Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012466.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12487, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Found at i:1289 original size:665 final size:663
Alignment explanation
Indices: 1--4479 Score: 4714
Period size: 665 Copynumber: 6.8 Consensus size: 663
* * *
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAA-AAATCGT
1 TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAG-CAAGAAACCGT
* * * * *
65 GATAGTTAGTACACAATTTGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAAA-TTTTTCCTCAAT
65 GATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA--CGAAAAATTTTTTCCTAAAT
* * *
129 TTCTGGCCAGAATACTCATAAGAAATATATAATTCAGCGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACG
128 TTTTGGCCAGAATACTCATAA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACG
* * *
194 CTTCTAATATCGATTTTTCCCACATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGAGTCT
192 CTTCTAATATCGA-TTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCT
* * *
259 GATGCTAGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATGGTGTCAGAGATTTGGTTAGATGAATATATATAT
256 GATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATG-------A-AT
* * * *
324 ATATATATTTTAATGACTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCACCCGAACGCA
313 ATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCA
* * *
389 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTTAGGCTAAAATTTT-CCAAAATTTACCCA
378 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCA
* * * * *
453 AAAAAATTTTCCTCAATTTTGGCCAAAATACTCATAATAAATATATAACTCAACGCCAGAAATAT
443 AAAAATTTTTCCTCAATTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* *
518 TGATGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTACAACCTAATTTCTCATTAAA
508 TGATGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAA
* * * * *
583 TTGACGCATGATTCTGATGCACGTCAAATCATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTA
573 TCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTA
648 GATAAATATAGATATTTCAATGAGTC
638 GATAAATATAGATATTTCAATGAGTC
* * * *
674 TTGGGGCAAGAAATCATGCAAAAATGAACCGTAGCACCGTAACGCATTTTTCGCAAGAAACCGTG
1 TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCAAGAAACCGTG
*
739 ATGGTTACTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTTGAAAAATTTTTTCCTAAATT
66 ATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC--GAAAAATTTTTTCCTAAATT
* *
804 TTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGC
129 TTTGGCCAGAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGC
* * *
869 TCCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGATTCTGA
193 TTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGA
934 TGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
258 TGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
* *
999 CAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGTAAAACTGAAACGGAGCACCGGAACGCA-TTTTAGCCA
323 CAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCA
* * * *
1063 AAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTAGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCAAAAAAATCTT
388 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTT
* **
1128 CCTCAATTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCATAAAGATTTTTGTGTTT
453 CCTCAATTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGTTT
*
1193 TTTACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATG
518 TTCACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATG
* * * *
1258 ATTCTGATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGAATGAAATTTGGTTTGATAAATATA
583 ATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAATATA
1323 GATATTTCAATGAGTC
648 GATATTTCAATGAGTC
*
1339 TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAGAAACCGTG
1 TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCAAGAAACCGTG
* * * *
1404 ATGGTTAGTACACGATTTGGACTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCAAAAATTTTGTCCTGAATTT
66 ATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CGAAAAATTTTTTCCTAAATTT
* * *
1469 TTGGCCAGAATACTCATAGGAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATAGATGGGCTTTTCACGCT
130 TTGGCCAGAATACTCATA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCT
1534 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGAT
194 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGAT
* * * *
1599 GCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCGATTGTGGCCGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTAC
259 GCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
* * * * *
1664 AATGTGTCTTGGCGCACAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCATCGGAACGCATTTTTAGCCAA
324 AATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAA
* * * * *
1729 AAATCGTGATGGTTAGTACACAATTT-GTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAATTTTTT
389 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAG-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTT
* * * * **
1793 CCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAGCGCCAAAAATATTGATGGGCA
453 CCTCAA-TTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGTT
* * *
1858 TTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCCACA-TTTTCCGAA-TTAATTTCTCATTAAATCGACACA
517 TTTCACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCC-AACTTAATTTCTCATTAAATCGACACA
* * *
1921 TGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCACTGTGGAAGAGATTTGGTTAGATGAATA
581 TGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAATA
1986 TAGATATTTCAATGAGTC
646 TAGATATTTCAATGAGTC
* *
2004 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAA-AAACCGT
1 TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAG-CAAGAAACCGT
2068 GATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTCCTAAAT
65 GATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA--CGAAAAATTTTTTCCTAAAT
* *
2133 TTTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACG
128 TTTTGGCCAGAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACG
* * * *
2198 CTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATAAGTCTG
192 CTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTG
2263 ATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
257 ATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* *
2328 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGTAAAACTGAAACGGAGCACCGGAACGCA-TTTTAGCC
322 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCC
* *
2392 -AAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTAGGCTAAAATTTTCCAAAAATTGACCC-AAAAATTTT
387 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTT
*
2455 TCCTTAATTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGTT
452 TCCTCAATTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGTT
* *
2520 TTTCACTCTTCTAATATCGATTGTTCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACAT
517 TTTCACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACAT
* * * *
2585 GATTCTGATGCTCGTCAAATCAATTCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATAA
582 GATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAATAT
*
2650 AGATATTTCAATGAGCC
647 AGATATTTCAATGAGTC
* *
2667 TTGTGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAGAAACCGTG
1 TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCAAGAAACCGTG
* * * **
2732 ATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCAGAAATTTTGTCCTTGATTT
66 ATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CGAAAAATTTTTTCCTAAATTT
** * *
2797 TTGGCCAGAATACTCATAGAAAATATATAATTCAATACCAAAAATATTGATGGCCATTTCACGCT
130 TTGGCCAGAATACTCATA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCT
* *
2862 TCTAATATCGATTTTCCCACA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGAT
194 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGAT
* * * *
2926 ACTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTC
259 GCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
* * *
2991 AATGAGTCTTGGCGCAAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAATGCACTTTTAGCCA
324 AATGAGTCTTGGCGC-AAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCA
* * * * *
3056 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGTTAAAATTTTGCAAAAATTCACTCGAAAAATTTTT
388 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-CCAAAAAATTTT
* * **
3121 TCCTGAATTTTTGGCCAGAATA--C----------T-T-A-T-AA-G-C------ATT--TG-AA
452 TCCTCAA-TTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGT
* * * ** * * * *
3159 TCTT---G-TTCTAATAT-TATTTTTCC-AT-TTTTTCGGATTTAATTTCTAATTAAATCAAAAC
516 TTTTCACGCTTCTAATATCGA-TTGTCCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACAC
* ** * * * * * ** * *
3217 AAGATTCAAATACTCGTAAAATGAGATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGTTGAAT
580 ATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAAT
* *
3282 ATAGATA-TTCTAAGGACTC
645 ATAGATATTTC-AATGAGTC
*** * ** * * * ** * *
3301 TTTACGCTAATTATCATGCAAAA-TGGAGCCG-GGACCCCGGATTGCGTTTTTAGCCAG-AACTC
1 TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACT-GAACCGTAG-CACCGGAACGCATTTTTAGCAAGAAAC-C
* * *
3363 GTGATGGTTAGTACACGATTTTGG-----A-----CAAAAACTGACCCGAAAAA-TTTTTCCTTA
63 GTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA--CGAAAAATTTTTTCCTAA
* * * * * * * * * *
3417 ATTCTTT-GCAACAATTCTTAGAAAAAATATTTAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTT
126 ATT-TTTGGCCAGAATACTCA-TAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTC
* * ** * * * * * *
3481 ACACTTCTAAAATCG-TTTTTTTA-AATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAAGAAGATT
189 ACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATT
* * * * *
3544 CAT-ATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCAGAGATTTCGTTAGATGAATATAGA
254 C-TGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
* * * * * * * * *
3608 AATTTCAA-G-GGCACTGAGGGTC-AAAAATCATACAAAATTGAGCCGG-G-ACCCTGGAACCCA
318 TATTTCAATGAGTC-TTG-GCG-CAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCA-CC-GGAACGCA
* * * * *
3668 TTTTTATCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATTGATCC
378 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCC
* * * * * * * *
3733 -AAAAAGTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATATTCAGATAAAATATATAAATAAACGCCAAAAAT
442 AAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
* * * * * * * * * *
3797 ATTGAAGAGCTTTTCACGCTACTATTATCGTTTTTCC-A-ATTTATTCTGAA-TTAGTTTCTAAT
506 ATTGATGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTT-TTC-CAACTTAATTTCTCAT
* * * ** * ** ** *
3859 TAAATCGAAACAAGATTCAT-ATTCTAATAAAAAAAACATACCTTAAATCCAACGTGGCTGAGAT
569 TAAATCGACACATGATTC-TGATGCTCGTCAAATCAA-AT-CCTTAAATCCATTGTGGATGAGAT
* *
3923 TGGGTTAGATAAATATAG-TAATTTCAA-G-GGC
631 TTGGTTAGATAAATATAGAT-ATTTCAATGAGTC
* * * * * * * *
3954 TATGGGTGCCAAGAATCATGCAAAATTG-A-CATGGGACCCTGGATCGCGTTTTTAGCCAA-AAA
1 T-TGGG-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCA-CC-GGAACGCATTTTTAG-CAAGAAA
* * ** * * * *
4016 CTGTCATGGTTAGTATGCAATTTCGGCCAAAAAATTTTGCAAAAACTT-ATCCGATAAA-TTTTT
61 CCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGGC-TAAAATTTTGCAAAAA-TTGA--CGAAAAATTTTTT
* * * * * * * * * * * * *
4079 CCTCAATTTTTAGTCACAGTGCTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAGATAGAAGGGT
121 CCTAAATTTTTGGCCAGAATACTCA-TAAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAATATTGATGGGC
* * * * * * * *
4144 TTTTGACGGTTCTAATATCGTTTTTCC-AT-TTTTTCGGATTTAATTTCTAATTAAATCAAAACA
184 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACA
* ** * * * * *
4207 AGATTCAAATGCTTGTAAAATCAGATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGTTGAATA
249 TGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * ** * * ** **
4272 TAGATA-TTCTAAGGAGTTTTAACGCCAAAAATCATGCAAAA-TGGAGTC-GAG-ACCCCAAAGC
314 TAGATATTTC-AATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACT-GAACCGGAGCA-CCGGAA-C
* * * * * *
4333 GCGTTTTTAGCC-AGAACTCGTGATGGTTATTACACGATTT---C---GA----CCAAAAACTGA
375 GCATTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
* * * * * * *
4387 CTCAAAAAATTTTT-CTTAATTCTTTGCTACAATACTCAGAATAAATATATAATTCAACGCCAAA
439 CCCAAAAAATTTTTCCTCAATT-TTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
* *
4451 AAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAAT
503 AAGATTGATGTGTTTTTCACGCTTCTAAT
4480 TCGTTTTTAT
Statistics
Matches: 3267, Mismatches: 421, Indels: 252
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
620 1 0.00
621 32 0.01
622 78 0.02
623 110 0.03
624 76 0.02
625 9 0.00
629 1 0.00
633 9 0.00
634 156 0.05
635 4 0.00
636 14 0.00
637 2 0.00
638 1 0.00
639 1 0.00
640 3 0.00
641 2 0.00
643 3 0.00
645 3 0.00
647 1 0.00
648 3 0.00
649 1 0.00
650 1 0.00
651 3 0.00
652 18 0.01
653 45 0.01
654 12 0.00
655 88 0.03
656 12 0.00
657 72 0.02
658 10 0.00
661 115 0.04
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663 230 0.07
664 387 0.12
665 666 0.20
666 343 0.10
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668 179 0.05
669 6 0.00
670 1 0.00
671 1 0.00
672 3 0.00
673 196 0.06
674 80 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (663 bp):
TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCAAGAAACCGTG
ATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGAAAAATTTTTTCCTAAATTTT
TGGCCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTC
TAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGC
TCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
TGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAA
ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCT
CAATTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGTTTTTC
ACGCTTCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATT
CTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATAAATATAGAT
ATTTCAATGAGTC
Found at i:2056 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--3149 Score: 4444
Period size: 333 Copynumber: 9.4 Consensus size: 332
* * *
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTG
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
* * * *
66 ATAGTTAGTACACAATTTGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
66 ATGGTTAGTACACGATTTG-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTT
* * * **
131 CTGGCCAGAATACTCATAAGAAATATATAATTCAGCGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACGCT
130 TTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACGCT
* * *
196 TCTAATATCGATTTTTCCCACATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGAGTCTGA
195 TCTAATATCGA-TTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGA
* * * *
261 TGCTAGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATGGTGTCAGAGATTTGGTTAGATGAATATATATATAT
259 TGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATG-------A-ATAT
* * *
326 ATATATTTTAATGACTC
316 AGATATTTCAATGAGTC
* *
343 TTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGGAGCACCCGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
* * * * **
408 ATGGTTAGTTCACGATTTAGGCTAAAATTTT-CCAAAATTTACCCAAAAAAATTTTCCTCAA-TT
66 ATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTT
* * * * *
471 TTGGCCAAAATACTCATAATAAATATATAACTCAACGCCAGAAATATTGATGTGTTTTTCACGCT
130 TTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACGCT
* * * * *
536 TCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTAC-AACCTAATTTCTCATTAAATTGACGCATGATTCTGA
195 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAA-TTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGA
* * * *
600 TGCACGTCAAATCATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTT
259 TGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
665 CAATGAGTC
324 CAATGAGTC
* * * * * *
674 TTGGGGCAAGAAATCATGCAAAAATGAACCGTAGCACCGTAACGCATTTTTCG-CAAGAAACCGT
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAA-AAACCGT
* ** *
738 GATGGTTACTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTTGAAAAATTTTTTCCTAAAT
65 GATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG-AAAATTTTTTCCTCAAT
* *
803 TTTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACG
128 TTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACG
* * *
868 CTCCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGATTCTG
193 CTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTG
*
933 ATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
258 ATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
998 TCAATGAGTC
323 TCAATGAGTC
* * *
1008 TTGGCGCAAAAAATAATGTAAAACTGAAACGGAGCACCGGAACGCA-TTTTAGCCAAAAACCGTG
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
* * * ** *
1072 ATGGTTACTACACGATTTAGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCAAAAAAATCTTCCTCAA-TT
66 ATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTT
* * * ** * *
1136 TTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCATAAAGATTTTTGTGTTTTTTACGCT
130 TTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACGCT
*
1201 TCTAATATCGATTGTCCTATATTTTTCC-AACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGA
195 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAA-TTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGA
* * * * *
1265 TGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGT-GAATGAAATTTGGTTTGATAAATATAGATATT
259 TGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCA-GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
1329 TCAATGAGTC
323 TCAATGAGTC
* * *
1339 TTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAGAAACCGTG
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
* * * *
1404 ATGGTTAGTACACGATTTGGACTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCAAAAATTTTGTCCTGAATTT
66 ATGGTTAGTACACGATTTGG-CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTT
** * * *
1469 TTGGCCAGAATACTCATAGGAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATAGATGGGCTTTTCACGCT
130 TTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACGCT
1534 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGAT
195 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGAT
* * *
1599 GCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCGATTGTGGCCGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTAC
260 GCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
*
1664 AATGTGTC
325 AATGAGTC
* * * *
1672 TTGGCGCACAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCATCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTG
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
* *
1737 ATGGTTAGTACACAATTTGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTT
66 ATGGTTAGTACACGATTTG-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTT
* **
1802 TTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAGCGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACGCT
130 TTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACGCT
* *
1867 TCTAATATCGATTTTCCCACA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGAT
195 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGAT
* *
1931 GCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCACTGTGGAAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
260 GCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
1996 AATGAGTC
325 AATGAGTC
2004 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
* *
2069 ATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTCCTAAATT
66 ATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG-AAAATTTTTTCCTCAATT
* *
2134 TTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGC
129 TTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACGC
* * * *
2199 TTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATAAGTCTGA
194 TTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGA
*
2264 TGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
259 TGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
2329 CAATGAGTC
324 CAATGAGTC
* * *
2338 TTGGCGCAAAAAATAATGTAAAACTGAAACGGAGCACCGGAACGCA-TTTTAGCC-AAAACCGTG
1 TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
* * * *
2401 ATGGTTACTACACGATTTAGGCTAAAATTTTCCAAAAATTGACCC-AAAAATTTTTCCTTAA-TT
66 ATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTT
* * * *
2464 TTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGTTTTTCACTCT
130 TTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACGCT
2529 TCTAATATCGATTGTT-CTATATTTTTCC-AACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTG
195 TCTAATATCGATT-TTCCTATATTTTTCCGAA-TTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTG
* * * * *
2592 ATGCTCGTCAAATCAATTCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATAAAGATATT
258 ATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
*
2657 TCAATGAGCC
323 TCAATGAGTC
* *
2667 TTGTG-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAGAAACCGT
1 TTG-GCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGT
* * **
2731 GATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCC-AGAAATTTTGTCCTTGAT
65 GATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA-AAATTTTTTCCTCAAT
* ** ***
2795 TTTTGGCCAGAATACTCATAGAAAATATATAATTCAATACCAAAAATATTGATGGCCATTTCACG
128 TTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACG
* *
2860 CTTCTAATATCGATTTTCCCACA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTG
193 CTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTG
* * *
2924 ATACTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATT
258 ATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
2989 TCAATGAGTC
323 TCAATGAGTC
* *
2999 TTGGCGCAAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAATGCACTTTTAGCCAAAAACCGT
1 TTGGCGC-AAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGT
* * * *
3064 GATGGTTAGTACACGATTTGGGTTAAAATTTTGCAAAAATTCACTCGAAAAATTTTTTCCTGAAT
65 GATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG-AAAATTTTTTCCTCAAT
*
3129 TTTTGGCCAGAATACTTATAA
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Statistics
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TTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
ATGGTTAGTACACGATTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTT
TGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACGCTT
CTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATG
CTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
ATGAGTC
Found at i:4307 original size:334 final size:328
Alignment explanation
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3154 TTGAATCTTG
** * * * * *
3164 TTCTAATATTATTTTTCCATTTTTTCGGATTTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATA
1 TTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATG
** ** * * *
3229 CTCGTAAAATGAGATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGTTGAATATAGATA-TTCT
66 CTAATAAAAACACATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC-
* * * * ** * * *** *
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130 AAGGGCT-ATGAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCTGGAACCCATTTTTAGCCA
* * * * * *
3357 GAACTCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGACAAAAA--CTG-----AC----CCGAAAAATTTT
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* *
3411 TCCTTAATTCTTTGCAACAATTCTTAGAAAAAATATTTAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGT
258 TCCTCAATT-TTTGC-ACAA-TCTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGT
* *
3476 TTTTTACAC
320 TTTTCACGC
* ** ** * *
3485 TTCTAAAATCGTTTTTTTAAATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAAGAAGATTCATATG
1 TTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATG
* * * * *
3550 CTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCAGAGATTTCGTTAGATGAATATAGAAATTTCA
66 CTAATAAAAACACATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * *
3615 AGGGC-ACTGAGGGTCAAAAATCATACAAAATTGAGCCGGGACCCTGGAACCCATTTTTATCCAA
131 AGGGCTA-TGAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCTGGAACCCATTTTTAGCCAA
* * * * *
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195 AAATCGTCATGGTTAGTACACAATTTCGACAAAAATTTTGCAAAAACTT-ATCCGAAAAATTTTT
* * * * * * *
3743 CCTCAATTTTTGGCCACAATATTCAGATAAAATATATAAATAAACGCCAAAAATATTGAAGAGCT
259 CCTCAATTTTT-G-CACAATCTT-AGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTT
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* * * * *
3816 TACTATTATCGTTTTTCCAATTTATTCTGAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATAT
1 TTCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATAT
* * * * *
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65 GCTAAT-AAAAACACAT-CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT-AT
* * * * * * *
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127 TTCAAGGGCTATGAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGC-CGGGACCCTGGAACCCATTTTTAG
** * *
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191 CCAAAAATC-GTCATGGTTAGTACACAATTTC-GAC-AAAAATTTTGCAAAAACTTATCCGAAAA
* * *
4073 ATTTTTCCTCAATTTTTAGTCACAGTGCTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAGATAG
253 ATTTTTCCTCAATTTTT-G-CACAAT-CTTAGAAAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAAGATTG
* *
4138 AAGGGTTTTTGACGG
314 AAGGGTTTTTCACGC
* * * *
4153 TTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCGGATTTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATG
1 TTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATG
** * * *
4218 CTTGTAAAATCAGATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGTTGAATATAGATA-TTCT
66 CTAATAAAAACACATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC-
* * * * * * ** * *
4282 AAGGAG-TTTTAACGCCAAAAATCATGCAAAATGGAGTCGAGACCC-CAAAGCGCGTTTTTAGCC
130 AAGG-GCTATGAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCTGGAA-CCCATTTTTAGCC
* * * * * * *
4345 AGAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGAC----------CAAAAACTGA-CTCAAAAAATTT
193 AAAAATCGTCATGGTTAGTACACAATTTCGACAAAAATTTTGCAAAAACTTATC-CGAAAAATTT
* * *
4399 TT-CTTAATTCTTTGCTACAATACTCAGAATAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG
257 TTCCTCAATT-TTTGC-ACAAT-CTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG
4463 TTTTTCACGC
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1 TTCTAATATCGTTTTT
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Statistics
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TTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATG
CTAATAAAAACACATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
AGGGCTATGAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCTGGAACCCATTTTTAGCCAAA
AATCGTCATGGTTAGTACACAATTTCGACAAAAATTTTGCAAAAACTTATCCGAAAAATTTTTCC
TCAATTTTTGCACAATCTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA
CGC
Found at i:4778 original size:68 final size:68
Alignment explanation
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4659 AATATATGAC
*
4669 AATTAATATCGAGCTTAATGAGCTAACTAAAAATTTAAAATATAAATATCCCCAAGGCTATGGCC
1 AATTAATATCGAGCTTAATGAGCTAACTAAAAATTTAAAATATATATATCCCCAAGGCTATGGCC
4734 AAA
66 AAA
*
4737 AATTAATATCGAGCTTAATGAGCTAACTAAAAATTTTAAATATATATATCCCCAAGGCTATGGCC
1 AATTAATATCGAGCTTAATGAGCTAACTAAAAATTTAAAATATATATATCCCCAAGGCTATGGCC
4802 AAA
66 AAA
*
4805 AATTAATATCGAGCTTAATGAGCTAACTAAAAATTTAAAATATATATATCTCCAAGGCTATGGCC
1 AATTAATATCGAGCTTAATGAGCTAACTAAAAATTTAAAATATATATATCCCCAAGGCTATGGCC
4870 AAA
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1 AA
4875 AAAATCCTCA
Statistics
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AATTAATATCGAGCTTAATGAGCTAACTAAAAATTTAAAATATATATATCCCCAAGGCTATGGCC
AAA
Found at i:17042 original size:2 final size:2
Alignment explanation
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Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
17027 TAGTAGTGTG
17037 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
17071 ACCATTCAAA
Statistics
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TA
Found at i:27712 original size:29 final size:29
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27650 TGTAACGTTT
* * *
27660 GGACATTTTGCCCCGTTAAGTTTTATTGC
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1 GGACATTTTGCCCCCTAAACTTTTATT
27716 TTTGAGCTCC
Statistics
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GGACATTTTGCCCCCTAAACTTTTATTGC
Found at i:29698 original size:5 final size:5
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29678 ACTGAAATGT
* *
29688 AACAG AACAG AAACAG AATTTAGG AACAT AACAG AACAG AACAG AACAG
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29737 AACA
1 AACA
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Statistics
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AACAG
Found at i:51286 original size:21 final size:21
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Indices: 51243--51286 Score: 61
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51233 ATTTTTTTTG
* *
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*
51264 TTGCTAAATACCGCCCCATTT
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51285 TT
1 TT
51287 TACATTTTTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
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TTGCTAAATACCGCCCCAGTT
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Indices: 51384--51480 Score: 124
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51374 GAGCTTCCCC
* *
51384 ACTGGGGCGGCTTCACCACGGGCAAGCCGCCTT
1 ACTGGGGCGGCTTCGCCAC-GGCAAGCCGCCCT
*
51417 ACTGGGGCGGCTTCGCCACGGCAGGCCGCCCT
1 ACTGGGGCGGCTTCGCCACGGCAAGCCGCCCT
* *
51449 -CATTGGGCGGCTTCGCCACGGTAAGCCGCCCT
1 AC-TGGGGCGGCTTCGCCACGGCAAGCCGCCCT
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Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 3
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ACTGGGGCGGCTTCGCCACGGCAAGCCGCCCT
Found at i:51457 original size:32 final size:32
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Period size: 32 Copynumber: 3.2 Consensus size: 32
51378 TTCCCCACTG
* * *
51388 GGGCGGCTTCACCACGGGCAAGCCG-CCTTACTG
1 GGGCGGCTTCGCCAC-GGCAAGCCGCCCTCA-TT
*
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*
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1 GGG-CGGC
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Statistics
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GGGCGGCTTCGCCACGGCAAGCCGCCCTCATT
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64708 AGGTTACTTG
64718 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
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Statistics
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Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.