Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012624.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12645, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2898
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Found at i:379 original size:196 final size:196
Alignment explanation
Indices: 1--869 Score: 923
Period size: 196 Copynumber: 4.5 Consensus size: 196
** * *
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATCTAATTAATTATGAAAT-AGGGTATGTGTCAACTTCT
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAAGAAATGA-GGTATGTGTCAACTTCT
** * * * *
65 TAACCTGCTTATAGAGTTCAAATTTTACA---A-TGTAT-TGTATAATAATCCTATAAGAAAAAT
65 TAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTATAT-TATAATAATCCTATAAGAAAAAT
* * * *
125 TATACAATAC-CGTAAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGATTTAAGGGTTGACATGTGTC
129 TATACAATACACGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTATC
*
189 CCT
194 CCC
* * * **
192 TTAGGGAATATGTATTAATGTTAAATATTTAATTTATTAAGAAATGAGATACCTGTCAACTTCTT
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAAGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTT
* * * * *
257 AACTCACTTATGGAGTCCAAAATTTTATACTGGCGGTGTA-T-TAATAATCCTATAAGAAAAATT
66 AACCCACTTATGGAGTCCAAAA-TTTACACTGACAGTATATTATAATAATCCTATAAGAAAAATT
* *
320 ATCCAATACACAGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATC
130 ATACAATACAC-GTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTATC
385 CCC
194 CCC
* * * * * *
388 TTATGGAATATTTATTAATATTACATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTGTGTGTCAACTTCTT
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAAGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTT
* * * *
453 AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTTACAGTATATTGTATAATAATCATATAAAACAAAA
66 AACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTATA-T-TATAATAATCCTAT--AAGAAAA
* * *
518 ATTATACAATACACTGTCT-GTGGAGTTTGGCAGACTGCACGCGCTGGGTTTAA--G--GACATG
127 ATTATACAATACAC-GT-TAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATG
* **
578 TGTCATC
190 TATCCCC
* * * *
585 TTAGGGAATATGTATTAATAATT-TATATCTAATTAATTATGAAATAAGGTATGTGTCAACTTCT
1 TTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATATTTAATTAATTAAGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCT
** * *
649 TAACCCGGTTGTGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTATATTGTATAATAATCC--TAA-AAAAA
65 TAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTATA-T-TATAATAATCCTATAAGAAAAA
* * * * *
711 -TATACAATACACCGTCAGTAGAGTTTAGCAGACTGCACATGCATGGTTTAAGGGTTGGCATGTA
128 TTATACAATACA-CGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTA
775 TCCCCC
192 T-CCCC
* *
781 TTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTATA-AAATGGGGTATGTGTCAACTTCT
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTA-AGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCT
*
845 TAACCCACTTATGAAGTCCAAAATT
65 TAACCCACTTATGGAGTCCAAAATT
870 CACATTTACA
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 88, Indels: 47
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
191 111 0.20
192 12 0.02
193 3 0.01
194 30 0.05
195 24 0.04
196 203 0.36
197 112 0.20
198 4 0.01
199 12 0.02
201 52 0.09
202 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (196 bp):
TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAAGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTT
AACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTATATTATAATAATCCTATAAGAAAAATTA
TACAATACACGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCC
C
Found at i:783 original size:393 final size:389
Alignment explanation
Indices: 1--896 Score: 1062
Period size: 393 Copynumber: 2.3 Consensus size: 389
** * *
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATCTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTT
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTT
* * * * * *
66 AACCTGCTTATAGAGTTC-AAA-TT---TTACAATGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATT
66 AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTACAGTGTATTGTATAATAATCATATAACAAAAATT
* *
126 ATACAATACCGTAAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCC
131 ATACAATACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGATTTAA-GG-TGACATGTGTCCC
* * * *
191 TTTAGGGAATATGTATTAATGTTAAATATTTAATTTATTAAGAAATGAGATACCTGTCAACTTCT
194 TTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATCTAATTAATTAAGAAATAAGATACCTGTCAACTTCT
* * * * *
256 TAACTCACTTATGGAGTCCAAAATTTTATACTGGCGGTGTATTAATAATCCTATAAGAAAAATTA
259 TAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTTACACTGACAGTATATTAATAATCC-ATAAGAAAAATTA
* * * * *
321 TCCAATACACAGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCC
323 TACAATACACAGTCAGTAGAGTTTAGCAGACTGCACATGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCC
386 CC
388 CC
* * * *
388 TTATGGAATATTTATTAATATTACATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTGTGTGTCAACTTCTT
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTT
*
453 AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTTACAGTATATTGTATAATAATCATATAAAACAAAA
66 AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACA-TTACAGTGTATTGTATAATAATCATAT--AACAAAA
** * * *
518 ATTATACAATACACTGTCTGTGGAGTTTGGCAGACTGCACGCGCTGGGTTTAA-G-GACATGTGT
128 ATTATACAATAC-C-GTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGATTTAAGGTGACATGTGT
* * * * **
581 -CATCTTAGGGAATATGTATTAATAATT-TATATCTAATTAATTATGAAATAAGGTATGTGTCAA
191 CCCT-TTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATATCTAATTAATTAAGAAATAAGATACCTGTCAA
** * *
644 CTTCTTAACCCGGTTGTGGAGTTCAAAA-TTTACACTGACAGTATATTGTATAATAATCC-TAA-
254 CTTCTTAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTTACACTGACAGTATA---T-TAATAATCCATAAG
* * *
706 AAAAA-TATACAATACACCGTCAGTAGAGTTTAGCAGACTGCACATGCATGGTTTAAGGGTTGGC
315 AAAAATTATACAATACACAGTCAGTAGAGTTTAGCAGACTGCACATGCAGGGTTTAAGGGTTGAC
770 ATGTATCCCCC
380 ATGTAT-CCCC
* *
781 TTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTATAAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTT
1 TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTT
* * *
846 AACCCACTTATGAAGTCCAAAATTCACATTTACAGTGTATTCGTATAATAA
66 AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACA-TTACAGTGTATT-GTATAATAA
897 ACCTTATTAT
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 59, Indels: 29
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
387 73 0.17
388 3 0.01
389 2 0.00
392 72 0.17
393 207 0.48
394 14 0.03
395 20 0.05
396 10 0.02
397 31 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (389 bp):
TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTT
AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTACAGTGTATTGTATAATAATCATATAACAAAAATT
ATACAATACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGATTTAAGGTGACATGTGTCCCTT
TAGGGAATATGTATTAATATTAAATATCTAATTAATTAAGAAATAAGATACCTGTCAACTTCTTA
ACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTTACACTGACAGTATATTAATAATCCATAAGAAAAATTATAC
AATACACAGTCAGTAGAGTTTAGCAGACTGCACATGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCCC
Found at i:1484 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1459--1489 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
1449 TCTACATATT
1459 ATAAAAATTTAGTAAA
1 ATAAAAATTTAGTAAA
*
1475 ATAAATATTTAGTAA
1 ATAAAAATTTAGTAA
1490 TATTTTTCAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
ATAAAAATTTAGTAAA
Found at i:2196 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2189--2217 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 14.5 Consensus size: 2
2179 GATTTGATTT
2189 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
2218 GTACCGGAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.