Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012532.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12553, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17252
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Found at i:2535 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 2516--2551 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 3.9 Consensus size: 10
2506 GTTTTGACAT
2516 TATA-ATTAG
1 TATAGATTAG
2525 TATAGATTAG
1 TATAGATTAG
2535 TATAGA--AG
1 TATAGATTAG
2543 TATAGATTA
1 TATAGATTA
2552 TTAATTAGAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 5
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.33
9 4 0.17
10 12 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (10 bp):
TATAGATTAG
Found at i:3825 original size:31 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3756--3832 Score: 100
Period size: 27 Copynumber: 2.7 Consensus size: 27
3746 ATGCATAAAC
*
3756 CTATATGATGTGGCGTTGGGCCTAGGT
1 CTATATGATGTGGCGCTGGGCCTAGGT
*
3783 CTAAATGATGTGGCGCTGGGCCTAGGTAGAT
1 CTATATGATGTGGCGCTGGGCCTA-G--G-T
3814 CTATATGATGTGGCGCTGG
1 CTATATGATGTGGCGCTGG
3833 ACATAAGGTT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 4
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 22 0.51
28 1 0.02
30 1 0.02
31 19 0.44
ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.36, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
CTATATGATGTGGCGCTGGGCCTAGGT
Found at i:3889 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3842--4054 Score: 189
Period size: 36 Copynumber: 6.2 Consensus size: 36
3832 GACATAAGGT
* * *
3842 TATATGGTGTGACACTTGACCTAAGTCAATATGATG
1 TATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTCTATATGATG
3878 TATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTC---ATGATG
1 TATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTCTATATGATG
* * *
3911 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATG
1 TATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTCTATATGATG
* * *
3947 TATATGATGTGGCGCTAGAGCTAAGTC--TAT-ATG
1 TATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTCTATATGATG
* *
3980 ---AT-ATG-GA-GCTGGACCTAAATCTATATGATGATG
1 TATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTC--TAT-ATGATG
* * *
4013 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATG
1 TATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTCTATATGATG
4049 TATATG
1 TATATG
4055 GCCTAGTTCT
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 13, Indels: 30
0.78 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 11 0.07
28 1 0.01
29 3 0.02
30 2 0.01
31 1 0.01
32 2 0.01
33 36 0.24
34 3 0.02
36 69 0.46
37 6 0.04
38 1 0.01
39 14 0.09
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (36 bp):
TATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTCTATATGATG
Found at i:3934 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 3859--4054 Score: 206
Period size: 69 Copynumber: 2.8 Consensus size: 69
3849 TGTGACACTT
* * * *
3859 GACCTAAGTCAATATGATGTATATGATGTGACGCTTGACCTAAGTCATGATGTATATGATGTGGC
1 GACCTAAGTCAATATGATGTATATGATGTGGCGCTAGACCTAAGTCATGATGTATATGATATGGA
3924 GCTG
66 GCTG
* * *
3928 GACCTAAGACTATATGATGTATATGATGTGGCGCTAGAGCTAAGTC------TATATGATATGGA
1 GACCTAAGTCAATATGATGTATATGATGTGGCGCTAGACCTAAGTCATGATGTATATGATATGGA
3987 GCTG
66 GCTG
* * *
3991 GACCTAAATCTATATGATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATG
1 GACCTAAGTC-A-AT-ATGATGTATATGATGTGGCGCTAGACCTAAGTC---ATGATGTATATG
4055 GCCTAGTTCT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 13, Indels: 18
0.77 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
63 23 0.23
65 2 0.02
66 30 0.29
69 41 0.40
75 6 0.06
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.25, T:0.32
Consensus pattern (69 bp):
GACCTAAGTCAATATGATGTATATGATGTGGCGCTAGACCTAAGTCATGATGTATATGATATGGA
GCTG
Found at i:3997 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3947--4008 Score: 79
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
3937 CTATATGATG
* * * *
3947 TATATGATGTGGCGCTAGAGCTAAGTC
1 TATATGATATGGAGCTAGACCTAAATC
*
3974 TATATGATATGGAGCTGGACCTAAATC
1 TATATGATATGGAGCTAGACCTAAATC
4001 TATATGAT
1 TATATGAT
4009 GATGTATATG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 30 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.24, T:0.32
Consensus pattern (27 bp):
TATATGATATGGAGCTAGACCTAAATC
Found at i:4017 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 3974--4048 Score: 132
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
3964 GAGCTAAGTC
3974 TATATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATGATGATG
1 TATATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATGATGATG
* *
4013 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATG
1 TATATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATGATG
4049 TATATGGCCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 34 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (39 bp):
TATATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATGATGATG
Found at i:4094 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4013--4122 Score: 138
Period size: 27 Copynumber: 4.2 Consensus size: 27
4003 TATGATGATG
*
4013 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTC
***
4040 TATATGATGT--ATATGG-CCT-AGTTC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAG-TC
*
4064 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGGC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTC
4091 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTC
4118 TATAT
1 TATAT
4123 ATGATGTATA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 9, Indels: 10
0.78 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 1 0.01
24 15 0.22
25 3 0.04
26 3 0.04
27 45 0.65
28 2 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTC
Found at i:4108 original size:117 final size:116
Alignment explanation
Indices: 3947--4165 Score: 357
Period size: 117 Copynumber: 1.9 Consensus size: 116
3937 CTATATGATG
* *
3947 TATATGATGTGGCGCTAGAGCTAAGTCTATATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATGATGAT
1 TATATGATGTGGCGCTAGACCTAAGGCTATATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATAT-ATGAT
*
4012 GTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAGTTC
65 GTATATGATATGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAGTTC
* * * *
4064 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGGCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTAGACCTAAGGCTATATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATATGATG
*
4129 TATATGATATGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATGT
66 TATATGATATGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGT
4166 GGCGTTGGAC
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 8, Indels: 1
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
116 41 0.44
117 53 0.56
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (116 bp):
TATATGATGTGGCGCTAGACCTAAGGCTATATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATATGATG
TATATGATATGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAGTTC
Found at i:4134 original size:38 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4091--4330 Score: 127
Period size: 36 Copynumber: 7.2 Consensus size: 36
4081 GACCTAAGGC
*
4091 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC--TATATGATG
* *
4129 TATATGATATGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATG
*** ** *
4165 T-GGCG-T-TGGAC-CTAAATCTATAATCTATATGATGATG
1 TATATGATGTGG-CGCTGGACCTA-AATC--TAT-ATGATG
*
4202 TATATGATGTGACGCTGGACCTAAATCTATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATG
4238 --TAT-A--------TGG-CCTAAATCTATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATG
*
4262 T---------GGCGCTGGACCTAAGA-CTATATGATC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAA-ATCTATATGATG
4289 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATG
4325 TATATG
1 TATATG
4331 GCCTAGTTTT
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 17, Indels: 56
0.68 0.07 0.24
Matches are distributed among these distances:
24 17 0.11
25 3 0.02
26 3 0.02
27 15 0.09
28 1 0.01
33 10 0.06
34 8 0.05
35 2 0.01
36 48 0.30
37 10 0.06
38 27 0.17
39 6 0.04
40 8 0.05
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (36 bp):
TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATG
Found at i:4168 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4129--4435 Score: 138
Period size: 27 Copynumber: 11.2 Consensus size: 27
4119 ATATATGATG
* *
4129 TATATGATATGGCGCTGGACCTAAGTC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
*
4156 TATATGATGTGGCGTTGGACCTAAATC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
* *** * *
4183 TATA--ATCT--ATAT-GA--T-GATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
*
4202 TATATGATGTGACGCTGGACCTAAATC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
***
4229 TATATGATGT--ATATGG-CCTAAATC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
4253 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATC
1 TATATGATGTGGCGCTGGA-C-----CTA-A--ATC
4289 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
*** ** *
4316 TATATGATGT--ATATGG-CCTAGTTT
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
* *
4340 TATTTGATGTGGCGCTGGATCTAAGACTATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGA-C-----CTA-A--ATC
*
4376 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
* *
4403 TATATGATGTGGCGCCGGATCTAAATC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
4430 TATATG
1 TATATG
4436 CGATGATGTA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 40, Indels: 64
0.67 0.13 0.21
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.03
20 1 0.00
21 3 0.01
22 2 0.01
23 2 0.01
24 34 0.16
25 9 0.04
26 7 0.03
27 84 0.40
28 2 0.01
29 2 0.01
30 6 0.03
33 6 0.03
34 1 0.00
35 2 0.01
36 41 0.20
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.24, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
Found at i:4232 original size:189 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3911--4287 Score: 574
Period size: 189 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
3901 AGTCATGATG
* *
3911 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATATGATGTGGCGCTAGAGCTAAGTCTA
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATATGATATGGCGCTAGACCTAAGTCTA
*
3976 TATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATGATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCT
66 TATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATGATGATGTATATGATGTGACGCTGGACCTAAATCT
** *
4041 ATATGATGTATATGGCCTAGTTCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGGC
131 ATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGAC
* *
4091 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATATGATGTATATGATATGGCGCTGGACCTAAGTC
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGAC--TATATGATGTATATGATATGGCGCTAGACCTAAGTC
* * *
4156 TATATGATGTGGCGTTGGACCTAAATCTATAATCTATATGATGATGTATATGATGTGACGCTGGA
64 TATATGATATGGAGCTGGA-C-----CTA-AATCTATATGATGATGTATATGATGTGACGCTGGA
4221 CCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGAC
122 CCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGAC
4280 TATATGAT
1 TATATGAT
4288 CTATATGATG
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 11, Indels: 9
0.90 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 26 0.15
182 49 0.28
183 1 0.01
188 3 0.02
189 98 0.55
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (180 bp):
TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATATGATATGGCGCTAGACCTAAGTCTA
TATGATATGGAGCTGGACCTAAATCTATATGATGATGTATATGATGTGACGCTGGACCTAAATCT
ATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGAC
Found at i:4269 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 4148--4294 Score: 180
Period size: 51 Copynumber: 3.0 Consensus size: 51
4138 TGGCGCTGGA
* *
4148 CCTAAGTCTATATGATGTGGCGTTGGACCTAAATCTATA--ATCTATAT-G
1 CCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATCTATATGG
* * * * *
4196 -AT-GATGTATATGATGTGACGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGG
1 CCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATCTATATGG
4245 CCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGA-CTATATGATCTATATG
1 CCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAA-ATCTATATGATCTATATG
4295 ATGTGGCGCT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 12, Indels: 9
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
46 30 0.37
47 1 0.01
48 7 0.09
49 1 0.01
50 1 0.01
51 40 0.49
52 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (51 bp):
CCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATCTATATGG
Found at i:4297 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4250--4330 Score: 137
Period size: 36 Copynumber: 2.2 Consensus size: 36
4240 TATGGCCTAA
4250 ATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGA-CTATATG
1 ATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAA-ATCTATATG
4286 ATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATG
1 ATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATG
*
4322 ATGTATATG
1 ATCTATATG
4331 GCCTAGTTTT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.02
36 42 0.98
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (36 bp):
ATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATG
Found at i:4348 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 4196--4412 Score: 362
Period size: 87 Copynumber: 2.5 Consensus size: 87
4186 AATCTATATG
*
4196 ATGATGTATATGATGTGACGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGAT
1 ATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGAT
4261 GTGGCGCTGGACCTAAGACTAT
66 GTGGCGCTGGACCTAAGACTAT
* ** * *
4283 ATGATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAGTTTTATTTGAT
1 ATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGAT
*
4348 GTGGCGCTGGATCTAAGACTAT
66 GTGGCGCTGGACCTAAGACTAT
*
4370 ATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATGT
1 ATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGT
4413 GGCGCCGGAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 9, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
87 121 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.24, T:0.35
Consensus pattern (87 bp):
ATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGAT
GTGGCGCTGGACCTAAGACTAT
Found at i:4391 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4344--4412 Score: 120
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
4334 TAGTTTTATT
*
4344 TGATGTGGCGCTGGATCTAAGACTATATGATGTATA
1 TGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATA
*
4380 TGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATGT
1 TGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGT
4413 GGCGCCGGAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 31 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.13, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (36 bp):
TGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATA
Found at i:4472 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 4283--4567 Score: 480
Period size: 155 Copynumber: 1.8 Consensus size: 155
4273 CTAAGACTAT
* * *
4283 ATGATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAGTTTTATTTGAT
1 ATGATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATAGCCTAGTTCTATATGAT
* * *
4348 GTGGCGCTGGATCTAAGACTATATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATGT
66 GTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATATGATATGGCGCTGAACCTAAGTCTATATGATGT
4413 GGCGCCGGATCTAAATCTATATGCG
131 GGCGCCGGATCTAAATCTATATGCG
* * *
4438 ATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATAGTCTTGTTCTATATGAT
1 ATGATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATAGCCTAGTTCTATATGAT
*
4503 GTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATATGATATGGCGGTGAACCTAAGTCTATATGATGT
66 GTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATATGATATGGCGCTGAACCTAAGTCTATATGATGT
4568 ATATGATGTG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 10, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
155 120 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.25, T:0.35
Consensus pattern (155 bp):
ATGATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATAGCCTAGTTCTATATGAT
GTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATATGATATGGCGCTGAACCTAAGTCTATATGATGT
GGCGCCGGATCTAAATCTATATGCG
Found at i:4505 original size:242 final size:244
Alignment explanation
Indices: 4095--4572 Score: 728
Period size: 242 Copynumber: 1.9 Consensus size: 244
4085 TAAGGCTATA
*
4095 TGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATATGATGTATATGATATGGCGCTGGACCTAAGTCTATA
1 TGATGTGGCGCTGGACCTAAGAC-ATATATGATGTATATGATATGGCGCTGGACCTAAGTCTATA
**
4160 TGATGTGGCGTTGGACCTAAATCTATAATCTATATGATGATGTATATGATGTGACGCTGGACCTA
65 TGATGTGGCGCCGGACCTAAATCTATAATC----TGATGATGTATATGATGTGACGCTGGACCTA
*
4225 AATCTATATGATGTATATGGCCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATCT
126 AATCTATATGATGTATATAGCCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATCT
* *
4290 ATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAGTTTTATT
191 ATATGATATGGCGCTGAACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAGTTTTATT
* *
4344 TGATGTGGCGCTGGATCTAAGAC-TATATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATAT
1 TGATGTGGCGCTGGACCTAAGACATATATGATGTATATGATATGGCGCTGGACCTAAGTCTATAT
* *
4408 GATGTGGCGCCGGATCTAAATCTAT-ATGC-GATGATGTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAATC
66 GATGTGGCGCCGGACCTAAATCTATAAT-CTGATGATGTATATGATGTGACGCTGGACCTAAATC
* *** *
4471 TATATGATGTATATAGTCTTGTTCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATGTATAT
130 TATATGATGTATATAGCCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATCTATAT
* *
4536 GATATGGCGGTGAACCTAAGTCTATATGATGTATATG
195 GATATGGCGCTGAACCTAAATCTATATGATGTATATG
4573 ATGTGGCGCT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 17, Indels: 9
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
242 125 0.59
246 2 0.01
247 63 0.30
249 21 0.10
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.25, T:0.34
Consensus pattern (244 bp):
TGATGTGGCGCTGGACCTAAGACATATATGATGTATATGATATGGCGCTGGACCTAAGTCTATAT
GATGTGGCGCCGGACCTAAATCTATAATCTGATGATGTATATGATGTGACGCTGGACCTAAATCT
ATATGATGTATATAGCCTAAATCTATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATCTATATG
ATATGGCGCTGAACCTAAATCTATATGATGTATATGGCCTAGTTTTATT
Found at i:4544 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4495--4613 Score: 193
Period size: 36 Copynumber: 3.3 Consensus size: 36
4485 AGTCTTGTTC
*
4495 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGACTATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATG
* * *
4531 TATATGATATGGCGGTGAACCTAAGTCTATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATG
*
4567 TATATGATGTGGCGCTGGATCTAAGTCTATATGATG
1 TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATG
4603 TATATGATGTG
1 TATATGATGTG
4614 ACGTATGCAC
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 8, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 75 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.27, T:0.34
Consensus pattern (36 bp):
TATATGATGTGGCGCTGGACCTAAGTCTATATGATG
Found at i:7216 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 7203--7244 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 5.1 Consensus size: 8
7193 GAGAAGGAAA
7203 AAAAAAAC
1 AAAAAAAC
7211 AAAAAAAC
1 AAAAAAAC
7219 AAACAAAA-
1 AAA-AAAAC
7227 AAAACAAAC
1 AAAA-AAAC
*
7236 AAACAAAC
1 AAAAAAAC
7244 A
1 A
7245 CCACAGGTAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 6
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
7 1 0.03
8 22 0.73
9 7 0.23
ACGTcount: A:0.83, C:0.17, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (8 bp):
AAAAAAAC
Found at i:7217 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 7200--7238 Score: 60
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
7190 CAAGAGAAGG
7200 AAAAAAAAAACA
1 AAAAAAAAAACA
*
7212 AAAAAACAAACA
1 AAAAAAAAAACA
7224 AAAAAAACAAACA
1 AAAAAAA-AAACA
7237 AA
1 AA
7239 CAAACACCAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
12 17 0.71
13 7 0.29
ACGTcount: A:0.87, C:0.13, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (12 bp):
AAAAAAAAAACA
Found at i:7227 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 7200--7238 Score: 64
Period size: 13 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
7190 CAAGAGAAGG
7200 AAAAAAA-AAAC-
1 AAAAAAACAAACA
7211 AAAAAAACAAACA
1 AAAAAAACAAACA
7224 AAAAAAACAAACA
1 AAAAAAACAAACA
7237 AA
1 AA
7239 CAAACACCAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 7 0.27
12 4 0.15
13 15 0.58
ACGTcount: A:0.87, C:0.13, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AAAAAAACAAACA
Found at i:7228 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7202--7244 Score: 77
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
7192 AGAGAAGGAA
7202 AAAAAAAACAAAAAAACAAAC
1 AAAAAAAACAAAAAAACAAAC
*
7223 AAAAAAAACAAACAAACAAAC
1 AAAAAAAACAAAAAAACAAAC
7244 A
1 A
7245 CCACAGGTAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.84, C:0.16, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAAAACAAAAAAACAAAC
Done.