Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01012646.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12667, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3876
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38


Found at i:59 original size:26 final size:26

Alignment explanation


    Indices: 22--85  Score: 85
    Period size: 26  Copynumber: 2.5  Consensus size: 26

         12 TTGTTGAAAT

                                     *
         22 GTTATTAAATTTCCAAAAATGCA-AG
          1 GTTATTAAATTTCCAAAAATGCAGAA

                          *       *    
         47 GTTATTGAAATTTCTAAAAATGTAGAA
          1 GTTATT-AAATTTCCAAAAATGCAGAA

                        
         74 GTTATTAAATTT
          1 GTTATTAAATTT

         86 ATGTAAAATT


Statistics
Matches: 34,  Mismatches: 3, Indels: 3
        0.85            0.08        0.08

Matches are distributed among these distances:
  25    6  0.18
  26   21  0.62
  27    7  0.21

ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.12, T:0.39


Consensus pattern (26 bp):   
GTTATTAAATTTCCAAAAATGCAGAA

Found at i:2600 original size:199 final size:199

Alignment explanation


    Indices: 2260--2814  Score: 835
    Period size: 199  Copynumber: 2.8  Consensus size: 199

       2250 TAAGTTTATT

                                                            *   *           *
       2260 ATAAGAAAAATTATACAATACACTGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCATGTTTGGGGTTTAAGGT
          1 ATAAGAAAAATTATACAATACACTGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTTCGGGGTTTAAGGG

                                         *                                   
       2325 TTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTACTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGT
         66 TTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGT

                               *      *                             *     *  
       2390 ATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGAATTGTATAATAA
        131 ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGAATTCTATAACAA

                
       2455 TCCC
        196 TCCC

                         *         *  *                                      
       2459 ATAAGAAAAATTAGACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTTCGGGGTTTAAGGG
          1 ATAAGAAAAATTATACAATACACTGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTTCGGGGTTTAAGGG

                            *                                      *         
       2524 TTGACATGTGTCCCCTGAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATAAAATGGGGT
         66 TTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGT

                                 *          *                   *            
       2589 ATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATAAAGTCTAAAATTTACACTGACAGTGTATTCTATAACAA
        131 ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGAATTCTATAACAA

               *
       2654 TCCT
        196 TCCC

                                        *       *             **    *        
       2658 ATAAGAAAAATTATACAATACACTGTTAATGGAGTTCAGCAGACTGCACGCACGGGATTTAAGGG
          1 ATAAGAAAAATTATACAATACACTGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTTCGGGGTTTAAGGG

              *          **    *                *      *                     
       2723 TTAACATGTGTCCGTTTAGAGAATATGTATTAATATAAAATATGTAATTAATTATGAAAT-GGG-
         66 TTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGT

                                *        
       2786 ATGTGTCAACTTCTTAACCCACTTATAAA
        131 ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAAA

       2815 TCTTCATTTT


Statistics
Matches: 321,  Mismatches: 35, Indels: 2
        0.90            0.10        0.01

Matches are distributed among these distances:
 197   27  0.08
 198    3  0.01
 199  291  0.91

ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.18, T:0.33


Consensus pattern (199 bp):   
ATAAGAAAAATTATACAATACACTGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTTCGGGGTTTAAGGG
TTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGT
ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGAATTCTATAACAA
TCCC
Done.