Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012458.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12479, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3679
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Found at i:1977 original size:329 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--3671 Score: 5001
Period size: 329 Copynumber: 11.1 Consensus size: 333
* * *
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTTAGATTCTCGT-AAAACAAATTCTTAAATGCAGTGTGACTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * *
65 AAATTTAATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGTG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* *
130 TCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTGGCGAAAAATTGTGATGGTTAT-TACACGGTTTTGGCTAAAA
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTT-TGTACACGGTTTTGGCTAAAA
* * *
194 TTTTGCAAAAATATGACCAGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTCGATAAAATACCCAAAAAATATA
195 TTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATA
* ** *
259 TAAAATTTAACGGCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACACTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTT
259 TACAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTT
*
324 ACTGAATAAA
324 TCTGAATAAA
* * *
334 TTTCTAATTAATCGAAA-AAGATTCAAATTCTCGTACAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGTTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * *
398 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGTGCCAAAAATCACGCAAAACTTAG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * *
463 TCGGGGCTCCGAAACACGTTTTTAGCGAAAAATTGTGAT-GTTTAGTACATGGTTTTGACTAAAA
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTT-GTACACGGTTTTGGCTAAAA
* * * *
527 TTTTGCAAAAAAAAAAAAT-ACCCGAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGATAAAATACCCATAAA
195 TTTTGC-----AAAAAAATGACCGGAAAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAA
* * * * * * *
591 ATATATAGAATTTAACGCCAAGAATATTGAAGGTCTTTTGACGCTTTTAATGTCGTTTTT-ATAA
254 ATATATACAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAA
* *
655 --TTTTCTTAATTAA
319 TTTTTTCTGAATAAA
* * * * ** * * *
668 TTTCAAATTAATCGAAACATGATTTAAACGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATATGGGTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * * * *
733 AAATTTTACTAGATAAATATAAATATTTAAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * *
798 -CGGGGTCCCCAAAACGCG-TTTTAGCG-AAAATTGTGATGGTTTGTACATGGTGTTGGCTAAAA
131 TCGGGG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGGCTAAAA
860 TTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAA-ATAT
195 TTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATAT
* * * * *
924 ACAATTTAACTCCAAGAAGCTTTAAGGCCTTTTCATGCTTTTGATATCGTTTATCATTATTTTTT
260 ACAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTTT
989 CTGAATAAA
325 CTGAATAAA
* * *
998 TTTCTAATTAATCGAAAGAAGATTCAGATTTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGACTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * *
1063 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGACACAAATCATGCAAAACTGTG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * *
1128 CCGGGTCCCCGAAACGCGTTTTTAGCG---AA---TGATGG--AGTACACGGTTTTGGCTAAAAT
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGGCTAAAAT
*
1185 TTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACCCAAAAAATATAT
196 TTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATAT
* * *
1250 ACAATTTAACACCAAGAAGATTGAAGGCCATGTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTTT
260 ACAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTTT
1315 CTGAATAAA
325 CTGAATAAA
* *
1324 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATGCAGTGTGGCAA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * *
1389 AAATTTTAGTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCAAGCAAAATTGAG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * *
1454 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGAT-GTTTAGTACACAGATTTGACTAAAA
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTT-GTACACGGTTTTGGCTAAAA
* * * *
1518 TTTTGCAAAAAACTGACCGGATTAATTTCTTCCTCAATTTTTAGACAAAATACCCAAAAAATATA
195 TTTTGCAAAAAAATGACCGGA-AAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATA
* * * *
1583 TACAATTTAACGT-CAAGAATATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATGTCGTTTCTCATAA-TTT
259 TACAATTTAAC-TCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTT
* *
1646 TTCTTAATTAA
323 TTCTGAATAAA
* * * * *
1657 TTT-TAAATTAATAGAAACAAGATTTAAATTCTCGTAAAAA-AAA-CCTTAAATGCACTGTGGGT
1 TTTCT-AATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCT
* * * *
1719 AAAATTTTACTAGATCA-ATATAAATATTTCAAGGAGTGTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTG
65 AAAATTTTATTAGAT-AGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* * * *
1783 TGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTATCG-AAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGGCTAAA
129 AGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGGCTAAA
1847 ATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATA
194 ATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATA
* * * * *
1912 TACAATTTAACTCCAAGAAGCTTTAAGGACTTTTCATGCTTTTGATATCGTTTTTCATTA-TTTT
259 TACAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTT
1976 TCTGAATAAA
324 TCTGAATAAA
*
1986 TTTCTAATTAATCGAAACAAAATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * * *
2051 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCATGGAGTCTCTGTGACAAAAATAATGCAAAACTGTG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * *
2116 CCGGGGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCG-AAAATAGTGATGGTTTG-ACACGGTTTTGGCTAAAAT
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGGCTAAAAT
* * *
2179 TTTGCGAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAAATTTTAGATAAAAGACCC-AAAAATATATA
196 TTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATATA
* * * * *
2243 CAATTTAACTCCAAGAAGCTTTAAGGCCTTTTGATGCTTTTGATATCGTTTTTCATTATTTTTT-
261 CAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTTTC
2307 TGAATAAA
326 TGAATAAA
*
2315 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATGCAGTGTGGCTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
*
2380 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * **
2445 TCGGGCCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTAATACACGGTTTTGGCTAAAAT
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGGCTAAAAT
*
2510 TTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACCCAAAAAATATAT
196 TTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATAT
* * * *
2575 ACAATTTAACACCAAGAAGATTGAATGCCTTGTCACGCTATTGATATCGTTTTTCATAATTTTTT
260 ACAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTTT
2640 CTGAATAAA
325 CTGAATAAA
* *
2649 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATGCAGTGTGGCAA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * * * *
2714 AAATTTTAGTAGATAGAGATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCAAGCAAAATTGAG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * *
2779 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGCG-TAGTACACGGTTTTGACAAAAA
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATG-GTTTGTACACGGTTTTGGCTAAAA
* *
2843 TTTTGCAAAAAACTGACC-GAATTAATTTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCC-AAAAATAT
195 TTTTGCAAAAAAATGACCGGAA--AAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATAT
* * * *
2906 ATACAATTTAACGCTAAGAATG-TTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATGTCGTTTTTCATAATTT
258 ATACAATTTAACTCCAAGAA-GATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTT
*
2970 TTTCTGAATTAA
322 TTTCTGAATAAA
* *
2982 TTT-TAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATGCAGTGTGACTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * * *
3046 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATATCATGG-GCTCTCTGTGCCAAAAATCATTCAAAATTGA
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAG-TCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
** * *** *
3110 GTCGTAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGTGAAAAATTGTGAT--AACGTACACGGTTTTGCCTAAAA
130 GTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGGCTAAAA
*
3173 TTTTGC-AAAAAATGACCGGACAAATTCTTCCTCAATTTTTAGAT-AAATGACCCAAAAAATATA
195 TTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAAT-ACCCAAAAAATATA
* *
3236 TACAATTTAACTCCAAGAAGATTTAAGGCCTTTTCATGCTTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTT
259 TACAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGC-TTTTGATATCGTTTTTCATAATTTT
3301 TTCTGAATAAA
323 TTCTGAATAAA
*
3312 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTATGGCTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* *
3377 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGAAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * ** *
3442 TC-GGGCACCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAAGTGTGA-CGTTTAGTACATAGTTTTGACTAAA
131 TCGGGGC-CCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTT-GTACACGGTTTTGGCTAAA
* * * *
3505 ATTTTGCAAAAAAAAAAATGACCCGAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGATAAAATACCCATAAA
194 ATTTTGC----AAAAAAATGACCGGAAAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAA
* * * *
3570 ATATATACAATTTAACGCCAA-AGAGATTGAAGGTCTTTTCACGCTTTTAATGTCGTTTTT-AT-
254 ATATATACAATTTAACTCCAAGA-AGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATA
*
3632 ATTTTTTCTTAA-ATAA
318 ATTTTTTCTGAATA-AA
* *
3648 TTTCAAATTAATCGAAACATGATT
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATT
3672 TAAATGCT
Statistics
Matches: 2960, Mismatches: 308, Indels: 137
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
324 43 0.01
325 34 0.01
326 220 0.07
327 51 0.02
328 71 0.02
329 422 0.14
330 336 0.11
331 417 0.14
332 203 0.07
333 410 0.14
334 403 0.14
335 111 0.04
336 39 0.01
337 94 0.03
338 38 0.01
339 64 0.02
340 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGGCTAAAAT
TTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAATATATA
CAATTTAACTCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTTTC
TGAATAAA
Found at i:2764 original size:663 final size:664
Alignment explanation
Indices: 1--3671 Score: 4981
Period size: 663 Copynumber: 5.5 Consensus size: 664
* * *
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTTAGATTCTCGT-AAAACAAATTCTTAAATGCAGTGTGACTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * *
65 AAATTTAATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGTG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATAATGCAAAACTGAG
* * *
130 TCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTGGCGAAAAATTGTGATGGTTAT-TACACGGTTTTGGCTAAAA
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTT-TGTACACGGTTTTGACTAAAA
* *
194 TTTTGCAAAAATATGACCAGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTCGATAAAATACCCAAAAAATATA
195 TTTTGCAAAAA-ATGACCGGAAAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCC-AAAAATATA
* * * *
259 TAAAATTTAACGGCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACACTTTTGATATCGTTTTTCATAATTTTT
257 TACAATTTAACGCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTT
* * *
324 ACTGAATAAATTTCTAATTAATCGAAA-AAGATTCAAATTCTCGTACAAACAAATCCTTAAATGC
322 TCTGAATAAATTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGC
* * *
388 AGTGTGGTTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGTGCCAAAAATCACG
387 AGTGTGGCTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATG
* * * * * *
453 CAAAACTTAGTCGGGGCTCCGAAACACGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGTTTAGTACATGGTTT
452 CAAAACTGAGTCGGGCCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAA-TGTGATGGTTAGTACACGGTTT
* * *
518 TGACTAAAATTTTGCAAAAAAAAAAAAT-ACCCGAAAAAGTTT-TTCCTCAATTTTTTGATAAAA
516 TGGCTAAAATTTTGC-----AAAAAAATGACCGGAAAAA-TTTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAA
* * * * * * * *
581 TACCCATAAAATATATAGAATTTAACGCCAAGAATATTGAAGGTCTTTTGACGCTTTTAATGTCG
575 TACCCAAAAAATATATACAATTTAACACCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCG
* *
646 TTTTT-ATAA--TTTTCTTAATTAA
640 TTTTTCATAATTTTTTCTGAATAAA
* * * * ** * * *
668 TTTCAAATTAATCGAAACATGATTTAAACGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATATGGGTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * * * ** *
733 AAATTTTACTAGATAAATATAAATATTTAAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATAATGCAAAACTGAG
* * * *
798 -CGGGGTCCCCAAAACGCG-TTTTAGCG-AAAATTGTGATGGTTTGTACATGGTGTTGGCTAAAA
131 TCGGGG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGACTAAAA
*
860 TTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAAATATA
195 TTTTGC-AAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAATATATA
* * * * * * *
925 CAATTTAACTCCAAGAAGCTTTAAGGCCTTTTCATGCTTTTGATATCGTTTATCATTATTTTTTC
259 CAATTTAACGCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTTC
* *
990 TGAATAAATTTCTAATTAATCGAAAGAAGATTCAGATTTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAG
324 TGAATAAATTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAG
* * *
1055 TGTGACTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGACACAAATCATGCA
389 TGTGGCTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCA
* * *
1120 AAACTGTGCCGGGTCCCCGAAACGCGTTTTTAGCG---AA--TGATGG--AGTACACGGTTTTGG
454 AAACTGAGTCGGGCCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATGTGATGGTTAGTACACGGTTTTGG
*
1178 CTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACCCAAAA
519 CTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAA
* *
1243 AATATATACAATTTAACACCAAGAAGATTGAAGGCCATGTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATA
584 AATATATACAATTTAACACCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATA
1308 ATTTTTTCTGAATAAA
649 ATTTTTTCTGAATAAA
* *
1324 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATGCAGTGTGGCAA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * *
1389 AAATTTTAGTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCAA-GCAAAATTGA
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAAT-AATGCAAAACTGA
* *
1453 GTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGAT-GTTTAGTACACAGATTTGACTAAA
130 GTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTT-GTACACGGTTTTGACTAAA
* * *
1517 ATTTTGCAAAAAACTGACCGGATTAATTTCTTCCTCAATTTTTAGACAAAATACCCAAAAAATAT
194 ATTTTGCAAAAAA-TGACCGGA-AAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCC-AAAAATAT
* * * *
1582 ATACAATTTAACGTCAAGAATATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATGTCGTTTCTCATAA-TTT
256 ATACAATTTAACGCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTT
* * * * *
1646 TTCTTAATTAATTT-TAAATTAATAGAAACAAGATTTAAATTCTCGTAAAAA-AAA-CCTTAAAT
321 TTCTGAATAAATTTCT-AATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * * *
1708 GCACTGTGGGTAAAATTTTACTAGATCA-ATATAAATATTTCAAGGAGTGTCGGTGCCAAAAATC
385 GCAGTGTGGCTAAAATTTTATTAGAT-AGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATC
* * * * *
1772 ATGCAAAACTGTGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTATCGAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGT
449 ATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATGTGATGGTTAGTACACGGT
1837 TTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACC
514 TTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACC
* * * * *
1901 CAAAAAATATATACAATTTAACTCCAAGAAGCTTTAAGGACTTTTCATGCTTTTGATATCGTTTT
579 CAAAAAATATATACAATTTAACACCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTT
*
1966 TCATTA-TTTTTCTGAATAAA
644 TCATAATTTTTTCTGAATAAA
*
1986 TTTCTAATTAATCGAAACAAAATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * * *
2051 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCATGGAGTCTCTGTGACAAAAATAATGCAAAACTGTG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATAATGCAAAACTGAG
* * * *
2116 CCGGGGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCG-AAAATAGTGATGGTTTG-ACACGGTTTTGGCTAAAAT
131 TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGACTAAAAT
* *
2179 TTTGCGAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAAATTTTAGATAAAAGACCCAAAAATATATAC
196 TTTGC-AAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAATATATAC
* * * * * * *
2244 AATTTAACTCCAAGAAGCTTTAAGGCCTTTTGATGCTTTTGATATCGTTTTTCATTATTTTTT-T
260 AATTTAACGCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTTCT
*
2308 GAATAAATTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATGCAGT
325 GAATAAATTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGT
*
2373 GTGGCTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAA
390 GTGGCTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAA
*
2438 AACTGAGTCGGGCCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTAATACACGGTTTTGG
455 AACTGAGTCGGGCCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAA-TGTGATGGTTAGTACACGGTTTTGG
*
2503 CTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACCCAAAA
519 CTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAA
* * *
2568 AATATATACAATTTAACACCAAGAAGATTGAATGCCTTGTCACGCTATTGATATCGTTTTTCATA
584 AATATATACAATTTAACACCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATA
2633 ATTTTTTCTGAATAAA
649 ATTTTTTCTGAATAAA
* *
2649 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATGCAGTGTGGCAA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* * *
2714 AAATTTTAGTAGATAGAGATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCAA-GCAAAATTGA
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAAT-AATGCAAAACTGA
* *
2778 GTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGCG-TAGTACACGGTTTTGACAAAA
130 GTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATG-GTTTGTACACGGTTTTGACTAAA
*
2842 ATTTTGCAAAAAACTGACC-GAATTAATTTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAATAT
194 ATTTTGCAAAAAA-TGACCGGAA--AAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAATAT
* *
2906 ATACAATTTAACGCTAAGAATG-TTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATGTCGTTTTTCATAATTT
256 ATACAATTTAACGCCAAGAA-GATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTT
* *
2970 TTTCTGAATTAATTT-TAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTCAAAT
320 TTTCTGAATAAATTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * *
3034 GCAGTGTGACTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATATCATGG-GCTCTCTGTGCCAAAAATC
385 GCAGTGTGGCTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAG-TCTCTGTGCCAAAAATC
* * * * * *
3098 ATTCAAAATTGAGTCGTAG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGTGAAAAAT-TG-TGATAACGTACACG
449 ATGCAAAACTGAGTCG-GGCCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATGTGATGGTTA-GTACACG
* *
3160 GTTTTGCCTAAAATTTTGC-AAAAAATGACCGGACAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGAT-AAATG
512 GTTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAAT-
* * *
3222 ACCCAAAAAATATATACAATTTAACTCCAAGAAGATTTAAGGCCTTTTCATGCTTTTTGATATCG
576 ACCCAAAAAATATATACAATTTAACACCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGC-TTTTGATATCG
3287 TTTTTCATAATTTTTTCTGAATAAA
640 TTTTTCATAATTTTTTCTGAATAAA
*
3312 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTATGGCTA
1 TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
* *
3377 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGAAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
66 AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATAATGCAAAACTGAG
* * **
3442 TC-GGGCACCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAAGTGTGA-CGTTTAGTACATAGTTTTGACTAAA
131 TCGGGGC-CCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTT-GTACACGGTTTTGACTAAA
* * *
3505 ATTTTGCAAAAAAAAAAATGACCCGAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGATAAAATACCCATAAA
194 ATTTTGC-----AAAAAATGACCGGAAAAA-TTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCA-AAA
* *
3570 ATATATACAATTTAACGCCAA-AGAGATTGAAGGTCTTTTCACGCTTTTAATGTCGTTTTT-AT-
252 ATATATACAATTTAACGCCAAGA-AGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
* * *
3632 ATTTTTTCTTAA-ATAATTTCAAATTAATCGAAACATGATT
316 ATTTTTTCTGAATA-AATTTCTAATTAATCGAAACAAGATT
3672 TAAATGCT
Statistics
Matches: 2667, Mismatches: 269, Indels: 136
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
652 11 0.00
653 89 0.03
654 4 0.00
656 132 0.05
657 146 0.05
658 144 0.05
659 118 0.04
660 191 0.07
661 78 0.03
662 332 0.12
663 477 0.18
664 185 0.07
665 183 0.07
666 306 0.11
667 114 0.04
668 157 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (664 bp):
TTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTGTGGCTA
AAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATAATGCAAAACTGAG
TCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTTGTACACGGTTTTGACTAAAAT
TTTGCAAAAAATGACCGGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAATATATACA
ATTTAACGCCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTTCTG
AATAAATTTCTAATTAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAGTG
TGGCTAAAATTTTATTAGATAGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGTGCCAAAAATCATGCAAA
ACTGAGTCGGGCCCCCGAAACGCGTTTTTAGCGAAAAATGTGATGGTTAGTACACGGTTTTGGCT
AAAATTTTGCAAAAAAATGACCGGAAAAATTTCTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACCCAAAAAA
TATATACAATTTAACACCAAGAAGATTGAAGGCCTTTTCACGCTTTTGATATCGTTTTTCATAAT
TTTTTCTGAATAAA
Done.