Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012386.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12407, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Indices: 8136--8167 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
8126 CTTCTTCTTC
8136 TTTTTATTTA-T
1 TTTTTATTTATT
8147 TTTTTATTTATT
1 TTTTTATTTATT
8159 TTTTTATTT
1 TTTTTATTT
8168 TAATTCACAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.50
12 10 0.50
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Consensus pattern (12 bp):
TTTTTATTTATT
Found at i:17594 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 17586--17611 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
17576 ATTGTCTTCA
17586 GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GC
1 GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GC
17612 AGCTGCCTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.65, G:0.35, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GCC
Found at i:20420 original size:307 final size:313
Alignment explanation
Indices: 19854--20540 Score: 759
Period size: 307 Copynumber: 2.2 Consensus size: 313
19844 TGATTTTTCT
** * * *
19854 TCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAGTTATATAATTCATCGCCAAAGATATTAAAGGGTATT
1 TCAATTTTTGGCCACAATACTCA-AAAA-AAATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGTATT
* *
19919 TCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAAATAATTTCTAATTAAATTGAAATAAAAT
64 TCACGTTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTTCCGAAATAATTTCTAA-TAAA-TCAAAT---AT
* * * * *
19984 TCAGATGGTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGATTGAGATTTAATTAGATGAATTTAGA
124 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAATTGAGATTTAATTAGATGAATATACA
* * **
20049 TATTTCAATCAGTCCGAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGTGTCCCGGAATGCGTTTTT
189 TATTTCAATCAGTCCGAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGACCCGGAACACGTTTTT
* *
20114 AGCAAAAAACTGT-A-ACAT-ACACGATTTCATCTAAAATTTTGCAAAAACCAACC-GAC
254 AGCAAAAAACTGTGATACATGACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAACCAACCTAAC
*
20170 TCAATTTTTGGCCACAATACTCAGAAAAAATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGCT-TTT
1 TCAATTTTTGGCCACAATACTCAAAAAAAATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGG-TATTT
* * *
20234 CACGCTTT-TAATATCGATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTCA-AAA-CAAGAT-TT-T
65 CACG-TTTCTAATATCGATTTTCCTA-TTTTTTCCGAAATAATTTCTAATAAATCAA-ATATTCA
* * * *
20294 GATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATTTAATTGATATTTGATTAGATGAATATACATAT
127 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAATTGAGATTTAATTAGATGAATATACATAT
* * * * *
20359 TTCTATGAGTCTTG-GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG-GACACTGGAACACGTTTTTA
192 TTCAATCAGTC-CGAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGAC-CCGGAACACGTTTTTA
* *** * **
20422 GCCAAAAACTGTGATGGTTGGCACACGATTTCAACTAACATTTTGCAAAAACTGACCTAAC
255 GCAAAAAACTGTGATACAT-G-ACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAACCAACCTAAC
* * * *
20483 TCAATTTCTGGCTACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGACAAAAATATTGAA
1 TCAATTTTTGGCCACAATACTCA-AAAAAA-ATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAA
20541 AACCTTTTCT
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 43, Indels: 29
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
306 2 0.01
307 116 0.37
308 4 0.01
309 1 0.00
311 2 0.01
312 33 0.11
313 26 0.08
314 55 0.18
315 52 0.17
316 23 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (313 bp):
TCAATTTTTGGCCACAATACTCAAAAAAAATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGTATTTC
ACGTTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTTCCGAAATAATTTCTAATAAATCAAATATTCAGATG
CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAATTGAGATTTAATTAGATGAATATACATATTTCA
ATCAGTCCGAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGACCCGGAACACGTTTTTAGCAAAA
AACTGTGATACATGACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAACCAACCTAAC
Found at i:22078 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 21412--24821 Score: 4176
Period size: 331 Copynumber: 10.4 Consensus size: 329
21402 AGCTCTACTA
* *
21412 CTAATATTGTTTTTCCATTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAGCGAAACAAAATTCAGAT
1 CTAATAATGTTTTTCCA--TTTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAT
* * * * *
21477 GCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAAATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
63 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
* * * **
21542 AATGAGTCTTGCCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCTGAACGCGATTTTTAATTG
128 AATGAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGA-TTTTAGCTG
* * * **
21607 AAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAGCGACCGGAAAAAATTTT
192 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTT
* *** *
21672 CCGCAATTTTTGGCCACAATACACATAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGAATGAAGGGCTT
257 CCGC-ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTT
** *
21737 TACAAGCTT
321 TTTACGCTT
* * * *
21746 CTAATATTGTTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAAAAAATTTCAGATGC
1 CTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAA-TTCAGATGC
* * * * * * * *
21811 TCGTAAAAAAAAAATCCTTCAATCCAATGTGACTGAGACTTAGTTAGATGAATATACATATTTCA
65 TCGT-AAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
* * *
21876 ATGAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAATGCGATTTTAACTAAA
129 ATGAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAA
** * * * * * *
21941 AACCGTGAT-AATATTACACGATTTCGGGTAAAACTTTACAAAAACCGACCCGAAAAATTTCTCT
194 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCC
* * *
22005 GCAGTTTTTAGCCACAATACACATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAATGAAGCG-CTTT
259 GCA-TTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAG-GTCTTT
** *
22069 ACAAGCTT
322 TTACGCTT
* * * *
22077 CTAATATTGTTTTTCCA-GTTTTTCGAATTAATTTCTATTTAAATAGAAACAAAATTCAGATGCT
1 CTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
* * * ** * *
22141 CATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATAAGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAC
66 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT
* * * *
22206 GAGTCTTGGCAT-AAAAATCATTCAAAATTGAAACGGTGCCCC-GAAACGCGATTTTAACTGAAA
131 GAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAG-AACGCGATTTTAGCTGAAA
* * * *
22269 ACCGTGATGGTTAGTACACGTTTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTCCG
195 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCG
* * * * *
22333 CAATTTTTAGCCACAATACACATAAAAATATATAATTCAACACCGAAGAGAATGAAGGGC--TTT
260 C-ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTT
***
22396 ACAAAAT
324 AC-GCTT
* * * *
22403 CTAA-AATTGTTTTT-TAATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAAATTTAGATGC
1 CTAATAA-TGTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
* * * * * *
22466 TTGTAAAAGCATATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
65 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
* * * *** *
22531 TGAG-CTTAGGGATACAAAATCATGCAAAAATGAGACGGTGCCTTGGAACGCGATTTTAGCTGGA
130 TGAGTCTT-GGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAA
*
22595 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTATAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCC
194 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCC
* *
22660 GCATTTTCTGGCCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAACAATGAAGGTCTTTT
259 GCATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTT
22725 TACGCTT
323 TACGCTT
*
22732 CTAATAATATTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
1 CTAATAATGTTTTTCCA-TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
* * *
22797 TCGTAAACACAAATCCTTAAATATATTGTGGCTGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCAA
65 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
* * *
22862 TGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAAACTGAGACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAA
130 TGAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAAA
* * * **
22927 ACTGTGATGGGTTAGTACACGATTTCGGCTAACATTTGACAAAAACCGACCTTAAAATTTTTTCC
195 ACCGTGAT-GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCC
* * * * *
22992 GCATATTCTAGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACTAAAAAGAATGAAGGACTTTT
259 GCAT-TTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTT
23057 TACGCTT
323 TACGCTT
*
23064 CTAATAATGTTTTTTCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCACG-TGC
1 CTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCA-GATGC
* * *
23128 TCGTAAACACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGATAGAAGAATATAGATATTTCAA
65 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
* * * *
23193 TGAGTCTTGACAGAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCGGAACACGATTTTAGCTGAAA
130 TGAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAAA
* * * **
23258 ACCGTGTTGGTTAATACACGATTTTCGGCTAAAATTTTACCAAAACCGACCCGAATTTTTTTTTT
195 ACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAA----AATTTT
* * * *
23323 TTTCGAATTTTCTGGCCAGAGTACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTC
255 TTCCGCATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTC
*
23388 TTTTTATGCTT
319 TTTTTACGCTT
* * *
23399 TTAATAATGGTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATAC
1 CTAATAATGTTTTTCCA-TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
* * * *
23464 TCGTAAAAACAAATCTTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGATAGATGACTATAGATATTTCGA
65 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
* * ** *
23529 TGAGTCTTGGCGTAAAAAATCTTAAAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACTCGATTTTA---G---
130 TGAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAAA
* * * *
23588 --C-TGA--G--CGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCGGAAATTTTTTTCCC
195 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCG
* * * *
23646 CAATTTTGGCCACAATAATCATACAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGTAGGTCTTTTTA
260 CATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTA
23711 CGCTT
325 CGCTT
* * * *
23716 CGAATAATGGTTTTCCATTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCTGATGCT
1 CTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
* * ** **
23781 CGTAAAAACAAATCTTTAAATCTATTGTGGATGAGATTTTTTTAGATTCATATAGATATTTCAAT
66 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT
* * * *
23846 GAGTCTTGACAGAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCGGAACACGATTTTAGCTGAAAA
131 GAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAAAA
* * * * *
23911 CCGTGTTGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGATCCGAAATTTTTTTCCAC
196 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGC
** * * *
23976 ATTTTATGGCCTGAATACTTATAAAAATATATAATTCAGCACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTG
261 ATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTA
24041 CGCTT
325 CGCTT
* *
24046 CTCAT-AT-TGTTT---TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
1 CTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
* * * * *
24106 CTTAAAAACAAATCCTTAGATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCAAT
66 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT
** * **
24171 GAGTCTTGGTGTAAAAAATCATGAAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACTTGATTTTAGCTGAAAA
131 GAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAAAA
* * * * *
24236 CCGTGAT-G---GTACATGATTTCGGCTTAAA-TTTA-AAGAAACCAACCCGAAAGTTTTTTCCC
196 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAA-AAACCGACCCGAAAATTTTTTCCG
* * **
24295 CAATTTTTGGCCACAATACTCACAAAAATATATTATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGT-TTTT
260 C-ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAA-GGTCTTTT
*
24359 AACGCTT
323 TACGCTT
* * *
24366 CTAATAAAGTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGTTGC
1 CTAATAATGTTTTTCCA-TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
* * *
24431 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTTTTGTGGCTGAGATTTGGATAGATGAATATAGAAATTTCAA
65 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
* *
24496 TGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACTCGATTTTAGCTGAAA
130 TGAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAAA
* * **
24561 ACC---A-----CGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC-AAAACCGCCCCGAATTTTTTTTTTC
195 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAA--AATTTTTTC
* * * * *
24617 CGCATTTTCTGGCCATAGTACTCATAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGAATGGAGTTCTTT
258 CGCATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTT
*
24682 TTATGCTT
322 TTACGCTT
* * *
24690 TTAATAATGGTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATACT
1 CTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
*
24755 CGTAAAAACAAATCTTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT
66 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT
24820 GA
131 GA
24822 ACGGTCCCAC
Statistics
Matches: 2683, Mismatches: 330, Indels: 137
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
316 151 0.06
317 73 0.03
318 12 0.00
319 3 0.00
320 79 0.03
321 26 0.01
322 64 0.02
323 128 0.05
324 75 0.03
325 173 0.06
326 288 0.11
327 211 0.08
328 163 0.06
329 78 0.03
330 111 0.04
331 515 0.19
332 172 0.06
333 105 0.04
334 19 0.01
335 83 0.03
336 154 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
CTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
CGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT
GAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGTGCCCCAGAACGCGATTTTAGCTGAAAA
CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGC
ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTAC
GCTT
Found at i:26482 original size:330 final size:329
Alignment explanation
Indices: 24822--28446 Score: 4954
Period size: 330 Copynumber: 11.0 Consensus size: 329
24812 ATTTCAATGA
* *
24822 ACGGT-CCCACGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACATC-ATTTAGGCTAAC
1 ACGGTGCCC-CGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACA-CGATTTCGGCTAAA
* * * ** *
24885 ATTTGACAAAAACCGACCTGAAAAATTTTTCAACATTTTCTGGCCAGAATACTCATAAAAATATA
64 ATTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATA
* ** * * *
24950 TAATTCAAAACCAAAAAGTGTGAAGCTCTTTTTATGCTTCTAATAATGTTTTTCGATTTTTTTCC
128 TAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTT-C
* * * * *
25015 GAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAAATTCAAATACGCTTAAAAACAAATCCTTAAATCTAT
192 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAT
* * **
25080 TGTGGCTGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCGATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATAAA
257 TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCA
25145 ACAACTGAG
322 A-AACTGAG
* * * *
25154 GCAGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACAGTGAT-G---GTACACGATTTCAGCTAAAAT
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * *
25215 TTTATAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTCTGGCCAGAATATTCATAAAAATATATA
66 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATA
* * *
25280 ATTCAACACCAAAAATAATGAAGATCTTTTTACGCTTATAATAATGTTTTTCCATCTTTTTTCGA
130 ATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCAT-TTTTTTCGA
* **
25345 ATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAAATTCAGATGCAAGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTG
194 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTG
* * *
25410 TGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATAAACG-TATTTCAATGAGTCTTGACGTAAAAAATC-TGGCA
259 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA-GATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCAT-GCA
*
25473 AAACAGAG
322 AAACTGAG
* * * * * ** *
25481 ACGGTCCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACTGAGATGATTAGAACAATATTTCAGCTAAAAT
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * * *
25546 TTTACAAAAGCCGTCCCGAAAAATTTTTCCGTAATTTTTAGCCACAATACACATAAAATAAAAAT
66 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCG-CATTTTTGGCCACAAT--AC-T--CATAAAAAT
* *** ** * ** * * *
25611 ATGTAATTCAGTGCTGAAAAGAATGAAGGGCTTTACACGTTTCTAATATTATTTTTCCATTTTTT
125 ATATAATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTT
25676 TCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCT
190 TCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCT
* * *
25741 ATTGTGGCTGACATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCATAAAAAATCATG
255 ATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATG
25806 CAAAACTGAG
320 CAAAACTGAG
* * *
25816 ACGGTGCCCTGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAAT
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * *
25881 TTTACAAAAATCGACCCGAAAATTTTTTCCACATTTTCTGGGCAAAATACTCATAATAATATATA
66 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATA
* *
25946 ATTCAGCACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTTTTTTCGA
130 ATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCA-TTTTTTTCGA
* * *
26011 ATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
194 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTG
* *
26076 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAATCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAA
259 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAA
26141 ACTGAG
324 ACTGAG
* *
26147 ACGGTGCCCCAGAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
** ** * *
26211 TTTACAAAAACCGACTGGAAAATTTTTTCCCGCATTTTCTGGGAAAAATACTCATAATAATATAT
66 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTT-CCGCATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATAT
* *
26276 AATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTTTAATATTGTTTTTCCATTATTTTTCG
129 AATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATT-TTTTTCG
* * * * *
26341 ATTTAATTTGTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATACTTGT-AAAACAAATCCTTAAATATATT
193 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATT
*
26405 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGAAAAAAATCATGCAA
258 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAA
26470 AACTGAG
323 AACTGAG
* *
26477 ACGGTGCCCCAGAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * *
26542 TTTACAAAAACCGACCGGAAAATTTTTTCCCCAATTTTGGCCACAAGAATCATAAAAATATATAA
66 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAA
26607 TTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCCGAA
131 TTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTT-CGAA
* *
26672 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCTGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGT
195 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGT
*
26737 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAATCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAA
260 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAA
26802 CTGAG
325 CTGAG
* * *
26807 ACGGTGCCCCGGTA-GACGATATTAGCTGAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
1 ACGGTGCCCCGGAACG-CGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
** * * *
26871 TTTTACAAAAACCGACCAAAAAATTTGTTCCCCAATTTT-GCCACAATACTCATAAAAATATATA
65 TTTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATA
* * *
26935 ATTCAACACCAGAAAGAATGTAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGGTTTTCCATTTTTTTTTCG
130 ATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCA--TTTTTTTCG
* ** *
27000 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAAGAAAATTCAGATATTCGTAAAAACAAATCCTTAAAACTATT
193 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATT
* * *
27065 ATGGCTGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCAATCAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAA
258 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAA
*
27130 AATTGAG
323 AACTGAG
* * * * * *
27137 CCGGTGCACTGGAACGCGACTTTAGCTGAAAACCATGATTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * *
27202 TTTACAAAAACCGACCGGAAAAATTTTTCCGCATTTTCTGGGCAAAATACTCATAATAATATATA
66 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATA
** ** *
27267 ATTCGTCATTAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTATTTTTCGA
130 ATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATT-TTTTTCGA
* * * *
27332 TTTAA--TATAATTAAATCAAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTA
194 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTG
* *
27395 TGGCTGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAA
259 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAA
27460 ACTGAG
324 ACTGAG
* * * *
27466 ACGGTGCCCCAGAACTCGATTTTAGCTGAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAT
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * *
27531 TTTACAAAAACCGA-CCGGAAATATTTTCCCCAATTTTGGCCACAATAATCATAAAAATATATAA
66 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAA
* * *
27595 TTCAACACCAAAAAGAATGTAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGGTTTTCCATTTTTTTTCCAA
131 TTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCA-TTTTTTTCGAA
* *
27660 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGACGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGT
195 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGT
* *
27725 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAAATTTCAATGAGTCATGGCGTAAAAAATCATGCAAAA
260 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAA
27790 CTGAG
325 CTGAG
* * *
27795 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAACTGAAAACCGTGATGGTTATTACAAGATTTCGGCT--AAT
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
** * * * * *
27858 CTTTACCTAAACAGACCTGAAAAATTTTTCCGCATTTTTTGGCCAAAATACACATAAAAAATATA
66 -TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCA-TTTTTGGCCACAATACTCAT-AAAAATATA
* * ** *
27923 TAATTCAACGCCTAAAAA-AATGAAGGGCTTTACACGCTTCTAACT-TTGTTTTTCCA--TTTTT
128 TAATTCAACACC-AAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAA-TAATGTTTTTCCATTTTTTT
* *
27984 CGAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTA
191 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTA
* * * * * * * *
28049 CTGTGACTGAGATTTGGATATATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGTAAAAGATCTTGA
256 TTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGC
28114 AAAACTGAG
321 AAAACTGAG
* * *
28123 ACGGTGCCCCAGAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAT
1 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * *
28188 TTTACAAAAACCAACCCGAAAATTTTTTCCCCGA-TTTTGGCCACTATACTCATAAAAATATATA
66 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGC-ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATA
* *
28252 ATTCAACATCAAAAAGAATGTAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTTCGA
130 ATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCA-TTTTTTTCGA
*
28317 ATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTG
194 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTG
* * *
28382 TGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAATGAATCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAA
259 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAA
28447 TATATTATTT
Statistics
Matches: 2915, Mismatches: 330, Indels: 98
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
326 6 0.00
327 176 0.06
328 468 0.16
329 596 0.20
330 787 0.27
331 480 0.16
332 112 0.04
333 6 0.00
334 7 0.00
335 223 0.08
336 54 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (329 bp):
ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAA
TTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCGAAT
TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTG
GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAAC
TGAG
Found at i:28243 original size:658 final size:659
Alignment explanation
Indices: 24833--28446 Score: 4999
Period size: 658 Copynumber: 5.5 Consensus size: 659
24823 CGGTCCCACG
* * * *
24833 GAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACATC-ATTTAGGCTAACATTTGACAAAAA
1 GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACA-CGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAA
* * ** * *
24897 CCGACCTGAAAAATTTTTCAAC-ATTTTCTGGCCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAAAAC
65 CCGACCCGAAAATTTTTTCCCCAATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACAC
** * * * *
24961 CAAAAAGTGTGAAGCTCTTTTTATGCTTCTAATAATGTTTTTCGATTTTTTTCCGAATTAATTTC
129 CAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTC
* * * * *
25026 AAATTAAATCGAAACAAAATTCAAATACGCTTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGA
194 TAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGA
* * ** *
25091 TTTGGATAGATGAATATAGATATTTCGATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATAAAACAACTGAGGC
259 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAA-AACTGAGAC
* * *
25156 AGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACAGTGAT-G---GTACACGATTTCAGCTAAAATTT
323 GGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAATTT
* * *
25217 TATAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTCTGGCCAGAATATTCATAAAAATATATAAT
387 TACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTCTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAAT
* * * *
25282 TCAACACCAAAAATAATGAAGATCTTTTTACGCTTATAATAATGTTTTTCCATCTTTTTTCGAAT
452 TCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCA--TTTTTTCGAAT
* **
25347 TAATTTCTAATTAAATCAAAACAAAATTCAGATGCAAGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTG
515 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTG
* * * *
25412 GCTGAGATTTTGTTAGATGAATAAACG-TATTTCAATGAGTCTTGACGTAAAAAATC-TGGCAAA
580 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA-GATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCAT-GAAAA
* * *
25475 ACAGAGACGGTCCCCCG
643 ACTGAGACGGTGCCCCA
* * * * * ** * *
25492 GAACGCGATTTTAGCTGAAAACTGAGATGATTAGAACAATATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAGC
1 GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC
* * ** * * * *
25557 CGTCCCGAAAAATTTTTCCGTAATTTTTAGCCACAATACACATAAAATAAAAATATGTAATTCAG
66 CGACCCGAAAATTTTTTCCCCAATTTTTGGCCACAAT--AC-T--CATAAAAATATATAATTCAA
** ** * ** * * *
25622 TGCTGAAAAGAATGAAGGGCTTTACACGTTTCTAATATTATTTTTCCA-TTTTTTTCGAATTAAT
126 CACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAAT
25686 TTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTG
191 TTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTG
* * *
25751 ACATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAG
256 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * *
25816 ACGGTGCCCTGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAAT
321 ACGGTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAAT
* * * *
25881 TTTACAAAAATCGACCCGAAAATTTTTTCCACATTTTCTGGGCAAAATACTCATAATAATATATA
385 TTTACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTCTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATA
*
25946 ATTCAGCACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTTTTTTCGA
450 ATTCAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCA--TTTTTTCGA
* * *
26011 ATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
513 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTG
*
26076 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAATCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAA
578 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAA
26141 ACTGAGACGGTGCCCCA
643 ACTGAGACGGTGCCCCA
26158 GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTACAAAAAC
1 GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC
** ** * *
26222 CGACTGGAAAATTTTTTCCCGC-ATTTTCTGGGAAAAATACTCATAATAATATATAATTCAACAC
66 CGACCCGAAAATTTTTTCCC-CAATTTT-TGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACAC
* * * * *
26286 CAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTTTAATATTGTTTTTCCATTATTTTTCGATTTAATTTG
129 CAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTC
* * *
26351 TAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATACTTGT-AAAACAAATCCTTAAATATATTGTGGCTGAGA
194 TAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGA
*
26415 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGAAAAAAATCATGCAAAACTGAGACG
259 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGACG
* *
26480 GTGCCCCAGAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
324 GTGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAATTTT
* * * * * *
26545 ACAAAAACCGACCGGAAAATTTTTTCCCCAATTT-TGGCCACAAGAATCATAAAAATATATAATT
388 ACAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTCTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATT
*
26609 CAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATT
453 CAACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCA-TTTTTT-CGAATT
* *
26674 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCTGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGG
516 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGG
* *
26739 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAATCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAACT
581 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAAACT
*
26804 GAGACGGTGCCCCG
646 GAGACGGTGCCCCA
* ** * *
26818 GTAGACGATATTAGCTGAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC
1 GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC
** *
26883 CGACCAAAAAATTTGTTCCCCAA-TTTT-GCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCA
66 CGACCCGAAAATTTTTTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCA
* * *
26946 GAAAGAATGTAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGGTTTTCCATTTTTTTTTCGAATTAATTTCT
131 AAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCA-TTTTTTTTCGAATTAATTTCT
* ** * *
27011 AATTAAATCGAAAGAAAATTCAGATATTCGTAAAAACAAATCCTTAAAACTATTATGGCTGAGAT
195 AATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGAT
* * * *
27076 TTGGATAGATGAATATAGATATTTCAATCAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGG
260 TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGG
* * * * *
27141 TGCACTGGAACGCGACTTTAGCTGAAAACCATGATTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTA
325 TGCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAATTTTA
* * * *
27206 CAAAAACCGACCGGAAAAATTTTTCCGCATTTTCTGGGCAAAATACTCATAATAATATATAATTC
389 CAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTCTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTC
** ** *
27271 GTCATTAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTATTTTTCGATTTA
454 AACACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCA-T-TTTTTCGAATTA
* * *
27336 A--TATAATTAAATCAAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTATGGC
517 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGC
*
27399 TGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAAACTG
582 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAAACTG
27464 AGACGGTGCCCCA
647 AGACGGTGCCCCA
* *
27477 GAACTCGATTTTAGCTGAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC
1 GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC
* * *
27542 CGA-CCGGAAATATTTTCCCCAA-TTTTGGCCACAATAATCATAAAAATATATAATTCAACACCA
66 CGACCCGAAAATTTTTTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCA
* * *
27605 AAAAGAATGTAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGGTTTTCCATTTTTTTTCCAATTAATTTCTA
131 AAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTA
* *
27670 ATTAAATCGAAACAAAATTCAGACGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATT
196 ATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATT
* *
27735 TGGTTAGATGAATATAGAAATTTCAATGAGTCATGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGT
261 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGT
* * *
27800 GCCCCGGAACGCGATTTTAACTGAAAACCGTGATGGTTATTACAAGATTTCGGCT-AATCTTTAC
326 GCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAT-TTTAC
** * * * * *
27864 CTAAACAGACCTGAAAAATTTTTCCGCATTTTTTGGCCAAAATACACATAAAAAATATATAATTC
390 AAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTCTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTC
* * **
27929 AACGCCTAAAAA-AATGAAGGGCTTTACACGCTTCTAACT-TTGTTTTTCCA-TTTTTCGAATTA
454 AACACC-AAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAA-TATTGTTTTTCCATTTTTTCGAATTA
* * * *
27991 GTTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTACTGTGAC
517 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGC
* * * * *
28056 TGAGATTTGGATATATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGTAAAAGATCTTGAAAAACTG
582 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAAACTG
28121 AGACGGTGCCCCA
647 AGACGGTGCCCCA
*
28134 GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAAC
1 GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC
* * * *
28199 CAACCCGAAAATTTTTTCCCCGA-TTTTGGCCACTATACTCATAAAAATATATAATTCAACATCA
66 CGACCCGAAAATTTTTTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCA
*
28263 AAAAGAATGTAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTA
131 AAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTA
*
28328 ATTAAATCGATACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATT
196 ATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATT
* * *
28393 TGATTAGATGATTATAGATATTTCAATGAATCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAA
261 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAA
28447 TATATTATTT
Statistics
Matches: 2632, Mismatches: 292, Indels: 63
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
655 11 0.00
656 3 0.00
657 241 0.09
658 549 0.21
659 407 0.15
660 452 0.17
661 346 0.13
662 94 0.04
663 128 0.05
664 52 0.02
665 31 0.01
666 317 0.12
667 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (659 bp):
GAACTCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC
CGACCCGAAAATTTTTTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACACCA
AAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATAATGTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTA
ATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATT
TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGT
GCCCCGGAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTACA
AAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCGCATTTTCTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAA
CACCAAAAAGAATGAAGGTCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTTTTCGAATTAATTT
CTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAG
ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAATCATGAAAAACTGAGAC
GGTGCCCCA
Done.