Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012676.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12697, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2660
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.17, T:0.34
Found at i:133 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 96--156 Score: 104
Period size: 32 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
86 AATCACTGAA
*
96 TTTACTTAATAACACTGAATTAAGTTGATCAC
1 TTTACTTAATAACACTGAATAAAGTTGATCAC
*
128 TTTACTTAATTACACTGAATAAAGTTGAT
1 TTTACTTAATAACACTGAATAAAGTTGAT
157 TACCAGTTTC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 27 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (32 bp):
TTTACTTAATAACACTGAATAAAGTTGATCAC
Found at i:224 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 183--409 Score: 204
Period size: 36 Copynumber: 5.9 Consensus size: 36
173 ACTTACCAAT
**
183 TTACTTAATTGTACCGAATTAAGTTGATTACTTAAC
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTTAAC
* * *
219 CTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTAAAT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTA-C----T--T-AAC
* * *
263 TTACTTAATTACACTGAACTAAGTTGATTGCTTAAC
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTTAAC
*
299 TTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATT-AC
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTA-C---TTAAC
*
338 TTGATCTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAATACTTAAC
1 ----T-TACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTTAAC
379 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTAC
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTAC
410 CGAATTACTT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 14, Indels: 36
0.76 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
36 85 0.53
37 4 0.03
39 3 0.02
40 4 0.03
41 3 0.02
43 4 0.03
44 56 0.35
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (36 bp):
TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTTAAC
Found at i:268 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 209--461 Score: 277
Period size: 44 Copynumber: 6.1 Consensus size: 44
199 AATTAAGTTG
**
209 ATTACTTAACCTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
1 ATTACTTAATTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
* *
253 ATTACTAAATTTACTTAATTACACTGAACTAAGTTGATT---G-
1 ATTACTTAATTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
*
293 ----CTTAACTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
1 ATTACTTAATTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
* * *
333 ATTACTTGATCTACTTAATTACACCGAATTAA---G-TT---GA
1 ATTACTTAATTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
* *
370 A-TACTTAACTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCGA
1 ATTACTTAATTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
* * *
413 ATTACTTGATCTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 ATTACTTAATTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
457 ATTAC
1 ATTAC
462 CCATTTAATT
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 19, Indels: 32
0.77 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
36 59 0.34
37 3 0.02
39 2 0.01
40 4 0.02
41 2 0.01
43 3 0.02
44 101 0.58
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (44 bp):
ATTACTTAATTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGA
Found at i:286 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 44--454 Score: 488
Period size: 80 Copynumber: 5.1 Consensus size: 80
34 TTTGCCATGT
** * * * * *
44 TTACTTAGTTTACTTAATTACACTGAATTAAGTCGATTACCAAATCACTGAATTTACTTAATAAC
1 TTACTTAACTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTAAATTTACTTAATTAC
109 ACTGAATTAAGTTGA
66 ACTGAATTAAGTTGA
* *
124 TCAC-T---TTACTTAATTACACTGAATAAAGTTGATTACCAGTTTCCAATTCACTTACCAATTT
1 TTACTTAACTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACC-G-----AATT-AC-TA--AATTT
** *
185 ACTTAATTGTACCGAATTAAGTTGA
56 ACTTAATTACACTGAATTAAGTTGA
*
210 TTACTTAACCTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTAAATTTACTTAATTAC
1 TTACTTAACTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTAAATTTACTTAATTAC
*
275 ACTGAACTAAGTTGA
66 ACTGAATTAAGTTGA
* ** *
290 TTGCTTAACTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTTGATCTACTTAATTAC
1 TTACTTAACTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTAAATTTACTTAATTAC
*
355 ACCGAATTAAGTTGA
66 ACTGAATTAAGTTGA
* * ** *
370 ATACTTAACTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTTGATCTACTTAATTAC
1 TTACTTAACTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTAAATTTACTTAATTAC
435 ACTGAATTAAGTTGA
66 ACTGAATTAAGTTGA
450 TTACT
1 TTACT
455 GAATTACCCA
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 29, Indels: 28
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
76 30 0.10
79 1 0.00
80 182 0.63
82 5 0.02
83 4 0.01
84 5 0.02
86 29 0.10
87 1 0.00
89 1 0.00
90 30 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (80 bp):
TTACTTAACTTACTTAATTACACTGAATTAAGTTGATTACCGAATTACTAAATTTACTTAATTAC
ACTGAATTAAGTTGA
Found at i:1032 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 999--1028 Score: 60
Period size: 11 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
989 AAAAGCATTA
999 AAAATAAACAG
1 AAAATAAACAG
1010 AAAATAAACAG
1 AAAATAAACAG
1021 AAAATAAA
1 AAAATAAA
1029 ACAGGTGAGG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 19 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.07, G:0.07, T:0.10
Consensus pattern (11 bp):
AAAATAAACAG
Done.