Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012465.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12486, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3279
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Found at i:1239 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--2639 Score: 3838
Period size: 332 Copynumber: 8.0 Consensus size: 332
* * *
1 ATTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACCCGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTAGCC
1 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CC
* * * * * *
66 GAAAAATTTGTCCTCGATTTTTGGCCAAAATACTCACAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAT
65 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT
* *
131 ATTGATGGACTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
130 ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
* * * * *
196 AATCGAGACAAGATTTTGATGCTCGTCAAATCTAATCCTTAAATCCATTGTGGCCGAGATTTGGT
195 AATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGT
*
261 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCCTGGCGCAAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCA
260 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC-AAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCA
* **
326 CTGGAACAA
324 CCGGAACGC
* * * * * *
335 ATTTTTAGGCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACAATTTGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCC
1 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CC
* * ** *
400 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATAATCTTAAAAAATATATAATTCAGTGCCAAAATT
65 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT
*
465 ATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
130 ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
* * *
530 AATCAACACATGATTCTGATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTCGGT
195 AATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGT
*
595 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCAC
260 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCAC
660 CGGAACGC
325 CGGAACGC
* *
668 AATTTTAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTC
1 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-C
* * * *
733 G---AATATTACCTC-A-TTTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAG
65 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT
* * * * *
793 ATTGATGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTTATTA
130 ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
*
858 AATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGT
195 AATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGT
* * * * *
923 TAGATAAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGGGCAAAAATTCATGCAAAAATGAACCGTAGCAC
260 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCAC
988 CGGAACGC
325 CGGAACGC
* * * *
996 ATTTTTAGCCAGAAATCGTGATGGTTAGTACCCGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCT
1 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CC
* * * *
1061 GAAAAATTTGT-CTCGATTTTTGGCCAGAATACTCATAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAT
65 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT
* *
1125 ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTCTCCGAATTAATTTCTCATTA
130 ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
*
1190 AATCGACACATGATTCTGATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCA-AGATTTGG
195 AATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGG-CAGAGATTTGG
*
1254 TTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCA
259 TTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCA
*
1319 CCGGAACAC
324 CCGGAACGC
* * * * *
1328 ATTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACAATTTGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCC
1 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CC
*
1393 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAGCGCCAAAAAT
65 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT
* * *
1458 ATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCCACA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
130 ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
*
1522 AATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGT
195 AATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGT
* *
1587 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAGAACTGAACCGGAGCAC
260 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCAC
1652 CGGAACGC
325 CGGAACGC
* **
1660 ATTTTTAGCCAAAATCTATGATGG-TAGTACACGATTTGGGCT-AAATTTTGCAAAAATTGACTC
1 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-C
* * * * * *
1723 GAAAATCTTCTTTCCTAAATTTTTTGCCAGAATACTCATAATATATATACAATTCAACGCCAAAA
65 GAAAA-ATT-TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * *
1788 AGATTCATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCAT
128 ATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCAT
* * * *
1853 TAAATCAACAAATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTT
193 TAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTG
* * *
1918 GTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATACAGAACTGAACCGGAGC
258 GTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGC
1983 ACCGGAACGC
323 ACCGGAACGC
* * *
1993 ATTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGTTAAAATTTTGCAAAAA-TGACCC
1 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCG
* * * *
2057 AAAATTTATTTCCTCAA-TTTTGGCCAAAATACTTATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
66 AAAAATT-TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT
* * * * *
2121 ATTGATGTGTTTTTGACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCC-AACTTAATTTTTCATT
130 ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAA-TTAATTTCTCATT
* * * *
2185 AAATGGACACATAATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTG
194 AAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGG
* *
2250 TAAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTAGG-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGC
259 TTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTT-GGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGC
*
2314 ACCGGAACAC
323 ACCGGAACGC
* *
2324 ATTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCC
1 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CC
* * * * * *
2389 GAAAAATTTGTCCTCTATTATTGGCCAGAATACTCATAGATAATATATAATTCAATGCCAAAAAT
65 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT
*
2454 ATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATA--TTT-CGAATTAATTTCTCATTA
130 ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTA
* *
2516 AATCGACTCATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGT
195 AATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGT
* * *
2581 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGCCTTAAG-GCAAGAAATCATGCAAAACTGAACCG
260 TAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTT-GGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
2640 CACGATTTGG
Statistics
Matches: 2071, Mismatches: 212, Indels: 48
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
328 285 0.14
329 3 0.00
330 163 0.08
331 305 0.15
332 574 0.28
333 442 0.21
334 285 0.14
335 14 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCG
AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATA
TTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAA
ATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTT
AGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACC
GGAACGC
Found at i:2921 original size:289 final size:286
Alignment explanation
Indices: 2358--2926 Score: 1039
Period size: 289 Copynumber: 2.0 Consensus size: 286
2348 TTAGTACACA
*
2358 ATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGAAAAATTTGTCCTCTATTATTGGCCAGAATACT
1 ATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGAAAAATTTGTCCTCGATTATTGGCCAGAATACT
*
2423 CATAGATAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGATTT
66 CATAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGATTT
2488 TCCTATATTTCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACTCATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATC
131 TCCTATATTTCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACTCATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATC
2553 CTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGCCTTAAGGCAA
196 CTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGCCTTAAGGCAA
2618 GAAATCATGCAAAACTGAACCGCACG
261 GAAATCATGCAAAACTGAACCGCACG
*
2644 ATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGAAAAATTTGTCCTCGATTTTTGGCCAGAATACT
1 ATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGAAAAATTTGTCCTCGATTATTGGCCAGAATACT
*
2709 CATAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTT
66 CATAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGATTT
* *
2774 TTCTATATTTTCCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACTCATGATTCTTATGCTCGTCAAATCAA
131 TCCTATA-TTT--CGAATTAATTTCTCATTAAATCGACTCATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAA
**
2839 ATCCTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGCCTTGGGG
193 ATCCTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGCCTTAAGG
2904 CAAGAAATCATGCAAAACTGAAC
258 CAAGAAATCATGCAAAACTGAAC
2927 TGTAACACCG
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 8, Indels: 3
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
286 132 0.49
287 3 0.01
289 137 0.50
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (286 bp):
ATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGAAAAATTTGTCCTCGATTATTGGCCAGAATACT
CATAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGATTT
TCCTATATTTCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACTCATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATC
CTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGCCTTAAGGCAA
GAAATCATGCAAAACTGAACCGCACG
Done.