Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012842.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12863, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 68357
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.18, T:0.32
Found at i:2629 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 2521--2656 Score: 218
Period size: 66 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
2511 AATTTTTTTT
* * * *
2521 ATTTGTTAAATTAGTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTATACCTCATTGTTGATAGAAAATAATTATGT
1 ATTTGTTAAATTAGTCCTCTTCTTCTTCTTCCCTATAACTCATTGTTGATAGAAAATAATTATGC
2586 A
66 A
* *
2587 ATTTGTTTAATTAGTCCTCTTCTTCTTCTTCCCTATAACTCATTGTTGATAGAAAGTAATTATGC
1 ATTTGTTAAATTAGTCCTCTTCTTCTTCTTCCCTATAACTCATTGTTGATAGAAAATAATTATGC
2652 A
66 A
2653 ATTT
1 ATTT
2657 TGTTGTTGTT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 6, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 64 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (66 bp):
ATTTGTTAAATTAGTCCTCTTCTTCTTCTTCCCTATAACTCATTGTTGATAGAAAATAATTATGC
A
Found at i:5140 original size:395 final size:393
Alignment explanation
Indices: 4404--5459 Score: 1281
Period size: 395 Copynumber: 2.6 Consensus size: 393
4394 TTGGCACAAA
* * *
4404 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAATCCAAAATTTATACTGATAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAACTAGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTA---TATAATAATCCTATA
* * **
4469 AGAAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCATGGTTTAACTTTAA
63 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGC--GG----GGTTTAA
* *
4534 GGGTTGATATGTGTACGCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGG
122 GGGTTGATATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGG
* * * * * * *
4595 GTACGTGTCAACTTTTTAATCTGTTTATGGAGTCCATAATTTACACTGACAGTACTTTATTCTAT
187 GTATGTGTCAACTTTTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTG--A-TAGTGTATTGTAT
* * * *
4660 AATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATATCCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTCCACGTGCAGGA
249 AATAATCATATAACAAAAATTATACAATATCCGTCAATGGAGTTTAGCAGACTCCACGTGCAGGA
* *
4725 TTTAAGAGTTGACATGTGTCCACTTAAGG-AATACGTATTAAT-ATTAAATATTTATTTAATTAT
314 TTTAAGAGTTGACATGTGTCCACTT-AGGAAATACGTATTAATAATT-AATATCTAATTAATTAT
**
4788 GAAATGGGGTATCTGTC
377 GAAATAAGGTATCTGTC
* *
4805 AACTTCTTAACTTGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTAT-TAATAATACTATAAGA
1 AACTTCTTAACTAGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTATATAATAATCCTATAAGA
* * * * *
4869 AAAATCATCCAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTATACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACA
66 AAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGATA
*
4934 TGTATCCCCTTAGGGAATAT-TATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATTGGGTATGTGT
131 TGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAA-TGGGTATGTGT
* **
4998 CAACTTCTTAACCCGCATATGGAGTCCAAAATTTACACTGATAGTGTATTGTATAATAATCATAT
195 CAACTTTTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGATAGTGTATTGTATAATAATCATAT
* * *
5063 AAAACAAAAATTATACAATA-CATTGTCAATGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-GGTGTTTAAG
260 --AACAAAAATTATACAATATC--CGTCAATGGAGTTTAGCAGACTCCACGTGCAGG-ATTTAAG
* * * *
5126 GGTTGACATGTGTCCTCTTAGGAAATATGTATTAATAATTTATATCTAATTAATTATGAAATAAG
320 AGTTGACATGTGTCCACTTAGGAAATACGTATTAATAATTAATATCTAATTAATTATGAAATAAG
*
5191 GTATGTGTC
385 GTATCTGTC
* * * * *
5200 AACTTCTTAACCCAG-TTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTGTTGTATAATAATCCTAC
1 AACTTCTTAA-CTAGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACA--GTG-TATATAATAATCCTAT
* * ** *
5264 AAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAAACTGTACGTGCATGGTTTAAGGATT
62 AAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCGGGGTTTAAGGGTT
*
5329 GATATGTGTCCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTAT-ACAATGGGTA
127 GATATGTGT-CCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA-AATGGGTA
* *
5393 TGTGTCAACTTTTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTTGTATAATAA
190 TGTGTCAACTTTTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGATAGTGTA-TTGTATAATAA
5458 TC
254 TC
5460 CTTATTATAA
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 66, Indels: 42
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
390 15 0.03
391 30 0.05
392 21 0.04
393 2 0.00
394 34 0.06
395 170 0.30
396 5 0.01
397 59 0.10
398 3 0.01
399 73 0.13
400 70 0.12
401 86 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (393 bp):
AACTTCTTAACTAGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTATATAATAATCCTATAAGA
AAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGATA
TGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGTATGTGTC
AACTTTTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGATAGTGTATTGTATAATAATCATATA
ACAAAAATTATACAATATCCGTCAATGGAGTTTAGCAGACTCCACGTGCAGGATTTAAGAGTTGA
CATGTGTCCACTTAGGAAATACGTATTAATAATTAATATCTAATTAATTATGAAATAAGGTATCT
GTC
Found at i:5222 original size:201 final size:197
Alignment explanation
Indices: 4404--5461 Score: 1233
Period size: 200 Copynumber: 5.3 Consensus size: 197
4394 TTGGCACAAA
* * * *
4404 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAATCCAAAATTTATACTGATAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* *
4469 AGAAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCATGGTTTAACTTTAA
66 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC--GG--T--GTTTAA
* * * *
4534 GGGTTGATATGTGTACGCTTAGGGAATATGTATTAATATTAA-A--TATTTAATTATGAAATGGG
125 GGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
*
4596 TACGTGTC
190 TATGTGTC
* * * * * * *
4604 AACTTTTTAATCTGTTTATGGAGTCCATAATTTACACTGACAGTACTTTATTCTATAATAATCCT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAG---TGTATTGTATAATAATCCT
* * * * *
4669 ATAAGAAAAATTATACAATA-TCCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTCCACGTGCAGG-ATTTAAGA
63 ATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-GGTGTTTAAGG
* * * *
4732 GTTGACATGTGTCCACTTAAGGAATACGTATTAATATTAAATATTTATTTAATTATGAAATGGGG
127 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT-AATATTTAATTAATTATGAAAT-GGG
*
4797 TATCTGTC
190 TATGTGTC
** * *
4805 AACTTCTTAACTTGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTA---T-TAATAATACTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* * * ** *
4866 AGAAAAATCATCCAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTATACGTGCGGGGTTTAAGGGTTG
66 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGTGTTTAAGGGTTG
*
4931 ACATGTATCCCCTTAGGGAATAT-TATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATTGGGTATG
131 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT-AATATTTAATTAATTATGAAA-TGGGTATG
4995 TGTC
194 TGTC
* * *
4999 AACTTCTTAACCCGCATATGGAGTCCAAAATTTACACTGATAGTGTATTGTATAATAATCATATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTAT-
* ** *
5064 AAACAAAAATTATACAATACATTGTCAATGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGTGTTTAAGGGT
65 -AAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGTGTTTAAGGGT
* * * * *
5129 TGACATGTGTCCTCTTAGGAAATATGTATTAATAATTTATATCTAATTAATTATGAAATAAGGTA
129 TGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGGTA
5194 TGTGTC
192 TGTGTC
* * *
5200 AACTTCTTAACCCAG-TTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTGTTGTATAATAATCCTAC
1 AACTTCTTAACCC-GCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTAT
* * * * *
5264 AAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAAACTGTACGTGC-ATGGTTTAAGGAT
65 AAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGT-GTTTAAGGGT
* *
5328 TGATATGTGTCCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTAT-ACAATGGGT
129 TGACATGTGT-CCCCTTAGGGAATATGTATTAATAT-TAATATTTAATTAATTATGA-AATGGGT
5392 ATGTGTC
191 ATGTGTC
* * *
5399 AACTTTTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTTGTATAATAATCCT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA-TTGTATAATAATCCT
5462 TATTATAAAG
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 95, Indels: 54
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
194 112 0.15
195 58 0.08
196 39 0.05
197 3 0.00
198 16 0.02
199 117 0.16
200 182 0.25
201 140 0.19
202 33 0.04
203 36 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (197 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGTGTTTAAGGGTTG
ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATATTTAATTAATTATGAAATGGGTATGTG
TC
Found at i:20104 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20067--20104 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
20057 GTAACAAGTC
20067 TTGACACGACACAGCACGT
1 TTGACACGACACA-CACGT
*
20086 TTGACACGATACA-ACGT
1 TTGACACGACACACACGT
20103 TT
1 TT
20105 CAAATATTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.33
19 12 0.67
ACGTcount: A:0.32, C:0.26, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
TTGACACGACACACACGT
Found at i:36507 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 36500--36531 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
36490 TTAAACGACG
36500 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
36532 CATGAGCAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:68131 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 68082--68136 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
68072 TTGGAACCAT
68082 ATGACCCAAAACCGAAAA
1 ATGACCC-AAACC-AAAA
*
68100 A-CACCCAAACCAAAA
1 ATGACCCAAACCAAAA
*
68115 ATGACCCAAACC-CAA
1 ATGACCCAAACCAAAA
68130 ATGACCC
1 ATGACCC
68137 GACATTTGAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 14 0.42
16 14 0.42
17 4 0.12
18 1 0.03
ACGTcount: A:0.51, C:0.36, G:0.07, T:0.05
Consensus pattern (16 bp):
ATGACCCAAACCAAAA
Done.