Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01012719.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12740, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 9833
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.17, T:0.32


Found at i:1238 original size:35 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 1218--1493  Score: 367
    Period size: 35  Copynumber: 7.9  Consensus size: 34

       1208 TACTCATTGA

                                           *  
       1218 ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTG
          1 ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

              *            *                   
       1252 AATTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTG
          1 -ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

                                               
       1287 ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG
          1 ACT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

            *    *                             
       1322 GCTTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG
          1 AC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

            *                 *                
       1357 GCTTACTTAATTACCCTGGATTAAGTTGATTACTG
          1 AC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

            *                                   
       1392 GCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTTACTG
          1 AC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG

                             *                  
       1427 ATCTACTTAATTACCCTAAATTAAGTT-ATTTACTG
          1 A-CTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG

                                       *    
       1462 ATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA
          1 A-CTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA

       1494 TTACTGATTC


Statistics
Matches: 223,  Mismatches: 13, Indels: 10
        0.91            0.05        0.04

Matches are distributed among these distances:
  34    3  0.01
  35  217  0.97
  36    3  0.01

ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.11, T:0.41


Consensus pattern (34 bp):   
ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

Found at i:1368 original size:105 final size:105

Alignment explanation


    Indices: 1186--1493  Score: 392
    Period size: 105  Copynumber: 2.9  Consensus size: 105

       1176 TTCTTTCTAA

                     *               * * *   *                              *
       1186 ACTTAATTTGCCC-GAATTAAGTTACTCATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAT
          1 ACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC

              *              *                       
       1250 TGAATTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
         65 TGGATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

                                             *    *                          
       1291 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-GCTTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTTACTGATC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA

                *                *                *  *
       1354 CTGGCTTACTTAATTACCCTGGATTAAGTTGATTACTGGCTT
         64 CTGGATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

                                                            *                
       1396 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGATCTACTTAATTACCCTAAATTAAGTT-ATTTAC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC

                                          *    
       1460 T-GATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA
         65 TGGAT-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA

       1494 TTACTGATTC


Statistics
Matches: 178,  Mismatches: 18, Indels: 14
        0.85            0.09        0.07

Matches are distributed among these distances:
 104   10  0.06
 105  166  0.93
 106    2  0.01

ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.11, T:0.41


Consensus pattern (105 bp):   
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
GGATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

Found at i:4687 original size:8 final size:8

Alignment explanation


    Indices: 4659--4692  Score: 50
    Period size: 8  Copynumber: 4.1  Consensus size: 8

       4649 GAATCGGCTA

                    
       4659 TGAATTTT
          1 TGAATTTT

                    *
       4667 TGAAGTTTC
          1 TGAA-TTTT

                    
       4676 TGAATTTT
          1 TGAATTTT

                    
       4684 TGAATTTT
          1 TGAATTTT

             
       4692 T
          1 T

       4693 CAAGAAGGTG


Statistics
Matches: 23,  Mismatches: 2, Indels: 2
        0.85            0.07        0.07

Matches are distributed among these distances:
   8   16  0.70
   9    7  0.30

ACGTcount: A:0.24, C:0.03, G:0.15, T:0.59


Consensus pattern (8 bp):   
TGAATTTT

Found at i:5487 original size:33 final size:33

Alignment explanation


    Indices: 5465--5538  Score: 123
    Period size: 33  Copynumber: 2.2  Consensus size: 33

       5455 CCGAGTCGTT

                                              
       5465 TGGCCGGTTG-TAGCCGGACATGTCCATGTCGCG
          1 TGGCCGG-TGATAGCCGGACATGTCCATGTCGCG

                       *                     
       5498 TGGCCGGTGATGGCCGGACATGTCCATGTCGCG
          1 TGGCCGGTGATAGCCGGACATGTCCATGTCGCG

                    
       5531 TGGCCGGT
          1 TGGCCGGT

       5539 CTTGTGGCCG


Statistics
Matches: 39,  Mismatches: 1, Indels: 2
        0.93            0.02        0.05

Matches are distributed among these distances:
  32    2  0.05
  33   37  0.95

ACGTcount: A:0.11, C:0.27, G:0.39, T:0.23


Consensus pattern (33 bp):   
TGGCCGGTGATAGCCGGACATGTCCATGTCGCG
Done.