Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012429.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12450, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7510
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:800 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 746--822 Score: 138
Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
736 ACGTGTTGAA
746 TTTTGATTCAAACATA-TTTAAGTTGCATAGTGTGCAAAG
1 TTTTGATTCAAACATATTTTAAGTTGCATAGTGTGCAAAG
*
785 TTTTGATTGAAACATATTTTAAGTTGCATAGTGTGCAA
1 TTTTGATTCAAACATATTTTAAGTTGCATAGTGTGCAA
823 TATAATGCAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.42
40 21 0.58
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (40 bp):
TTTTGATTCAAACATATTTTAAGTTGCATAGTGTGCAAAG
Found at i:6054 original size:323 final size:323
Alignment explanation
Indices: 1142--6350 Score: 5907
Period size: 323 Copynumber: 16.2 Consensus size: 323
1132 AAATACTCAT
* * * ** * * *
1142 AAAATATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCATGCTTTTAATATCATTTTT-C
1 AAAAT-TAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
* * *
1206 ATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCATGTAAAAACAAATC
65 AT-TTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATC
* * * * * * * * * ***** *
1271 CTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAAATATTTCAAAGAGTCTGGGTGCCA
129 CTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAA
* * ** * * **
1336 AAAATCATGCCAAAC-AAAACCGTGGCCCCGAAACGCATTTTTAGTAAAAAACCGTGATGGTTAG
194 AAAATCATGCAAAACTGAGTCTG-GGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAG
* * * * ** * * *
1400 TAC-ACGAATTTTGGCTAAAAACTGACCCG-TAA-AGTTATTTCCCAATTTTTTGTCATAATAAT
258 T-CTACG-ATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAA-TTTTTGCCACAATACT
*
1462 CAGA
320 CTGA
* * ** * *
1466 AAAAATATATAATTCAACAATAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATTATATCGTCTTT
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCT-A--ATATCGTTTTT
*** * *
1531 CCA-TTTTTTCCGAAACAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAAT
63 CCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAAT
* * * * * * * * **
1595 CCTTAATATCCAATGTGACTGAGATTTTGATTCGTTGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTGCA
128 CCTTAAT-TCCATTGTGGCTAAGA-TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAA
* * * * * * * *
1660 CAAAAAAACACGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGATCTT-AGCCAAAAACCGTGATGGT
191 CAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGC-ATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGT
* * * * ** *
1724 GTA-TAC-ACGATTTTGGCTAAAAACTGATCCGAAAGGT-TTTTCATCTCTTTTTTTTTGCCAAA
255 -TAGT-CTACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA-ATATTTT--TTTCTTAATTTTTGCCACA
*
1786 ATACTCT-T
315 ATACTCTGA
* ** * * *
1794 AAAATATAGATAATTCAACGTCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCA-GTTTTCACACATTTAATATT
1 AAAAT-TAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG-CTT----C---TAATATC
** * *
1858 GTTTTTCCA-TTTTTTCTAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAATCAGATGCTCGTAAAA
57 GTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAA
* *
1922 ATAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAAATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATT
122 ACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATT
* * * * *
1987 TAAACCACAAATCATGCAAAACTGAG-CCGGTCCCCGAAAGGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGAT
187 TAAACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGAT
* *
2051 GGTTAGTCTACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCG-AAATTTTGTTTTTCTTAATTTTTGCCACAA
252 GGTTAGTCTACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATT-TTTTTCTTAATTTTTGCCACAA
2115 TACTCTGA
316 TACTCTGA
* * *
2123 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGCAGGGTTTTTCACGCTTCTGATATCATTTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* * *
2188 TTTTGTTTTCCGAATTTACTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATT
66 -TTT-TTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATC
*
2253 CTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGTATGAATATAGATATTTCAAGTAGTATTTAAACA
129 CTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAG-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACA
* *
2318 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACTCATTTTAAGGCAAAAACC--G-T-G--A-
193 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAG
* * * * *
2376 TCCACAATTTTGGTTAAAAACTGACCC-ATAAA-A-TTTTTTCTTAATTTTTGTCACAATACTCT
258 TCTACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGA-AAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCT
2438 GA
322 GA
* * * * *
2440 CAAATTAAATAATTCAATACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATTGTTTTCCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* *
2505 --TTTTTCCGAATTTATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
66 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
* * * *
2568 CAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAAGACTATTTAAACAAAA
131 TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAAC-AAA
** * * * * *
2633 AAAAAATAGGCAAAATTGAGCCTGGTTAGACCCGAAATGCATTTTAAGGCAAAAACCATGATGGT
195 AAATCAT--GCAAAACTGAGTCTGG---GCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGT
* * * * * * *
2698 TAGTCCACGATTTAGCCTAAAAACTGACCTG--AATTTTTTTTTCTAAATTTTGGCCACAATACT
255 TAGTCTACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACT
2761 CTGA
320 CTGA
* * *
2765 AAAATTAAATGATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTGATATCG-TTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
*
2829 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAATCAAATCCT
66 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
* *
2894 TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACCAAA
131 TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAA
* * * * *
2959 AATCATGCAAAAC--AGTGCTAGGCCCCCAGAGGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGTTTAGTC
196 AATCATGCAAAACTGAGT-CTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTC
* *
3022 GACGATTTCGGCTAAAAACTGACTCAGAAAAT-TTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACAT-TG
260 TACGATTTCGGCTAAAAACTGAC-CCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATAC-TCTG
3085 A
323 A
* * * *
3086 AAACTTAAATAATTAAACAACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTTACGCTT-TGAATATCGTTTTTCC
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTTT-C
* * *
3150 TTCTTTTTTTTTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAATAA
64 --C-ATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAA
* * *
3215 ATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTGAGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTGTTTAAA
126 ATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAA
* * * ** * *
3280 CCAAAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTGCGAAAGGCGTTTTAAGGCAAAAACCGTGATG
191 -C--AAAAAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATG
* * * * *
3345 CTTAGTCCACGATTTCGG-TAAAAAACTTACCCGAAAGT-TTTTTTTCTAAATTTTTGCCACAAT
253 GTTAGTCTACGATTTCGGCT-AAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAAT
*
3408 ACTCAGA
317 ACTCTGA
* * *** * *
3415 AAAAATAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGCAGGGTTTTTCATAATTCTGATATTGTTTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* *
3480 --TTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCG-AACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
66 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
*
3542 TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAA
131 TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAA
* * *
3607 AATCATGCAACACTGAG-CCGGGACCCCGAAAGGCATTTTGAA-GCAAAAACCGTGATGGTTAGT
196 AATCATGCAAAACTGAGTCTGGG-CCCCGAAACGCATTTT-AAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGT
** * *
3670 CTACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAATTTTTTTTTTTCTAAATTTTTGCCACAATACTCTGA
259 CTACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
* * * * *
3735 AAAATTAAATAATTCAACAACAAAAAGATTGCATGGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCTT
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-C
* * **
3800 ATTTCTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGAAACTTGTAAAAACAAATCC
65 ATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCC
*** * * *
3865 TTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAAATAGATGAATATAGATATTTCGAGGAGTATTTAAGCCAA
130 TTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAA
* * * *
3930 AAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGCCTCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACTGTGATGGTTAGTC
195 AAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTC
* ** * * * *
3995 CAAAATTTCGGCTAAAAACTGACCC-CAATTTTTTTTGTTCTTAATTTTTGCCATAATACTCTGA
260 TACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTT-TTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
* * * * *
4059 TAAATTAAATAATTCAATACCAAAAAGATTTAAGGGTATTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* *
4124 TTTCTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
66 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
*
4189 TAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATG-----A-ATA--T-----AGTATTTAAACAAAA
131 TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAA
* * * * * *
4241 AATCATGCAAAATTGAGTTTGGGCCCTGAAATGCATTTTAAGGGAAAAACTGTGATGG-TAGTCT
196 AATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCT
* * *
4305 ATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCG---A-ATTTTTTTCTTAATTTCTGCCATAATACTCTGA
261 ACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
* * * *
4364 TAAATTATATAATTCAATACCAAAAAGACTT-AAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCC
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGA-TTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
*
4428 ATTTCTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCC
65 ATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCC
*
4493 TTAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAA
130 TTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAA
* *
4558 AAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGGAAAAACCGTGATGGTTAGTC
195 AAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTC
* *
4623 TATGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
260 TACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
* * * *
4687 AAAATTAAATAATTCAAGACCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTGATATCG-TTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* * *
4751 TTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAACCGAAACAAGATTCAGATCCTTGTAAAAACAAAAT-C
66 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAC-AAATCC
* * * * *
4815 TTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAGCTAGAGGAATACAGATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAA
130 TTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAA
* * * ** * *
4880 AAATAATACTAAACTGAACCGGGGCCCCGAGTACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGA----T-GT
195 AAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGA-AACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * * * *
4940 CCACGATTTTCAGTTAAAAACTGACCCGAAAAT-TTTTTTTCTTAATTTCTGCCATAATACTGTG
259 CTACGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTG
5004 A
323 A
* * * * * *
5005 TAAATTATATAATTCAATACCAAAAAGATTTAAGGGTTTTTCACGGTTCGAATATCGTTTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* * *
5070 TTTCTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCC
66 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCG-AAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCC
* * **
5135 TTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTGAGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTATTTAAACCTA
130 TTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAA
* ** * * * * *
5200 AAATCAGGCAAAACTTTGTCGGGGCCGCGAAAGGCGTTTTAAGGCAAAAACCGTGATACG-TA--
195 AAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGAT-GGTTAGT
* * * * * *
5262 C-ACGATTTCGACTAAAATCTGACCCG--AATTTTTTTTTCTTAATTTCTACCACAATACTCTAA
259 CTACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
* * * * *
5324 AAAATTAAATAATTCCATACCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCGAATATCGTTTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
** * * *
5389 TTTTTTTTTAGAATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTTGTAAAAATAAATCC
66 -TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCC
*
5454 TT-A----ATT-T--C------TTGG--AG--GAATATAGATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAA
130 TTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAA
* * ** * * * **
5501 AAATAACGTTAAACTGAG-CCGGGCCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAGAAACCGTGATGATTTTT
195 AAATCATGCAAAACTGAGTCTGGG-CCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * * * *
5565 CCACGATTTCAGCTAAAAACTGATCCG--AATTTTTTTTTCTTAATTTCTGCCATAATACTCTGA
259 CTACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
* * * * *
5628 TAAATTATATAATTCAATACCAAAAAGATTTAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* *
5693 TTTCTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAATCAAATCCT
66 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
* *
5758 TAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAA
131 TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAA
* * * * * *
5823 ACTCATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACTCATTTCAAGTCGAAAACCGTGATGGTTAGTCT
196 AATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCT
* *
5888 ATGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
261 ACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
* * * *
5951 TAAATTAAATAATTCAATACCAAAAGGATTAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* *
6016 TTTCTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
66 TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
* * *
6081 TAATTCCATTTTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAACA
131 TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAA
* * * *
6146 AATAATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGGAAAAACTGTGATAGTTAGTCT
196 AATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCT
* * *
6211 ATGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTTCCACAATACTCTGA
261 ACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
* * ** * * *
6274 AAAATTAAATAACTCAAGACTTAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTGATATCG-TTTTCCA
1 AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
*
6338 TTTTTTTCTGAAT
66 TTTTTTTCCGAAT
6351 GGCATTTTAA
Statistics
Matches: 4212, Mismatches: 528, Indels: 292
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
300 4 0.00
301 71 0.02
303 62 0.01
304 114 0.03
305 186 0.04
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308 3 0.00
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333 74 0.02
335 1 0.00
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (323 bp):
AAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCT
TAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAA
AATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCT
ACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGA
Found at i:6505 original size:203 final size:205
Alignment explanation
Indices: 6154--6554 Score: 558
Period size: 203 Copynumber: 2.0 Consensus size: 205
6144 CAAATAATGC
* * * * * *
6154 AAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGGAAAAACTGTGATAGTTAGTCTATGATTTC
1 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTC
* * *
6219 GCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTTCCACAATACTCTGAAAAATTAAAT
66 GCCTAAAAACTGACCCG-AAATATTTTTTTCTTAATTTCTGCAACAATACTCTGAAAAATTAAAT
** * *
6284 AACTCAAGACTTAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTG-ATATCGTTTT-CCATTTTTTTCT
130 AACTCAAGACCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTC-GAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCC
6347 GAATGGCATTTT
194 GAATGGCATTTT
* * *
6359 AAAACTGAGCCGGGGCCGCGAAAGGCATTTTAAGGCAACAACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTG
1 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATAGTTAGTCCACGATTT-
* * *
6424 GGCC-AAAAACTGACCCG-TATTTTTTTTTCTTAATTTCTGCAACAATACTCTGAAAAATTAAAT
65 CGCCTAAAAACTGACCCGAAATATTTTTTTCTTAATTTCTGCAACAATACTCTGAAAAATTAAAT
* *
6487 AATTCAATACCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCG
130 AACTCAAGACCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCG
6552 AAT
195 AAT
6555 TTATTTCTAA
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 21, Indels: 7
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
202 1 0.01
203 85 0.49
204 15 0.09
205 68 0.40
206 3 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (205 bp):
AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTC
GCCTAAAAACTGACCCGAAATATTTTTTTCTTAATTTCTGCAACAATACTCTGAAAAATTAAATA
ACTCAAGACCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCGA
ATGGCATTTT
Found at i:6705 original size:525 final size:528
Alignment explanation
Indices: 5870--6871 Score: 1555
Period size: 525 Copynumber: 1.9 Consensus size: 528
5860 TCAAGTCGAA
* * * *
5870 AACCGTGATGGTTAGTCTATGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTT
1 AACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTCGCCTAAAAACTGACCCG-AAATATTTTTTTCTTAATTTC
* *
5935 TGCCACAATACTCTGATAAATTAAATAATTCAATACCAAAAGGATTAAAGGGTTTTTCACGCTTC
65 TGCAACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAATACCAAAAGGATTAAAGGGTTTTTCACGCTTC
* * *
6000 TAATATCGTTTTTCCATTTCTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
130 GAATATCGTTTTCCCATTTCTTTCCGAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
* * *
6065 TGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTTTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
195 TGTAAAAACAAATCCTTAATTACATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTCCAAG
* * * *
6130 GAGTATTTAAACAACAAATAATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGGAAAAA
260 GAGTATTTAAACAAAAAATAAGGCAAAACTGAGTCCGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAA
* * *
6195 CTGTGATAGTTAGTCTATGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTT
325 CCGTGATAGTTAGTCTACGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTG
* ** * **
6260 CCACAATACTCTGAAAAATTAAATAACTCAAGACTTAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTG
390 CCACAATACTCTGAAAAATTAAATAACTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTG
6325 ATATCG-TTTTCCATTTTTTTCTGAATGGCATTTTAAAACTGAGCCGGGGCCGCGAAAGGCATTT
455 ATATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATGGCATTTTAAAACTGAGCCGGGGCCGCGAAAGGCATTT
6389 TAAGGCAAC
520 TAAGGCAAC
* * *
6398 AACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTGGGCC-AAAAACTGACCCG-TATTTTTTTTTCTTAATTTC
1 AACCGTGATAGTTAGTCCACGATTT-CGCCTAAAAACTGACCCGAAATATTTTTTTCTTAATTTC
*
6461 TGCAACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAATACCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTC
65 TGCAACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAATACCAAAAGGATTAAAGGGTTTTTCACGCTTC
* *
6526 GAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAAAT-AATCGAAACAAGATTCAGATGCT
130 GAATATCGTTTTCCCATTTCTTTCCGAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
* *
6590 TGTAAAAACAAATTCTTAATTACATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTCCAAG
195 TGTAAAAACAAATCCTTAATTACATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTCCAAG
* * *
6655 GAGTATTTAAACAAAAAATCAGGGAAAATTGAG-CCGGTGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAA
260 GAGTATTTAAACAAAAAATAAGGCAAAACTGAGTCCGG-GCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAA
* * * *
6719 ACCGTGATGGTTTGTCTACGATTTCTCCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTTTCTTAATTTTT
324 ACCGTGATAGTTAGTCTACGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTT
* * *
6784 GCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGCATGGTTTTTCACACTTCT
389 GCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAACTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACACTTCT
6849 GATATCGTTTTTCCATTTTTTTC
454 GATATCGTTTTTCCATTTTTTTC
6872 CGTATTTATT
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 43, Indels: 8
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
524 3 0.01
525 257 0.60
526 130 0.30
528 35 0.08
529 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (528 bp):
AACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAATATTTTTTTCTTAATTTCT
GCAACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAATACCAAAAGGATTAAAGGGTTTTTCACGCTTCG
AATATCGTTTTCCCATTTCTTTCCGAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTT
GTAAAAACAAATCCTTAATTACATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTCCAAGG
AGTATTTAAACAAAAAATAAGGCAAAACTGAGTCCGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAAC
CGTGATAGTTAGTCTACGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTTCTTAATTTTTGC
CACAATACTCTGAAAAATTAAATAACTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACACTTCTGA
TATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATGGCATTTTAAAACTGAGCCGGGGCCGCGAAAGGCATTTT
AAGGCAAC
Found at i:7022 original size:323 final size:322
Alignment explanation
Indices: 6359--7510 Score: 1599
Period size: 321 Copynumber: 3.6 Consensus size: 322
6349 ATGGCATTTT
* * * *
6359 AAAACTGAGCCGGGGCCGCGAAAGGCATTTTAAGGCAACAACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTG
1 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTT-
* * * *
6424 GGCC-AAAAACTGACCCG-TATTTTTTTTTCTTAATTTCTGCAACAATACTCTGAAAAATTAAAT
65 CGCCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAAT
* * *
6487 AATTCAATACCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTC-GAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCC
130 AATTCAACACCAAAAAGATTGCAGGGTTTTTCACGCTTCTG-ATATCGTTTTCCCATTTTTTTCC
* *
6551 GAATTTATTTCTAAAT-AATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAATTACAT
194 GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAATTCCAT
* * * * *
6615 TGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCAGGG
259 TGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACCAAAAATCATGC
* * * *
6679 AAAATTGAGCCGGTGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTTGTCTACGATTTC
1 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTC
*
6744 TCCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAAT
66 GCCTAAAAACTGACCCG-AAATTTTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAAT
* * *
6809 AATTCAACACCAAAAAGATTGCATGGTTTTTCACACTTCTGATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCG
130 AATTCAACACCAAAAAGATTGCAGGGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCG
* * * *
6874 TATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGTTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATT
195 AATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAATTCCATT
* * *
6939 GTAGCTAAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCGAGGAGTATTTAAACCAAAAATCATGC
260 GTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACCAAAAATCATGC
* * **
7002 AAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCATGATGGTTAGTCCATAATTTC
1 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTC
**
7067 GGATAAAAACTGACCCGAAA-TTTTTTTTCTTAATTTTT-CACACAATACTCTGAAAAATTAAAT
66 GCCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTCTTAATTTTTGC-CACAATACTCTGAAAAATTAAAT
* * * * *
7130 CATTCAACACCAAGAGGATTGCAGGGTTTTTCACGCTTCTGATATCATTTTCCCTTTTTTTTCCG
130 AATTCAACACCAAAAAGATTGCAGGGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCG
* *
7195 AATTTATTTCTAATTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAAATTCTTAATTCCATT
195 AATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAATTCCATT
* *
7260 GTGGCTAAGATTTGCTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATCTAAACCAAAAATCATGC
260 GTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACCAAAAATCATGC
** * * *
7323 AAAACTGAGCCGGGGTACCGAAAGGAATTTTAAAGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTC
1 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTC
* * * *
7388 -CGTTAAAAACTGACCCGTAAATTTTTTTTTC-T-ATTTTTGCCAGAAGACTAT--AAAATT-AA
66 GC-CTAAAAACTGACCCG-AAATTTTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAA
* * * * *
7447 TAATTCAACACCAAAAAGNTTAGCAGGATTTCTCACGCTTCTGATATTGTTTTTCCATTTTTTT
129 TAATTCAACACCAAAAAGATT-GCAGGGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTCCCATTTTTTT
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 87, Indels: 23
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
318 19 0.03
319 44 0.06
320 70 0.10
321 299 0.41
322 121 0.16
323 181 0.25
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (322 bp):
AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTC
GCCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATA
ATTCAACACCAAAAAGATTGCAGGGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCGA
ATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAATTCCATTG
TGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAAACCAAAAATCATGC
Done.