Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012626.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12647, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 74297
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.19, T:0.32
Found at i:5754 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5731--5768 Score: 76
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
5721 TTAACGATGA
5731 ACTAAACCGGATTAAACT
1 ACTAAACCGGATTAAACT
5749 ACTAAACCGGATTAAACT
1 ACTAAACCGGATTAAACT
5767 AC
1 AC
5769 CACAAAGCTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 20 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.24, G:0.11, T:0.21
Consensus pattern (18 bp):
ACTAAACCGGATTAAACT
Found at i:6511 original size:122 final size:124
Alignment explanation
Indices: 6363--6639 Score: 319
Period size: 122 Copynumber: 2.2 Consensus size: 124
6353 CTAACAAGAC
* * *
6363 TTTGGAATCGAAACAAGAAACTCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGGTTTGA-AACCAACACG-A-
1 TTTGGAATCGGAACAAGAAACCCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGATTTGAGAACCAA-ACGAAT
*
6425 TT-TTGAAACAAGAAACTCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGATTTGAACAATGAAACGAAA
65 TTATTGAAACAAGAAACCCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGATTTG-ACAATGAAACGAAA
* * * ** **
6485 TTTGGAATTGGAACAAGAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTGAGAATGAAACGACAT
1 TTTGGAATCGGAACAAGAAACCCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGATTTGAGAACCAAACGA-AT
* * * ** *
6550 TTGGAATTGGAACAAGAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTGGCAATGAAACGAAA
65 TT---ATTGAAACAAGAAACCCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGATTTGACAATGAAACGAAA
6613 TTTGGAATCGGAACAAGAAACCCTCGA
1 TTTGGAATCGGAACAAGAAACCCTCGA
6640 TTAGGATTTG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 18, Indels: 10
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
122 46 0.36
123 4 0.03
124 1 0.01
125 2 0.02
128 39 0.30
129 37 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.22, T:0.21
Consensus pattern (124 bp):
TTTGGAATCGGAACAAGAAACCCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGATTTGAGAACCAAACGAATT
TATTGAAACAAGAAACCCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGATTTGACAATGAAACGAAA
Found at i:6570 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 6431--6643 Score: 329
Period size: 64 Copynumber: 3.3 Consensus size: 64
6421 ACGATTTTGA
* * * ** *
6431 AACAAGAAACTCTCGACTAGAGACCTCAAGCAGGATTTGAACAATGAAACGAAATTTGGAATTGG
1 AACAAGAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTG-AGAATGAAACGAAATTTGGAATTGG
*
6496 AACAAGAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTGAGAATGAAACGACATTTGGAATTGG
1 AACAAGAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTGAGAATGAAACGAAATTTGGAATTGG
*
6560 AACAAGAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTG-GCAATGAAACGAAATTTGGAATCGG
1 AACAAGAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTGAG-AATGAAACGAAATTTGGAATTGG
6624 AACAAGAAACCCTCGATTAG
1 AACAAGAAACCCTCGATTAG
6644 GATTTGAGAT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 9, Indels: 3
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
63 1 0.01
64 103 0.75
65 34 0.25
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.22, T:0.21
Consensus pattern (64 bp):
AACAAGAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTGAGAATGAAACGAAATTTGGAATTGG
Found at i:7583 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7502--7583 Score: 119
Period size: 43 Copynumber: 1.9 Consensus size: 43
7492 TACTTATTTA
**
7502 TCTTTTTCCGACCTCTTTCTATTTTAGGCCAAGTTTTTTACTT
1 TCTTTTTCCGACCTCTTTCTATTTTAGGCCAACCTTTTTACTT
* **
7545 TCTTTTTCTGACCTCTTTCTATTTTAGGCCCCCCTTTTT
1 TCTTTTTCCGACCTCTTTCTATTTTAGGCCAACCTTTTT
7584 TTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 34 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.27, G:0.09, T:0.54
Consensus pattern (43 bp):
TCTTTTTCCGACCTCTTTCTATTTTAGGCCAACCTTTTTACTT
Found at i:10290 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 10251--10388 Score: 162
Period size: 32 Copynumber: 4.3 Consensus size: 33
10241 AGATTATATA
* * *
10251 TAGCGGCGTTTTG-GATCA-GAGATGCCACCATT
1 TAGCGGCGTTCTGTGA-CATGAGACGCCACTATT
*
10283 TAGCGGCG-TCTGTGACATTAGACGCCACTATT
1 TAGCGGCGTTCTGTGACATGAGACGCCACTATT
10315 TAGCGGCG-TCTGTGACATCG-GACGCCACTATT
1 TAGCGGCGTTCTGTGACAT-GAGACGCCACTATT
* *
10347 TAGCGGCG-TCTGTGACATCAGATGCCACTATT
1 TAGCGGCGTTCTGTGACATGAGACGCCACTATT
10379 TAGCGGCGTT
1 TAGCGGCGTT
10389 TAGGGCCTAG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 7, Indels: 9
0.85 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 5 0.05
32 88 0.94
33 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (33 bp):
TAGCGGCGTTCTGTGACATGAGACGCCACTATT
Found at i:10448 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 10372--10489 Score: 236
Period size: 51 Copynumber: 2.3 Consensus size: 51
10362 CATCAGATGC
10372 CACTATTTAGCGGCGTTTAGGGCCTAGACGCCGCTATTTGTTAGGCTTCAT
1 CACTATTTAGCGGCGTTTAGGGCCTAGACGCCGCTATTTGTTAGGCTTCAT
10423 CACTATTTAGCGGCGTTTAGGGCCTAGACGCCGCTATTTGTTAGGCTTCAT
1 CACTATTTAGCGGCGTTTAGGGCCTAGACGCCGCTATTTGTTAGGCTTCAT
10474 CACTATTTAGCGGCGT
1 CACTATTTAGCGGCGT
10490 CTGTGACATC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 67 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.24, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (51 bp):
CACTATTTAGCGGCGTTTAGGGCCTAGACGCCGCTATTTGTTAGGCTTCAT
Found at i:10522 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 10474--10553 Score: 133
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 32
10464 TAGGCTTCAT
*
10474 CACTATTTAGCGGCGTCTGTGACATCGGACGC
1 CACTATTTAGCGGCGTCTGTGACATCAGACGC
* *
10506 CGCTATTTAGCAGCGTCTGTGACATCAGACGC
1 CACTATTTAGCGGCGTCTGTGACATCAGACGC
10538 CACTATTTAGCGGCGT
1 CACTATTTAGCGGCGT
10554 TTTGGGCCTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 43 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.28, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (32 bp):
CACTATTTAGCGGCGTCTGTGACATCAGACGC
Found at i:10672 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 10631--10699 Score: 129
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
10621 AAGTATCGTG
*
10631 GCGTTTGGGACAAAAGACGCCACTATTTAGCA
1 GCGTCTGGGACAAAAGACGCCACTATTTAGCA
10663 GCGTCTGGGACAAAAGACGCCACTATTTAGCA
1 GCGTCTGGGACAAAAGACGCCACTATTTAGCA
10695 GCGTC
1 GCGTC
10700 CGCTATTTGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 36 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (32 bp):
GCGTCTGGGACAAAAGACGCCACTATTTAGCA
Found at i:10901 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 10703--10927 Score: 326
Period size: 113 Copynumber: 2.0 Consensus size: 113
10693 CAGCGTCCGC
*
10703 TATTTGTTAGGCTTTATTTTTACTCAAATTGCATTTCTCCGAAAAAATTAATTATGGCGGCGTCC
1 TATTTGTTAGGCTTCATTTTTACTCAAATTGCATTTCTCCGAAAAAATTAATTATGGCGGCGTCC
* *
10768 GGGACATAAGACACCACTATTAAGCGGCGTTTAGGGCCTAGACGCCGT
66 GGGACACAAGACACCACTATTAAGCGGCGTTTAGGGCCAAGACGCCGT
* * *
10816 TATTTGTTAGGCTTCATTTTTACTCAATTTGCATTTCTCTGAAAAAATTAATTATGGCGGCGTCT
1 TATTTGTTAGGCTTCATTTTTACTCAAATTGCATTTCTCCGAAAAAATTAATTATGGCGGCGTCC
* * * * * *
10881 GGGATC-CCAGACGCCACTATTTAGTGGCGTTTATGGTCAAGACGCCG
66 GGGA-CACAAGACACCACTATTAAGCGGCGTTTAGGGCCAAGACGCCG
10928 CTATATTCAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 12, Indels: 2
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 98 0.99
114 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (113 bp):
TATTTGTTAGGCTTCATTTTTACTCAAATTGCATTTCTCCGAAAAAATTAATTATGGCGGCGTCC
GGGACACAAGACACCACTATTAAGCGGCGTTTAGGGCCAAGACGCCGT
Found at i:19850 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 19809--20093 Score: 138
Period size: 37 Copynumber: 7.9 Consensus size: 37
19799 AATTACCCTG
* *
19809 AATTAAGTCCCCGACT-TGACTTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAATCCCCGACTCT-ACTTAATTCCCTTCCTTGA
* *
19846 AATTAAATCCCTGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
1 AATTAAATCCCCGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
** * *** * *
19883 AACCAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCTTTCCTTGG
1 AATTAAATCCCCGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * *** * *
19920 AATCAAGTCCTTAACTCCACTTAATTCCCTTCCTTGG
1 AATTAAATCCCCGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
** * *** *
19957 AACCAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
1 AATTAAATCCCCGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * *** *
19994 AATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCATCCTT-A
1 AATTAAATCCCCGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * *
20030 GATCTAAGT---C--CTCTACTTAATTTCCTTCC-TGA
1 AAT-TAAATCCCCGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* **
20062 AATT-AAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTC
1 AATTAAATCCC-CGACTCTACTTAATTCCCTTC
20094 TTTGGAATCA
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 29, Indels: 19
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.00
31 2 0.01
32 20 0.10
36 19 0.09
37 167 0.80
38 1 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.30, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (37 bp):
AATTAAATCCCCGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
Found at i:19905 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 19827--20114 Score: 331
Period size: 74 Copynumber: 4.0 Consensus size: 74
19817 CCCCGACTTG
* *
19827 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAATCCCTGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTC
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCAAATCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTC
19892 CTTAACTCT
66 CTTAACTCT
* * * *
19901 ACTTAA-TTCCTTTCCTTGGAATCAAGTCCTTAACTCCACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGT
1 ACTTAATTTCC-TTCCTTGAAATCAAATCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGT
19965 CCTTAACTCT
65 CCTTAACTCT
* * * * * * * * *
19975 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCATCCTTAGATCTAAGT-
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCAAATCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTC
20039 C----CTCT
66 CTTAACTCT
* * * *
20044 ACTTAATTTCCTTCC-TGAAAT-TAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCTTTGGAATCAAGT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCAAATCCC-TAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGT
20107 CCTTAACT
65 CCTTAACT
20115 TAATTCCCTT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 26, Indels: 17
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
67 3 0.02
68 32 0.18
69 19 0.11
73 7 0.04
74 116 0.64
75 3 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.30, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (74 bp):
ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCAAATCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTC
CTTAACTCT
Found at i:19953 original size:111 final size:106
Alignment explanation
Indices: 19827--20114 Score: 366
Period size: 111 Copynumber: 2.7 Consensus size: 106
19817 CCCCGACTTG
* *
19827 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAATCCCTGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTC
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAATCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
** *
19892 CTTAACTCTACTTAATTCCTTTCCTTGGAATC-AAGTCCTTAACT
66 CTTAACTCTACTTAATTCCCATCCTTAG-ATCTAAGTCC-T--CT
* * ** * *
19936 CCACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 --ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAATCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAG
*
20001 TCCTTTACTCTACTTAATTCCCATCCTTAGATCTAAGTCCTCT
64 TCCTTAACTCTACTTAATTCCCATCCTTAGATCTAAGTCCTCT
* *
20044 ACTTAATTTCCTTCC-TGAAATT-AAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCTTTGGAATCAAGT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAATCCC-TAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGT
20107 CCTTAACT
65 CCTTAACT
20115 TAATTCCCTT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 21, Indels: 10
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
104 3 0.02
105 44 0.29
106 14 0.09
108 2 0.01
110 4 0.03
111 87 0.56
ACGTcount: A:0.25, C:0.30, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (106 bp):
ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAATCCCTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
CTTAACTCTACTTAATTCCCATCCTTAGATCTAAGTCCTCT
Found at i:20121 original size:32 final size:34
Alignment explanation
Indices: 19864--20142 Score: 241
Period size: 37 Copynumber: 7.9 Consensus size: 34
19854 CCCTGACTCT
*
19864 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTCCTTAACTC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTAA--C
*
19900 TACTTAATTCCTTTCCTTGGAATCAAGTCCTTAACTCC
1 -ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTAA---C
*
19938 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTCCTTAACTC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTAA--C
*
19974 TACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTC
1 -ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCC-TTA-AC
* *
20011 TACTTAATTCCCATCCTTAG-ATCTAAGTCC-T--C
1 -ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATC-AAGTCCTTAAC
* * * *
20043 TACTTAATTTCCTTCC-TGAAATTAAGCCCTTAACTC
1 -ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTAA--C
*
20079 TACTTAATTCCCTTCTTTGGAATCAAGTCCTT-A-
1 -ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTAAC
20112 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAA-CTAAGTCCTT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATC-AAGTCCTT
20143 TTCTTTACTT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 24, Indels: 31
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
31 7 0.03
32 46 0.22
35 1 0.00
36 20 0.10
37 127 0.62
38 4 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTAAC
Found at i:20264 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 20201--20368 Score: 273
Period size: 35 Copynumber: 4.8 Consensus size: 35
20191 TCATCTTTGG
* * *
20201 ATTAAGTCTTTGATGACTTTACTCAATTCTTGTGAA
1 ATTAAGTCTTTGCT-AATTTACTTAATTCTTGTGAA
20237 ATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAATTCTTGTGAA
1 ATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAATTCTTGTGAA
*
20272 ATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAGTTCTTGTGAA
1 ATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAATTCTTGTGAA
*
20307 ATTAAGTCTTTACTAATTTACTTAATTCTTGTGAA
1 ATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAATTCTTGTGAA
*
20342 ATTAAGTCTTTACTAATTTACTTAATT
1 ATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAATT
20369 ACCCTGAATT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 6, Indels: 1
0.95 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
35 113 0.90
36 13 0.10
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (35 bp):
ATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAATTCTTGTGAA
Found at i:20266 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 20238--20295 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
20228 TCTTGTGAAA
20238 TTAAGTCTTTGCTAATTTAC
1 TTAAGTCTTTGCTAATTTAC
*
20258 TTAATTC-TTG-TGAA---A-
1 TTAAGTCTTTGCT-AATTTAC
20273 TTAAGTCTTTGCTAATTTAC
1 TTAAGTCTTTGCTAATTTAC
20293 TTA
1 TTA
20296 GTTCTTGTGA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 14
0.64 0.04 0.31
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.21
16 6 0.21
17 1 0.03
18 1 0.03
19 6 0.21
20 9 0.31
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.10, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTAAGTCTTTGCTAATTTAC
Found at i:20422 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 20375--20653 Score: 393
Period size: 41 Copynumber: 6.8 Consensus size: 41
20365 AATTACCCTG
* ** *
20375 AATTAAGTCTGTGTTTGCCTTTCCCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
**
20416 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTGATTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
20457 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
*
20498 GATTAAGTCTGTGCTTA-CTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
* *
20538 AATTAAGTCCT-TACTCT-TCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGT-CTGTGCT-TATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
** *
20579 AATTAAGTCCATGCTTATCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
* *
20620 AATTAAGTCTGTGCTTATTTTTATCTAATTTCCT
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCT
20654 GAATTGACTG
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 19, Indels: 10
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 35 0.16
41 179 0.84
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (41 bp):
AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
Found at i:20535 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 20375--20653 Score: 391
Period size: 122 Copynumber: 2.3 Consensus size: 122
20365 AATTACCCTG
* * * *
20375 AATTAAGTCTGTGTTTGCCTTTCCCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT-CTGTGCT-TATCTTT
1 AATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCT-TACTCT-TCTTT
* **
20438 ACCTAATTTCCTTGATTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
63 ACCTAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCCATGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
* *
20498 GATTAAGTCTGTGCTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTACTCTTCTTTACT
1 AATTAAGTCTGTGCTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTACTCTTCTTTACC
* *
20563 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCATGCTTATCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGA
66 TAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCCATGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
* *
20620 AATTAAGTCTGTGCTTATTTTTATCTAATTTCCT
1 AATTAAGTCTGTGCTTA-CTTTACCTAATTTCCT
20654 GAATTGACTG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 14, Indels: 6
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
122 108 0.78
123 31 0.22
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (122 bp):
AATTAAGTCTGTGCTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTACTCTTCTTTACC
TAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCCATGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
Found at i:20786 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 20741--21303 Score: 668
Period size: 41 Copynumber: 13.7 Consensus size: 41
20731 CTGAATTAGG
** * *
20741 ACTATGTTTGTTTTTCTTAATCACCCTGAATTAAAACTCTA
1 ACTATGTTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
20782 ACTATGCTTT-CCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATG-TTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
*
20823 ACTATGCTTT-CCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTCA
1 ACTATG-TTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
*
20864 ACTATGCTTT-CCTTTCCTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATG-TTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
** * * *
20905 ACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAGACTTTA
1 ACTATGTTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
** * *
20946 ACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATGTTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
** * *
20987 ACTATACTTGACTTTCTAAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATGTTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
* *
21028 ACTATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTACAACTTTA
1 ACTATGTTTG-CCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
* * * *
21070 ACTATATTTGACTTTTCTTAATCACACTAGATTAAAACTTTA
1 ACTATGTTTG-CCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
* *
21112 ACTATGTTTGACCTTTCTTAATCACACTAGATTAAAACTTTA
1 ACTATGTTTG-CCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
*
21154 ACTATGCTTT--CTTTCCTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATG-TTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
** * *
21194 ACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATGTTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
** * * *
21235 ACTATACTTGACATTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATGTTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
* *
21276 ACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCT
1 ACTATGTTTG-CCTTTCTTAATCACCCT
21304 ACTTAGGACC
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 42, Indels: 13
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.00
40 34 0.07
41 307 0.65
42 127 0.27
43 3 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (41 bp):
ACTATGTTTGCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
Found at i:21335 original size:289 final size:287
Alignment explanation
Indices: 20751--21351 Score: 863
Period size: 289 Copynumber: 2.1 Consensus size: 287
20741 ACTATGTTTG
* * *
20751 TTTTTCTTAATCACCCTGAATTAAAACTCTAACTATGCTTTCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAA
1 TTTTTCTTAATCACCCTGAATTAAAACTCTAACTATGATTTCCTTTCTTAATCACACTAGATTAA
* *
20816 AACTTTAACTATGCTTTCCTTTCTTAATCACCCTGGATTAAAACTTCAACTATGCTTTCCTTTCC
66 AACTTTAACTATGCTTTCCTTTCTTAATCACACTAGATTAAAACTTCAACTATGCTTTCCTTTCC
*
20881 TAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAGACTTTA
131 TAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
* *
20946 ACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACTATACTTGACTTTCTAAATCAC
196 ACTATACTTGACATTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACCATACTTGACTTTCTAAATCAC
* *
21011 CCTGGATTAAAACTTTAACTATGTTTGAC
261 CCT-GATTAAAACCTTAACTATCTTT-AC
* * * *
21040 -TTTTCTTAATCACCCTGGATTACAACTTTAACTAT-ATTTGACTTTTCTTAATCACACTAGATT
1 TTTTTCTTAATCACCCTGAATTAAAACTCTAACTATGATTT--CCTTTCTTAATCACACTAGATT
*
21103 AAAACTTTAACTATG-TTTGACCTTTCTTAATCACACTAGATTAAAACTTTAACTATGCTTT-CT
64 AAAACTTTAACTATGCTTT--CCTTTCTTAATCACACTAGATTAAAACTTCAACTATGCTTTCCT
21166 TTCCTAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
127 TTCCTAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
** *
21231 TTTAACTATACTTGACATTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACCATGTTTGACTTTTCTTA
192 TTTAACTATACTTGACATTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACCATACTTGAC-TTTCTAA
** * *
21296 ATCACCCT-ACTTAGGACCTTGACTGTACTTT-C
256 ATCACCCTGA-TTAAAACCTTAACTAT-CTTTAC
* *
21328 TTTTTCTTAATTACCCCGAATTAA
1 TTTTTCTTAATCACCCTGAATTAA
21352 GACTTTACTC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 26, Indels: 16
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
287 3 0.01
288 37 0.13
289 183 0.66
290 55 0.20
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (287 bp):
TTTTTCTTAATCACCCTGAATTAAAACTCTAACTATGATTTCCTTTCTTAATCACACTAGATTAA
AACTTTAACTATGCTTTCCTTTCTTAATCACACTAGATTAAAACTTCAACTATGCTTTCCTTTCC
TAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACTATACTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
ACTATACTTGACATTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTAACCATACTTGACTTTCTAAATCAC
CCTGATTAAAACCTTAACTATCTTTAC
Found at i:21380 original size:72 final size:71
Alignment explanation
Indices: 21290--21434 Score: 218
Period size: 72 Copynumber: 2.0 Consensus size: 71
21280 TGTTTGACTT
* *
21290 TTCTTAATCACCCTACTTAGGACCTTGACTGTACTTTCTTTTTCTTAATTACCCCGAATTAAGAC
1 TTCTTAATCACCCAACTTAGGACCTTGACTATACTTTC-TTTTCTTAATTACCCCGAATTAAGAC
21355 TTTACTC
65 TTTACTC
** ** *
21362 TTCTTAATCGTCCAACTTAGGACCTTGACTATACTTTCTTTTCTTAATTACCCTTAATTAAGATT
1 TTCTTAATCACCCAACTTAGGACCTTGACTATACTTTCTTTTCTTAATTACCCCGAATTAAGACT
21427 TTACTC
66 TTACTC
21433 TT
1 TT
21435 GTTTACTTAA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 1
0.89 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
71 32 0.48
72 34 0.52
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (71 bp):
TTCTTAATCACCCAACTTAGGACCTTGACTATACTTTCTTTTCTTAATTACCCCGAATTAAGACT
TTACTC
Found at i:28339 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 28305--28363 Score: 93
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
28295 GGACCATCAT
28305 GGAATGATGCGCCCAAGG-CTTATCATGGAA
1 GGAATGATGCG-CCAAGGACTTATCATGGAA
*
28335 GGAATGATGCGCCAAGGACTTATTATGGA
1 GGAATGATGCGCCAAGGACTTATCATGGA
28364 CTTGAAGACA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 6 0.22
30 21 0.78
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (30 bp):
GGAATGATGCGCCAAGGACTTATCATGGAA
Found at i:33391 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 33363--33411 Score: 73
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
33353 TCTGTTATAC
*
33363 TTTTTTT-ATTTTTTTTAAATTTCA
1 TTTTTTTCATTTTTTTGAAATTTCA
*
33387 TTTTTTTCATTTTTTTGAATTTTCA
1 TTTTTTTCATTTTTTTGAAATTTCA
33412 GAATTAATTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.32
25 15 0.68
ACGTcount: A:0.18, C:0.06, G:0.02, T:0.73
Consensus pattern (25 bp):
TTTTTTTCATTTTTTTGAAATTTCA
Found at i:42716 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 42698--42722 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
42688 ATGTGCATCC
42698 ATATTTATGTTTA
1 ATATTTATGTTTA
42711 ATATTTATGTTT
1 ATATTTATGTTT
42723 CCTCATTGAT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.08, T:0.64
Consensus pattern (13 bp):
ATATTTATGTTTA
Found at i:43211 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 43170--43354 Score: 316
Period size: 35 Copynumber: 5.3 Consensus size: 35
43160 CAGTAATAAG
* * *
43170 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCGGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
*
43205 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
*
43240 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
*
43275 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAATAATTCAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
43310 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
43345 CAACTTAATT
1 CAACTTAATT
43355 AAATAATTCA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 7, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 143 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
Found at i:43232 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 43219--43369 Score: 68
Period size: 8 Copynumber: 17.6 Consensus size: 8
43209 TTAATTCAGG
43219 GTAATTAA
1 GTAATTAA
43227 GTAATTAA
1 GTAATTAA
*
43235 GTAATCAA
1 GTAATTAA
* *
43243 CTTAATTCAGG
1 -GTAATT-A-A
43254 GTAATTAA
1 GTAATTAA
43262 GTAATTAA
1 GTAATTAA
*
43270 GTAATCAA
1 GTAATTAA
* *
43278 CTTAATTCAGG
1 -GTAATT-A-A
43289 GTAATTAA
1 GTAATTAA
* *
43297 ATAATTCA
1 GTAATTAA
*
43305 GTAATCAA
1 GTAATTAA
* *
43313 CTTAATTCAGG
1 -GTAATT-A-A
43324 GTAATTAA
1 GTAATTAA
*
43332 GTAATTCA
1 GTAATTAA
*
43340 GTAATCAA
1 GTAATTAA
*
43348 CTTAATTAA
1 -GTAATTAA
* *
43357 ATAATTCA
1 GTAATTAA
43365 GTAAT
1 GTAAT
43370 CGACTTAATT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 30, Indels: 20
0.67 0.20 0.13
Matches are distributed among these distances:
8 64 0.62
9 21 0.20
10 18 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (8 bp):
GTAATTAA
Found at i:43249 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 43220--43421 Score: 113
Period size: 25 Copynumber: 7.8 Consensus size: 25
43210 TAATTCAGGG
43220 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACT
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACT
* * *
43245 TAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAA-G
1 TAATT-A-AGTAATTAAGTAATCAACT
* * * * *
43271 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA-A
1 TAATTAA-GTAATT-A-AGTAATCAACT
* * * ***
43298 TAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAATTAA-GTAA-TCAACT
*
43325 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACT
* * *
43350 TAATTAAATAATTCAGTAATCGACT
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACT
*
43375 TAATTATAG-AATTCAGTAATCAACT
1 TAATTA-AGTAATTAAGTAATCAACT
*
43400 TAATTCAGGGTAATTAAGTAAT
1 TAATT-A-AGTAATTAAGTAAT
43422 TCAGTAATCA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 31, Indels: 20
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
25 67 0.50
26 18 0.13
27 50 0.37
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACT
Found at i:43284 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 43220--43439 Score: 192
Period size: 60 Copynumber: 3.5 Consensus size: 60
43210 TAATTCAGGG
43220 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAATCAACT
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAATCAACT
* *
43280 TAATTCAGGGTAATTAAATAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 TAATT-A-AGTAA-T---T-A---AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAAT
43345 CAACT
56 CAACT
* * * ** * * * ***
43350 TAATTAAATAATTCAGTAATCGACTTAATT-ATAG-AATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAA-GTAA-TCAACT
*
43410 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATT
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATT
43440 AAGTGAGTCA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 17, Indels: 24
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
58 11 0.08
59 5 0.04
60 51 0.39
61 1 0.01
62 4 0.03
63 1 0.01
64 1 0.01
66 1 0.01
67 2 0.02
68 3 0.02
69 1 0.01
70 50 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (60 bp):
TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAATCAACT
Found at i:43393 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43290--43465 Score: 291
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 86
43280 TAATTCAGGG
*
43290 TAATTAAATAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATT
1 TAATTAAAGAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATT
* *
43355 AAATAATTCAGTAATCGAC-T
66 AAATAAGTCAGTAATCAACTT
*
43375 TAATTATAGAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATT
1 TAATTAAAGAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATT
* *
43440 AAGTGAGTCAGTAATCAACTT
66 AAATAAGTCAGTAATCAACTT
43461 TAATT
1 TAATT
43466 CAAGGTAATC
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 6, Indels: 1
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 78 0.93
86 6 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (86 bp):
TAATTAAAGAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATT
AAATAAGTCAGTAATCAACTT
Found at i:43423 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 43375--43549 Score: 135
Period size: 35 Copynumber: 5.3 Consensus size: 35
43365 GTAATCGACT
43375 TAATTATAG-AATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG
1 TAATTA-AGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG
43410 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAAC-----T-----
1 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG
* * *
43435 TAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAAGG
1 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGG
* * *
43471 TAATCAAGTGAGTT-AATGAAT-AACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGT-AATTCAGT-AATCAACTTAATTCAGGG
* *
43506 TAATTAAGTAGTTCAATAAGT-AACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAATTCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGG
43541 TAATTAAGT
1 TAATTAAGT
43550 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 9, Indels: 32
0.74 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
25 22 0.19
30 1 0.01
31 1 0.01
34 8 0.07
35 66 0.57
36 13 0.11
37 4 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGG
Found at i:43441 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 43410--43474 Score: 87
Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
43400 TAATTCAGGG
43410 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAAC-T
1 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTT
* *
43435 TAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTT
1 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTT
43461 TAATTCAAGGTAAT
1 TAATT-AA-GTAAT
43475 CAAGTGAGTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 22 0.67
26 6 0.18
27 2 0.06
28 3 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (26 bp):
TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTT
Found at i:43497 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 43255--43500 Score: 171
Period size: 60 Copynumber: 4.1 Consensus size: 60
43245 TAATTCAGGG
* * * * * * *
43255 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAATAATTCAGTAATCAACT
1 TAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATCAAGTAATTAAGTAATCAACT
* * * * * ** * * * *
43315 TAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC-A-GTAA-TCAACTTAATTAAATAATTCAGTAATCGACT
1 TAATT-A-AGTGAGTCAGTAA-TCAACTTAATTCAAGGTAATCAAGTAATTAAGTAATCAACT
* * * * *
43375 TAATTATAG-AATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
1 TAATTA-AGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATCAAGTAATTAAGTAATCAACT
*
43435 TAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAAGGTAATCAAGTGAGTTAA-TGAAT-AACT
1 TAATTAAGTGAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAAGGTAATCAAGT-AATTAAGT-AATCAACT
43496 TAATT
1 TAATT
43501 CAGGGTAATT
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 21, Indels: 19
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.01
58 10 0.06
59 7 0.05
60 82 0.53
61 32 0.21
62 20 0.13
63 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (60 bp):
TAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATCAAGTAATTAAGTAATCAACT
Found at i:48185 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 48160--48194 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
48150 ATATTATTTT
*
48160 AAAAAAGATTTTTCA
1 AAAAAAGATTTCTCA
48175 AAAAAATGATTTCTCA
1 AAAAAA-GATTTCTCA
48191 AAAA
1 AAAA
48195 TGGTTTTGAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.33
16 12 0.67
ACGTcount: A:0.57, C:0.09, G:0.06, T:0.29
Consensus pattern (15 bp):
AAAAAAGATTTCTCA
Found at i:48895 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 48866--48898 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
48856 TGCATATAAA
48866 AAAAAAGGAGAGAAAAAT
1 AAAAAAGGAGAGAAAAAT
48884 AAAAAA-GA-AGAAAAA
1 AAAAAAGGAGAGAAAAA
48899 AGCTCTAGGG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.47
17 2 0.13
18 6 0.40
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.18, T:0.03
Consensus pattern (18 bp):
AAAAAAGGAGAGAAAAAT
Found at i:50086 original size:100 final size:99
Alignment explanation
Indices: 49914--50097 Score: 262
Period size: 100 Copynumber: 1.8 Consensus size: 99
49904 TTTTCAAGTC
* * * *
49914 GATCCAGGGTGATCTCTCTAAAGTGACTTTCAATTAACCCAGGGCGGTCCATCTTCAGTTAATTG
1 GATCCAGGGTGATCTCTCTAAAGCGAATTTCAATTAACCCAGGGCAGTCCATCTTCAGTTAATCG
* *
49979 GTCCAGGGTGATCTTTCTTTAGTAAATCTCGGTT
66 ATCCAGGGCGATCTTTCTTTAGTAAATCTCGGTT
* * *
50013 GATCCAGGGTGATCTCTC-AACAGCGAATTTCAAATTGACCCAGGGTAGTCCGTCTTCAGTTAAT
1 GATCCAGGGTGATCTCTCTAA-AGCGAATTTC-AATTAACCCAGGGCAGTCCATCTTCAGTTAAT
50077 CGATCCAGGGCGATCTTTCTT
64 CGATCCAGGGCGATCTTTCTT
50098 CAGTTAATTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 9, Indels: 3
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
98 2 0.03
99 26 0.35
100 46 0.62
ACGTcount: A:0.23, C:0.23, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (99 bp):
GATCCAGGGTGATCTCTCTAAAGCGAATTTCAATTAACCCAGGGCAGTCCATCTTCAGTTAATCG
ATCCAGGGCGATCTTTCTTTAGTAAATCTCGGTT
Found at i:50119 original size:100 final size:99
Alignment explanation
Indices: 49914--50120 Score: 254
Period size: 100 Copynumber: 2.1 Consensus size: 99
49904 TTTTCAAGTC
* * * *
49914 GATCCAGGGTGATCTCTCTAAAGTGACTTTCAATTAACCCAGGGCGGTCCATCTTCAGTTAATTG
1 GATCCAGGGTGATCTCTCTAAAGCGAATTTCAATTAACCCAGGGCAGTCCATCTTCAGTTAATCG
* * * **
49979 GTCCAGGGTGATCTTTCTTTAGTAAATCTCGGTT
66 ATCCAGGGCGATCTTTCTTCAGTAAATCTCAATT
* * *
50013 GATCCAGGGTGATCTCTC-AACAGCGAATTTCAAATTGACCCAGGGTAGTCCGTCTTCAGTTAAT
1 GATCCAGGGTGATCTCTCTAA-AGCGAATTTC-AATTAACCCAGGGCAGTCCATCTTCAGTTAAT
* *
50077 CGATCCAGGGCGATCTTTCTTCAGTTAATTTCAATT
64 CGATCCAGGGCGATCTTTCTTCAGTAAATCTCAATT
*
50113 GGTCCAGG
1 GATCCAGG
50121 ACAATCGTTT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 15, Indels: 3
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
98 2 0.02
99 26 0.29
100 63 0.69
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (99 bp):
GATCCAGGGTGATCTCTCTAAAGCGAATTTCAATTAACCCAGGGCAGTCCATCTTCAGTTAATCG
ATCCAGGGCGATCTTTCTTCAGTAAATCTCAATT
Found at i:50358 original size:36 final size:34
Alignment explanation
Indices: 50276--50365 Score: 108
Period size: 36 Copynumber: 2.5 Consensus size: 34
50266 GTTGACCCAG
*
50276 GGTGGTCATTCTTCAGTTTAAGTCGGAATGATCAA
1 GGTGGTCGTTCTTCAG-TTAAGTCGGAATGATCAA
* * *
50311 GGATGGACGTTCGTCAGTTAAGTCCGGAATGATCGGA
1 GG-TGGTCGTTCTTCAGTTAAGT-CGGAATGATC-AA
50348 GGTGGTCGTTCTTCAGTT
1 GGTGGTCGTTCTTCAGTT
50366 TATTTAACCC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 6, Indels: 5
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.17
36 35 0.76
37 3 0.07
ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.31, T:0.32
Consensus pattern (34 bp):
GGTGGTCGTTCTTCAGTTAAGTCGGAATGATCAA
Found at i:54475 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 54434--54788 Score: 362
Period size: 35 Copynumber: 10.7 Consensus size: 35
54424 CAGTAATAAG
* * *
54434 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCGGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
*
54469 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
54504 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATT-ATGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCA-GTAAT
*
54539 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAATAATTCAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
*
54574 CAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
54609 CAACTTAA-T-----T-A--AA-TAATTCAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
54634 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
* *
54669 CAAC-----T-----TAATTAAGTGAGTCAGTAAT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
* * * *
54694 CAACTTTAATTCAAGGTAATCAAGTGAGTT-AATGAAT
1 CAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAGT-AAT
* *
54731 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAATAAGT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAA-T
*
54766 -AACTTAATTCAGGCTAATTAAGT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
54789 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 17, Indels: 54
0.80 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
25 42 0.15
26 3 0.01
28 1 0.00
29 1 0.00
30 1 0.00
31 2 0.01
32 1 0.00
34 10 0.04
35 197 0.71
36 14 0.05
37 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
Found at i:54548 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 54484--54718 Score: 274
Period size: 60 Copynumber: 3.7 Consensus size: 60
54474 TAATTCAGGG
54484 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATT-ATGTAATCAACT
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCA-GTAATCAACT
* *
54544 TAATTCAGGGTAATTAAATAATTCAGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 TAATT-A-AGTAA-T---T-A---AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
54609 CAACT
56 CAACT
* *
54614 TAATTAAATAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
* * * * *
54674 TAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAAGGTAATCAAGT
1 TAATTAAGTAATTAAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGT
54719 GAGTTAATGA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 11, Indels: 23
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
60 71 0.47
61 19 0.12
62 4 0.03
63 1 0.01
64 1 0.01
66 1 0.01
67 2 0.01
68 3 0.02
69 1 0.01
70 48 0.32
71 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (60 bp):
TAATTAAGTAATTAAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
Found at i:54620 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 54589--54713 Score: 106
Period size: 25 Copynumber: 4.5 Consensus size: 25
54579 TAATTCATGG
54589 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
1 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
*
54614 TAATTAAATAATTCAGTAATCAACT
1 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
54639 TAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
1 TAA-T-----T----AAGTAATTCAGTAATCAACT
* *
54674 TAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTT
1 TAATTAAGTAATTCAGTAATCAAC-T
54700 TAATTCAAGGTAAT
1 TAATT-AA-GTAAT
54714 CAAGTGAGTT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 6, Indels: 23
0.74 0.05 0.21
Matches are distributed among these distances:
25 44 0.54
26 7 0.09
27 2 0.02
28 3 0.04
29 1 0.01
31 1 0.01
34 1 0.01
35 22 0.27
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACT
Found at i:58895 original size:46 final size:43
Alignment explanation
Indices: 58839--58966 Score: 177
Period size: 43 Copynumber: 2.9 Consensus size: 43
58829 GTACATAACA
58839 TTTTTCAACTTACAACTTTAA-TTTTTTAGCATATAAATAAAT
1 TTTTTCAACTTACAACTTTAACTTTTTTAGCATATAAATAAAT
* *
58881 TCTAGATTTCAACTTACAACTTTAATTTTTTTAGCATATAAATAACT
1 T-T---TTTCAACTTACAACTTTAACTTTTTTAGCATATAAATAAAT
* *
58928 TTTATCAACTTACAACTTTAACTTTTTTAGTATATAAAT
1 TTTTTCAACTTACAACTTTAACTTTTTTAGCATATAAAT
58967 CCTATCATAT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 4, Indels: 9
0.86 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.01
43 35 0.45
46 20 0.26
47 21 0.27
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (43 bp):
TTTTTCAACTTACAACTTTAACTTTTTTAGCATATAAATAAAT
Found at i:61820 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 61773--61918 Score: 109
Period size: 22 Copynumber: 6.7 Consensus size: 22
61763 CTTTGTGTGA
* * * *
61773 TTATCAAATTTTCAAAATGAGA
1 TTATCAAAATTTCATAAGGAGG
* *
61795 TTATCAAAATTTCATAAGAAGT
1 TTATCAAAATTTCATAAGGAGG
* * *
61817 TTATTATAATTTCATGAGGAGG
1 TTATCAAAATTTCATAAGGAGG
*
61839 TTATC-AAATTTCA-CAGTGCA-G
1 TTATCAAAATTTCATAAG-G-AGG
* * *
61860 TTACCAAACTTTCATATGGAGG
1 TTATCAAAATTTCATAAGGAGG
* *
61882 TTATCAAAATTTCATAATGTGG
1 TTATCAAAATTTCATAAGGAGG
*
61904 TTACCAAAATTTCAT
1 TTATCAAAATTTCAT
61919 CGGATCAGGT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 23, Indels: 10
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.02
21 14 0.15
22 79 0.82
23 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (22 bp):
TTATCAAAATTTCATAAGGAGG
Found at i:61873 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 61824--61918 Score: 122
Period size: 44 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44
61814 AGTTTATTAT
*
61824 AATTTCATGA-GGAGGTTATC-AAATTTCACAGTGCAGTTACCAA
1 AATTTCAT-ATGGAGGTTATCAAAATTTCACAATGCAGTTACCAA
* * **
61867 ACTTTCATATGGAGGTTATCAAAATTTCATAATGTGGTTACCAA
1 AATTTCATATGGAGGTTATCAAAATTTCACAATGCAGTTACCAA
61911 AATTTCAT
1 AATTTCAT
61919 CGGATCAGGT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 3
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.02
43 17 0.39
44 26 0.59
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (44 bp):
AATTTCATATGGAGGTTATCAAAATTTCACAATGCAGTTACCAA
Found at i:62264 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62238--62428 Score: 75
Period size: 22 Copynumber: 8.7 Consensus size: 23
62228 GTTCAGAGTG
*
62238 TGGTTAACATAATTTCATAAGGA
1 TGGTTAACAAAATTTCATAAGGA
*
62261 -GGTT-ACTAAAATTTCAT-AGTA
1 TGGTTAAC-AAAATTTCATAAGGA
* *
62282 TGGTTATCAAAATTTCATAATG-
1 TGGTTAACAAAATTTCATAAGGA
** * * * *
62304 TGCATATCAACATTTCACAGGGA
1 TGGTTAACAAAATTTCATAAGGA
**
62327 -GGTTATTAAAATTT-AT-AGTG-
1 TGGTTAACAAAATTTCATAAG-GA
* *
62347 TCGGTTATCAAAATTTCAT-GGTGA
1 T-GGTTAACAAAATTTCATAAG-GA
* *
62371 -GGTCT-TCAAAATTCCATAAGGA
1 TGGT-TAACAAAATTTCATAAGGA
62393 -GGTTAACAAAATTTCAT-AGGA
1 TGGTTAACAAAATTTCATAAGGA
* * *
62414 AGATTATCAAAATTT
1 TGGTTAACAAAATTT
62429 TACAGGGAGG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 25, Indels: 29
0.70 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.01
21 12 0.09
22 107 0.83
23 9 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
TGGTTAACAAAATTTCATAAGGA
Found at i:62301 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 62239--62450 Score: 144
Period size: 44 Copynumber: 4.8 Consensus size: 43
62229 TTCAGAGTGT
* *
62239 GGTTAACATAATTTCATAAGGAGGTTA-CTAAAATTTCATAGTA
1 GGTTATCAAAATTTCATAAGGAGGTTATC-AAAATTTCATAGTA
* * ** * * *
62282 TGGTTATCAAAATTTCATAATGTGCATATCAACATTTCACAGGGA
1 -GGTTATCAAAATTTCATAAGGAGGTTATCAAAATTTCATA-GTA
* * *
62327 GGTTATTAAAATTT-AT-AGTGTCGGTTATCAAAATTTCATGGTGA
1 GGTTATCAAAATTTCATAAG-G-AGGTTATCAAAATTTCATAGT-A
* * *
62371 GGTCT-TCAAAATTCCATAAGGAGGTTAACAAAATTTCATAGGAA
1 GGT-TATCAAAATTTCATAAGGAGGTTATCAAAATTTCATA-GTA
* * * * *
62415 GATTATCAAAATTTTACAGGGAGGTCATCAAAATTT
1 GGTTATCAAAATTTCATAAGGAGGTTATCAAAATTT
62451 TAATAGTGTG
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 31, Indels: 20
0.71 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.01
43 5 0.04
44 111 0.87
45 8 0.06
46 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (43 bp):
GGTTATCAAAATTTCATAAGGAGGTTATCAAAATTTCATAGTA
Found at i:62394 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 62248--62450 Score: 184
Period size: 66 Copynumber: 3.1 Consensus size: 66
62238 TGGTTAACAT
* * ** *
62248 AATTTCATAAGGAGGTTACTAAAATTTCATAGTATGGTTATCAAAATTTCATAATG-TG-CATAT
1 AATTTCATAAGGAGGTTAATAAAATTTCATAGTGTGGTTATCAAAATTTCATGGTGAGGTC-T-T
62311 CAA
64 CAA
* * * *
62314 CATTTCACAGGGAGGTTATTAAAATTT-ATAGTGTCGGTTATCAAAATTTCATGGTGAGGTCTTC
1 AATTTCATAAGGAGGTTAATAAAATTTCATAGTGT-GGTTATCAAAATTTCATGGTGAGGTCTTC
62378 AA
65 AA
* * * * *
62380 AATTCCATAAGGAGGTTAACAAAATTTCATAG-GAAGATTATCAAAATTTTACA-GG-GAGGTCA
1 AATTTCATAAGGAGGTTAATAAAATTTCATAGTG-TGGTTATCAAAA-TTT-CATGGTGAGGTCT
62442 TCAA
63 TCAA
62446 AATTT
1 AATTT
62451 TAATAGTGTG
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 18, Indels: 14
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
65 6 0.05
66 92 0.82
67 11 0.10
68 3 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (66 bp):
AATTTCATAAGGAGGTTAATAAAATTTCATAGTGTGGTTATCAAAATTTCATGGTGAGGTCTTCA
A
Done.