Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012538.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12559, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:2671 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1086--5548 Score: 5724
Period size: 332 Copynumber: 13.4 Consensus size: 332
1076 TTGGTTAGAG
1086 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATGATTAGTA
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*
1151 CACGATTTTGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
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* * * ** *
1216 TA-TGCAT-AAAAATATATAATTCAACGTC-AAAATATTGGAT-GATTTTTCACGCTTCTAATTT
130 TACT-CATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT-GATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* * * * * * *
1277 TATTTTTCAAAATTTTTTCCAAATTGATTTCTAATTATATCGAAACTTGATTTAGATGCTTGTAA
193 CATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT--
* * * ** * * *
1342 AAAAAAAAATCCTTAAATCCATTGCAACTGGGA-TTGAGTTAGATAAATCAAGATATATCAAGGA
256 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTG-GTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGA
1406 GT-TTAGGCGCCAA
320 GTCTT-GGCGCCAA
* * * * ** *
1419 AAATCATGCAAAACTGAGCCGAGTCCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAATCAATGATTATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGA-TGTTAGTA
* *
1484 CACGATTTCGGCTAAAATTTTTGAAAAAACTGACCTAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTG-AAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* **
1549 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATTTTTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
129 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAA-GATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* * *
1614 CATTTTTCTAAA-TTTTTCCAAATAAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
193 CATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAA
* * *
1678 AAACAAATCCTTAAATCCTATACGGCTGAAATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTGAAGGAGTC
258 AAACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTC
1743 TTGGCGCCAA
323 TTGGCGCCAA
* *
1753 AAATGATGCAAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATGATCAGT
1 AAATCATGC-AAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATG-TTAGT
* * * *
1818 ACATGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCATA
64 ACACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* * * * *
1883 ATA-TGCAT-AAAAATATATAATTCAACGCC-GAAATATTGGA-GGACTTTTCACGCTTCTAATT
129 ATACT-CATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT-GATGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* * * * * * *
1944 TTACTTTTCAAAATTTTTTGCAAATTAATTTCTAATTATATCGAAATATGATTCAGATGCTTGTA
192 TCATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTA
* * * *
2009 AAAACAAATCCTTAAATCC-ATGGA-AGCT-AGGATTTGGTTAGATAAATAAAGATATATCAAAG
257 AAAACAAATCCTTAAATCCAAT--ACGGCTGA-GATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGG
*
2071 AGT-TTAGGTGCCAA
319 AGTCTT-GGCGCCAA
* * * ** * *
2085 AAATCATGCAAAACTGAGCCGAGTCCCCGGAGCGCATTTTTAATCAAAATCCATGATTATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGA-TGTTAGTA
* * * * *
2150 CACGATTTCAGCTAAAATTTTTGAAAAAAAACTAACATGAAAAAATTTTCCTCAGTTTTTGGCCA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTG---AAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
* * * *
2215 CGATACTCAT-AAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAGATTGATTGGCTTTTCACACTTCTAAT
127 CAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCC-AAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * *
2279 ATCAGTTTTCTAAATATTTTCCAAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT
191 ATCATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT
* * * * * *
2344 AAAAACAATTCATTAAATTCAATACGGCGGAGCTTTTGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAG
256 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAG
2409 TCTTGGCGCCAA
321 TCTTGGCGCCAA
* ** *
2421 AAATCATGCAAAACATAGCCGGGGCCCTAGAGCGCATTTTTAGCCAAAGTCCGTGAT-TTAATGT
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATGTT-A-GT
* *
2485 ATACGATTTCGGC-AAAATTTTTGAAAAAGCTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCAC
64 ACACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAA-CTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCAC
* ** *
2549 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATTGATGGGCTTTGAACGCTTCTATTA
128 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCC-AAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
*
2614 TCATTTTTCTAAA-TTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAACTCGAAACATGATTCAGATGCTCGT-
192 TCATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTA
* * * *
2677 AAAACAAATCCTTAAATCCTATACGGCTAAGAATTGGTTAGATAAATTAAGATATTTTAAGGAGT
257 AAAACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGT
*
2742 CTTGCCGCCAA
322 CTTGGCGCCAA
* *
2753 AAATCATGCAAAACAGAGCCAGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCAAAAATCCGTGATGATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATG-TTAGTA
* * * **
2818 CATGATTTCGGCTAAAATTTTTGAAAAAACTGACCTGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGAAACA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTG-AAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* * * *
2883 ATACTCATAAGAAATATATAATTTAATGCCAAAAAGATTAATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATT
129 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * * *
2948 GTTTTTCTAAATTTTTTCTAAATTAATTTCTCATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAA
194 ATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAA
* * **
3013 AACAAATCCTTAAATCCAATACAGCTGAGATTCGGTTAGATAAATTAAGATATTTTTAGGAGTCT
259 AACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTCT
3078 TGGCGCCAA
324 TGGCGCCAA
* * ** *
3087 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCACCTTTTTAATCAAAAT-C-TG-TGTAATGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATGTTA-GTA
* * *
3149 CACGATTTCGGCTAAAGTTCTTGAAAAACTTACCTGAAAATATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
3214 TACTCAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAACAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
130 TACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAA-AGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * * *
3278 GTTTTTC-AAA-TATTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAA
194 ATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAA
* * *
3341 AACAAATCCTTAAATCCTATACGGATGAGATTTGGTTAGATAAACTAAGATATTTCAAGGAGTCT
259 AACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTCT
**
3406 TGTTGCCAA
324 TGGCGCCAA
*
3415 AAATCATGCAAAACAGAGCTGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATG-TAGT-C
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATGTTAGTAC
*
3478 ACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAACAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
66 ACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
* * * ** * *
3543 A-TGCATAAAAAATATATAATTCAACGCC-GAAATATTGGA-GGAATTTTCACGCTTCTAATTTT
131 ACT-CATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT-GATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * *
3605 ATTTTTCAAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTATATCGAAACATGATTCAGATGCTTGTAAA
194 ATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * ** * * * *
3670 AATAAATCCTTAAGTCCATTGCAACTGGGATTGGGTTAGTTAAATTAAGATATATCAAGGAGT-T
259 AACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTCT
*
3734 TAGGCGTCAA
324 T-GGCGCCAA
* * * * * * * *
3744 AAATCATGCAAAACTGAGCCGAGTCCCAGGAACGCATTTTTCGCCAAAATCTGTGATTATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGA-TGTTAGTA
* * * * *
3809 CACGATTTCGACTAAAATTTTTTATAAAACTGACCTG-AAAAATTTTACTCAATTTTTTGCCACA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTGA-AAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* *
3873 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAGATTGATGGGCCTTTCACGCTTCTAATAA
129 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCC-AAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* *
3938 CATTTTTCT-AA-TTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCATAA
193 CATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAA
* *
4001 AAACAAATCCTTAAATGCTATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTC
258 AAACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTC
4066 TTGGCGCCAA
323 TTGGCGCCAA
* * * *
4076 AAACCATGCAAAACACAGTCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCTGTGATGATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATG-TTAGTA
* * *
4141 CACAATTTCGGATAAAATTCTTGAAAAACTGACCTG-CAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
** * * * * *
4205 TA-TGCATAAAAAATATATAATTCAACACC-GAAATATTGGA-GGACGTTTT-ACACTTCTAATT
130 TACT-CATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT-GATGGGC-TTTTCACGCTTCTAATA
* * * * * *
4266 TTATTTTTCAAAATTTTTTCCAAACTAATTTCTAATTATATCAAAACATGATTCAGATGCTTGTA
192 TCATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTA
* * * * * * *
4331 AAAACAAATCCTTCAATCCATTGCAGCTGGGATTGGGTTAGATAAATTAAGATATATCAAGGAGT
257 AAAACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGT
4396 -TTAGGCGCCAA
322 CTT-GGCGCCAA
* * * * * * *
4407 AAATCATGCAAAACTGAGCCGAGTCCCCAGAACGCATTTTTAGCCAAAATCTGTGATTATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGA-TGTTAGTA
* * * *
4472 CACGATTTCGGCTAAAATTTTTGAAAAAACTAACCTGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCAACA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTG-AAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* * * * *
4537 ATACTCATAAGAAATATATAATTTAAAGCCAAAAAGATTCATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATC
129 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * * *
4602 GTTTTTCTAAATTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAA
194 ATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAA
* **
4667 ACCAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTTTAGGAGTCT
259 AACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTCT
*
4732 TGACGCCAA
324 TGGCGCCAA
* * **
4741 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCACCTTTTTAATCAAAATCCGTGATGATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATG-TTAGTA
4806 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTG-AAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
4870 TACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
130 TACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCC-AAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
*
4935 ATTTTCCTAAA-TTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAA
194 ATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAA
* * *
4999 AACAAATCCTTAAATCCTATACGGATGAGATTTGGTTAGAGAAATTAAGATATTTCAAGGAGTCT
259 AACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTCT
**
5064 TGTTGCCAA
324 TGGCGCCAA
* *
5073 AAATCATGCAAAACAGAGCTGGGGCCCCGGGGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATGATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATG-TTAGTA
*
5138 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAACAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * ** *
5203 TA-TGCATAAAAAATATATAATTCAACGCC-GAAATATTGGA-GGAATTTTCACGCTTCTAATTT
130 TACT-CATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT-GATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* * * * *
5265 TATTTTCCAAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTCATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAA
193 CATTTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAA
* *
5330 AAACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGATAGATAAATTAAGATATTTCAAGTAGTC
258 AAACAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTC
5395 TTGGCGCCAA
323 TTGGCGCCAA
* * * ** * *
5405 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAGCACCTTTTTAATCAGAATCCGTAATGATTAGTA
1 AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATG-TTAGTA
* * * *
5470 CACGATTTCGGCTAAATTTCTTGAAAAACTAACCTGAAAACATTTTCCTCAAATTTTGGCCACAA
65 CACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
5535 TACTCATAAAAAAT
130 TACTCATAAAAAAT
Statistics
Matches: 3579, Mismatches: 469, Indels: 165
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
327 30 0.01
328 232 0.06
329 226 0.06
330 96 0.03
331 415 0.12
332 1067 0.30
333 486 0.14
334 640 0.18
335 109 0.03
336 242 0.07
337 36 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
AAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAAATCCGTGATGTTAGTAC
ACGATTTCGGCTAAAATTCTTGAAAAACTGACCTGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
ACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAT
TTTTCTAAATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAA
CAAATCCTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTAAGATATTTCAAGGAGTCTTG
GCGCCAA
Done.