Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012621.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12642, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4612
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Found at i:675 original size:343 final size:331
Alignment explanation
Indices: 34--685 Score: 837
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
24 TGGTTATTGG
* * *
34 TTTTCTTATCTAAGATTACTTAAAGTTATAAAGGTTATGGAAAACATTATAGTTCTATCTACATT
1 TTTTCTTACCTAAGATTACTTAAAGTTATAAAGGTTATGAAAAACATTATAGTACTATCTACATT
* * * **
99 CAAGTAATCTTACATCCTTATTAATTTTAGTAACTTTTAATCAATAATGGAAGTTACCAATTTTA
66 CAAATAACCTTACATCCTTATTAAGTTTAGTAACTTTTAATCAATAATAAAAGTTACCAATTTTA
* * *
164 TTACTTAAGTGATCTACTGAAACACCTATAAAAGTTATTAAAATTGTATTACCAATCCTTAATAA
131 TTACTTAAGT-ATCTACTAAAAAACCTATAAAAGTAATTAAAATTGTATTACCAATCCTTAATAA
*
229 CATTGGTAAACTTTCATCAATGGTAATGATTTACCTTTTTTCTCTCAAAAGTTACTGAAAAACCT
195 CATTGGTAAACTTTCATCAATGGTAATGATTTACCTTTTTTCTCTCAAAAGTTACTAAAAAACCT
**** * * *
294 ATAATTTTTATAAAAAAGGTATGGTACTATCAACTAATTCAATGACCTTATATTATAAAGGTAAA
260 ATAATGACCATAAAAAAGGTATAGTACTAACAACTAATTCAATAACCTTATATTATAAAGGTAAA
359 GTACTGC
325 GTACTGC
* *
366 TTTTCTTACCTAAGATTACTTAAAAGGTTATAAAGGTTATGAAAAACTTTATAGTACTATCTAGA
1 TTTTCTTACCTAAGATTACTT-AAA-GTTATAAAGGTTATGAAAAACATTATAGTACTATCTACA
* * * *
431 TTGAAATAACCTTACACGTTCTTATTAAGTTTAGTAACTTTTCATCATTAATAAAAGTTACCAAT
64 TTCAAATAACCTTACA--TCCTTATTAAGTTTAGTAACTTTTAATCAATAATAAAAGTTACCAAT
*
496 TTTATTACTTAAGT-T-TACTAAAAAAGCTATAAAAGTAAATTAAAATTGTATTTACTAATCCTT
127 TTTATTACTTAAGTATCTACTAAAAAACCTATAAAAGT-AATTAAAATTGTA--T--T-A-CC--
*
559 ACATTCTTAATAACA-TGAGTAAACTTTCATCAATGGTGAAT-ATTTACCTTTGTTT-TCTCAAA
183 A-ATCCTTAATAACATTG-GTAAACTTTCATCAATGGT-AATGATTTACCTTT-TTTCTCTCAAA
* * *
621 AGTTATTAAAAAACCTATAATGACCATAAAAGATGTATAGTACTAACAACTAATTCAATAACCTT
244 AGTTACTAAAAAACCTATAATGACCATAAAAAAGGTATAGTACTAACAACTAATTCAATAACCTT
686 GCATTTTTTG
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 30, Indels: 23
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 20 0.07
333 21 0.08
334 61 0.22
336 56 0.21
338 1 0.00
339 1 0.00
340 2 0.01
342 3 0.01
343 102 0.37
344 6 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
TTTTCTTACCTAAGATTACTTAAAGTTATAAAGGTTATGAAAAACATTATAGTACTATCTACATT
CAAATAACCTTACATCCTTATTAAGTTTAGTAACTTTTAATCAATAATAAAAGTTACCAATTTTA
TTACTTAAGTATCTACTAAAAAACCTATAAAAGTAATTAAAATTGTATTACCAATCCTTAATAAC
ATTGGTAAACTTTCATCAATGGTAATGATTTACCTTTTTTCTCTCAAAAGTTACTAAAAAACCTA
TAATGACCATAAAAAAGGTATAGTACTAACAACTAATTCAATAACCTTATATTATAAAGGTAAAG
TACTGC
Found at i:1204 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1196--1226 Score: 62
Period size: 3 Copynumber: 10.3 Consensus size: 3
1186 TCAACAAATT
1196 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1227 ATTTTGATAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:1528 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1504--1549 Score: 83
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
1494 CTCTACCAAA
*
1504 CTAATGAATGATCTATGTGAT
1 CTAATGAATGATCAATGTGAT
1525 CTAATGAATGATCAATGTGAT
1 CTAATGAATGATCAATGTGAT
1546 CTAA
1 CTAA
1550 AATAACATAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 24 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
CTAATGAATGATCAATGTGAT
Found at i:2318 original size:794 final size:793
Alignment explanation
Indices: 782--2322 Score: 2235
Period size: 794 Copynumber: 1.9 Consensus size: 793
772 CTAATTTTTC
* * *
782 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAATTCTATAATAATGATTATAAAAAAGGCATAATACTACTATCAA
1 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAAATC-ATAATAATGATAAGAAAAAAGGCATAATACTACTATCAA
*
847 ATAATCCAATAACCTTATAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAAT
65 ATAATCCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAAT
* * *
912 TAGAAAGCTAAACTCTATATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACTTTATCAAT
130 TAGAAAGCTAAACTATAAATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACATTATCAAT
* *
977 GGTGAATTGTTATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATT
195 GGTGAATTGTCATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATA
* *
1042 TAGGGTTAAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAAATTGATGGTTAGTTAAAGTTCTTA
260 TAGGGTTAAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAAATTGATGGTCAGTTAAAGTCCTTA
* *
1107 TATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATTTTGTACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTG
325 TATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTG
* * * * * * * *
1172 TTTAATGAATATTTTCAACAAATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATATTTTGATAT
390 TTTAATAAATATTTTCAACAAATTTTATTATCATTATTATTATTATGATTATCACACTGTAATAT
* * *
1237 CACTAATTTTACTATTTCAATCTCTTCAAAACAAATCTCACAATTCAACTAAACACATTCGTACC
455 CACTAATTTAACTATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACATTCGTACC
* ** *
1302 TGTAAGTCAAATTTGTATAAGGCTATTTTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAAATTAGCT
520 TGGAAGTCAAATTTGTATAAGGCTATACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAAATTAGAT
** *
1367 GTACAAAATTGGTTCCTAATAACTAATTCATATGTCCTTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAATTAA
585 GTACAAAATTAATTCATAATAACTAATTCATATGTCCTTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAATTAA
*
1432 ATTTATATATATGCGTATCTTTGGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCTATTACTC
650 ATTTATATATATGCGTATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCTATTACTC
*
1497 TACCAAACTAATGAATGATCTATGTGATCTAATGAATGATCAATGTGATCTAAAATAACATAGCA
715 TACCAAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAATGAATGATCAATGTGATCTAAAATAACATAGCA
1562 AAAAGGTAATAATT
780 AAAAGGTAATAATT
* *
1576 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAAATC-T-ATAATGATAAGAAAAAAGGCATAATACTACTATGAAC
1 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAAATCATAATAATGATAAGAAAAAAGGCATAATACTACTATCAAA
** * * *
1639 TAATTTAATAACCTTACATTCTTAGTAATTTTGGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
66 TAATCCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
* *
1704 AGAAAGCTAAACTATAGAATTATCAAGAAATTTAGCAACCTTACATGCTTAGTAACATTATCGAT
131 AGAAAGCTAAACTATA-AATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACATTATCAAT
* * * *
1769 GGTGAA-TGTCATTAATTTTTTAATCTAAGATTACTAAAAAAGTTGTAGTGGATAATTTAAGAGA
195 GGTGAATTGTCATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGT-G--AA-TAAAGAGA
* ** *
1833 TATATAGGGTT-AAAAAATAGTGAGTTTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAGTC
256 TATATAGGGTTAAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAAATTGATGGTCAGTTAAAGTC
* *
1897 CTTGTATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATCTTATTCTATGTGTATATGTTAATCAATCTT
321 CTTATATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATCTT
* * * * *
1962 AGTGTTTCATAAATATTTTCAACAAATTTTATTCTCATTATTGTTATTCTGA-TGTCACACTGTA
386 AGTGTTTAATAAATATTTTCAACAAATTTTATTATCATTATTATTATTATGATTATCACACTGTA
* * *
2026 ATA-C-CTAATTTCAAC-ATTTCATTCTCTAC-AAACAAATCTCACAATTCAACCAATCATA-TC
451 ATATCACTAATTT-AACTATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACATTC
* * *
2086 AG-ATCTGGAAGTCAAGTTTGTATAAGGTTATAACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAA
515 -GTACCTGGAAGTCAAATTTGTATAAGGCTAT-ACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAA
*
2150 ATTAGATGTACAAAA-TAATTCATAATTACTAATTCATATGTCC-TTCCTTTTTTTGGTGATAGA
578 ATTAGATGTACAAAATTAATTCATAATAACTAATTCATATGTCCTTTCC-TTTTTTGGTGATAGA
* *
2213 GAAATTAAATTTATATGTTATATATGCGTATCTTTAGTAAGTTGAAGTAAAATTAAAATTGATAT
642 GAAATTAAA-TT-TA---TATATATGCGTATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATAT
* * *
2278 CTCGCTATTACTCTACCAAATTAATGAATTATCAATGTGATCTAA
702 CTAGCTATTACTCTACCAAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAA
2323 AATAGCAAAA
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 69, Indels: 28
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
788 4 0.01
789 75 0.11
790 73 0.11
791 167 0.25
792 55 0.08
793 9 0.01
794 264 0.40
795 17 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (793 bp):
TTATTTAAGGTTACAAAAAAAAATCATAATAATGATAAGAAAAAAGGCATAATACTACTATCAAA
TAATCCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
AGAAAGCTAAACTATAAATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACATTATCAATG
GTGAATTGTCATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATAT
AGGGTTAAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAAATTGATGGTCAGTTAAAGTCCTTAT
ATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTGT
TTAATAAATATTTTCAACAAATTTTATTATCATTATTATTATTATGATTATCACACTGTAATATC
ACTAATTTAACTATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACATTCGTACCT
GGAAGTCAAATTTGTATAAGGCTATACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAAATTAGATG
TACAAAATTAATTCATAATAACTAATTCATATGTCCTTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAATTAAA
TTTATATATATGCGTATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCTATTACTCT
ACCAAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAATGAATGATCAATGTGATCTAAAATAACATAGCAA
AAAGGTAATAATT
Done.