATCTTTTTGTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
** *
4113 GA-AAACCCTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATC--G------------CGGTTTTTGGACTA
454 GAGAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGACTA
*
4163 AAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAAAAT
519 AAAACGCGTTTCGGG-CCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATAT
* * * *
4228 CTATATTCATCAAACTAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAAGATTTATTTTTACAAGAATCTG
583 CTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
* * * *
4291 AATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTATTTC-AGAAAAAGTT-GAAGAACGATATTAGAAACGT
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGA-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGT
* * ** *
4354 GAAAAGCCCATTAATCT-TTTTGCTTTTGATATATATAATTTTT-TGCGTATTGTGGCAAAAAAT
65 GAAAAGCCCATTAATCTATTTAGCGTTAAAT-TATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
**
4417 TGAGAAAAAAAAAAATTT-GTGTCAGTTTTTAGCC----T-G----------------GTTTTTG
129 TGAGAAAAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCGTTTTTG
* *
4460 GACTAAAAACA-CGTTTCGGGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTT
194 GACTAAAAA-AGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTCCATGATTTTTGGCAGAAAGACT-CTTT
* * *
4524 AAATATCTATATTTATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCA
257 AAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCA
** * *
4589 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-AGAAAAAAAAATGGAAAAATGATATTATA
322 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG---AAAAAATTAAAAAACGATATTAGA
* * * * * *
4653 AGCGTGAAAAGCCCATCAATCTATTTAGCGTTAAATTATGTATTTCTTCTGAGTATTGTGGCAAA
384 AGCGTGAAAAG-CCATTAATCT-TTTTGTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA
* * * * * **
4718 AAATTGAGA-AAAAACTTTTCGAGTTAATTTTTAGCCGAGATCGTGTACTAACCATCACTATTTT
447 AAATTGAGAGAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
** * *
4782 TGGGAAAAAAAACACGTGTTTCGGGACCCCGACTCAATTTTG-AATGATTTTTGGCAGAAAGATT
512 T-GG-ACTAAAA-ACGCGTTTCGGG-CCCCGACTCAATTTTGCAA-GATTTTTGGCAGAAAGACT
* * ** ** *
4846 CATTTTAATAAATATATTTGTCAAACCAAATCTCAGTCACATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
572 CCTTTAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
4911 AAGCATCTG
637 AAGCATCTG
* * * * * *
4920 AATGTTGTTTCGATTTTATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATT-TAAAAACGATATTAGAAGCGTG
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
* * * * *
4984 AAAAGCCCTTTAATCT-TTTTGCTGTTGAGTTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
66 AAAAGCCCATTAATCTATTTAGC-GTTAAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * * * * * *
5048 GCG---AAAAAACTTTTTGGGTCAGTTATTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG
130 GAGAAAAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCGTTTTTGG
* * * * * *
5110 ACTAGAAACGCATTTCGGGA-CCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAA
195 ACTAAAAAAGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTCCATGATTTTTGGCAGAAAGACT-CTTTAA
* * * *
5174 ATATTTATATACATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACAAGCATC
259 ATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATC
* * * *
5239 TGAATTTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGGAAAAAATTGAAAAAAACGATATTAGAAGC
324 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATT--AAAAAACGATATTAGAAGC
* * *
5304 AG-GAAAAACTCATTAATCTTTTTGCTGGTGAATTATATAATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAA
387 -GTGAAAAGC-CATTAATCTTTTTG-TGTTGAATTATAT-ATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA
* * *
5368 AATT-AG-GAAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGATATCGTGAACTAACCATCATGGTTTT
448 AATTGAGAG-AAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * * * *
5431 TGGTCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGATTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTT
512 TGGACTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTT
* *
5496 TAAATATCTATATTCATCAAACCAATTCTCAGCCACA
576 TAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACA
5533 ATG
Statistics
Matches: 2674, Mismatches: 341, Indels: 259
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
588 11 0.00
589 144 0.05
591 31 0.01
592 2 0.00
598 1 0.00
604 1 0.00
605 1 0.00
608 35 0.01
609 217 0.08
610 10 0.00
611 3 0.00
612 60 0.02
614 1 0.00
621 1 0.00
623 59 0.02
624 5 0.00
626 6 0.00
627 12 0.00
628 21 0.01
629 193 0.07
630 25 0.01
632 1 0.00
633 1 0.00
637 1 0.00
642 4 0.00
643 207 0.08
644 247 0.09
645 110 0.04
646 232 0.09
647 264 0.10
648 495 0.19
649 271 0.10
650 1 0.00
651 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (645 bp):
AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
AAAAGCCCATTAATCTATTTAGCGTTAAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
AGAAAAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACCGTTTTTGGA
CTAAAAAAGCGTTTCGAGACCCCGACTCAATTTTCCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCTTTAAAT
ATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATTAAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
AAAGCCATTAATCTTTTTGTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
GAAAGACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAAA
AACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATATCTA
TATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTG
Done.