Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012486.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12507, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12951
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Found at i:6141 original size:198 final size:197
Alignment explanation
Indices: 5264--7847 Score: 3058
Period size: 198 Copynumber: 12.9 Consensus size: 197
5254 TTTTATAATA
* *
5264 AGGATTATTATACAAACACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATAC-AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* * * *
5329 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATAATTGATATTAAT-CATATTCGCTAAGAGGACACAT
65 CACATA-CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * *
5393 GTCAACCCTCAAA-CCATGCACGTGCAGTCTGCTAAACACCACTGACGATGTATTGTATAA-TTT
129 GTCAACCCTTAAATCC-TGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACG-GGTATTGTATAATTTT
5456 T-TTAT
192 TCTTAT
* * ** * *
5461 AAGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTCAACTCCATAACCGGGTTAAGAAGTTGGC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * * *
5526 ACATACACTATTCCATAATTAATTAAATA-TAAATATTAATACATATTCCCTAAGAGGACACATG
66 ACATAC-CCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* ** * ** *
5590 TCAACCCTTAAACCCCACGCGTATAGTAC-GCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTAT-ATTTTT
130 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGT-CTGCTAAACTCCACTGAC-GGGTATTGTATAATTTTT
*
5653 TTTAT
193 CTTAT
* * * * *
5658 ATGATTATTATAAAATACACTGTCTA-TGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGAGTTAAGAAGTTGG
1 AGGATTATTATACAATACACTGTC-AGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
*
5722 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGATACAT
65 CACATA-CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * * * *
5787 GTCAAACCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGCATAATTTTT
129 GTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GGGTATTGTATAATTTTT
5852 CTTAT
193 CTTAT
* * * * *
5857 AAGATTATTATACAATACACTATTAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
*
5922 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAACACATATTCCCTAAGGGGACACATG
66 ACATACC-CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * * *
5987 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTCCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTCCT
130 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTTCT
6052 TAT
195 TAT
* * *
6055 AGGATTATTACACAATACACTGTTAGTGTAAATTTTGGACTCCGTGAA-CGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCAT-AAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* *
6119 CACATACCCAATTTC---A-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCTCTAAGGGTACACAT
65 CACATACCC-ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * *
6180 GTCAACCCTTAAAGTTAAATCC-CCTACGTGCAGCCTGCTAAACTCCACTGCCGGTGTATTGTAT
129 GTCAACCC------TTAAATCCTGC-ACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG-GTATTGTAT
6244 AGA-TTTTCTTAT
186 A-ATTTTTCTTAT
** * * *
6256 ATTATTATTATACAATACAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTTCATAAGCGGGTTAAGAAGTTTA
1 AGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* *
6321 CACATACTCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTTATACATATTCCCTAA-GGGATACAT
65 CACATAC-CCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * * * * * *
6385 GTCAACCCTTAAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACCGACTGTGTATTGCATAATTTTT
129 GTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GGGTATTGTATAATTTTT
6450 CTTAT
193 CTTAT
* * * * *
6455 AGGATTATTATACAATACATTGTCAGTATAAATTTTGGACTCTATAAGTGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
6520 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
66 ACATACC-CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* ** * *
6585 TCAACCCTTAAATCCTGCATGTGCAGTCACCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATATTTTTTCT
130 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTTCT
6650 TAT
195 TAT
* *
6653 AGGATTATTATACAATACATTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCGTGAA-CGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCAT-AAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* * *
6717 CACATACCCCATTTC---A-TAATCAAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAAGGGTACACAT
65 CACATA-CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
6778 GTCAACCCTTAAAGTTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATA
129 GTCAACCCTTAAA--T---CCT-GCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG-GTATTGTATA
*
6843 AGTTTTCTTAT
187 ATTTTTCTTAT
* * * * * * *
6854 AGGATTATTATACAATACAACTGTGAATATAAACTTTT-GAATTCATAAGCGGGATAAGAAGTTT
1 AGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAGTGTAAA-TTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTG
*
6918 ACACATACTGCATTTCATAATTAATTTAATATTTAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-G
64 ACACATAC-CCATTTCATAATTAA--T--TA---AATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG
* * * * * * * * *
6982 GGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGGACATGCAGCCTGCTAAACTCCACCGACTGTGTATTGCA
121 GGACACATGTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GGGTATTGTA
7047 TAATTTTTCTTAT
185 TAATTTTTCTTAT
* * *
7060 AGAATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
7125 ACATACCTCATTTC---A-TAATTAAATTTTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTAAACATG
66 ACATACC-CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
7186 TCAACCCTTAAAGTTAAACCCTGCACGTGC-GTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAA
130 TCAACCCTTAAA--T----CCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG-GTATTGTATAA
*
7250 ATTTTCTTAT
188 TTTTTCTTAT
* * *
7260 AGGATTATTATACAATACAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTTCATAAGCGGGTTAAGAAGTTTA
1 AGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* * *
7325 CACATACTCAATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGATACAT
65 CACATAC-CCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * * * * *
7389 GTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGAAGTCTGCTAAACTCCACCGACTGTGTATTGCATAATTTTT
129 GTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GGGTATTGTATAATTTTT
7454 CTTAT
193 CTTAT
* * ** *
7459 AGGATTATTATACAATACACTATCAGTATAAATTTTGGACTTTATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
7524 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
66 ACATACC-CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * *
7589 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTTTAATTTTTCT
130 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTTCT
7654 TAT
195 TAT
* * *
7657 AGGATTATTATATAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACACCGTGAA-CGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCAT-AAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* * * * *
7721 CACATACCCCATTTC---A-TAATTAAATAATTAAAATTAAGACATATTTCCTAAGGGTACACAT
65 CACATA-CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * *
7782 GTCAACCCTTAAACTTAAACTCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTTTATTGTATA
129 GTCAACCCTTAAA--T---C-CTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG-GTATTGTATA
7847 A
187 A
7848 AATTTTATTG
Statistics
Matches: 2066, Mismatches: 230, Indels: 178
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
194 186 0.09
195 34 0.02
196 143 0.07
197 107 0.05
198 537 0.26
199 394 0.19
200 145 0.07
201 148 0.07
202 94 0.05
203 6 0.00
204 25 0.01
205 97 0.05
206 97 0.05
207 3 0.00
208 1 0.00
210 1 0.00
212 20 0.01
213 28 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (197 bp):
AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
ACATACCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT
CAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTTCTT
AT
Found at i:6463 original size:598 final size:588
Alignment explanation
Indices: 5264--7794 Score: 3292
Period size: 598 Copynumber: 4.2 Consensus size: 588
5254 TTTTATAATA
* * * *
5264 AGGATTATTATACAAACACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATAC-AATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGA
* * * * *
5329 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATAATTGATATTAAT-CATATTCGCTAAGAGGACACAT
65 CACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * *
5393 GTCAACCCTCAAA-CCATGCACGTGCAGTCTGCTAAACA-CCACTGACGATGTATTGTATAATTT
130 GTCAACCCTTAAATCC-TGCACGTGCAGTCTCCTAAA-ATCCACTGACG-GGTATTGTATAATTT
* **
5456 T-TTATAAGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTCAACTCCATAACCGGGTTAAGAA
192 TCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAACCGGGTTAAGAA
* * * * *
5520 GTTGGCACATACACTATTCCATAATTAATTAAATATAAATATTAATACATATTCCCTAAGAGGAC
257 GTTGACACATACCCAATTTCATAATTAA--AAAT-TTAATATTAATACATATTCCCTAAG-GGAC
** *
5585 ACATGTCAACCCTTAAACCCCACGCGTATAGTAC-GCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTAT-A
318 ACATGTCAACCCTTAAACCCCA--CGTGCAGT-CTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAA
* * * * * * * *
5648 TTTTTTTTATATGATTATTATAAAATACACTGTCTATGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGAGTTA
380 GTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAATATAAATTTTGGACTTCATAAGCGAGTTA
* *
5713 AGAAGTTGGCACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAG
445 AGAAGTTGACACATACTCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAG
* *
5778 GGGATACATGTCAAACCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGC
510 GGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACCGACTGTGTATTGC
5843 ATAATTTTTCTTAT
575 ATAATTTTTCTTAT
* * *
5857 AAGATTATTATACAATACACTATTAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
*
5922 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAACACATATTCCCTAAGGGGACACATG
66 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
*
5987 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTCCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTCCT
131 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATTTT-CT
* * * *
6052 TATAGGATTATTACACAATACACTGTTAGTGTAAATTTTGGACTCCGTGAA-CGGGTTAAGAAGT
195 TATAGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCAT-AACCGGGTTAAGAAGT
* *
6116 TGACACATACCCAATTTCATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCTCTAAGGGTACACATG
259 TGACACATACCCAATTTCATAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGG-ACACATG
* *
6181 TCAACCCTTAAAGTTAAATCCCCTACGTGCAGCCTGCTAAACTCCACTGCCGGTGTATTGTAT-A
323 TCAACCC------TTAAA-CCCC-ACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAA
** * *
6245 GATTTTCTTATATTATTATTATACAATACAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTTCATAAGCGGGT
380 G-TTTTCTTATAGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAATATAAATTTTGGACTTCATAAGCGAGT
* *
6310 TAAGAAGTTTACACATACTCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTTATACATATTCCCTA
443 TAAGAAGTTGACACATACTCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTA
* *
6375 A-GGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACCGACTGTGTATT
508 AGGGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACCGACTGTGTATT
6439 GCATAATTTTTCTTAT
573 GCATAATTTTTCTTAT
* * *
6455 AGGATTATTATACAATACATTGTCAGTATAAATTTTGGACTCTATAAGTGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
6520 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
66 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * *
6585 TCAACCCTTAAATCCTGCATGTGCAGTCACCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATATTTTTTCT
131 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATA-ATTTTCT
* * *
6650 TATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCGTGAA-CGGGTTAAGAAGT
195 TATAGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCAT-AACCGGGTTAAGAAGT
* * * *
6714 TGACACATACCCCATTTCATAATCAAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAAGGGTACACATG
259 TGACACATACCCAATTTCATAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGG-ACACATG
6779 TCAACCCTTAAAGTTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAA
323 TCAACCC------TTAAACC-C-CACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAA
* * * *
6844 GTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACAACTGTGAATATAAACTTTT-GAATTCATAAGCGGGA
380 GTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAATATAAA-TTTTGGACTTCATAAGCGAGT
* *
6908 TAAGAAGTTTACACATACTGCATTTCATAATTAATTTAATATTTAATATTTAATATTAATACATA
443 TAAGAAGTTGACACATACTCCATTTCATAATTAA--T--TA---AATATTTAATATTAATACATA
* * *
6973 TTCCCTAA-GGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGGACATGCAGCCTGCTAAACTCCACCGACT
501 TTCCCTAAGGGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACCGACT
7037 GTGTATTGCATAATTTTTCTTAT
566 GTGTATTGCATAATTTTTCTTAT
*
7060 AGAATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
* * *
7125 ACATACCTCATTTC---A-TAATTAAATTTTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTAAACATG
66 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* *
7186 TCAACCCTTAAAGTTAAACCCTGCACGTGC-GTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAA
131 TCAACCCTTAAA--T----CCTGCACGTGCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGG-GTATTGTAT-A
* *
7250 ATTTTCTTATAGGATTATTATACAATACAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTTCATAAGCGGGTT
188 ATTTTCTTATAGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAACCGGGTT
* *
7315 AAGAAGTTTACACATACTCAATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
252 AAGAAGTTGACACATACCCAATTTC---A-TAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * *
7380 GGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGAAGTCTGCTAAACTCCACCGACTGTGTATTGC
313 GGGACACATGTCAACCCTTAAA-CCC-CACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGT
* * * *
7445 ATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTATCAGTATAAATTTTGGACTTTATAAGCGA
376 ATAAGTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAATATAAATTTTGGACTTCATAAGCGA
7510 GTTAAGAAGTTGACACATAC-CTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC
441 GTTAAGAAGTTGACACATACTC-CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC
* * * * * * *
7574 CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTCCTAAAATCCACTGAC-GGGT
505 CTAAGGGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACCGACTGTGT
**
7638 ATTGTTTAATTTTTCTTAT
570 ATTGCATAATTTTTCTTAT
* * * * *
7657 AGGATTATTATATAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACACCGTGAA-CGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCAT-AAGCGAGTTAAGAAGTTGA
* * * * * *
7721 CACATACCCCATTTC---A-TAATTAAATAATTAAAATTAAGACATATTTCCTAAGGGTACACAT
65 CACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
7782 GTCAACCCTTAAA
130 GTCAACCCTTAAA
7795 CTTAAACTCC
Statistics
Matches: 1742, Mismatches: 147, Indels: 94
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
590 2 0.00
591 37 0.02
592 102 0.06
593 71 0.04
594 79 0.05
595 2 0.00
596 1 0.00
597 210 0.12
598 593 0.34
599 105 0.06
600 3 0.00
601 55 0.03
602 4 0.00
603 5 0.00
604 54 0.03
605 249 0.14
606 21 0.01
607 48 0.03
608 52 0.03
611 14 0.01
612 35 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (588 bp):
AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTCTT
ATAGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAACCGGGTTAAGAAGTTG
ACACATACCCAATTTCATAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGACACATGTCA
ACCCTTAAACCCCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAGTTTTCTTATA
GGATTATTATACAATACACTGTCAATATAAATTTTGGACTTCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGACA
CATACTCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGATACATGT
CAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACCGACTGTGTATTGCATAATTTTTCT
TAT
Found at i:7488 original size:399 final size:398
Alignment explanation
Indices: 5264--7847 Score: 3095
Period size: 399 Copynumber: 6.5 Consensus size: 398
5254 TTTTATAATA
*
5264 AGGATTATTATACAAACACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATAC-AATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* *
5329 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATAA-TTGATATTAAT-CATATTCGCTAAGAGGACACA
65 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAA-AATTTAATATTAATACATATTCCCTAAG-GGACACA
* ** *
5392 TGTCAACCCTCAAACCATGCACGTGCAGTCTGCTAAACACCACTGAC-GATGTATTGTATAA-TT
128 TGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTG-TGTATTGTATAATTT
* * * ** * *
5455 TT-TTATAAGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTCAACTCCATAACCGGGTTAAGA
192 TTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGA
* * *
5519 AGTTGGCACATACACT-ATTCCATAATTAATTAAATA-TAAATATTAATACATATTCCCTAAGAG
257 AGTTGACACATAC-CTCATTTC--AATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAG-G
* ** * ** *
5582 GACACATGTCAACCCTT--A--AACCCCACGCGTATAGTAC-GCTAAACTCCACTGACAGTGTAT
318 GACACATGTCAACCCTTAAATTAAACCTGCACGTGCAGT-CTGCTAAACTCCACTGACGGTGTAT
*
5642 TGTAT-ATTTTTTTTAT
382 TGTATAATTTTTCTTAT
* * * * * *
5658 ATGATTATTATAAAATACACTGTCTATGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGAGTTAAGAAGTTGGC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* *
5723 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGATACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACATG
* *
5788 TCAAACCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGCATAATTTTTC
130 TCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTC
* * *
5853 TTATAAGATTATTATACAATACACTATTAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGT
195 TTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGT
*
5918 TGACACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAACACATATTCCCTAAGGGGACA
260 TGACACATACCTCATTTC--AATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACA
* * *
5983 CATGTCAACCCTTAAA-T---CCTGCACGTCCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGG-GTATTGTAT
322 CATGTCAACCCTTAAATTAAACCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTAT
*
6043 AATTTTCCTTAT
387 AATTTTTCTTAT
* * * *
6055 AGGATTATTACACAATACACTGTTAGTGTAAATTTTGGACTCCGTGAA-CGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCAT-AAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* * *
6119 CACATACCCAATTTC---A-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCTCTAAGGGTACACAT
65 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGG-ACACAT
* * * *
6180 GTCAACCCTTAAAGTTAAATCCCC-TACGTGCAGCCTGCTAAACTCCACTGCCGGTGTATTGTAT
129 GTCAACCC------TTAAA-CCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTAT
** * * * *
6244 AGA-TTTTCTTATATTATTATTATACAATACAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTTCATAAGCGG
187 A-ATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGA
* *
6308 GTTAAGAAGTTTACACATA-CTCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTTATACATATTCC
250 GTTAAGAAGTTGACACATACCT-CATTTC--AATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC
* * * * * * *
6372 CTAAGGGATACATGTCAACCCTT--A--AACCCCGCGCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACCGACTG
312 CTAAGGGACACATGTCAACCCTTAAATTAAACCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG
*
6433 TGTATTGCATAATTTTTCTTAT
377 TGTATTGTATAATTTTTCTTAT
* * * * * *
6455 AGGATTATTATACAATACATTGTCAGTATAAATTTTGGACTCTATAAGTGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* *
6520 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACATG
* * * ** * * *
6585 TCAACCCTTAAATCCTGCATGTGCAGTCACCTAAAATCCACTGAC-GGGTATTGTATATTTTTTC
130 TCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTC
* * * *
6649 TTATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCGTGAA-CGGGTTAAGAAG
195 TTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCAT-AAGCGAGTTAAGAAG
* * *
6713 TTGACACATACCCCATTTC-A-TAATCAAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAAGGGTACAC
259 TTGACACATACCTCATTTCAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGG-ACAC
6776 ATGTCAACCCTTAAAGTTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTA
323 ATGTCAACCCTTAAA-TTAAACCT-GCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTA
*
6841 TAAGTTTTCTTAT
386 TAATTTTTCTTAT
* * * * * *
6854 AGGATTATTATACAATACAACTGTGAATATAAACTTTT-GAATTCATAAGCGGGATAAGAAGTTT
1 AGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAATGTAAA-TTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTG
**
6918 ACACATACTGCATTTCATAATTAATTTAATATTTAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG
64 ACACATACCCCATTTCATAATTAA-TT-A-A---AA-ATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG
* * * * * *
6983 GATACATGTCAACCCTTAAACCCCGGACATGCAGCCTGCTAAACTCCACCGACTGTGTATTGCAT
122 GACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTAT
*
7048 AATTTTTCTTATAGAATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGT
187 AATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGT
*
7113 TAAGAAGTTGACACATACCTCATTTC-A-TAATTAAATTTTTAATATTAATACATATTCCCTAAG
252 TAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAG
*
7176 GGTAAACATGTCAACCCTTAAAGTTAAACCCTGCACGTGC-GTCTGCTAAACTCCACTGACGGTG
317 GG-ACACATGTCAACCCTTAAA-TTAAA-CCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTG
*
7240 TATTGTATAAATTTTCTTAT
379 TATTGTATAATTTTTCTTAT
* *
7260 AGGATTATTATACAATACAACTGTCAATGTAAATTTTGGACTTCATAAGCGGGTTAAGAAGTTTA
1 AGGATTATTATACAATAC-ACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* * *
7325 CACATACTCAATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGATACATG
65 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGACACATG
* * *
7390 TCAACCCTTAAACCCCGCACGTGAAGTCTGCTAAACTCCACCGACTGTGTATTGCATAATTTTTC
130 TCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTC
* **
7455 TTATAGGATTATTATACAATACACTATCAGTATAAATTTTGGACTTTATAAGCGAGTTAAGAAGT
195 TTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGT
7520 TGACACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACA
260 TGACACATACCTCATTTC--AATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACA
* * *
7585 CATGTCAACCCTTAAA-T---CCTGCACGTGCAGTCTCCTAAAATCCACTGACGG-GTATTGTTT
322 CATGTCAACCCTTAAATTAAACCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTAT
7645 AATTTTTCTTAT
387 AATTTTTCTTAT
* * * *
7657 AGGATTATTATATAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACACCGTGAA-CGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCAT-AAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* * * *
7721 CACATACCCCATTTCATAATT-A--AATAA-TTAAAATTAAGACATATTTCCTAAGGGTACACAT
65 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGG-ACACAT
* * *
7782 GTCAACCCTTAAACTTAAACTCCGCACGTGTAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTTTATTGTATA
129 GTCAACCCTTAAAC-----C-CCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATA
7847 A
188 A
7848 AATTTTATTG
Statistics
Matches: 1918, Mismatches: 198, Indels: 143
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
392 63 0.03
393 169 0.09
394 82 0.04
395 10 0.01
396 202 0.11
397 229 0.12
398 54 0.03
399 396 0.21
400 233 0.12
401 7 0.00
402 2 0.00
403 55 0.03
404 52 0.03
405 9 0.00
406 167 0.09
407 185 0.10
408 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (398 bp):
AGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAAAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGACACATGT
CAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCT
TATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTT
GACACATACCTCATTTCAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGACACATG
TCAACCCTTAAATTAAACCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATT
TTTCTTAT
Found at i:11625 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 11618--11709 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 47.0 Consensus size: 2
11608 GTAAAAGGCT
* * *
11618 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -A GA T- TCA TA TA TA CA TC T- TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA TA TA TA TA TA
* ** * *
11658 TA TA TA TA TA TA TA AA GGC T- TA TA CA TC TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
11700 TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA
11710 AGATGTATAG
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 12, Indels: 12
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
1 4 0.06
2 67 0.93
3 1 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:11665 original size:34 final size:32
Alignment explanation
Indices: 11620--11703 Score: 116
Period size: 32 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
11610 AAAAGGCTTA
**
11620 TATATATATATATATATAAGATTCATATATACATC
1 TATATATATATATATATAA-AGGC-T-TATACATC
11655 T-TATATATATATATATAAAGGCTTATACATC
1 TATATATATATATATATAAAGGCTTATACATC
11686 TATATATATATATATATA
1 TATATATATATATATATA
11704 TATATAAGAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 5
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
31 9 0.20
32 17 0.37
33 2 0.04
34 17 0.37
35 1 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (32 bp):
TATATATATATATATATAAAGGCTTATACATC
Found at i:12221 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 12145--12246 Score: 186
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 50
12135 TGGTATGGTA
*
12145 TCAAAACCCATCAATAAATAGTAATCCCGCCCATTGTGCGCCAGACGCGT
1 TCAAAACCCATCAATAAATAGCAATCCCGCCCATTGTGCGCCAGACGCGT
*
12195 TCAAAACCCATCAATCAATAGCAATCCCGCCCATTGTGCGCCAGACGCGT
1 TCAAAACCCATCAATAAATAGCAATCCCGCCCATTGTGCGCCAGACGCGT
12245 TC
1 TC
12247 CATGCTCGAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 50 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.34, G:0.16, T:0.20
Consensus pattern (50 bp):
TCAAAACCCATCAATAAATAGCAATCCCGCCCATTGTGCGCCAGACGCGT
Done.