Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012553.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12574, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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140 AGCAACCCCC
* * * * * * *
150 AAAACATATCCTTAAAGCTAATTTTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAG
1 AAAACAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTAAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * ** * * *
215 TTTTGGAGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGCCCCAGAATACAATTTTAGCAAAAAACCG
65 TTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGGGCCCCGGAACACATTTTTAGCAAAAAACCG
* * * * ** *
280 TGATGGTTAGTACACAATTTCGACTAAAATTTTGCACAACCTGACCCGATTTCCTCAATTTTTGG
130 TGATGG-TAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCCA----AAC-ATTTTT-C
* * * * * ** *
345 CT--AAAATAGTCATTAAAATATATAATTCAAAGCC-AAAAAGATTGGACAACTTTTCACGTTTC
188 CTCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAGATTAGAGATTTTTTCACGCTTC
* * * * * * * * * *
407 TAATATC-ATATTCCCTATTTTTAATTAA-T--TTCTTATTAAATCGAAACCGGTTCCAGATACT
253 TAATATCGAT-TTTCCTGTTTTTAATAAATTAATTCTAATTAAATCAAAACTGATTTCAAATGCT
* * * * * * * * *
468 CGTAAAAACGTATCTTTGAATTCAATGTGGCTAAGATTTGATTAG-T---TAT-----TTG-AAT
317 CGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTAGATCAGATGAATATAGACATTGCAAG
* * * ** * * * *
523 GAGTATTGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTAAATCGGGCCCC-AGAACACATTTTTAGGC-AAAA
382 GAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAA
* * * * * * *
586 CCCT-ATA-TAACGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAA-AATTTTGC
446 CCGTGATAGTTA-GTACACGATTTCGACTAAAATTCTGCAAAAACTAACC-GAAAATATTTTTCC
* * * * * * * * * * * *
648 TCAA-ATTTTGGCCAC-AATACTCA-AAAAAATATGTAATTCAACGCTAACAATATTGAA-GGAC
509 T-AAGTTTTTGGTCACAAATACTCATTAAAAACATATAATCCAAAGCCAAAAAGATTAAACAG-C
* * * * * *
709 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTTCCTATTTTATTTCGAAATTAATTTTTGATTAAATCGAA
572 TTTTCACACTTCTAATATCA-TTTTCT-CTATTTT-TTACG-AATGAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * *
774 ACAAGATTCAAATTCTTGTA
633 ACAGGATTCAGATGCTCGTA
* *
794 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGTCTGAA-ATTTGATTAGATGAATATAGATAGATATTCCAA
1 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT-AAGATTTAATTAGATGAATATAGAT--AT-TT-CAA
* * * ** * * * ** * *
858 GGGGTTTTGACGCAAAAAATCATGCAAAATTGAG-CTGGGACCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAA
61 GGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGGGCCCCGGAACACATTTTTAGCAAAAA
* * * **** **** *** *
922 ATCGTGAT-G--CTA-A-AATTT-TG-TAAAAACTAACCCGAATTTTTTTTTCTC-AA-A-TTTT
126 ACCGTGATGGTAGTACACAATTTCGGCT-AAAA-TTTTGC-AA-AAACTGACCCCAAACATTTTT
** * *
977 -GGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAGATTAGAGATTTTTTCACGTTT
187 CCTCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAGATTAGAGATTTTTTCACGCTT
*
1041 CTAATATCGATTTTCCTGTTTTTAATAAATTAATTCTAATTAAATCAAAACTGGTTTCAAATGCT
252 CTAATATCGATTTTCCTGTTTTTAATAAATTAATTCTAATTAAATCAAAACTGATTTCAAATGCT
* * * *
1106 CGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATCAGATGAATATGGATATTGCAAG
317 CGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTAGATCAGATGAATATAGACATTGCAAG
* * * *
1171 GAGTTTTTGTGCCATATATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
382 GAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
* ** *
1236 CGTGTTAGTTAGTGTACGATTTCGGCTAAAATTCTGCAAAAACTAACCCGAAAAT-TTTTTCCTC
447 CGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTCTGCAAAAACTAA-CCGAAAATATTTTTCCT-
* * ** *
1300 AAG-TTTTGGTCAC-AATACTCA-TAAAAATATATAATTCAGCGCCAAAAAGATTAAAGGAG-TT
510 AAGTTTTTGGTCACAAATACTCATTAAAAACATATAATCCAAAGCCAAAAAGATTAAA-CAGCTT
** * * * *
1361 TTCACGGTTCTAATATCGTTTT-TC--TTTTTTATCGAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAT
574 TTCACACTTCTAATATCATTTTCTCTATTTTTTA-CG-AATGAATTTCTAATTAAATCGAAACAG
* *
1423 GATTCATATGCTTGTA
637 GATTCAGATGCTCGTA
*
1439 AAAACAAAT-CTGTAAATCCAATGTGGTTAAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
1 AAAACAAATCCT-TAAATCCAATGTGGCTAAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * *
1503 TTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGTCGGGGCTCCGGAACGCATTTTTAGCAAAAAACTG
65 TTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGGGCCCCGGAACACATTTTTAGCAAAAAACCG
* *
1568 TGATGGTTAGTAGACCATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCCAAACATTTTTCCTCCAC
130 TGATGG-TAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCCAAACATTTTTCCTCCAC
* * * *
1633 AATACTCATTAAAAATATATAATTCAAATCCAAAAAA-ATTGGACGA-TTTTTCATGCTTCTAGT
194 AATACTCA-TAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAGATTAGA-GATTTTTTCACGCTTCTAAT
* * * * *
1696 ATCG-TTTTCCCTATTTTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-TCGATTTCAGATAG-T
257 ATCGATTTT-CCT-GTTTTTAATAAATTAA-TTCTAATTAAATCAAAACT-GATTTCAAAT-GCT
* * * * *
1758 CGTAAGAATATATCCTTAAATCCAATATGGCTGATATTAGATCAGATGAGTATAGACATTTCAAG
317 CGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTAGATCAGATGAATATAGACATTGCAAG
** * * * * *
1823 GAGTTTTGGCGGTAAAAATTATGTAAAACTGAGCCGAGTCCCTG-AACGTGTTTTTAGCCAAATA
382 GAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
* * * * * * * *
1887 TCGTGATGGTTAGTACACGGTTTTGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTAAAATATTTTTCCTT
446 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTCTGCAAAAACTAACCGAAAATATTTTTCCTA
** * *
1952 AGTTTTTTTTCCCGAAATACTCATTAAAAACATATAATCCAAAGCCAAAAAGATTAGACAGCTTT
511 AGTTTTTGGTCAC-AAATACTCATTAAAAACATATAATCCAAAGCCAAAAAGATTAAACAGCTTT
* *
2017 TCACACTTCTAATATCATTTTCTCTATTTTTTACGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTT
575 TCACACTTCTAATATCATTTTCTCTATTTTTTACGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGAT
2082 TCAGATGCTCGTA
640 TCAGATGCTCGTA
* **
2095 AAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
1 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * * * * *
2160 TTTTGTGGCGAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGT
66 TTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGGGCCCCGGAACACATTTTTAGCAAAAAACCGT
2225 GATGGTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
131 GATGGTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
2270 GAAATTTTTT
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 216, Indels: 127
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
634 32 0.03
635 47 0.04
636 3 0.00
638 66 0.06
639 5 0.00
640 7 0.01
641 34 0.03
642 38 0.03
643 30 0.03
644 25 0.02
645 93 0.08
646 37 0.03
647 41 0.03
648 54 0.05
649 25 0.02
650 148 0.12
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653 5 0.00
654 10 0.01
655 88 0.07
656 155 0.13
657 4 0.00
658 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (652 bp):
AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
TTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGGGCCCCGGAACACATTTTTAGCAAAAAACCGT
GATGGTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCCAAACATTTTTCCTCCACAA
TACTCATAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAGATTAGAGATTTTTTCACGCTTCTAATATCG
ATTTTCCTGTTTTTAATAAATTAATTCTAATTAAATCAAAACTGATTTCAAATGCTCGTAAAAAC
ATATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTAGATCAGATGAATATAGACATTGCAAGGAGTTTTGG
CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGT
TAGTACACGATTTCGACTAAAATTCTGCAAAAACTAACCGAAAATATTTTTCCTAAGTTTTTGGT
CACAAATACTCATTAAAAACATATAATCCAAAGCCAAAAAGATTAAACAGCTTTTCACACTTCTA
ATATCATTTTCTCTATTTTTTACGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCAGATGCTCG
TA
Found at i:2154 original size:333 final size:328
Alignment explanation
Indices: 930--2286 Score: 1331
Period size: 333 Copynumber: 4.1 Consensus size: 328
920 AAATCGTGAT
* * * * * * * **
930 GCTAAAATTTTGTAAAAACTAACCCG-AATTTTTTTTTCTCAAATTTTGGCCACAATACTCATAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTCCT-TAGTTTTTCCCA-AATACTCATAA
* * * *
994 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAAGATTAGAGATTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTTC-CT
64 AAATATATAATTCAAAGCC-AAAAAGATTAGACAGTTTTTCACGCTTCTAATATC-ATTTTCTCT
* * ** * * *
1058 GTTTTTAATAAATTAA-TTCTAATTAAATCAAAACTGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCT
127 ATTTTTTACGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
* * * * * *
1122 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATCAGATGAATATGGATATTGCAAGGAGTTTTTGTGCCATA
192 TAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAAA
* * * * **
1187 TATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGTTAGTTAGTGTA
257 AATCATGCAAAACTGAGCCGAG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
1252 CGATTTCG
321 CGATTTCG
* * * *
1260 GCTAAAATTCTGCAAAAACTAACCCGAAAAT-TTTTTCCTCAAGTTTTGGTCAC-AATACTCATA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTCCT-TAGTTTT--TCCCAAATACTCATA
** * * * *
1323 AAAATATATAATTCAGCGCCAAAAAGATTAAAGGAG-TTTTCACGGTTCTAATATCGTTTT-TC-
63 AAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTAGA-CAGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCTCT
* ** * * * *
1385 -TTTTTTATCGAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCATATGCTTGTAAAAACAAAT-
127 ATTTTTTA-CG-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATC
* * *
1448 CTGTAAATCCAATGTGGTTAAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCC
190 CT-TAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCC
* * * * * *
1513 AAAAATCATGCAAAACGGAGTCGGGGCTCCGGAACGCATTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAG
254 AAAAATCATGCAAAACTGAG-CCGAGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
* *
1578 TAGACCATTTCG
317 TACACGATTTCG
* *
1590 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-CAAACATTTTTCC--------T-CCACAATACTCATTAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTCCTTAGTTTTTCCCA-AATACTCA-TAA
* * * * * * *
1645 AAATATATAATTCAAATCCAAAAAAATTGGAC-GATTTTTCATGCTTCTAGTATCGTTTTCCCTA
64 AAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTAGACAG-TTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCTCTA
* * * * *
1709 TTTTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGATTTCAGATAG-TCGTAAGAATATATCC
128 -TTTTTTACGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGAT-GCTCGTAAAAACATATCC
* * * * * * **
1773 TTAAATCCAATATGGCTGATATTAGATCAGATGAGTATAGACATTTCAAGGAGTTTTGGCGGTAA
191 TTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAA
* * * * * *
1838 AAATTATGTAAAACTGAGCCGAGTCCCTGAACGTGTTTTTAGCCAAATATCGTGATGGTTAGTAC
256 AAATCATGCAAAACTGAGCCGAG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* *
1903 ACGGTTTTG
320 ACGATTTCG
* *
1912 ACTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CCTAAAATATTTTTCCTTAGTTTTTTTTCCCGAAATACTCAT
1 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTCCTTAG---TTTTTCCC-AAATACTCA-
* * * *
1976 TAAAAACATATAATCCAAAGCCAAAAAGATTAGACAGCTTTTCACACTTCTAATATCATTTTCTC
61 TAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTAGACAGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCTC
*
2041 TATTTTTTACGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCC
126 TATTTTTTACGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCC
* * * * * *
2106 TTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTGGCGA
191 TTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAA
* *
2171 AAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-TAGTA
256 AAATCATGCAAAACTGAGCC-GAG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
*
2235 CACAATTTCG
319 CACGATTTCG
* *
2245 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCCTTA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTCCTTA
2287 AATTTTGGCC
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 149, Indels: 80
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
318 1 0.00
319 2 0.00
320 8 0.01
321 51 0.06
322 74 0.09
323 108 0.13
324 4 0.00
325 7 0.01
326 6 0.01
328 13 0.02
329 141 0.17
330 142 0.17
331 3 0.00
332 2 0.00
333 160 0.19
334 112 0.13
335 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTCCTTAGTTTTTCCCAAATACTCATAAAA
ATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTAGACAGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCTCTATTT
TTTACGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAA
TCCAATGTGGCTAAGATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAAAAATC
ATGCAAAACTGAGCCGAGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
TCG
Found at i:3224 original size:19 final size:19
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Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
3185 TGAGTAGTTT
*
3195 TTAAGTAAAT-ATATAATA
1 TTAAATAAATAATATAATA
3213 TATAAATAAATAAATATAATA
1 T-TAAATAAAT-AATATAATA
3234 TTAAA
1 TTAAA
3239 ATAATTAATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 4
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.05
19 8 0.36
20 4 0.18
21 9 0.41
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Consensus pattern (19 bp):
TTAAATAAATAATATAATA
Found at i:4393 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 4386--4413 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
4376 TTGATAAGAA
4386 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
4414 GAATGATTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:5442 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 3538--5644 Score: 1748
Period size: 332 Copynumber: 6.3 Consensus size: 329
3528 TTTACTCAAT
* * * * * *
3538 TTTTGGCCAAAATATTCACCAAAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGATTGGAGGGCTTTTTACG
1 TTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACG
* * * * *
3603 CTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTAAATTAATATCTAATTAAAACGAAACCGGTTTCAGA
66 CTTCTAATATCGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGA
* ** * * *
3668 TGCTTGTAAAAACATATCCTTAAATCTGATGTGGCTGAGATTTGATTACATAAACATAGATATT-
131 TGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAAATATTC
** * * * * * * *
3732 TGAAGGAGTCTTGGCACAATAAAATCATGCATAACTGAACCGGGGCACCGGAA-TACTTTTTTAG
196 T--AGGAGTCTCAGCGCCA-AAAATCATACAAAACTGAGCC-GGG-ACTGGAACT-CGTTTTTAG
* * * * *
3796 -CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAGAACTTACCCGAAAAAT
255 AC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGGAAATAT
* *
3860 ACTTCCTCAAA
319 TCTTCCTTAAA
* * * * ** *
3871 TTTTGGCCACAATACTT-A-TAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTCAAGGACTTTTAAC
1 TTTTGGCCAAAATA-TTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCAC
* * * * * * * * * ** *
3934 GCTTCTCATATCTTTTTTTCCATTTTTTTTTTTCCATATTAATTTGTCATTAAATCGAAGCAAGA
65 GCTTCTAATATC--GTTTTCC-CTGTTTTTTCT-GA-ATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGT
* * * * *
3999 TTCAAATGCTTGTATAAAA-ATATACTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTTG-TTAGATGAATAT
125 TTCAGATGCTCGTA-AAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGATTAGATAAATAT
* * * * ** * * ** * * *
4062 AGATATTTCAAGGATTTTTGGCACAAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGAACTCGGAACGCATT
188 AAATA-TTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGG-ACT-GGAACTCGTT
* * * * *
4127 TTTAGACAAAAATCGTGATGATTAGTACACAATTTCGGCTAAAAGTTTGCAAAAACTGACCCGAA
250 TTTAGACAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGGAA
* * *
4192 ATACTT-TTTCTCAAT
315 ATA-TTCTTCCTTAAA
* * * *
4207 TTTTGGCGAAAATACTCATTAAAAATATATAATTCAA-ACCCAAAAACATTGGACGG-CTTTTCA
1 TTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACA-CCAAAAATATTGGA-GGACTTTTCA
* * * * *
4270 CCCTTCTAATATTGTTTTTCC--TTTTTTATGAATTAATTT-TTAATTAAATCGAAACCGGTTTT
64 CGCTTCTAATATCGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTT-ATTAAATCGAAACCGGTTTC
* * * * * * * *
4332 AGATGCTCGTAAAAAAATATCTTTGAATCAAAAGTGACTGAAATTTGATAAGAAATATATATATA
128 AGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGAT------TAGATA-A-A
* * * ** * * *** * ***
4397 TATATATATATATATATGAATGATTTTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAATTGGGCCCCAA
185 TATA-A-ATAT-TCTA-G---GAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGG-ACTGG
* * * ** **
4462 AACACGTTTTTTTGCCAAAAATGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGT
242 AACTCG-TTTTTAGACAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC
* ** *
4527 TGACCCGAAATATTCTTCCACAAT
306 TGACCGGAAATATTCTTCCTTAAA
* *
4551 TTTTGGCCAAAATATTCATTAAAAATATTTAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACG
1 TTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACG
* * * * *
4616 CTTCGAATATCGTTTT-CC-GTATTTTTCTTAATTAATTTCTTATTAAATCCAAACTGGTTTCAA
66 CTTCTAATATCGTTTTCCCTGT-TTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAG
* * * * *
4679 ATGCTTGTAAAAACATATACTTAAATCCAATGTTGTTGAGATTTAATTAGATAAATA-AAGATAT
130 ATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAA-ATAT
* * * * * * * *
4743 TTTAAGGAGTTTCGGCGCCAAAAATCATACAAAACTAAGCTGGGGCTTTGAA-TGCGTTTTTAGC
194 TCT-AGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGGAC-TGGAACT-CGTTTTTAGA
* * * *
4807 CAAAAACCGTGATGGTTCGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGATCTGAAATATTC
256 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGGAAATATTC
4872 TTCCTT-AA
321 TTCCTTAAA
* * * *
4880 TTCTGGGCCAAAATACTT-ATTAAAAATATATAATTCAA-AGACAAAAATATTGGAAGACTTTTC
1 TT-TTGGCCAAAATA-TTCACTAAAAATATATAATTCAACA-CCAAAAATATTGGAGGACTTTTC
* * * * * *
4943 ACGTTTC-AGAAATCATTTTCCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTTATTAAATCGAAATCGGTT
63 ACGCTTCTA-ATATCGTTTTCCCT-GTTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTT
* * **
5007 TCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTGATTAGATAAATGTGGA
126 TCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAAA
* * * * **
5072 TATTTCAAGGAATCTCATCGCAAAAAATCATTTAAAACTGAGCCGGCGACTGGAACTCGTTTTTA
191 TA-TTCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGG-GACTGGAACTCGTTTTTA
* *
5137 GAAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACT-AGCACGGAAA-
254 GACAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-C-CGGAAAT
5200 ATAT-TTCCTTAAA
317 AT-TCTTCCTTAAA
* * * * * *
5213 TTTTGGTCACAATATTCGCTAAAAATATATAAATCAACACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCATG
1 TTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACG
* * *
5278 CTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGA
66 CTTCTAATATCGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGA
* * * *
5343 TGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGCGATTTGATTATATAAATATAAATGTAT
131 TGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAAATAT-T
* * * *
5408 CTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCGTTTTTAGTCA
195 CTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCC-GGG-ACTGGAACTCGTTTTTAGACA
* * * * *
5473 AAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGATAAAATTTTGCAAAAACTGGCCCGGAAA-ATTTT
258 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACT-GACCGGAAATATTCT
5537 TCCTTAAA
322 TCCTTAAA
* * * *
5545 TTTT-GCTTCACAATATTCGCTAAAAATATATAATTCAAC-GCAAAAATATTGGAGGTCTTTTCA
1 TTTTGGC--CAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCA
*
5608 CGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTA
64 CGCTTCTAATATCGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTA
5645 GATAAATGTA
Statistics
Matches: 1448, Mismatches: 254, Indels: 145
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 14 0.01
330 187 0.13
331 175 0.12
332 446 0.31
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334 11 0.01
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336 108 0.07
337 134 0.09
338 18 0.01
339 6 0.00
340 5 0.00
341 1 0.00
343 10 0.01
344 174 0.12
345 69 0.05
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
TTTTGGCCAAAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACG
CTTCTAATATCGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCGGTTTCAGA
TGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAAATATTC
TAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGGACTGGAACTCGTTTTTAGACAAAA
ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGGAAATATTCTTCCT
TAAA
Found at i:5866 original size:254 final size:252
Alignment explanation
Indices: 5387--5897 Score: 733
Period size: 254 Copynumber: 2.0 Consensus size: 252
5377 CTGCGATTTG
* *
5387 ATTATATAAATATAAATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGT
1 ATTAGATAAATATAAATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGT
* * * * *
5452 CCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGATAAAATTTTGCAA
66 CCCGGAACGCGTTTCTAGTCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTTAGATAAAATTTTGCAA
* * *
5517 AAACTGGCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGCTTCACAATATTCGCTAAAAATATATAATTCA
131 AAACTGACCCGGAAAATTTTT-CTTAAATTTTGCGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCA
* * * * *
5582 ACGCAAAAATATTGGAGGTCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGA
195 ACGCAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCT-ATTTTTCTAA
* * * * *
5641 ATTAGATAAATGTAGATTTATCTAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGGT
1 ATTAGATAAATATAAATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGT
*
5706 CCCGGAACGCGTTTCTAG-CAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCA
66 CCCGGAACGCGTTTCTAGTC-AAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTTAGATAAAATTTTGCA
*
5770 AAAACTGACCC-GAAATATTCTTT-TTCAAATTTTG-GTCACCATATTCACTAAAAATATATAAT
130 AAAACTGACCCGGAAA-ATT-TTTCTT-AAATTTTGCGTCACAATATTCACTAAAAATATATAAT
5832 TCAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCTATTTTTCTAA
192 TCAACG-CAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCTATTTTTCTAA
5894 ATTA
1 ATTA
5898 ATTTCTTCTT
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 22, Indels: 11
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
253 50 0.22
254 177 0.77
255 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (252 bp):
ATTAGATAAATATAAATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGT
CCCGGAACGCGTTTCTAGTCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTTAGATAAAATTTTGCAA
AAACTGACCCGGAAAATTTTTCTTAAATTTTGCGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
CGCAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCTATTTTTCTAA
Found at i:5960 original size:585 final size:585
Alignment explanation
Indices: 5123--6228 Score: 1594
Period size: 584 Copynumber: 1.9 Consensus size: 585
5113 GCCGGCGACT
* * * *
5123 GGAACTCGTTTTTAGAAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
1 GGAACGCGTTTCTAGAAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAA
* *
5188 CTAGCACGGAAAATATTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCGCTAAAAATATATAAATCAACAC
66 CTAGCACCGAAAATATTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAAATCAACAC
* * * * * * *
5253 CAAAAATATTGGAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTC
131 CAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCTGATTTTTCTAAATTAATTTC
* * * *
5318 TAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGCGA
196 TAATTAAATAGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
* * * * * **
5383 TTTGATTATATAAATATAAATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
261 ATTGATTAGATAAATATAAATATATCAAGGAATCTCAGCGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGCCG
* * * *
5448 GGGTCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAA-ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGATAAAATTT
326 GCG-CCTGGAACGCGTTTTTAG-CAAAATACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTT
* * * * *
5512 TGCAAAAACTGGCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGCTTCACAATATTCGCTAAAAATATATA
389 TGAAAAAACTAGCCCGGAAAATTTTTCATTAAATTTTG-GTCACAATATTCACTAAAAATATATA
* *
5577 ATTCAAC-GCAAAAATATTGGAGGTCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGA
453 ATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGA
5641 ATTAGATAAATGTAGATTTATCTAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGGT
518 ATTAGATAAATGTAGATTTATCTAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGGT
5706 CCC
583 CCC
* * *
5709 GGAACGCGTTTCTAGCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAA
1 GGAACGCGTTTCTAGAAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAA
** * *
5774 CT-G-ACCCG-AAATATTCTTTTTCAAATTTTGGTCACCATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
66 CTAGCA-CCGAAAATATT-TCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAAATCAA
*
5836 CGCCAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCT-ATTTTTCTAAATTAAT
128 CACCAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCTGATTTTTCTAAATTAAT
** * *
5900 TTCTTCTTAAATAGAAACCGATTTCAGATTCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
193 TTCTAATTAAATAGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* * *
5965 AGAATTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAATCTCAGTGCCAAAAATCATAAAAAACTGAG
258 AGAATTGATTAGATAAATATAAATATATCAAGGAATCTCAGCGCCAAAAATCATAAAAAACTGAG
* * * *
6030 CCGGCGCCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAATACCGTTATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATT
323 CCGGCGCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAATACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATT
* *
6095 TTGAAAAAACTAGCCTGGAAATTTTTTCATTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATA
388 TTGAAAAAACTAGCCCGGAAAATTTTTCATTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATA
* *
6160 ATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGA
453 ATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGA
6225 ATTA
518 ATTA
6229 ATTTCTAATT
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 58, Indels: 12
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
583 36 0.08
584 145 0.32
585 137 0.30
586 139 0.30
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (585 bp):
GGAACGCGTTTCTAGAAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAA
CTAGCACCGAAAATATTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAAATCAACAC
CAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCTGATTTTTCTAAATTAATTTC
TAATTAAATAGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
ATTGATTAGATAAATATAAATATATCAAGGAATCTCAGCGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGCCG
GCGCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAATACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTG
AAAAAACTAGCCCGGAAAATTTTTCATTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATT
CAACACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATT
AGATAAATGTAGATTTATCTAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC
Found at i:6344 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 5641--8983 Score: 4089
Period size: 331 Copynumber: 10.1 Consensus size: 331
5631 TTTTTTCTGA
* * * ** * *
5641 ATTAGATAAATGTAGATTTATCTAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGGT
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCGT
* * * * **
5706 CCCGGAACGCGTTTCTAGCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAA
66 CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
*
5771 AAACTGACCC-GAAATATTCTTT--TTCAAATTTTGGTCACCATATTCACTAAAAATATATAATT
131 AAACTG-CCCGGAAA-ATT-TTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATT
* * * * *
5833 CAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCT-ATTTTTCTAAATT
192 CAACGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATT
** * * *
5897 AATTTCTTCTTAAATAGAAACCGATTTCAGATTCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGG
257 AATTTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGG
5962 CTGAGAATTG
322 CTGAGAATTG
* * * * *
5972 ATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAATCTCAGTGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGCCGGCG-
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCGT
* * * * *
6036 CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAATACCGTTATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAA
66 CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* * *
6101 AAACTAGCCTGGAAATTTTTTCATTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
131 AAACT-GCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
* * *
6166 CACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGAATTAAT
195 CGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAAT
* * *
6231 TTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGATG
260 TTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
*
6296 TA-ATTTG
325 -AGAATTG
* * * * * *
6303 ATTATATAAATATAGATGTATCTAGGAGTCTCAACGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGT
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCGT
* * * * *
6368 CCTGGAACGCGATTTTAGTC-AAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCA
66 CCTGGAAGGCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* *
6432 AAAACTGGCCCGGAAAATTATTCCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCA
130 AAAACT-GCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCA
* * * * *
6497 ACGCCAAAAATTTTGGAAGGCTTTTCACACTTCTAATATTGTGTTCCCTATTTTTTCTGAATTAA
194 ACGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAA
** * * *
6562 TTTCTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAATAATATATCCTTAAATCCAATGTGGTT
259 TTTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCT
6627 GAGAATTG
324 GAGAATTG
* * * * * * *
6635 ATGT-GATAAATACAGATTTATCTAAGAGTCTCAGTGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGAG-
1 AT-TAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCG-GC
* * * * * * ** *
6698 GTCCCGTAAGACGTTTCTAACAAAAAACCGTGATGGTTAGTGCACGATTTTAGCTAAAATTTTTC
64 GTCCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * *
6763 AAAAACTGACCTGAAATATTCTT-CTTCAAATTTTGATCAGAATATTCACTAAAAATATATAATT
129 AAAAACTGCCCGGAAA-ATTTTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATT
** ** *
6827 CAACGCCAAAAATATTGGA-GAATTCACACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATT
192 CAACGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATT
** * *
6891 AATTTCTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAATAATATATCCTTAAATCCAATGTGG
257 AATTTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGG
6956 CTGAGAATTG
322 CTGAGAATTG
* * * * *
6966 ATTTGATAAATATAGATATTTCAAGGAATCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGC-C
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCGT
* * * **
7030 CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTTATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTAAAA
66 CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* * * *
7095 AAACTAGCCCGAAAAATTTTTCCTTAGATTTTGATCACAATATTCACTAAAAATAAATAATTCAA
131 AAACT-GCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
* * * ** *
7160 CACCAAAACTATTGGAGGGATTTTCATTCTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGAATTAAT
195 CGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAAT
* *
7225 TTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTG
260 TTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* *
7290 CGATTTG
325 AGAATTG
* * * * *
7297 ATTATATAAATATAGATGTATCTAGGAGT-TGCAACGCTAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG-G
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCT-CAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCG
* *
7360 TCCTGGAACGCGTTTTTAGTC-AAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
65 TCCTGGAAGGCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* *
7424 AAAAACTGGCCCGGAAAATTATTCCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTC
129 AAAAACT-GCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTC
* ** * *
7489 AACGCCAAAAATATTGGAAGGCTTTTCAAACTTCTACTATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGATTTA
193 AACGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTA
* * * *
7554 ATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGAAAAAACATATCCTTAGATTCAATGT-G-
258 ATTTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * *
7617 AGACATTTG
323 TGAGAATTG
* * * * * *
7626 ATTAGATAAATATAGATTTATCTAAGAGTCTCGGTGCGAAAAATCATTCAAAACTGAGCCGAG-G
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCG-GCG
* * * ** *
7690 TCCCGGAAGGCGTTTCTAACAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTTCA
65 TCCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * * *
7755 AAAACTGACCC-GAATTATTCTT-CTTCAAATTTTTGTCACAATATTCACTAAAAATATATATTT
130 AAAACTG-CCCGGAA-AATTTTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATT
* * * *
7818 CAATGCCAAAAATATTGGAGGACTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATT
192 CAACGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATT
** *
7883 AATTTCTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGG
257 AATTTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGG
7948 CTGAGAATTG
322 CTGAGAATTG
* * * * * *
7958 ATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAATCTCAGTGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGCTGGCG-
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCGT
* * *
8022 CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGATAAAATTTTGCAA
66 CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
** *
8087 AAACTGACCCGGAAAATTTTTCCTCGAATTTTGGTCACAATATTAACTAAAAATATATAATTCAA
131 AAACTG-CCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
* *
8152 CGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCCTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAAA
195 CGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAAT
** * *
8217 TTCTTCTTAAATCGAAACCGATATT-AGATGCTCGTAATAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCT
260 TTCTAATTAAATCGAAACCGAT-TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCT
*
8281 GACAATTG
324 GAGAATTG
* * * * * * * *
8289 ATTAGATAAATACAGATATTTCAAGAATTCTCAGCGCCAAAAATCTTAAAAAACTGAGCCGGC-A
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCGT
* * * *
8353 CCTGGAAGGTGTTTTTAGCAAAAAATCGTTATAGTTAGT--AC-A--T--G--AAAATTTTGCAA
66 CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* *
8409 AAACTAG-CCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACATTATTCACTAAAAATATATAATTCGA
131 AAACT-GCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
* * * * *
8473 CACC-AAAATATTGGAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAAT
195 CGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAAT
* * * * * *
8537 TTCTAA-TAAAACGAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGAGACTG
260 TTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* *
8601 CGATTTG
325 AGAATTG
* * *
8608 ATTAGCTAAATATAGATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCA-AGCAAAACTGAGCCGGGG
1 ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATA-CAAAACTGAGCCGGCG
* * ** * * * *
8672 TCCTGGAACGCGTTTTTGGTTAAAAATCGTGACGGTTAATACACGATTTCGGCTTAAATTTTGCA
65 TCCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
**
8737 AAAACTGTTCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
130 AAAACTGCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAA
* **
8802 CGCCAAAAATAATGGAGATCTTTTCACGCTTCTAAGT-TTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAA
195 CGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAA-TATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAA
* *
8866 TTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCT
259 TTTCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCT
* *
8931 GCGATTTG
324 GAGAATTG
* *
8939 ATTATG-TAAATATAGATGTATCTAGGAGTCTCAACGCCAAAAATC
1 ATTA-GATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATC
8984 GTGATGGTTA
Statistics
Matches: 2609, Mismatches: 350, Indels: 106
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
318 3 0.00
319 102 0.04
320 88 0.03
321 55 0.02
322 19 0.01
323 2 0.00
324 1 0.00
325 1 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
328 2 0.00
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333 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
ATTAGATAAATATAGATATATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCGT
CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
AAACTGCCCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAAC
GCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATT
TCTAATTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
GAATTG
Found at i:7308 original size:662 final size:656
Alignment explanation
Indices: 5645--8983 Score: 4015
Period size: 661 Copynumber: 5.1 Consensus size: 656
5635 TTCTGAATTA
* * * ** * *
5645 GATAAATGTAGATTTATCTAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC-
1 GATAAATATAGATTT-TCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAG-C-CGGCCCCT
* * * *
5709 GGAACGCGTTTCTAGCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAA
63 GGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAA
* *
5774 CTGACCCGAAATATTCTTT--TTCAAATTTTGGTCACCATATTCACTAAAAATATATAATTCAAC
128 CTG-CCCGAAAAATT-TTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAAC
* * *
5837 GCCAAAAATATTGGAGGACTTTACACGCTTCGAATATTGTTTTCCCTA-TTTTTCTAAATTAATT
190 GCCAAAAATATTGGAGGA-TTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATT
* *
5901 TCTTCTTAAATAGAAACCGATTTCAGATTCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
254 TCTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* **
5966 GAATTGATTAGATAAATATAGATATT-TC-AAGGAATCTCAGTGCCAAAAATCATAAAAAACTGA
319 GAATTGATTAGATAAATATAGAT-TTATCTAA-GAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * *
6029 GCCGGCG-CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAATACCGTTATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAA
382 GCCGG-GTCCTGGAA-GCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
* *
6093 TTTTGAAAAAACT-AGCCTGGAAATTTTTTCATT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATA
445 TTTTGCAAAAACTGA-CC-GGAAAATTTTTC-TTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATA
* * *
6156 TATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTT
507 TATAATTCAACGCCAAAAATATTGGA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTT
6221 CTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTC
571 CTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTC
*
6286 AATGTGGATGTA-ATTTGATTAT
636 AATGTGGCTG-ACATTTGATT-T
* * * * * **
6308 -ATAAATATAGATGTATCTAGGAGTCTCAACGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTG
1 GATAAATATAGAT-TTTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCC-GGCCCCTG
* * * *
6372 GAACGCGATTTTAGTC-AAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTC-GACTAAAATTTTGCAAAA
64 GAAGGCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAG-CTAAAATTTTGCAAAA
* * *
6435 ACTGGCCCGGAAAATTATTCCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACG
127 ACT-GCCCGAAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACG
* * * *
6500 CCAAAAATTTTGGAAGGCTTTTCACACTTCTAATATTGTGTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTT
191 CCAAAAATATTGG-AGGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTT
* *
6565 CTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAATAATATATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAG
255 CTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * *
6630 AATTGATGT-GATAAATACAGATTTATCTAAGAGTCTCAGTGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGC
320 AATTGAT-TAGATAAATATAGATTTATCTAAGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * * **
6694 CGAGGTCCCGTAAGACGTTTCTAACAAAAAACCGTGATGGTTAGTGCACGATTTTAGCTAAAATT
384 CG-GGTCCTGGAAG-CGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * * *
6759 TTTCAAAAACTGACCTGAAATATTCTTCTTCAAATTTTGATCAGAATATTCACTAAAAATATATA
447 TTGCAAAAACTGACCGGAAA-ATTTTTCTTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATA
** ** *
6824 ATTCAACGCCAAAAATATTGGAGAATTCACACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAA
511 ATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAA
** * * * *
6889 TTAATTTCTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAATAATATATCCTTAAATCCAATGT
576 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGT
* *
6954 GGCTGAGAATTGATTT
641 GGCTGACATTTGATTT
*
6970 GATAAATATAGATATTTCAAGGAATCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCCCCTGG
1 GATAAATATAGAT-TTTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCCCCTGG
* * * * **
7035 AAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTTATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTAAAAAAACT
65 AAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACT
* * * *
7100 AGCCCGAAAAATTTTTCCTTAGATTTTGATCACAATATTCACTAAAAATAAATAATTCAACACCA
130 -GCCCGAAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCA
* ** * * *
7165 AAACTATTGGAGGGATTTTCATTCTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTA
194 AAAATATTGGA-GGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTT
* * * * * *
7230 ATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGCGATT
258 CTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAAT
* * * ** *
7295 TGATTATATAAATATAGATGTATCTAGGAGT-TGCAACGCTAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
323 TGATTAGATAAATATAGATTTATCTAAGAGTCT-CAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
*
7359 GTCCTGGAACGCGTTTTTAGTC-AAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
387 GTCCTGGAA-GCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* * *
7423 CAAAAACTGGCCCGGAAAATTATTCCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATT
450 CAAAAACT-GACCGGAAAATTTTTCTTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATT
** * *
7488 CAACGCCAAAAATATTGGAAGGCTTTTCAAACTTCTACTATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGATTT
514 CAACGCCAAAAATATTGG-AGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATT
* *
7553 AATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGAAAAAACATATCCTTAGATTCAATGT-G
578 AATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGG
* *
7617 -AGACATTTGATTA
643 CTGACATTTGATTT
* * * * *
7630 GATAAATATAGATTTATCTAA-GAGTCTCGGTGCGAAAAATCATTCAAAACTGAGCCGAGGTCCC
1 GATAAATATAGATTT-TC-AAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCC--GGCCCC
* * * *
7694 -GGAAGGCGTTTCTAACAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTTCAAAA
62 TGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAA
** * * * *
7758 ACTGACCCGAATTATTCTT-CTTCAAATTTTTGTCACAATATTCACTAAAAATATATATTTCAAT
127 ACTG-CCCGAAAAATTTTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAAC
*
7822 GCCAAAAATATTGGAGGACTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATT
190 GCCAAAAATATTGGAGGA-TTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATT
7887 TCTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
254 TCTTCTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* **
7952 GAATTGATTAGATAAATATAGATATT-TC-AAGGAATCTCAGTGCCAAAAATCATAAAAAACTGA
319 GAATTGATTAGATAAATATAGAT-TTATCTAA-GAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * *
8015 GCTGGCG-CCTGGAAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGATAAAA
382 GCCGG-GTCCTGGAA-GCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
* * *
8079 TTTTGCAAAAACTGACCCGGAAAATTTTTCCTCGAATTTTGGTCACAATATTAACTAAAAATATA
445 TTTTGCAAAAACTGA-CCGGAAAATTTTTCTTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATA
*
8144 TAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCCTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCT
509 TAATTCAACGCCAAAAATATTGGA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCT
* ** * * * *
8209 GAATTAAATTCTTCTTAAATCGAAACCGATATT-AGATGCTCGTAATAATATATCCTTAAATCCA
573 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGT-TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCA
* *
8273 ATGTGGCTGACAATTGATTA
637 ATGTGGCTGACATTTGATTT
* * * * * *
8293 GATAAATACAGATATTTCAAGAATTCTCAGCGCCAAAAATCTTAAAAAACTGAGCCGGCACCTGG
1 GATAAATATAGAT-TTTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCCCCTGG
* * * *
8358 AAGGTGTTTTTAGCAAAAAATCGTTATAGTTAGT--AC-A--T--G--AAAATTTTGCAAAAACT
65 AAGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACT
* * * *
8414 AG-CCGGAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACATTATTCACTAAAAATATATAATTCGACACC-
130 -GCCCGAAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCA
* * * *
8477 AAAATATTGGAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTC-T
194 AAAATATTGGA-GGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTT
** * * * * * * * * *
8541 AATAAAACGAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGAGACTGCGATT
258 CTTAAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAAT
* * * * *
8606 TGATTAGCTAAATATAGATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGG
323 TGATTAGATAAATATAGATTTATCTAAGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GG
* ** * * * *
8671 GTCCTGGAACGCGTTTTTGGTTAAAAATCGTGACGGTTAATACACGATTTCGGCTTAAATTTTGC
387 GTCCTGGAA-GCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
**
8736 AAAAACTGTTCGGAAAATTTTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTC
451 AAAAACTGACCGGAAAATTTTT-CTTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTC
* *
8800 AACGCCAAAAATAATGGAGATCTTTTCACGCTTCTAAGT-TTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATT
515 AACGCCAAAAATATTGGAG-GCTTTTCACGCTTCTAA-TATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATT
8864 AATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGG
578 AATTTCTAATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGG
8929 CTG-CGATTTGATTAT
643 CTGAC-ATTTGATT-T
* * *
8944 G-TAAATATAGATGTATCTAGGAGTCTCAACGCCAAAAATC
1 GATAAATATAGAT-TTTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATC
8984 GTGATGGTTA
Statistics
Matches: 2296, Mismatches: 317, Indels: 139
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
649 5 0.00
650 307 0.13
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654 1 0.00
655 1 0.00
657 1 0.00
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665 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (656 bp):
GATAAATATAGATTTTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGCCCCTGGA
AGGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTG
CCCGAAAAATTTTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
AATATTGGAGGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTCTT
AAATCGAAACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTGA
TTAGATAAATATAGATTTATCTAAGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGTCC
TGGAAGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
CTGACCGGAAAATTTTTCTTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCC
AAAAATATTGGAGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTA
ATTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGACATT
TGATTT
Found at i:9206 original size:285 final size:284
Alignment explanation
Indices: 8693--9256 Score: 925
Period size: 285 Copynumber: 2.0 Consensus size: 284
8683 GTTTTTGGTT
* ** ** *
8693 AAAAATCGTGACGGTTAATACACGATTTCGGCTTAAATTTTGCAAAAACTGTTCGGAAAATTTTT
1 AAAAATCGTGACGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGCCCAAAAAATATTT
* * *
8758 CCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATAATGGAGATCT
66 CCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATAATGGAGAGCT
8823 TTTCACGCTTCTAAGTTTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGG
131 TTTCACGCTTCTAAGTTTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGG
* *
8888 TTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGCGATTTGATTATG-TAAATAT
196 TTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCATAAATTCAACGTGGCTGCGATTTGATTA-GATAAATAT
8952 AGATGTATCTAGGAGTCTCAACGCC
260 AGATGTATCTAGGAGTCTCAACGCC
* * *
8977 AAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAATACTGGCCCAAAAAATATT
1 AAAAATCGTGACGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACT-GCCCAAAAAATATT
* *
9042 TCCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
65 TCCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATAATGGAGAGC
* *
9107 TTTTCATGCTTCTAA-TATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACC
130 TTTTCACGCTTCTAAGT-TTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACC
9171 GGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCATAAATTCAACGTGGCTGCGATTTGATTAGATAAATA
194 GGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCATAAATTCAACGTGGCTGCGATTTGATTAGATAAATA
9236 TAGATGTATCTAGGAGTCTCA
259 TAGATGTATCTAGGAGTCTCA
9257 GTGTCAAAAA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 18, Indels: 5
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
284 48 0.19
285 211 0.81
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (284 bp):
AAAAATCGTGACGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGCCCAAAAAATATTT
CCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATAATGGAGAGCT
TTTCACGCTTCTAAGTTTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGG
TTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCATAAATTCAACGTGGCTGCGATTTGATTAGATAAATATA
GATGTATCTAGGAGTCTCAACGCC
Found at i:10136 original size:330 final size:332
Alignment explanation
Indices: 8977--12861 Score: 4829
Period size: 331 Copynumber: 11.8 Consensus size: 332
8967 TCTCAACGCC
* * * * ** *
8977 AAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAATACTGGCCCAAAAAATATT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
*
9042 TCCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
66 TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
*
9107 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
131 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
* * *
9172 GTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCATAAATTCAACGTGGCTGCGATTTGATTAGATAAATAT
196 GTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATAT
* * * *
9237 AGATGTATCTAGGAGTCTCAGTGTCAAAAATCATTCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCCTT
261 AGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCGTT
9302 TTT-GCA
326 TTTAGCA
*
9308 AAAAACCGTGTA-GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACT-GAACCGGAAAATT
1 AAAAACCGT-TATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAG-CCCGGAAAATT
** * * *
9371 TTTCCTCGAATTTTGGTCAAAATACTAACTAAAAATATATAATTCAA-AGCCAAAAATATTGGAG
64 TTTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACA-CCAAAAATATTGGAG
* * *
9435 GGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCATGTTTTTTCTCAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
128 GGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * * * * *
9500 CCGGTTTCAGATGCTCGAAAAAATATATCATTAAATTCAATGT-G-AGACATTTGACTAGATAAA
193 CCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAA
* * * * *
9563 TATAGAT-TTATCTAGGTGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGGAGCTGTGGTCCCGGAAC
258 TATAGATGTT-TCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACT-GAGCCGGGGTCCTGGAAC
* *
9627 GCGCTTCTAGCA
321 GCGTTTTTAGCA
* * * * ** *
9639 AAAAATCGTGATGGTTAATACATGATTTTAGCTAAAATTTTGCACAAACTTA-CCC-GAAATATT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC-TAGCCCGGAAA-ATT
* *
9702 CTT-CTTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAG
64 TTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAG
* **
9766 GGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTTCTTAAATCGAAA
128 GGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * * * * *
9831 CCGATTTTAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGATTAGATAAA
193 CCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAA
* * * * ** * * * * *
9896 TATAGATGTTTCAAGGAATCTCAGCGCCAAAAATCTTAAAAAACTGAGTCGGTG-CCCGGAAGGT
258 TATAGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGC
9960 GTTTTTAGCA
323 GTTTTTAGCA
* * * *
9970 AAAAACCGTTATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAG-CTGGAAAGTTTT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
*
10034 TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCGACACCAAAAATATTGGAGGGC
66 TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
* * * *
10099 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAA-TAAAACGAAACCG
131 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
* * ** * *
10163 GATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCGTTAAATTCAATGAAGCTGCGATTTGATTATATAAATAT
196 GTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATAT
* * * *
10228 AGATGTATCTAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCGTT
261 AGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCGTT
10293 TTTAGTC-
326 TTTAG-CA
* * *
10300 AAAAATCGTGACGGTTA-TCACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACT-GCCCGGAAAATTT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTT
* * * *
10363 TTCCTTACATTTTGGTCACAATATTCACTAATAATATATAATTCAACGCCAAAAATAATGGAGGG
65 TTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGG
* * *
10428 CTTTTCACGCTTCT-ATCTTTGTTTTCCCTGTTTTCTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
130 CTTTTCATGCTTCTAAT-ATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * *
10492 CGGTTTCAGATGCTC-TTAAAACATATCGTTAAATTTAATGTGGCTGTGATTTGATTATG-TAAA
194 CGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTA-GATAAA
* * * * *
10555 TAAAGATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGTGTCCTGGAACGC
258 TATAGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGC
10620 GTTTTTAGTC-
323 GTTTTTAG-CA
* * * * *
10630 AAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAACTGGCCCGAAAAATTTT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
* *
10695 TCCTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAGATATTGGAGGGC
66 TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
10760 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
131 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
** * *
10825 GTTTCAGATGCTCAAAAAAACATATCCTTAAATTCAATGT-G-AGACATTTGATTAGATAAATAT
196 GTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATAT
* ** * ***
10888 AGAT-TTATCTAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGGGGTCCCATAACGCGT
261 AGATGTT-TCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCGT
*
10952 TTCTAGCA
325 TTTTAGCA
**
10960 AAAAACCG-TA-----ACGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAG-CC-GAAATAT
1 AAAAACCGTTATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACT-AGCCCGGAAA-AT
* * *
11017 TCTT-CTTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAATTATTGGA
63 TTTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGA
* * ** * **
11081 GGACTTCTCAAACTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTTCTTAAATCGAA
127 GGGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * *
11146 ACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTGATTAGATAA
192 ACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAA
* * * * * ** * * * *
11211 TTATAGATATTTCAAGTAATCTCAGTGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGTCGGCG-CCTAGAAGG
257 ATATAGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACG
11275 CGTTTTTAGCAA
322 CGTTTTTAGC-A
* * * *
11287 AAAAACTGTTATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
* *
11352 TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTAAACATCAAAAATATTGGAGGGC
66 TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
** * * * * *
11417 TTTTCATGCCGCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTCTCTGAATCAATTTCAAATTAAATTGGAACC
131 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTT-TCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACC
* *
11482 GGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGCGATTTGATTATATAAATA
195 GGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATA
* * * *
11547 TAGATGTATCTAGGAGTCTCAATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGGTCCTGGAACACGT
260 TAGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCGT
11612 TTTTAGTC-
325 TTTTAG-CA
* * * * * * *
11620 AAAAATCGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGGCCAGGAAAATTAT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
* * * *
11685 TCCTCAAATTTTTGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAAGGC
66 TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
** * *
11750 TTTTCACACTTATACTATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
131 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
* * *
11815 GTTTCAGATGCTCG-AATAAACATATCCTTAGATTCAATGT-G-AGACATTTGATTAGATAAATA
196 GTTTCAGATGCTCGTAA-AAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATA
* * * * * * *
11877 TAGAT-TTATCTAAGAGTCTCGGTGCGAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGTCCCGGAAGGCA
260 TAGATGTT-TCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCG
** *
11941 TTTCAAACA
324 TTTTTAGCA
* ** *
11950 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTTCAAAAACT-GACCC-GAAATATT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAG-CCCGGAAA-ATT
* * *
12013 CTT-CTTCAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATACAATTCAACGCCAAAAATATTGGAG
64 TTTCCTT-AAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAG
** * **
12077 AACTTCTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCC-GATTTTTTCTGAATTAATTTCTTTTTAAATCGAA
128 GGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTG-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * *
12141 ACCGATTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTCGCTGAGATTTGATTAGATAA
192 ACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAA
* * * * * * * * *
12206 ATATAGATATTTCAAGGAATCTCAGTGCCAAAAATCAT-AAAAGACTAAGTC-GGCTCCTTGAAG
257 ATATAGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAA-ACTGAGCCGGGGTCCTGGAAC
12269 GCGTTTTTAGCA
321 GCGTTTTTAGCA
** * * *
12281 AAAAACCGTTATAATTAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
1 AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
* * * * * *
12346 TTCTTAAATTTAGGTCACAATATTCACTAAAAGTATATAATTGAACATCAAAAATATTGGAAGGC
66 TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
* *
12411 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTG
131 TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
* *
12476 GTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGCGATTTGATTTGATAAATAT
196 GTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATAT
* * *
12541 AGATGTATCTAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGAAACGCGTT
261 AGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCGTT
* ***
12606 ATTATTT
326 TTTAGCA
* *
12613 AAAAATCG-TATTGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGGCCCGGAAAATTT
1 AAAAACCGTTA-TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTT
* * *
12677 TTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTTAAAATATATAATTCAACGCGAAAAATATTGGAGGG
65 TTCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGG
* * * * * *
12742 CTTTTCACGCTTCCAATATTGTGTTCCCTATTTTTTCTGAATTAAATTCT-TTTAAAATCGAAAC
130 CTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT-AAATCGAAAC
* * * * *
12806 CGATTTCAGATGCTCGTAATAATATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTGAT
194 CGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGAT
Statistics
Matches: 3049, Mismatches: 433, Indels: 143
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
324 6 0.00
325 188 0.06
326 17 0.01
327 63 0.02
328 5 0.00
329 179 0.06
330 815 0.27
331 928 0.30
332 506 0.17
333 324 0.11
334 17 0.01
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AAAAACCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAGCCCGGAAAATTTT
TCCTTAAATTTTGGTCACAATATTCACTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGC
TTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTCCCTGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
GTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATAT
AGATGTTTCTAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCTGGAACGCGTT
TTTAGCA
Done.