Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012430.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12451, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 1--1065 Score: 1461
Period size: 322 Copynumber: 3.3 Consensus size: 321
* ** * *
1 ATTCAAATGCTTGTAAACCCAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTCAAGATGAATAT
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGT-TAGATGAATAT
* *
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* * * *
131 TTAAGGGAAATACCGTGATGGTCTA-T----GATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTT
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*
191 TCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAAATCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTT
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* * * * *
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258 TTCACGCTTC-GAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAA-CAA
318 G
321 G
* * * *
319 ATTCAGATGCTTGTAAAAACTAAAT-CTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAGTTTGAGGAATAC
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAAC-AAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * *
383 AGATATTCCAAGGAGTTTTTAAACAAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAGACGCATT
65 AGATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCATT
* * *
448 TTATGGCAAATACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTC
130 TTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTC
* * * * * *
513 TTAATTTCTGCCATAATACTCTGATAAATTATATAATTCAATACCAAAAAGATTTAAGGGTTTTT
195 TTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTT
*
578 CACGCTTCGAATATCGTTTTTCCATTTCTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
260 CACGCTTCGAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
*
640 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATA
*
705 GATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATT
66 GATATTTCAAGGAGTATTTAAAC-AAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCATT
* * *
770 TTAAGGGAAAAACCGTGATGGTTAGTGCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTT
130 TTAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCG-AAATTTTTTTT
* *
835 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTTC-ACACCAAATAGATTGAAGGGTGT
194 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAA-TTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTT
* * *
899 TTCACGTTTCTG-ATATCG-TTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCAAAACAAG
258 TTCACGCTTC-GAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * * *
962 ATTAAGATGATTGTAAAAACAAATTCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATA
* *
1027 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAA
66 GATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAA
1066 ACCGTGATGG
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 74, Indels: 25
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
316 2 0.00
317 84 0.13
318 43 0.07
319 5 0.01
320 86 0.13
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324 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (321 bp):
ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATA
GATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCATTT
TAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCT
TAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTC
ACGCTTCGAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
Found at i:939 original size:322 final size:319
Alignment explanation
Indices: 1--4103 Score: 3819
Period size: 321 Copynumber: 13.1 Consensus size: 319
* ** * * * *
1 ATTCAAATGCTTGTAAACCCAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTCAAGATGAATAT
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGT-TAGAGGAATAC
* * *
66 AGATATTTCAAGGAATATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATT
65 AGATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATT
*
131 TTAAGGGAAATACCGTGATGGTCTA-T---GATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTT
130 TTAAGGGAAATACCGTGATGGT-TAGTCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTT
*
192 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAAATCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
194 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
* * *
257 TCACGTTTCTGATATCGTTTTCAATTTTTTTCTGAATTTATGTCTAATTAAATCAAATCATG
259 TCACGTTTCTGATATCGTTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCAAA-CAAG
* *
319 ATTCAGATGCTTGTAAAAACTAAAT-CTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAGTTTGAGGAATAC
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAAC-AAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATAC
* * * * *
383 AGATATTCCAAGGAGTTTTTAAACAAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAGACGCATT
65 AGATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATT
* * * *
448 TTATGGCAAATACCGTGATAGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCG-AAATTTTTTTT
130 TTAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTT
* * * * * *
512 CTTAATTTCTGCCATAATACTCTGATAAATTATATAATTCAATACCAAAAAGATTTAAGGGTTTT
194 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
* * *
577 TCACGCTTC-GAATATCGTTTTTCCATTTCTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
259 TCACGTTTCTG-ATATCG-TTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * *
640 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
* *
705 GATATTTCAAGGAGTATTTAAACAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATT
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAAC-AAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATT
*
770 TTAAGGGAAAAACCGTGATGGTTAGTGCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTT
130 TTAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTT
* *
835 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTTC-ACACCAAATAGATTGAAGGGTGT
194 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAA-TTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTT
899 TTCACGTTTCTGATATCGTTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCAAAACAAG
258 TTCACGTTTCTGATATCGTTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * * *
962 ATTAAGATGATTGTAAAAACAAATTCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
*** * *** * *
1027 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAA-ACCGTGAT-GG-TTAGATTATG-AT
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGT-CTGGGCCCCGA-AACGCAT
** * ** *** ** * *
1088 TTCGCCTAA---AAACTGACCCGAAAAT-ATATTTTCTTAATTTTTGCCACAAAACT---CTGAA
129 TT----TAAGGGAAA-T-A-CCG-TGATGGT-TAGTCACGATTTCGGCTA-AAAACTGACCCGAA
* * ** * * * *** *** * ***
1146 AA-A------ATAAATAATT----CAACAC-C-AAAAAGATTGAAGGGTTTTTCATGC--TTCGA
184 AATATTTTTTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAA-ATTAAATAATTCAACA-CCAAAAAGA
* ** * * ** * ** ** *
1196 AT--ATCGTTTTTC-CATTTCT--T-TCCGAATTT--ATTTCTAAT-TAAATCGA-AACAAGATT
247 TTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTGATAT-CG-TTTTCCATTT-TTTTCTGAATTTATTTCTA-ATT
*
1251 --C---------
308 AAATCAAACAAG
* *
1252 ----AGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
* * * * * * * *
1313 TATATTCCAAGGAGTATTTAAACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAAGGCATTT
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTT
* * * * *
1378 TAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGTTAAAAACTTACCCGAAAATTTTTTTTT
131 TAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA-TATTTTTT
* * * * *
1443 CTTAATTCTTGCCAGAATACTCTAAAAAATTAAATAGTTCAACACCAAAAAGATTGCAGGGTTTT
194 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
* * *
1508 TCACGCTTCTGATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTA-TT-T-A-T-AAT--TACAAG
259 TCACGTTTCTGATATCG-TTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCAAACAAG
** * * * *
1563 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTTTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
** * *
1628 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAAATCCTGCAAAATTGAGTC-GTTGCCTCGAAACGCAT
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAAC-AAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTG-GGCCCCGAAACGCAT
* * * * *
1692 TATAAAGAAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTT
129 TTTAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTT
* * ** *
1757 TCTTAATCTTTGCCACAATATTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACTGAAAAGATTTAAGGGTTT
193 TCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTT
* * *
1822 TTCACGTTTCTGATATCGTTTTCCATTTTTTCCCGAATTTATTTATAATTAAATCGAAACAAG
258 TTCACGTTTCTGATATCGTTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * * * *
1885 ATTCATG-TGCTTGTAAAAAAAAATTCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATAT
1 ATTCA-GATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATAC
* * * * * *
1949 AGCTATTTCAAGGAGTA-TT----------TAA--C-----TGAGCCGGGGCCCTGAAACTCATT
65 AGATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATT
* * * * *
1996 TTAAGGCAAAAACCGCGATGGTTAGTCCATGATTTCGGCTAAAAACTGACCC-AAAAAATTTTTT
130 TTAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATA-TTTTT
* * *
2060 TCTTAATTTTTGCCAAAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACCCCAAAAAGATTGAAGGGTGT
193 TCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTT
** * * * *
2125 TTCACACTTATAATATCATTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
258 TTCACGTTTCTGATATC-GTTTTCCA-TTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * * * ** *
2190 ATTCAGATGCTTATAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
* * * *
2255 GATTTTTCAAGGAGTAATTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAG-CCGGG--CC---ACGCATTT
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTT
* * * * * *
2314 TAAGGCAAAAACCATGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAGCTTATCCCAAAAAT-TTTTTT
131 TAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCCGAAAATATTTTTT
* * * * *
2378 CTTAATTTTTTCCAGATTACTCTGAAAAATTTAATAATTCAACACCAATAAGATTGAAGGGTTTT
194 CTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
* * *
2443 TCACGCTTCTAAGATCGTTTTCCCA--TTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
259 TCACGTTTCTGATATCGTTTT-CCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * * * *
2504 ATTCAGATGCTTG-AAAAACAAATGCTTAATTCTATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATG---A-A
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
** *
2564 GATATTTTAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTT
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTT
* * * * * * * * *
2629 TAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCTATGATTTCGACTAAAAGCT--CAC-ACAATTTTTTTTT
131 TAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGTC-ACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTC
* * * *
2691 TTAAATATTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACCCCAAAAGGATTGAAGGGTGTT
195 TT-AATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
* * * ** *
2756 TCACGCTTCTAATATAGATTTTCCA-TTTTTTCCAAATTTATTTCTATTTAAATCGAAACAAG
259 TCACGTTTCTGATATCG-TTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * * * * *
2818 ATTCAGATGCTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
** * * *
2883 GATATTTTAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTTGGCCCTGAAACGCATTT
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTT
* * * *
2948 TAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTTC
131 TAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTC
* *
3013 TTAATTTTTGTCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAATATTGAAGGGTTTTT
195 TTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTT
* * *
3078 CACATTTTTGATATCGTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
260 CACGTTTCTGATATCGTTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * * * * *
3139 ATTCAAATGCTTATAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAATTAGATGAATATA
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
* * * * * *
3204 GATATTTCGAGGAGTATTTAAA-ACAAAAATCATGCAAAGCTT-AG-CCGGAGCCCCGAAACGGA
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACA-AAAAATAATGCAAA-ATTGAGTCTGG-GCCCCGAAACGCA
* * * * * *
3266 TTTTAAGGAAAAAACCGTGATGGTTATTCTACGATTTCGGCTAAAAACT--CAC-ACAATTTTTT
128 TTTTAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGTC-ACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTT
* * * * * *
3328 TTTTTAATATTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAACTCAACCCCAAAAAGATTGAATGGTG
192 TTCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTT
* * * *
3393 TTTCACGCTTCTAATATAGATTTTCCATCTTTTT-TGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
257 TTTCACGTTTCTGATATCG-TTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * * *
3457 ATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCATTAATTCCATTGTGGCTAAGATTT-GCTT--A-GAATAT
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAG-TTAGAGGAATAC
* * * **
3518 AGATTTTTCAAGGAGTAATT--A-AAAAAATAATGCAAAAGAGAGTC-GGG--CC---ACGCATT
65 AGATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATT
* * ** * * *
3574 TTAAGGCAAAAACCAAGTTGTTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTTATCCC-AAAAT-TTTTT
130 TTAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCCGAAAATATTTTT
* * * *
3637 TCTTAATTTTTTCCAGATTACTCTGAAAAATTTAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAA-GGTTT
193 TCTTAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTT
* * * *
3701 TTCACGCTTCTAAGATCGTTTTCCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
258 TTCACGTTTCTGATATCGTTTT-CCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
* * * * *
3765 ATTCAGATGCTTG-AAAAACAAATGCTTAATTCTATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATG---A-A
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
** * * * *
3825 GATATTTTAAGGAATATTTAAACAAAAATTCATGCAAAATTGAGTCTGAGCCCCGAAACGCATTT
66 GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTT
* * * *
3890 TAAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTAGGCTAAAAACTGACTCGAAAATATTTTTTT
131 TAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGT-CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATA-TTTTTT
* * *
3955 CTTAAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAATTTAAATAATTTAACACCAAAAATATTGAAGGGTTT
194 CTT-AATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTT
* * *
4020 TTCACATTTTTGATATCGTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
258 TTCACGTTTCTGATATCGTTTTCCA-TTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATC-AAACAAG
4084 ATTCAGATGCTTGTAAAAAC
1 ATTCAGATGCTTGTAAAAAC
Statistics
Matches: 3174, Mismatches: 437, Indels: 346
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
283 10 0.00
284 14 0.00
285 1 0.00
286 102 0.03
287 8 0.00
288 6 0.00
294 6 0.00
298 5 0.00
299 11 0.00
300 8 0.00
301 2 0.00
302 25 0.01
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304 13 0.00
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310 15 0.00
311 5 0.00
312 31 0.01
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315 330 0.10
316 94 0.03
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320 115 0.04
321 413 0.13
322 308 0.10
323 97 0.03
324 14 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (319 bp):
ATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTAGTTAGAGGAATACA
GATATTCCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTT
TAAGGGAAATACCGTGATGGTTAGTCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTTCT
TAATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTC
ACGTTTCTGATATCGTTTTCCATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCAAACAAG
Found at i:1647 original size:315 final size:318
Alignment explanation
Indices: 1060--4103 Score: 3686
Period size: 315 Copynumber: 9.6 Consensus size: 318
1050 AAAAAATAAT
* * * * *
1060 GCAAAAACCGTGATGGTTAGAT-TATGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATATATTTTCTTA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAG-TCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCC-AAAATTTTTTTTCTTA
* * *
1124 ATTTTTGCCACAAAACTCTGAAAAAATAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAT
64 ATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAC
* *
1189 GCTTCGAATATCGTTTTTCCATTTCTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
129 GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTCAG
* * * * *
1254 ATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAGTTAGAGGAATACATATATT
192 ATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * *
1319 CCAAGGAGTATTTAAACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAAGGCATTTTAAG
257 TCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGG-CCCGAAACGCATTTTAAG
* *
1382 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGTTAAAAACTTACCCGAAAATTTTTTTTTCTTA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCC-AAAA-TTTTTTTTCTTA
* * * * *
1447 ATTCTTGCCAGAATACTCTAAAAAATTAAATAGTTCAACACCAAAAAGATTGCAGGGTTTTTCAC
64 ATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAC
* *
1512 GCTTCTGATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTA-TT-T-A-T-AAT-TACAAGATTCAGAT
129 GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATAAACAAGATTCAGAT
** *
1571 GCTTGTAAAAACAAATTTTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTCC
194 GCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
* ** * *
1636 AAGGAGTATTTAAACAAAAAAATCCTGCAAAATTGAGTCGTTGCCTCGAAACGCATTATAAA
259 AAGGAGTATTTAAAC-AAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCC-CGAAACGCATTTTAAG
*
1698 GAAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTTCTTAA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCC-AAAATTTTTTTTCTTAA
* * ** *
1763 TCTTTGCCACAATATTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACTGAAAAGATTTAAGGGTTTTTCACG
65 TTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
* * * *
1828 TTTCTGATATCG-TTTTCCATTTTTTCCCGAATTTATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCATG
130 CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTCA-G
* * * *
1892 -TGCTTGTAAAAAAAAATTCTTAATTCCATTGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGCTATT
192 ATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* *
1956 TCAAGGAGTATTT---------A--A--C-----TGAGCCGGGGCCCTGAAACTCATTTTAAG
257 TCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCC-GAAACGCATTTTAAG
* * *
2001 GCAAAAACCGCGATGGTTAGTCCATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCAAAAAATTTTTTTCTTAA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCC-AAAATTTTTTTTCTTAA
* * * *
2066 TTTTTGCCAAAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACCCCAAAAAGATTGAAGGGTGTTTCACA
65 TTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
* *
2131 CTTATAATATCATTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
130 CTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTCAG
* * * *
2196 ATGCTTATAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATTTT
192 ATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * *
2261 TCAAGGAGTAATTAAACAAAAAATAATGCAAAATTGAG-CCGGG-CC---ACGCATTTTAAG
257 TCAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCCGAAACGCATTTTAAG
* * * *
2318 GCAAAAACCATGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAGCTTATCCCAAAAATTTTTTTCTTAA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCCAAAATTTTTTTTCTTAA
* * * * *
2383 TTTTTTCCAGATTACTCTGAAAAATTTAATAATTCAACACCAATAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
65 TTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
* * *
2448 CTTCTAAGATCGTTTTCCCA--TTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
130 CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTCAGA
* *
2511 TGCTTG-AAAAACAAATGCTTAATTCTATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATG---A-AGATATTT
193 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
* *
2571 TAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCATTTTAAG
258 CAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GGGGCCCGAAACGCATTTTAAG
* * * * * * *
2633 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCTATGATTTCGACTAAAAGCT--CACACAATTTTTTTTTTTAAA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCAAAATTTTTTTTCTT-AA
* * * *
2696 TATTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACCCCAAAAGGATTGAAGGGTGTTTCACG
65 TTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
* * * *
2761 CTTCTAATATAGATTTTCCA-TTTTTTCCAAATTTATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGA
130 CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTCAGA
* *
2825 TGCTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
193 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
* **
2890 TAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTTGGCCCTGAAACGCATTTTAAG
258 CAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCC-GAAACGCATTTTAAG
*
2952 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGCCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTTCTTAA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCC-AAAATTTTTTTTCTTAA
* * *
3017 TTTTTGTCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAATATTGAAGGGTTTTTCACA
65 TTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
* * * *
3082 TTTTTGATATCG-TTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAA
130 CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTCAGA
* **
3146 TGCTTATAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTT
193 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
* * * * *
3211 CGAGGAGTATTTAAA-ACAAAAATCATGCAAAGCTT-AGCCGGAGCCCCGAAACGGATTTTAAG
258 CAAGGAGTATTTAAACA-AAAAATCATGCAAA-ATTGAGTCGG-GGCCCGAAACGCATTTTAAG
* * * * * *
3273 GAAAAAACCGTGATGGTTATTCTACGATTTCGGCTAAAAACT--CACACAATTTTTTTTTTTAAT
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCAAAATTTTTTTTCTTAAT
* * * * *
3336 ATTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAACTCAACCCCAAAAAGATTGAATGGTGTTTCACGC
66 TTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGC
* *
3401 TTCTAATATAGATTTTCCATCTTTTTT--GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
131 TTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTCAGA
* * * *
3464 TACTTGTAAAAACAAATCATTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGCTT--A-GAATATAGATTTTT
193 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
* * **
3526 CAAGGAGTAATT--A-AAAAAATAATGCAAAAGAGAGTC-GGG-CC---ACGCATTTTAAG
258 CAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCCGAAACGCATTTTAAG
** * * *
3579 GCAAAAACCAAGTTGTTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTTATCCCAAAA-TTTTTTTCTTAA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCCAAAATTTTTTTTCTTAA
* * * *
3643 TTTTTTCCAGATTACTCTGAAAAATTTAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAA-GGTTTTTCACG
65 TTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
* *
3707 CTTCTAAGATCGTTTTCCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
130 CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTCAGA
* *
3772 TGCTTG-AAAAACAAATGCTTAATTCTATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATG---A-AGATATTT
193 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
* * * * *
3832 TAAGGAATATTTAAACAAAAATTCATGCAAAATTGAGTCTGAGCCCCGAAACGCATTTTAAG
258 CAAGGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GGGGCCCGAAACGCATTTTAAG
* *
3894 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTAGGCTAAAAACTGACTCGAAAATATTTTTTTCTTA
1 GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGAC-CCAAAAT-TTTTTTTCTT-
* * *
3959 AATTTTTGCCACAATACTCTGAAAATTTAAATAATTTAACACCAAAAATATTGAAGGGTTTTTCA
63 AATTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA
** * *
4024 CATTTTTGATATCG-TTTTCCATTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
128 CGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAT--AAACAAGATTC
4088 AGATGCTTGTAAAAAC
190 AGATGCTTGTAAAAAC
Statistics
Matches: 2360, Mismatches: 278, Indels: 170
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
302 1 0.00
303 145 0.06
304 8 0.00
305 109 0.05
306 68 0.03
307 64 0.03
308 100 0.04
309 68 0.03
310 4 0.00
311 4 0.00
312 35 0.01
313 117 0.05
314 116 0.05
315 341 0.14
316 86 0.04
317 151 0.06
318 224 0.09
319 183 0.08
320 21 0.01
321 257 0.11
322 152 0.06
323 106 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (318 bp):
GCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCAAAATTTTTTTTCTTAAT
TTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGC
TTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATAAACAAGATTCAGATGC
TTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
GGAGTATTTAAACAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCCCGAAACGCATTTTAAG
Done.