Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012831.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12852, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 40317
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.18, T:0.31
Found at i:1524 original size:321 final size:319
Alignment explanation
Indices: 613--5182 Score: 4543
Period size: 320 Copynumber: 14.3 Consensus size: 319
603 TCAATTAAAG
* * * * *
613 GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGACGTTTAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAAATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * *
678 AGAATATTGTGGCAAAATTTTGAGGAAAAAATTTTCAGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
* *
743 AACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
131 -A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* **
808 CGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTAAATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTAAATTTAAGGAT
194 CGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGAT
* * * *
873 TTGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTCTTTCGATTCAATTGAAAATTAAATCGGAAAAAAAA
259 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGAAAAAAAA
* * * *
934 GGAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * * * * *
999 TGAGTATTGTTGTAAACAAATTGAGG-AGAAATTTCTCGGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCA
66 TGAATATTGTGGCAAA-AATTTGAGGAAAAAATTT-TCGGGTCAG----T------TTTTAGCCG
* * * * * *
1063 AAATCGTGTATTAAATATCACGGTTTTTGGTTAAAAACACGTTCTAGAGCCCCGGCTCAGTTTTA
119 AAATCGTGTATT--ACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTG
* * * *
1128 CATGAATTTTGGCTTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCCAATGAAATCTCAGCCATATT
182 CATGATTTTTGGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATT
* * * * *
1193 GGATTTAAGGATATATTTTTACGAGCATCTGAATCCTATTTCAATTCAATTAAAAATTAAATTGG
247 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGG
1258 AAAAAAAAA
312 -AAAAAAAA
*
1267 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTAGAATTATATATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * *
1332 TAAATATTGTGGCAAAAATTTGAGAAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAAATAGTGTAT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTAT
* * * * * * * * *
1397 GT-TATCATGGTTTTTAGTTAAAAACGCGTTTTGGAGTCCCGGCTCGGTTTTGCATGATTTTCGG
130 -TACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * *
1461 CGTAAAGACTCCTTGAAATATCGATATTCATCCAATGAAATCTCAGTCATATTGGATTTAAGGAT
194 CGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGAT
* * * * * * *
1526 TT-TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGATTCAATTCAATTAAAAGTTAAA-TCG-TAAAAAG
259 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGAAAAAAAA
* *
1584 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTTAATCTTTTTGGCGTGGAATTATATATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * *** *
1649 TAAATATTGTGGCAAAAATTTAAGG---AATTTTTTTTGTCAGTTTTTAGGCGAAATCGTGTATT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
*
1711 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGA
131 -A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* ** *
1776 CGTAAAGGCTCCTTAAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTAAATTTAAAGAT
194 CGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGAT
* * *
1841 TTGTTTTTACGAGCATTTAAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATCGG--AAAAAA
259 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGAAAAAAAA
* * * *
1900 GGAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAAGGCGTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * * * *
1965 TGAATATTATGGAAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTTGGGTCAG-TTTTAGTCGAAATCCTGTATT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
*
2029 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
131 -A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
**
2094 CGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGTAATATTGGATTTAAGGAT
194 CGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGAT
* * *
2159 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTTAA-T-CATAAAAAAG
259 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGA-AAAAAAA
* * * *
2219 GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAATGCCGTTTAATCTTTTTGGC-ATGAAATTATATATTTTTT
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTG-AATTATATATTTTTT
* * *
2283 CTGAGTATTCTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATAGTGTAT
65 CTGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAT
* * * * *
2348 TAACTATCATGGTTTTTAGTTAAAAACGCGTTCTGGAGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCG
130 T-AC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
*
2413 GCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCGATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGA
193 GCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGA
* * * * *
2478 TTTTTTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCAATTCAATTAAAAATTAAATCGAAAAAAAAA
258 -TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGAAAAAAAA
* **
2541 G-AAAATTATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGATGTTGAATTATATATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * ** *
2605 TGAATATTCTGGCAAAAATTTAAGGAAAAAAAATT-GAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
*
2669 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
131 -A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * **
2734 CATAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCTATATTAAATTTAAGGAT
194 CGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGAT
* *
2799 TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATCGGGAAAAAAAA
259 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAAT-TGGAAAAAAAA
* * * ** *
2861 GGAAAATGATATTAGAAGCATGTAAAGGTGTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * * * *
2926 T-AATATTATGGAAAAAAATTGAGGGAAAAAAAATATTT-TGGTCAGGTTTT-GCCCGAAATCAT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGA-GG--AAAAAAT-TTTCGGGTCAGTTTTTAG-CCGAAATCGT
* *
2988 GTATTAACCATCACGGTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATT
126 GTATT-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATT
* * *
3053 TTTGGCGTAAATGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCAATATTAGATTTA
189 TTTGGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTA
* * * *
3118 AGGATTTTTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAGTTTAATTGTAAAAAAA
254 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGAAAAAAA
*
3183 G
319 A
* * * *
3184 GAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCTGTTTAATTTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * *
3249 TGAGTATTCTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGG--AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTA
* ** * *
3314 TTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGCTCTGGAGCCTTGCCTTAGTTTTGCATGATTTTT
129 TT-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * *
3379 GGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATATATATTCATCAAATGAAATCTCAGCAATATTGAATTTAAGG
192 GGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGG
*** *
3444 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAA-TCCTAAAAGAA
257 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGAAAAAAAA
* * * * * *
3506 GGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCGTTTAATCTTTTGGGTGTTGAATTATATATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * ** *
3571 TGAGTATTGTGGCAAAATTTTCAGGAAAAGTTTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
* ** *
3636 AAACATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGTATT-TCGGAG-CCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTT
131 --ACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCT-GGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTT
** * *
3699 GAAGTAAAGACTCCTTG-AATAATCTATATTCAT-CTATCGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAA
192 GGCGTAAAGGCTCCTTGAAAT-ATCTATATTCATCCAAT-GAAATCTCAGCCATATTGGATTTAA
** * * *
3762 GGATTT-TTTTTACGAGCATCAAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATT-AATTCGGAAAAAAA
255 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATT-GGAAAAAAA
*
3825 TG
319 -A
* * * * * *
3827 GAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATA-TTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * * * * *
3891 TGAATATTATGGGTAAAAA-TAGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAGTTTTT-G-CAAAAT--TTTAG
66 TGAATATTGT-GGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTA-
* * * * * * *
3951 CTAAAAACAC-G---TT--C------C-AG-TCAGG-GCCCCTG-CTGACTTTTGCAT-ATTTTT
129 -TTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCC-GACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * *
3999 GACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACT-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG
192 GGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAA-TGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAG
* * * * * **
4063 CATTTGTTTTTACAAGCATCTGAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATG
256 GATTTGTTTTTACGAGCATCTG-AATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGAAAAAAAA
* *
4128 GAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCC-TTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTT-AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
*
4192 CTGAATATTGTGGCAAAAGA-TTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCG
65 CTGAATATTGTGGCAAAA-ATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTC-A-----G----TTTTTAGCCG
* * * * * * * *
4256 AAATCGTGTACTAACCACCACTGTTTTT--CTAGAAACGCGTTCTGGGGCGCTGTCTCAGTTTTG
119 AAATCGTGTA-TTA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTG
* * * ** * * * * ** * *
4319 CGTGATATTTGGCATGCAGACTCCGTGGAGTATCTATATTCAT-CAGACAAAATCTCAACCACAT
182 CATGATTTTTGGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCA-ATGAAATCTCAGCCATAT
* * * * * **
4383 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATT-AGAATTTGATTC
246 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATT-
* *
4447 CGAAAAAAATG
310 GGAAAAAAA-A
* * * * * *
4458 GAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAATCCCTTTAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATTTTTTC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * * *
4523 TGAGA-ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAACATTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGA
66 TGA-ATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAG----T------TTTTAGCCGA
* ** * * ** *
4587 AATCG-G--TTCCATCACATTTTTTTTTGACTAAAAAGGCGTT-TCAAGCCCCCGACTCATTTTT
120 AATCGTGTATTACATCAC---GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAG-CCCCGACTCAGTTTT
* * * * * *
4648 GCATTATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCCCAGCCATAT
181 GCATGATTTTTGGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATAT
* * *
4713 TGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTAAGA---AA-T--AAATT---TT
246 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT-CGATTCAATTAAAAATTAAATT
**
4769 GGGAAAAAATG
310 -GGAAAAAAAA
* * * ** * *
4780 GGAAAACGATATTATAATTGT-AGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGA-AAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
* * *** *
4844 CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTAAAGTCAATTTTT----G----C----A-
65 CTGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAT
* * * * *
4896 -A-A--A----TTTTAGCTAAAAACGC--TC-CGAGGCTCTAGCTCAGTTTTGCAT-ATTTTTGG
130 TACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * * ** * *
4949 CGTAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTCAGGAT
194 CGTAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGAT
* * * ** *
5014 TTG-TTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTCGGTGAAAATA
259 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATT-GGAAAAAAAA
* * * * *
5074 GAAAAACGA-ATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTTAATTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTTTTCC
1 GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * **
5138 TGAGTATTGTGGTAAAAAATTGA-GAAAAAATCTTTCAAGTCAGTT
66 TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAGTT
5183 ATTGCTAAGT
Statistics
Matches: 3614, Mismatches: 500, Indels: 298
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
286 2 0.00
287 23 0.01
288 71 0.02
289 18 0.00
290 1 0.00
291 13 0.00
292 13 0.00
293 78 0.02
294 18 0.00
298 1 0.00
300 64 0.02
301 74 0.02
302 86 0.02
303 5 0.00
304 2 0.00
308 2 0.00
310 1 0.00
312 11 0.00
313 11 0.00
314 25 0.01
315 117 0.03
316 142 0.04
317 93 0.03
318 198 0.05
319 222 0.06
320 516 0.14
321 435 0.12
322 208 0.06
323 292 0.08
324 214 0.06
325 5 0.00
326 7 0.00
327 2 0.00
328 20 0.01
329 45 0.01
330 290 0.08
331 7 0.00
332 193 0.05
333 89 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (319 bp):
GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
TGAATATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
ACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
TAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATGAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTT
GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAAAATTAAATTGGAAAAAAAA
Found at i:5160 original size:293 final size:289
Alignment explanation
Indices: 4639--5179 Score: 707
Period size: 293 Copynumber: 1.9 Consensus size: 289
4629 AAGCCCCCGA
* *
4639 CTCATTTTTGCATTATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCC
1 CTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCC
* * *
4704 CAGCCATATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTAAGAAATAAATTTT
66 CAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTAAGAAATAAATTTT
* * * * ** *
4769 GGGAAAAAATGGGAAAACGATATTATAATTGTAGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTA
131 CGGAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTAGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTCGAATTA
*
4834 TATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTAAAGTCAATTTTTGCAAA
196 TATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAATCTTTAAAGTCAATTTTTGCAAA
4898 ATTTTAGCTAAAAACGCTCCGAGGCTCTAG
260 ATTTTAGCTAAAAACGCTCCGAGGCTCTAG
* * * *
4928 CTCAGTTTTGCA-TATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCC
* * *
4992 CAGCCACATTGGATTTCAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTT-CGATTTAATTAGA
66 CAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTAAGA---AA-T--A
** * * *
5055 AATTAATTCGGTGAAAATAGAAAAACGA-ATTAGAAGCGT-GAAAAGCCTTTTAATTTTTTTGGC
125 AATT--TTCGGAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTAG-AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
* *
5118 GTCGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGTAAAAAATTGAGAAAAAATCTTTCAAGTCA
187 GTCGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATCTTTAAAGTCA
5180 GTTATTGCTA
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 27, Indels: 16
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
286 2 0.01
287 23 0.11
288 69 0.32
289 13 0.06
290 1 0.00
292 14 0.07
293 76 0.35
294 17 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (289 bp):
CTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCC
CAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTAAGAAATAAATTTT
CGGAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTAGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTCGAATTA
TATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATCTTTAAAGTCAATTTTTGCAAAA
TTTTAGCTAAAAACGCTCCGAGGCTCTAG
Found at i:23221 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 23160--23222 Score: 83
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
23150 GACAATAAAG
* *
23160 GTCTTGATTTTGGAAATTCATAGGATAAAAT
1 GTCTTGATTTTGGAAATTCAAAGGACAAAAT
*
23191 GTCTTGATTTTGGAAGTTCAAATGG-CAAAAT
1 GTCTTGATTTTGGAAATTCAAA-GGACAAAAT
23222 G
1 G
23223 GCTAATAGAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 26 0.93
32 2 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (31 bp):
GTCTTGATTTTGGAAATTCAAAGGACAAAAT
Done.