Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012850.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12871, whole genome shotgun sequence
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84 GGCGTTGAAT
94 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
119 TTTAAGTATT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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2 23 1.00
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TA
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2729 TTAGATTTAG
**
2739 ATTTAATTTGCTTTGCTTTATTTTTA
1 ATTTAATTTGCTTTGCTTTATAATTA
* *
2765 GTTTAA-TTG-TTTTCTTTATAATTA
1 ATTTAATTTGCTTTGCTTTATAATTA
2789 ATTTA
1 ATTTA
2794 TCTAATCCCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 2
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 16 0.67
25 3 0.12
26 5 0.21
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ATTTAATTTGCTTTGCTTTATAATTA
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4337 ATTAATTCGC
* ** * ** *
4347 AAAA-ATGGAAAAACGATATTAGAAGTC-TGAAAGGCCCTTTTATGTTTT-TGGCGTTAAATTAT
1 AAAAGATGAAAAAACGATATTATTAG-CGTGAAAAGCCCTTCAAT-TTTTATGGCATTAAATTAT
* * * ** * *
4409 ATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAATATTGAGGAAAAATTTTTCGGCTCAGTTTTTAGT-AG
64 ATATTTTTTCCGAGTATTGTGG-CAAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTA-TCCG
* * * *** * * * * * ** *
4473 AAATCGCG-TAGTAACT-ATTA-C-TGCTTTTTGGCTAAAAACACATTCCGGGGGCACGGCTTAG
127 AAATCGTGTTACTAACTAATTATCACGAGCTTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCCCAACTCAG
* ** * * *
4534 ATTTGCATAATTTTTTGTATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
192 TTTTGCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
* *
4599 ACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGTGTATGAATCTTGTTCAATTTAATTAGAAATTAAT
257 ACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGTATATGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * * *
4664 TCGGAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCCTTCGATGGTTTTGGCGTTGAATTA
322 TCGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTA
* * * * *
4729 TATA--TTTTTCTAAGTATTTTTGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCGG
387 TATATTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGCAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG
** * * * * *
4792 AAAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGAGCCCCGACTCGGTTTT
452 AAAATCGTGTACTAACCAACACGAGAATTGGATAAAAACACATTCCGGAGCCCCAACTCAGTTAT
* ** * **
4857 GCTTGATTTTTTGCGTATAGTGTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCTGGT
517 GCTTGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGT
* * * * *
4922 TTGCTTGAAGGATATGCTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGTAATAAATTCG
582 TGGATTGAAGGATATGTTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATAAGAAATAAATTCG
*
4987 AA
647 GA
* * * * * * * *
4989 AAAAGATG-GAAAACGATCTTATTTGTGTGAAAAGCACTTCAAATTTTATGGCGTTAAATTGTAT
1 AAAAGATGAAAAAACGATATTATTAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTATGGCATTAAATTATAT
* * * *
5053 A-TTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGGGGAAAAACCTTTCGGGTCAGGTTTTTAGCCGAAA
66 ATTTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGGATCA-GTTTTTATCCGAAA
* * *
5117 TCATG-TACTAACTAATTATCACG-GTCTTTGGCTAAAACCGCATTCCGGGGGCCCTAACTCAGT
130 TCGTGTTACTAACTAATTATCACGAG-CTTTGGCTAAAACCGCGTTCC-GGGGCCCCAACTCAGT
* * * *
5180 TTTGCATGATTTTTTGAGTAAAAACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
193 TTTGCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
* * * * **
5245 CGTTGGATTTAAGGATATGTCTTTTCTAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGTTATTAAT
258 CGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGTATATGAATC-TTGTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
** * * * *
5310 TCGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAATCCCTTCAAGGTTTTTGGCATAGAA
322 TC-G--AAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAA
* * * *
5375 TTATATA-TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGATTTTAG
384 TTATATATTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGCAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAG
* * * * * * * **
5439 CC-TAAATCATGTACTAACCATCATGAGAATTGGCTAAAATA-GCGTTCCGTG-GCTTCAACTCA
449 CCGAAAATCGTGTACTAACCAACACGAGAATTGGATAAAA-ACACATTCCG-GAGCCCCAACTCA
* * * * * *
5501 GTTTTG-TATGATTTTTTTTGCGTAAAGACTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAATCAAATCTC
512 GTTATGCT-TGA--TTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* * * **
5565 AGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTTAC-AGCAAATGAATCTTGTTTTGATTTAATTAAT
574 AGCCACGTTGGATTGAAGGATATG--TTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAA-T-A-
*
5629 TAGAAATTAATTCGG-
634 -AGAAATAAATTCGGA
* ** * * ** *
5644 AAAA-ATGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCTCTTCAATGTTTT-TGGTGTTGAATTATA
1 AAAAGATGAAAAAACGATATTATTAGCGTGAAAAGCCCTTCAAT-TTTTATGGCATTAAATTATA
* * * ** * * * * *
5707 TATTTTTTCTGAGTATTTGTGACCAAAAAACTGA-TGAAAAATTTTTAGGGTCTGTTTTTAGCAG
65 TATTTTTTCCGAGTA-TTGTG-GCAAAAAATTGAGT-AAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTATCCG
* * * * ** * ** ** *
5771 AAATCGTG-TAGTAACT-ATTAT---GTGTTTTGGCTAAAAACGTATTCTGGGGGTCCGGCTTAG
127 AAATCGTGTTACTAACTAATTATCACGAGCTTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCCCAACTCAG
* * * * * * *
5831 TTTTGCATAATTTTTTGTGTAAAGGCTCTTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCC
192 TTTTGCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
*
5896 ACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTTCGAGTGTATGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAA
257 ACGTTGGATTTAAGGATATG-TTTTTTCGAGTATATGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAA
*
5961 TTC---------GAAAAA--A-A-T------G-GAAAA-----TCGATGTTTTTGGCGTTGAATT
321 TTCGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATT
* *
6001 ATATA-TTTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGCAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
386 ATATATTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGCAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
* ** **
6065 GAAAATCGTGTACTAACCAACACGGGTTTTGGATAAAAACACATTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTA
451 GAAAATCGTGTACTAACCAACACGAGAATTGGATAAAAACACATTCCGGAGCCCCAACTCAGTTA
* * * *
6130 TGCTTGATTTTTTGTGTAAAGTCTCCTTCAAATATCTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCG
516 TGCTTGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACG
* *
6195 TTGGATTGAAGGATATGTTTTTCCGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATAAGAAATAAATTC
581 TTGGATTGAAGGATATGTTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATAAGAAATAAATTC
*
6260 GAA
646 GGA
* * * *
6263 AAAAGATGGAAAAACGATCTTATTTGTGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTATGGCATTAAATTATAT
1 AAAAGATGAAAAAACGATATTATTAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTATGGCATTAAATTATAT
6328 ATTTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTATCCGAAAT
66 ATTTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTATCCGAAAT
* * *
6393 TGTGTTACTAATTAATTATCACGGGCTTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCCCAACTCAGTTTT
131 CGTGTTACTAACTAATTATCACGAGCTTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCCCAACTCAGTTTT
*
6458 GCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAT
196 GCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGT
* * *
6523 TGGATTTAGGGATATGTTTTTTCGAGTATATTAATCTTTTCTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-
261 TGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGTATATGAATCTTGT-TCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
* * *
6587 AGAAAAATGGAAGAATGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATA
325 A-AAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATA
* * * *
6652 TA-TTTCTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGGAAAAATTTTTGCGGGGCAGATTTTAGCCG-
389 TATTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGCAAAAATTTTT-CGGGTCAGTTTTTAGCCGA
* * * * * * *** *
6715 AAATCGTGTACTAACCATCATGAGAATTGGCTAAAATA-GCGTTCTGTG-GCTTTAACTCAGTTT
453 AAATCGTGTACTAACCAACACGAGAATTGGATAAAA-ACACATTCCG-GAGCCCCAACTCAGTTA
* * * *
6778 TG-TATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCAC
516 TGCT-TGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
* * * * *
6842 GTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCC-AGCAAATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
580 GTTGGATTGAAGGATATG-TTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATAAGAAATAAAT
6906 TCGG-
644 TCGGA
** * * ** * *
6910 AAAA-ATGAAAAAACGATATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTCAATGTTTT-TGGTGTTGAATCATA
1 AAAAGATGAAAAAACGATATTATTAGCGTGAAAAGCCCTTCAAT-TTTTATGGCATTAAATTATA
** * ** * * * *
6973 TA-TTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAACTGA-TGAAAAATTTTTCGGGTCTGTTTTTAGCAGA
65 TATTTTTTCCGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGT-AAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTATCCGA
* * * * * * * * * ** *
7036 AATCGTG-TAGTAACTAACTATTATGTGTTTTGGCTAAAAACGCATTCTGGGAG-CCCGGCTTAG
128 AATCGTGTTACTAACTAATTATCACGAGCTTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGG-GCCCCAACTCAG
*** * * * * * *
7099 TTTTGCATAATTTTTTTTATAAAGACTCTTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAAACTTAGCC
192 TTTTGCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
*
7164 ACGTTGGATTTAAGGATATGGTTTTTTCGAGTGTATGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAA
257 ACGTTGGATTTAAGGATAT-GTTTTTTCGAGTATATGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* *
7229 TTCGAAAAAATGGAAAAAGGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCGATGTTTTTGGCGTTGAATT
321 TTCGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATT
* * * *
7294 ATATATTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGCTAAAATTTTTCAGGTCAG-TTTTAGCC
386 ATATATTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGCAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
* ** **
7358 GAAAATCGTGTACTAACCAACACGGGTTTTGGATAAAAACACATTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTA
451 GAAAATCGTGTACTAACCAACACGAGAATTGGATAAAAACACATTCCGGAGCCCCAACTCAGTTA
* * *
7423 TGCTTGATTTTTTGTGTAAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCG
516 TGCTTGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACG
* * * *
7488 TTGGACTGAAGGATATGTTTTCCCGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATAAGAAATAAATTC
581 TTGGATTGAAGGATATGTTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATAAGAAATAAATTC
7553 GGA
646 GGA
** * * * *
7556 AAAAGATGGGAAAACGATCTTATTTGTGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTATGGCATTAAATTTTAT
1 AAAAGATGAAAAAACGATATTATTAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTATGGCATTAAATTATAT
* *
7621 A-TTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGTAAAAACCTTTCGGATCAGTTTTCATCCGAAAT
66 ATTTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTATCCGAAAT
*
7685 CGTGTTACTAACTAATTATCACGAGCTTTGGTTAAAACCGCGTTCCGGGGCCCCAACTCAGTTTT
131 CGTGTTACTAACTAATTATCACGAGCTTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCCCAACTCAGTTTT
*
7750 GCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACGT
196 GCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGT
* * * *
7815 TGGATTTAAGGAAATTTTTTTTTCGAGCATAGGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
261 TGGATTTAAGGATA-TGTTTTTTCGAGTATATGAATCTTG-TTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
*
7880 GGAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATA
324 GAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATA
* *
7945 TATTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGTAAAAATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
389 TATTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGCAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
* * * * * * *
8010 AATCGTGTACTAACCATCAC-AAAATTTGGCTAAAACCGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAGCTT-T
454 AATCGTGTACTAACCAACACGAGAA-TTGGATAAAAACACATTCCGGAGCCCCAACTCAG-TTAT
* * *
8073 GCATGATTTTTTGCGT-AAG--------AAATTTCCATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGT
517 GCTTGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGT
* * * * * * *
8129 TGGATTTAAGAATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAA-AAATTAATTT
582 TGGATTGAAGGATATGTTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAA-TAAGAAATAAATTC
8193 GGA
646 GGA
* * * *
8196 AAAA-AT-AGAAAAACGATATTATTAGCGGGAAAATCCCTTCAATGATTT-TGGCGTTAAATTAT
1 AAAAGATGA-AAAAACGATATTATTAGCGTGAAAAGCCCTTCAAT-TTTTATGGCATTAAATTAT
* * ** *
8258 ATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTATCCGAA
64 ATATTTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTATCCGAA
8323 TTAAGGATAT
Statistics
Matches: 2764, Mismatches: 464, Indels: 214
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
618 50 0.02
619 20 0.01
620 64 0.02
621 7 0.00
622 44 0.02
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624 81 0.03
625 50 0.02
626 1 0.00
629 5 0.00
630 1 0.00
632 5 0.00
634 1 0.00
635 1 0.00
636 2 0.00
637 1 0.00
638 1 0.00
639 46 0.02
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647 203 0.07
648 352 0.13
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655 44 0.02
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658 22 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (648 bp):
AAAAGATGAAAAAACGATATTATTAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTATGGCATTAAATTATAT
ATTTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTATCCGAAAT
CGTGTTACTAACTAATTATCACGAGCTTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCCCAACTCAGTTTT
GCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGT
TGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGTATATGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGA
AAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATA
TTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGCAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAA
TCGTGTACTAACCAACACGAGAATTGGATAAAAACACATTCCGGAGCCCCAACTCAGTTATGCTT
GATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGA
TTGAAGGATATGTTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATAAGAAATAAATTCGGA
Found at i:7673 original size:321 final size:320
Alignment explanation
Indices: 4328--8322 Score: 3967
Period size: 321 Copynumber: 12.5 Consensus size: 320
4318 GCAATTAGCC
* * * * **
4328 TAATTATAAATTAATTC-GCAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGTC-TGAAAGGCCCTTTTATG
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAG-CGTGAAAAGCCCTTCAATG
* * *
4391 TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAATATTGAGGAAAAATTTTTC
65 TTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGG-CAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTC
* ** * * * ** ** * *
4456 GGCTCAGTTTTTAGTAGAAATCGCGTAGTAACTATTACTGCTTTTTGGCTAAAAACACATTCCGG
128 GGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAACAC-GAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG
* * * ** * * * ** * * *
4521 GGGCACGGCTTAGATTTGCATAATTTTTTGTATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
192 AGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATCTAA
** *
4586 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGTGTATGAATCTTG-TTCAATT
257 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
* * *
4649 TAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCCTTCGATGG
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
* * * *
4713 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTAAGTATTTTTGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGG
66 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTCGGG
* *
4778 TCAGTTTTTAGCGGAAAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGAGC
131 TCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGC
* * * * ** *
4843 CCCGACTCGGTTTTGCTTGATTTTTTGCGTATAGTGTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCA
195 CCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATCTAACCA
* ** * * * * *
4908 AATCTCAGTCTGGTTTGCTTGAAGGATATGCTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
260 AATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
* * * * * *** * *
4969 TAATAAGTAATAAATTCGAAAAAAGATGG-AAAACGATCTTATTTGTGTGAAAAGCACTTCAAAT
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-ATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTC-AAT
* * * * * * **
5033 -TTTATGGCGTTAAATTGTATATTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGGGGAAAAACCTTTCG
64 GTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTCG
* * * *
5097 GGTCAGGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTAATTATCACG-GTCTTTGGCTAAAACCGCATT
129 GGTCA-GTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC-CA--A-CACGAGT-TTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * * *
5161 CCGGGGGCCCTAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGAGTAAAAACTCCTTGAAATTTCTATATTCA
188 CC-GGAGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCA
* * *
5226 TCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTCTTTTCTAGCATATGAATCTTTTTTC
252 TCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTC
5291 GATT
317 GATT
** ** * *
5295 TAATTAGTTATTAATTCGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAATCCCTTCAAG
1 TAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAAT
* * *
5360 GTTTTTGGCATAGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC
64 GTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTC
* * * * * **
5425 GGGTCAGATTTTAGCCTAAATCATGTACTAACCATCATGAGAATTGGCTAAAATA-GCGTTCCGT
128 GGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAA-ACGCGTTCCG-
** * * * *
5489 G-GCTTCAACTCAGTTTTGTATGATTTTTTTTGCGTAAAGACTCCCTGAAATTTCTATATTTATC
191 GAGCCCCAACTCAGTTTTGCATGA--TTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATC
* * *
5553 TAATCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTTAC-AGCAAATGAATCTTGTTTT
254 TAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATG-TTTTTT-CGAGCATATGAATCTTGTTTC
5617 GATTTAAT
317 GA--T--T
* * *
5625 TAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCTCTTCAATGT
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
* * *
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66 TTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTA-TTGTG-GCAAAAAATTGAGT-AAAAATTTTT
* * * * * ** * * ** *
5753 AGGGTCTGTTTTTAGCAGAAATCGTGTAGTAACTATTATGTGTTTTGGCTAAAAACGTATTCTGG
127 CGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG
* ** ** * * * * * *
5818 GGGTCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTTGTGTAAAGGCTCTTTCAAATATCTATATTCATCTAA
192 AGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATCTAA
* **
5883 CCAAATCTTAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTTCGAGTGTATGAATCTTG-TTCGATT
257 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATG-TTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
*
5947 TAATTAGAAATTAATTC----------GAAAAA--A-A-T------G-GAAAA-----TCGATGT
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
* *
5986 TTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGCAAAAATTTTTCG
66 TTTTGGCGTTGAA-T-TATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTCG
* * * *
6050 GGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCAACACGGGTTTTGGATAAAAACACATTCCGGA
129 GGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGA
** * * * * * *
6115 GCCCCGGCTCAGTTATGCTTGATTTTTTGTGTAAAGTCTCCTTCAAATATCTAAATTCATCTAAC
193 GCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATCTAAC
* * * * **
6180 CAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGAAGGATATGTTTTTCCGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATT
258 CAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
* * * * *** *
6243 TAATAAGAAATAAATTCGAAAAAAGATGGAAAAACGATCTTATTTGTGTGAAAAGCCCTTCAAT-
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-ATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATG
* * * **
6307 TTTTATGGCATTAAATTATATATTTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAACCTTTC
65 TTTT-TGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTC
* * * ** * * *
6372 GGATCAGTTTTTATCCGAAATTGTGTTACTAATTAATTATCACGGGCTTTGGCTAAAACCGCGTT
128 GGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTG-TACTAA-CCA--A-CACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * *
6437 CCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCAT
188 CCGGAGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCAT
* * * *
6502 CTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAGGGATATGTTTTTTCGAGTATATTAATCTT-TTCTC
253 CTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTT-TC
6566 GATT
317 GATT
* * * *
6570 TAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATGGAAGAATGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATGT
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
* * *
6634 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTCTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGGAAAAATTTTTGCG
66 TTTTGGCGTTGAATTATATATTT-TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTT-CG
* * * * ** *
6699 GGGCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGAGAATTGGCTAAAATA-GCGTTCTGTG
129 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAA-ACGCGTTCCG-G
*** * * *
6763 -GCTTTAACTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTTATCTAA
192 AGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATCTAA
* * *
6827 TCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCCAGCAAATGAATCTTGTTTCGATT
257 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
* * * *
6891 TAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTCAATGT
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
* * * *
6955 TTTTGGTGTTGAATCATATATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAACTGA-TGAAAAATTTTTCG
66 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGT-AAAAATTTTTCG
* * * * * * *
7019 GGTCTGTTTTTAGCAGAAATCGTGTAGTAACTAACTATTATGTGTTTTGGCTAAAAACGCATTCT
129 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAAC----ACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTC-
* ** * * *** * *
7084 GGGAG-CCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTTTTATAAAGACTCTTTCAAATATCTATATTCATC
189 CGGAGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATC
* * **
7148 TAACCAAAACTTAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGGTTTTTTCGAGTGTATGAATCTTG-TTCG
254 TAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATAT-GTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCG
7212 ATT
318 ATT
* *
7215 TAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAATGGAAAAAGGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCGATGT
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
7279 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGCT-AAAATTTTTC
66 TTTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-TAAAAATTTTTC
* * * * *
7343 AGGTCAG-TTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCAACACGGGTTTTGGATAAAAACACATTCCGG
128 GGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG
** * * * * *
7407 AGCCCCGGCTCAGTTATGCTTGATTTTTTGTGTAAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAA
192 AGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATCTAA
* * * ** * **
7472 CCAAATCTCAGCCTCGTTGGACTGAAGGATATGTTTTCCCGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATT
257 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
* * * * *** *
7536 TAATAAGAAATAAATTCGGAAAAAGATGGGAAAACGATCTTATTTGTGTGAAAAGCCCTTCAAT-
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-ATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATG
* * * * * **
7600 TTTTATGGCATTAAATTTTATATTTTTCCGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGTAAAAACCTTTCG
65 TTTT-TGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTCG
* * * * * * *
7665 GATCAGTTTTCATCCGAAATCGTGTTACTAACTAATTATCACGAGCTTTGGTTAAAACCGCGTTC
129 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTG-TACTAAC-CA--A-CACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * *
7730 CGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAGATTTCTATATTCATT
189 CGGAGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATC
* * *
7795 TAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAAATTTTTTTTTCGAGCATAGGAATCTTGTTTCG
254 TAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATA-TGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCG
7860 ATT
318 ATT
7863 TAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
* * *
7927 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAACTGAGTAAAAATATTTCG
66 TTTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTCG
* * ** * *
7992 GGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACAAAATTTGGCTAAAACCGCGTTCCCGA
129 GGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGA
* *
8057 GCCCCAACTCAGCTTTGCATGATTTTTTGCGT-AAG--------AAATTTCCATATTCATCTAAC
193 GCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATCTAAC
* *
8113 CAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTTTTTCGATT
258 CAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
* * * ** * * *
8176 TAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAATAGAAAAACGATATTATTAGCGGGAAAATCCCTTCAATGA
1 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
* *
8241 TTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGG
66 TTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTCGG
*
8306 GTCAGTTTTTATCCGAA
130 GTCAGTTTTTAGCCGAA
8323 TTAAGGATAT
Statistics
Matches: 3044, Mismatches: 513, Indels: 243
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
295 54 0.02
296 147 0.05
297 29 0.01
298 1 0.00
299 5 0.00
302 5 0.00
307 6 0.00
309 2 0.00
310 1 0.00
311 2 0.00
312 2 0.00
313 108 0.04
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317 1 0.00
318 5 0.00
319 155 0.05
320 123 0.04
321 577 0.19
322 78 0.03
323 191 0.06
324 214 0.07
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328 85 0.03
329 126 0.04
330 18 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (320 bp):
TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGT
TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATTTTTCGGG
TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCC
CCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATTTCTATATTCATCTAACCAA
ATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
Found at i:8477 original size:189 final size:189
Alignment explanation
Indices: 8134--8511 Score: 514
Period size: 189 Copynumber: 2.0 Consensus size: 189
8124 CACGTTGGAT
* * *
8134 TTAAGAATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAA
1 TTAAGAATATGTCTTTTCGACCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTGAAAAA
* ** * *
8199 AATAGAAAAACGATATTATTAGCGGGAAAATCCCTTCAATGATTTTGGCGTTAAATTATATATTT
66 AATAGAAAAACAATATTAGAAACGGGAAAATCCCTTCAATGATTTTGGCGTTAAATTATATATAT
* * * *
8264 TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAA-ATTTTTCGGGTCAGTTTTTATCCGAA
131 TTTCCGAGTAATGTGCCAAAAAATTGAGGAAAATATTTTT-GGGTCAGTTTTTAGCCGAA
* *
8323 TTAAGGATATGTCTTTTCGACCATATGAATCTTATTTT-GATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAA
1 TTAAGAATATGTCTTTTCGACCATATGAATCTT-TTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTT-GAAA
* * *
8387 AAAATGGAAAAACAATATTAGAAACGTGAAAA-CCCTTCAACCT-ATTTT-GCGTTGAATTATAT
64 AAAATAGAAAAACAATATTAGAAACGGGAAAATCCCTTCAA--TGATTTTGGCGTTAAATTATAT
*
8449 ATATTTTCCGAGTAATGTGCCGAAAAATTGAGGAAAATATTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
127 ATATTTTCCGAGTAATGTGCCAAAAAATTGAGGAAAATATTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
8512 ATCTCCAACC
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 18, Indels: 10
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
189 121 0.73
190 44 0.27
191 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (189 bp):
TTAAGAATATGTCTTTTCGACCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTGAAAAA
AATAGAAAAACAATATTAGAAACGGGAAAATCCCTTCAATGATTTTGGCGTTAAATTATATATAT
TTTCCGAGTAATGTGCCAAAAAATTGAGGAAAATATTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
Found at i:8784 original size:506 final size:500
Alignment explanation
Indices: 7834--8822 Score: 1243
Period size: 506 Copynumber: 2.0 Consensus size: 500
7824 GGAAATTTTT
* * * *
7834 TTTTCGAGCATAGGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATGGAAAAACGAT
1 TTTTCGACCATAGGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATGGAAAAACAAT
** * * *
7899 ATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTAAGTATTG
66 ATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATTTTCCAAGTAATG
* * * *
7964 TGGCAAAAAACTGAGTAAAAATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCA
131 TGCCAAAAAACTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATC--GTACCAACCAACA
*
8029 CAAAATTTGGCTAAAACCGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAGCTTTGCATGATTTTTTGCGTAAGAA
194 CAAAATTTGGATAAAACCGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAGCTTTGCATGATTTTTTGCGTAAGAA
* *
8094 ATTTCCATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATATGTTTTTTCGAGCATA
259 ATTTCCATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCACGTTGGATTAAAGAATATGTTTTTTCGAGCATA
* **
8159 TGAATCTTTTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAATAGAAAAACGATATTATTAGCGG
324 TGAATCTTTTTTAGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAATAGAAAAACGATATTAAAAGCGG
* * * *
8224 GAAAATCCCTTCAATGATTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
389 GAAAAGCCCTTCAATGATTTTGGCATTAAATTATATAATTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATT
*
8289 GAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTATCCGAATTAAGGATATGTC
454 GAGGAAAAATTTTTCGGGCCAGTTTTTATCCGAATTAAGGATATGTC
* *
8336 TTTTCGACCATATGAATCTTATTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGGAAAAACA
1 TTTTCGACCATAGGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCG-AAAAAATGGAAAAACA
*
8401 ATATTAGAAA-CGTGAAAA-CCCTTCAACCTATTTT-GCGTTGAATTATATA-TATTTTCCGAGT
64 ATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACCT-TTTTGGCGTTGAATTATATATTATTTTCCAAGT
* * *
8462 AATGTGCCGAAAAATTGAGG-AAAATATTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATC-T-CCAACCA
127 AATGTGCCAAAAAACTGAGGAAAAATA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTACCAACCA
** * * * * * * *
8523 ACACAAGTTTTGGATAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGA-TCGGTTTTGCTTGA-TTTTTGACAT
191 ACACAAAATTTGGATAAAACCGCGTTCCCGAGCCCC-AACTCAGCTTTGCATGATTTTTTG-C--
* * *
8586 AAAGTCTCCAGCAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCCCAG-CATCGTTGGATTAAAGGATAT
252 ---G--T-AAG-AAATTTCCATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCA-CGTTGGATTAAAGAATAT
* * *
8650 GTTTTTTCGAGCATATGAAT-TTTCTTTAGATTTAATTACAGATTAATTTGGTAAAAAT-GCAAA
309 GTTTTTTCGAGCATATGAATCTTT-TTTAGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAATAG-AAA
* *
8713 AACGATATTAAAAGTC-TGAAAAGCCCTTCAATG-TTTTCGGCATTGAATTATATAATTTTTCTG
372 AACGATATTAAAAG-CGGGAAAAGCCCTTCAATGATTTT-GGCATTAAATTATATAATTTTTCTG
8776 AATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCAGTTTTTA
435 AATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCAGTTTTTA
8823 GTTGAAATCG
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 47, Indels: 38
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
496 6 0.01
497 47 0.11
498 2 0.00
501 11 0.03
502 84 0.20
503 28 0.07
504 33 0.08
505 15 0.04
506 192 0.46
507 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (500 bp):
TTTTCGACCATAGGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATGGAAAAACAAT
ATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATTTTCCAAGTAATG
TGCCAAAAAACTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTACCAACCAACACA
AAATTTGGATAAAACCGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAGCTTTGCATGATTTTTTGCGTAAGAAAT
TTCCATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCACGTTGGATTAAAGAATATGTTTTTTCGAGCATATG
AATCTTTTTTAGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAATAGAAAAACGATATTAAAAGCGGGA
AAAGCCCTTCAATGATTTTGGCATTAAATTATATAATTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGA
GGAAAAATTTTTCGGGCCAGTTTTTATCCGAATTAAGGATATGTC
Found at i:9268 original size:320 final size:320
Alignment explanation
Indices: 8328--10418 Score: 1611
Period size: 320 Copynumber: 6.6 Consensus size: 320
8318 CCGAATTAAG
* * * *
8328 GATATGTCTTTTCGACCATATGAATCTTATTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCGAAAAAAATG
* * * *
8393 GAAAAACAATATTAGAAA-CGTGAAAA-CCCTTCAACCTATTTT--GCGTTGAATTATATATATT
65 GAAAAACGATATTA-AAAGCCTGAAAAGCCCTTCAA--TGTTTTAGGCATTGAATTATATAT-TT
** * * * * *
8454 TTCCGAGTAATGTGCCGAAAAATTGAGGAAAATATTTTT-GGGTCAGTTTTTAGCCGAAATC---
126 TTTTGAGTATTGTGCCAAAAAATTGAGGAAAA-ATTTTTCAGGCCAGTTTTTAGCAGAAATCGTG
* * * * ** ** * * * * ** * *
8515 T-CCAACCAACACAAGTTTTGGATAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGATCGGTTTTGCTTGA-TT
190 TACTAACCATCACGAGATTTGGCCAAAAAAGCATTCCGAGGCCTCGGCTCAATTTTGCATAATTT
* * * * *
8578 TTTGACATAAAGTCT-CCAGCAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCCCAG-CATCGTTGGATT
255 TTTG-CGTAAAATCTCCCTG-AAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCA-CGTTGGATT
8641 -AAA
317 GAAA
* * * * * * **
8644 GGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATTTTCTTTAGATTTAATTACAGATTAATTTGGTAAAAATG
1 -GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATG
* * * *
8709 CAAAAACGATATTAAAAGTCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTCGGCATTGAATTATATAATTTTTC
65 GAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTAGGCATTGAATTATAT-ATTTTTT
* * * ** *
8774 TGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCAGTTTTTAGTTGAAATCGTATACT
129 TGAGTATTGTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCAGGCCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACT
* * * * ** * * * *
8839 AACCATCAC-AGGATTTGGCTAAAATAGCACTCCGCGGTTTCAGTTCAGTTTTGCATGATTTTTT
194 AACCATCACGA-GATTTGGCCAAAAAAGCATTCCGAGGCCTCGGCTCAATTTTGCAT-AATTTTT
* *
8903 TGCGTAAAAACTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTAGGATTGAAA
257 TGCGTAAAATCTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAA
* * * *
8967 GATGTGTTTTTTCCAGCATATGAATATTGTTTTC-ATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAATG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATG
* * * * ** *
9031 GAAAAACGATCTTAGAAA-CCTGGAAAGCACTTCAATGTTTTGGGTGTTTAATTAT-T-TTTTTT
65 GAAAAACGATATTA-AAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTAGGCATTGAATTATATATTTTTT
*
9093 TTAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTT-AGGCCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTA
129 TGAGTATTG-TGCCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTCAGGCCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTA
* ** * * * *
9157 GTAACTGTTACGGGTTTTGGCCAAAAAACGCATTCCGGGGGCCT-GGCTCAATTTTGCATAATTT
192 CTAACCATCACGAGATTTGGCCAAAAAA-GCATTCC-GAGGCCTCGGCTCAATTTTGCATAATTT
** * *** * * * * * *
9221 TTTGCGTAATTTTTTTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACATGTTGGATTTAT
255 TTTGCGTAAAATCTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAA
*
9286 G
320 A
** * * *
9287 GATATGTTTTTTCGAGTGTATGAATCTTG-TTCGATTTAACTAGAAATTTATTCGGAAAAAATGG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGG
* * * *
9351 AAAAACTATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCT
66 AAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTAGGCATTGAATTATATATTTTTT-T
** * * **
9416 GAGTATTGTGGGAAAAAATTGAAG-AAAATATTTCAGATCAGTTTTTAGTCA-AAATCGTG----
130 GAGTATTGTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCAGGCCAGTTTTTAG-CAGAAATCGTGTACT
* * * * * ** * *
9475 -----TCACGAAATTTGGCTAAAATAGCGTTCCGTGGATTCGGCTCAATTTTCCATGATTTTTTG
194 AACCATCACGAGATTTGGCCAAAAAAGCATTCCGAGGCCTCGGCTCAATTTTGCATAATTTTTTG
* * * * *
9535 TGTAAAACCTTCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAG
259 CGTAAAATCTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAA
* * * *
9597 GAAATTTTTTTTTCGAGCATAGGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCGGAAAAAAAT
1 GATA-TGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAAT
* * * *
9662 GGAAAAACGATATTAGAAGTCTGAAAAGCCTTTCAATGTTTTAGGCATTGAAATATATACTTTTT
64 GGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTAGGCATTGAATTATATA-TTTTT
* * * * *
9727 GTGACTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAATATTTTTCAAGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTA
128 TTGAGTATTG-TGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCAGGCCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTA
* * * * * * * * *
9792 CTAACCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACA-CATTTCGAAGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTT
192 CTAACCATCACGAGATTTGGCCAAAAA-AGCATTCCGAGGCCTCGGCTCAATTTTGCATAATTTT
* * * * * * *
9856 TTGCGTAAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGGCTCGTTGGATTGAAG
256 TTGCGTAAAATCTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAA
** *
9921 GATATGTTTTTTCGAGTGTATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAATGG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGG
* * ** * * * *
9985 AATAACGATATTAAAAGCATGAAAAGCCCTTTGATGTTTTTGGCGTGGAAATATATATTTTTTCT
66 AAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTAGGCATTGAATTATATATTTTTT-T
* * * * * *
10050 GAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAAG-AAAATTTTTCCGGTCAGTTTTGAGCCGAAAATCGTGTAC
130 GAGTATTGT-GCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCAGGCCAGTTTTTAGCAG-AAATCGTGTAC
* * * *
10114 T----A--A--A-A----G-C------GCATTCCG-GAGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTT
193 TAACCATCACGAGATTTGGCCAAAAAAGCATTCCGAG-GCCTCGGCTCAATTTTGCATAATTTTT
* * * * * * * *
10158 TACGTAAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGAAG
257 TGCGTAAAATCTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAA
*
10222 GATAT-TTTATTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATG
1 GATATGTTT-TTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATG
* *** * * *
10286 GAAAAACGATAATAGAACAAAGTG-AAAGCCCTTCAAT-CTTTATGACATTTAATTATATATTTT
65 GAAAAACGATATTA-AA-AGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTA-GGCATTGAATTATATATTTT
* * * * *** ** *
10349 TTCCGAGTATTGTGGCAAAACATTGAGGTAAAGCATTTC-GGATAAGTTTTTAGCCGAAATCGTG
127 TT-TGAGTATTGTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCAGG-CCAGTTTTTAGCAGAAATCGTG
10413 TACTAA
190 TACTAA
10419 ATAATTATCA
Statistics
Matches: 1445, Mismatches: 267, Indels: 137
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
300 3 0.00
301 141 0.10
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304 3 0.00
308 1 0.00
309 4 0.00
310 81 0.06
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (320 bp):
GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGG
AAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTAGGCATTGAATTATATATTTTTTTG
AGTATTGTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCAGGCCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA
CCATCACGAGATTTGGCCAAAAAAGCATTCCGAGGCCTCGGCTCAATTTTGCATAATTTTTTGCG
TAAAATCTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAA
Found at i:9983 original size:634 final size:627
Alignment explanation
Indices: 8336--10492 Score: 2157
Period size: 634 Copynumber: 3.4 Consensus size: 627
8326 AGGATATGTC
* * * *
8336 TTTTCGACCATATGAATCTTATTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGGAAAAACA
1 TTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCGAAAAAAATGGAAAAACG
* * * * *
8401 ATATTAGAAACGTGAAAACCCTTCAACCTATTTT-GCGTTGAATTATATATATTTTCCGAGTAAT
65 ATATTAGAAAC-TGAAAAGCCTTCAA--TGTTTTGGCGTTGAAATATATAT-TTTTCTGAGTATT
* * * *
8465 G-TGCCGAAAAATTGAGGAAAATATTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATC---T-CCAACCAAC
126 GTTGCCAAAAAATTGAGG-AAATATTTTTAGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCAAC
* * * * * * *
8525 ACAAGTTTTGGATAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGATCGGTTTTGCTTGA-TTTTTGACATAAA
190 ACGAGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTG-CGTAAA
** * *
8589 GTCTCCAGCAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCCCA-GCATCGTTGGATTAAAGGATATGTT
254 GTCTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCATCGTTGGATTAAAGGATATGTT
** * * * * * * * *
8653 TTTTCGAGCATATGAATTTTCTTTAGATTTAATTACAGATTAATTTGGTAAAAATGCAAAAACGA
319 TTTTCGAGTGTATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGA
* * * *
8718 TATTAAAAGTCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTCGGCATTGAATTATATAATTTTTCTGAATATTG
384 TATTAAAAG-CTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTG
* * * * ** *
8783 TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCAGTTTTTAGTTGAAATCGTATACTAACCATCAC
448 TGGAAAAAAATTGAAG-AAAATTTTTCAGGTCAGTTTTTAGTCAAAATCG--T-GT---CA-CA-
* * * *
8848 AGGATTTGGCTAAAATAGCACTCCGCGGTTTCAGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTTGCGTAAAAA
504 A--ATTTGGCTAAAATAGCATTCCG-GGATTCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCGTAAAAA
* * * *
8913 CTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTAGGATTGAA--AGATGTGTT
565 CTTCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAGGAAAT-TTTT
* * *
8975 TTTTCCAGCATATGAATATTGTTTTC-ATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAATGGAAAAACG
1 TTTTCGAGCATATGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGGAAAAACG
* * ** * * *
9039 ATCTTAGAAACCTGGAAAGCACTTCAATGTTTTGG-GTGTTTAAT-TATTTTTTTTTTAGTATTG
65 ATATTAGAAA-CTGAAAAGC-CTTCAATGTTTTGGCGT-TGAAATATATATTTTTCTGAGTATTG
* * * ****
9102 TTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTTAGGCCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTAGTAACTGTTA
127 TTGCCAAAAAATTGAGGAAATAT-TTTTAGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCAACA
* * * * * * * **
9167 CGGGTTTTGGCCAAAAAACGCATTCCGGGGGCCTGGCTCAATTTTGCATAATTTTTTGCGTAATT
191 CGAGTTTTGG-CTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTGCGTAAAG
* ** * * * *
9232 TTTTTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACAT-GTTGGATTTATGGATATGTTT
255 TCTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCATCGTTGGATTAAAGGATATGTTT
* * *
9296 TTTCGAGTGTATGAATCTTG-TTCGATTTAACTAGAAATTTATTCGGAAAAAATGGAAAAACTAT
320 TTTCGAGTGTATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGAT
9360 ATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT
385 ATTAAAAGC-TGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT
* * *
9425 GGGAAAAAATTGAAGAAAATATTTCAGATCAGTTTTTAGTCAAAATCGTGTCACGAAATTTGGCT
449 GGAAAAAAATTGAAGAAAATTTTTCAGGTCAGTTTTTAGTCAAAATCGTGTCAC-AAATTTGGCT
* * * * *
9490 AAAATAGCGTTCCGTGGATTCGGCTCAATTTTCCATGATTTTTTGTGTAAAACCTTCCTGAAATT
513 AAAATAGCATTCCG-GGATTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAAACTTCCTGAAATT
*
9555 TCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAAATTTTT
577 TCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAGGAAATTTTT
* *
9606 TTTTCGAGCATAGGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACG
1 TTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATGGAAAAACG
* * * *
9671 ATATTAGAAGTCTGAAAAGCCTTTCAATGTTTTAGGCATTGAAATATATACTTTTTGTGACTATT
65 ATATTAGAA-ACTGAAAAGCC-TTCAATGTTTT-GGCGTTGAAATATATA-TTTTTCTGAGTATT
*
9736 GTTGCCAAAAAATTGAGGAAATATTTTTCAAGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCAAC
126 GTTGCCAAAAAATTGAGGAAATATTTTT-AGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCAAC
* * **
9801 ACGAGTTTTGGCTAAAAACACATTTCGAAGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTGCGTAAAG
190 ACGAGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTGCGTAAAG
* *
9866 TCTCCTTCAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGGC-TCGTTGGATTGAAGGATATGTTT
255 TCTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCATCGTTGGATTAAAGGATATGTTT
* *
9930 TTTCGAGTGTATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATGGAATAACGAT
320 TTTCGAGTGTATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGAT
** * *
9994 ATTAAAAGCATGAAAAGCCCTTTGATGTTTTTGGCGTGGAAATATATATTTTTTCTGAGTATTGT
385 ATTAAAAGC-TGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT
* * *
10059 GGCAAAAAAATTGAAGAAAATTTTTCCGGTCAGTTTTGAGCCGAAAATCGTGT-----A-----C
449 GG-AAAAAAATTGAAGAAAATTTTTCAGGTCAGTTTTTAGTC-AAAATCGTGTCACAAATTTGGC
** *** * * ** *
10114 TAAAAGCGCATTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTTACGTAAAGTC-TCCTTCAAA
512 TAAAATAGCATTCCGG-GATTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAAACTTCC-TGAAA
* * * *
10178 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGAAGGATA-TTTT
575 TTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAGGAAATTTTT
* *
10230 ATTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGA
1 TTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGA
* * * * * * * *
10295 TAATAGAACAAAGTG-AAAGCCCTTCAATCTTTATGACATTTAATTATATATTTTTTCCGAGTAT
66 TATTAG---AAACTGAAAAG-CCTTCAATGTTT-TGGCGTTGAAATATATA-TTTTTCTGAGTAT
* * * * * * *
10359 TG-TGGCAAAACATTGAGGTAAAGCA--TTTCGGATAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAAT
125 TGTTGCCAAAAAATTGAGG-AAA-TATTTTTAGG-TCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACT-AAC
* * * * * ** *
10421 AATTATCACGTGCTTTGTCTAAAACCGCATTCCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTG
186 CA--A-CACGAGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTG
10486 CGTAAAG
248 CGTAAAG
10493 ATGATAAGTC
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 212, Indels: 102
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
622 1 0.00
623 64 0.05
624 95 0.08
625 94 0.07
626 3 0.00
627 55 0.04
630 68 0.05
631 79 0.06
632 47 0.04
633 9 0.01
634 204 0.16
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637 50 0.04
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640 32 0.03
641 119 0.09
642 98 0.08
643 9 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (627 bp):
TTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGA
TATTAGAAACTGAAAAGCCTTCAATGTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTCTGAGTATTGTTGC
CAAAAAATTGAGGAAATATTTTTAGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCAACACGAGT
TTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTGCGTAAAGTCTCCT
TCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCATCGTTGGATTAAAGGATATGTTTTTTCGA
GTGTATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAAA
AGCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAA
AATTGAAGAAAATTTTTCAGGTCAGTTTTTAGTCAAAATCGTGTCACAAATTTGGCTAAAATAGC
ATTCCGGGATTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAAACTTCCTGAAATTTCTATATTT
ATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTGAAGGAAATTTTT
Found at i:12999 original size:321 final size:321
Alignment explanation
Indices: 12407--14084 Score: 1893
Period size: 321 Copynumber: 5.2 Consensus size: 321
12397 GACGTGATCA
* * * * *
12407 AAAGACTTCTTGTAATTTCTACATTCATCTAACCGAATCTCAGTCAAGTTGGATTTAAGGATATG
1 AAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAGTTGGATTTAAGGATATG
* **
12472 TTTTTTTGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATGCGGAAAAAAATGGAAAAA
66 TTTTTTCGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAGG-AAAAAATGGAAAAA
* ** * *
12537 CGATATTAGAAGCGTGAAAATTCCATCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATCTTTTCTGAGTA
130 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTA
*
12602 TTGTGGCAAAAAATTGGGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
195 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
* * ** *
12667 CAAGGGATTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGGGTCCCAACTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCAT
260 CACGGGATTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGT
* * *
12729 AAAGACTCCTGGAGATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATATG
1 AAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAGTTGGATTTAAGGATATG
* * * * *
12794 TTTTTTCGAGCATATTAATCTTTTTTCCAATTAATTACAAATTAATTATGAAAAAATGGAAAAAC
66 TTTTTTCGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAGGAAAAAATGGAAAAAC
*
12859 GATATTAAAAGCGTCAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
131 GATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
* * * *
12924 TGTGGCAAAAAATTAAGGAACATTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATC
196 TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * * * ** *
12989 ACGAGATTTGGCTAAAATA-GTGTTTCGCGG-CTTTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGT
261 ACGGGATTTGGCTAAAA-ACGCGTTCCGGGGTC-CCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGT
* * *
13050 AAAGACTCCCTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTAAGGATATG
1 AAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAGTTGGATTTAAGGATATG
* * * *
13115 TTTTTTCGAGCATAAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAAATAATTCA-GAAAAAATTGGAAAA
66 TTTTTTCGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-AGGAAAAAA-TGGAAAA
* * * * *
13179 AAGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTGGGCGTTGAATTATATATATTTT-T-AAT
129 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
* * * ** * *
13242 TTTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAGTTTTTAGTAGAAATCGTGTA-GAACT
194 ATTG-TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * * *
13306 ATTACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGGT-ACGGCTCAGTTTTGCATAATTTCTTGCG
258 ATCACGGG-ATTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCG
13370 T
321 T
** *
13371 AAAGACTCCTTGAAACATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCAAGTTGGATTTAAGGATATG
1 AAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAGTTGGATTTAAGGATATG
** * * *
13436 TTTTTTCGAGTGTATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CGAAAAAATAGAAAAAA
66 TTTTTTCGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAGGAAAAAAT-GGAAAAA
* * *
13500 AGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCGATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTG
130 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTA
* * * *
13565 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTGAGCCGAAAATCGTGAAGTAACAA
195 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCA
* * * * * * * * * *
13630 ACACGTGTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGAGACGCGGCTCAGTTTTCCTTTATTTTTTGCTT
259 TCACGGGATTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGT
* * * * ** ** *
13693 AAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTCATGTAACCAAATCTCAAACTTGTTGGATTGAAGGATATG
1 AAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAGTTGGATTTAAGGATATG
* * * * * *
13758 TGTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTT-GATTTAATAAGAAATAAATTCGGAAAAAGTTGGAAAA
66 TTTTTTCGAGCATATGAATCTT-TTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAGGAAAAA-ATGGAAAA
* * *** * ** * * * * * *
13822 TCGATCTTATTTGTGCCAAAAGCCATTCAATCTTTATGGCGTTAAATTATATATTTTGTCCGAGT
129 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
* * * * ** *
13887 ATTATGCCAGAAAATTGTGGAAAAACCTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAA
194 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC--
* * * * * *
13952 ATTATCACGGGCTTTGACTAAAACCGCGTTCCGGGGCCCCAAG-TCAGTTTTGCACGATT-TTTT
257 --CATCACGGGATTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCC-GGCTCAGTTTTG--C-ATTATTTT
14015 TTGCGT
316 TTGCGT
* * *
14021 AAAGACTCCTTGAAATTTCAATATTCATCTAACCAAATCTCAGCGACGTTGGATTTAAGGATAT
1 AAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAGTTGGATTTAAGGATAT
14085 TGATCAGACT
Statistics
Matches: 1141, Mismatches: 188, Indels: 48
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 82 0.07
321 519 0.45
322 326 0.29
323 110 0.10
324 1 0.00
326 36 0.03
327 1 0.00
328 63 0.06
329 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (321 bp):
AAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAGTTGGATTTAAGGATATG
TTTTTTCGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAGGAAAAAATGGAAAAAC
GATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
ACGGGATTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGT
Found at i:15672 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 15622--15673 Score: 68
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
15612 TCTTTCATAT
* *
15622 ATTTAGGTTTCTTTTATAAATTG
1 ATTTAGGTTTCCTTTACAAATTG
*
15645 ATTTAGGTTTCCTTTACAATTTG
1 ATTTAGGTTTCCTTTACAAATTG
*
15668 CTTTAG
1 ATTTAG
15674 TTCTCTTAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 25 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.13, T:0.54
Consensus pattern (23 bp):
ATTTAGGTTTCCTTTACAAATTG
Found at i:16663 original size:322 final size:320
Alignment explanation
Indices: 15859--19584 Score: 2984
Period size: 322 Copynumber: 11.6 Consensus size: 320
15849 CGACCGATCA
* * * * *
15859 GATATGTTTTTTTGAGCATATGAATCTTTTTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATA
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG
* * * * ** *
15924 TAAAAACAATATTAAAAGCGTAAAAATACCTTCAATGATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
66 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * *
15989 TCAGTATTGTGGCAAAAAATTGACGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
131 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT--T
* ** * ** * * * *
16054 AACAACCATCACAAGATTTGATTAAAATA-GCTTTCCGCGACTTCGGATCAGTTTTGCATGATTT
194 --CAACCAACACGGGTTTTGGCTAAAA-ACGCGTTCCGGGGCTCCGGATCAGTTTTGCATGA-TT
* * * * * *
16118 TTTGCGTAAAGGCTCCCAT-AAAT-TTCTATATTTATCTAACCGAATCTCTGCCCCGTTGGATCT
255 TTTGCGTAAAGACT-CCTTCAAATATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGAT-T
16181 -AAG
317 GAAG
* * *
16184 GATATGTTTTTTCAACCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG
* ** * ** *
16249 GAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAACCTATTAAGCGTTGAATTATATATATTTTC
66 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * *
16313 TGGGTATTGTGGCGAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTTCA
131 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTTCA
** *
16378 ACCAACACAAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCCGGATCAGTTTTGCTTGATTTTTGAC
196 ACCAACACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTG-C
* * * * *
16443 GTAAAGTCTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCTTGTTGTATTGGAG
260 GTAAAGACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGAAG
* * * * *
16504 GATATG-TTTTTCGAGCATATGAATCTTCTTTTGATTTAATTACAGATTAAATCGGAAAAGAAAA
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAA-AAAA
* * * * *
16568 TGCAAAAACGATATAAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
64 TGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
*
16633 TCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTG-T
129 TCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTT
** * * * ** * *** * *
16697 ------ACGTGGGATTTGGCTAAAATA-GTGTTCTGCAGTTTTAGCTCTGTTTTGCATGATTTTT
194 CAACCAACACGGGTTTTGGCTAAAA-ACGCGTTCCGGGGCTCCGGATCAGTTTTGCATGA-TTTT
* * * * * *
16755 TGCATAAAGACTCCCTAAAAT-TTCTATATTTATCTAACCAGATCTCAG-CTACGTTGGATTCAA
257 TGCGTAAAGACTCCTTCAAATATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCT-CGTTGGATTGAA
16818 G
320 G
* * *
16819 GATATGTTTTTTAGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGG-AAAAAATG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG
* * * * *
16883 GAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCATCAATGTTTTTGGCATAGAATTGTATATTTTTTC
66 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * * * ***
16948 TGAGTACTGTGGTTAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTCGGATCAATTTTTAGAATAAATCGTGTAG
131 TGAGTATTGTGG-CAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT--
* ** * * * * * * * *
17013 T-AACTATTACGGGTTTTAGCTAAAAAAGCATTCTGAGTGC-CC-AACTCAATTTTACATGATTT
193 TCAACCAACACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGGCTCCGGA-TCAGTTTTGCATGA-TT
* * * * * * ** * *
17075 TTTGCGTAAAGGCTCCCT-GAATTTTCTATATTTATCTAAGCAAATCTCAGCGACGTAGGATTGG
255 TTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGA
17139 AG
319 AG
* *
17141 GATATTTTTTTTCGAACATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAAT
* * * * *
17206 GGAAAAACGATATTAGTAGCCTGAAAAGCCCTCCAATGTTTTGGGCGTTTAATTATATATATATT
65 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-T-TT
** * **
17271 TT-T-AGTATTGTTATC-AAAAATTGAGGAAAAGTTTTTTAGGTCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTT
128 TTCTGAGTATTG-TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAG-------------TTTTT
* * * *
17333 GGCAGAAAATCGTGTTCTAACCAACACGAGTTTTTTTTTGGCACAAAGAAAGCGAAAAAAAAACG
179 AGCCG-AAATCGTGTTC-AACCAACACG-G----GTTTTGG--CTAA-AAA-CG---------CG
* * * ** * * *
17398 CATTCCGGAG-TCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTTTATGTAAAGTCTCATTCAAATATCTAT
224 --TTCCGGGGCTCCGGA-TCAGTTTTGCATGA--TTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATTTAT
*
17462 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCATCGTTGGATTGAAG
284 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGAAG
* *
17499 GATATGTTATTTCGAGCATATGCATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG---AAAATG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG
* * * * * *
17561 GAAAAATGATAATAGAA-CAAAGTGAAAAGTCCTTCAATCTTTATGGCGTTAAATTATATATTTT
66 GAAAAACGATATTAGAAGC---GTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
* * * * * *
17625 TTCTGACTA-T-TGGCGAAAAATTGAGGTAAAACTTTTT-GGATCAAATTTTTAGCCAAAATCGT
128 TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTCGGGTC-AGTTTTTAGCCGAAATCGT
* ** * * * * *
17687 GTACTAGATAATTATCACGGGCTTTAGCTAAAACCGCGTTCTGGGGCTCC-AACTCAGTTTTGCA
191 GTTC-A-ACCA--A-CACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCCGGA-TCAGTTTTGCA
* ** * * *
17751 TGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTAAAAT-TTCTATATTCATCTAACCGTATGTCAGTCACGTTG
250 TGA-TTTTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTG
*
17815 GATTTAAG
313 GATTGAAG
* * *
17823 GATATGTTTTTTTGAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAAAA
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CG-GAAAAAAA
* * ** * *
17888 TGGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAATTCCTCCAATGTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTT
64 TGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
* *** *
17953 TCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTT-TTATCAGTTTTTAGCCGAAATCTTGT
129 TCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
* *** * * * * ** * * *
18017 AC-GTTATCACGAGATTTGGCTAAAATA-GCATTCCACGGCTTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTT
193 TCAACCAACACGGGTTTTGGCTAAAA-ACGCGTTCCGGGGCTCCGGATCAGTTTTGCATGA-TTT
* * * * * *
18080 TTCCGTAAAGACTCCCTGAAAT-TTCTATATTAATCTAACCAAATCTCAG-CTACATTGGATTTA
256 TTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCT-CGTTGGATTGA
*
18143 AA
319 AG
* *
18145 GATATGTTTTTTTCGACCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAT
1 GATATG-TTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAT
* * * * *
18210 GGCAAAAACGATATTATAAGCCTGAAAACCCCTTAAATGTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTT
65 GG-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
* * * **
18275 TCTGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGCA
129 TCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTT
* * * * * *
18340 CTAACGAACACAGGTTTTTGCTAAAAACGAGTTCTGGGGC-CTGGA-C-----T-CA--A----T
194 C-AACCAACACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * *
18391 -C-T-CAGCCTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCTCGTTGGAATGAAG
258 GCGTAAAGACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGAAG
* * * *
18451 GATATGTTATTTCGTGCATATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAATG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG
* * * * *
18514 GAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCATTAAATTATATATCTTTTC
66 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * * * *
18579 AGAGTATTGTGTCCAAAAAA-TGAAGAAAAAAATTTTCGGGGCAGTTTTTAGTCGAAATCGTG-T
131 TGAGTATTGTG-GCAAAAAATTG-AGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTT
* * ** * *
18642 -AGACTATCACGGGTTTTGGCTAAAAATACGTTCCGGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGGTTTT
194 CA-ACCAACACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGCTCCGGATCAGTTTTGCAT-GATTT
* * * * * * *
18705 TTGCGTAATGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAT-ATTGGATTTAA
256 TTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC-TCGTTGGATTGAA
*
18769 A
320 G
* * * *
18770 GATATGTTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATATAACTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAT
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAAT
** * * *
18835 GGAAAAACGATGCTATAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCATTGAATTATATATTATTT
65 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
*
18900 CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG--AAATTTTT----TCAAGTTTTTAGCCTAAGATCGTGT
130 CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTC-AGTTTTTAGCCGAA-ATCGTGT
* * * * * * *
18959 ACTAATCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGC-CCGGTTCAGTTTTGCTTAATTTT
193 TC-AACCAACACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCCGGATCAGTTTTGCATGATTTT
* * * * * *
19023 TGACGCAAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTAATCTGACCAAATCTCAGCCTCGTTAGATTGAAG
257 TG-CGTAAAGACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGAAG
* * * *
19088 GATATGTTATTTCGAGCATTTGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATACGG--AAAAATG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG
* * * * *
19151 GAAAAACAATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGCCATTGAATTATATATTTTTTT
66 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTT
* * * * * * *
19216 CTAACTATTATGGCCAAAAAATTGA--AAAAAATATCCGGCTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTA
130 CTGAGTATTGTGG-CAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT-
* * * * * *
19279 GT-AACTATCACGGGTCTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGGTTT
193 -TCAACCAACACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGCTCCGGATCAGTTTTGCAT-GATT
* * * * * * *
19342 TTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCACCTAACCAAATATCAACCAT-ATTGGATTTA
255 TTTGCGTAAAGACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC-TCGTTGGATTGA
*
19406 CG
319 AG
* * * * *
19408 GGTATGTTTTTTCGACCATATAAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAAAATG
1 GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG
* ** * *
19473 GAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAACCTTTTTTGCGTTGAATTACATATATTTTT
66 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTT
** * *
19537 -TGAGTATTGTGGTGAAAATTTGAGGAAAAATTTTTTTGGGTCAGTTTT
130 CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTTCGGGTCAGTTTT
19585 CAGTTTTTAG
Statistics
Matches: 2730, Mismatches: 511, Indels: 323
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
300 1 0.00
301 24 0.01
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303 52 0.02
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307 4 0.00
308 2 0.00
309 3 0.00
313 74 0.03
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359 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (320 bp):
GATATGTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG
GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTTCA
ACCAACACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGCG
TAAAGACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCGTTGGATTGAAG
Found at i:17300 original size:637 final size:635
Alignment explanation
Indices: 15859--20814 Score: 3202
Period size: 637 Copynumber: 7.8 Consensus size: 635
15849 CGACCGATCA
* * *
15859 GATATGTTTTTTT-GAGCATATGAATCTTTTTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAT
1 GATAT-TTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA-
* * * ** *
15923 AT--AAAAACAATATTAAAAGCGTAAAAATACCTTCAATGATTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
64 ATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
* * *
15986 TTCTCAGTATTG-TGGCAAAAAATTGACGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATG
129 TTCTGAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATC--G
* ** ** ** * * ** *
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* * * * * * *
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251 TTTTTTGCGTAAAGACTCCC-TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAT
* * *
16179 CTAAGGATATGTTTTTTCAACCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAA
315 TTAAGGATATGTTTTTTCGACCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CGGAAA
* * * ** *
16244 AAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAACCTATTAAGCGTTGAATTATATATA
379 AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT
* * * * *
16308 TTTTCTGGGTATTGTGGCGAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT
444 TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAA-ATTTTTGGATCAATTTTTAGCCGAAATCGT
* * ** * *
16373 GTTC-AACCAACACAAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCCGGA-TCAGTTTTGCTTGAT
508 GTACTAACTAACACGGGTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGGGGC-CC-GACTCAGTTTTGC-TGAT
* * *
16436 TTTTGACGTAAAGTCTCCTTCAAATATT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCTTGTTGTATT
570 TTTTG-CGTAAAGTCTCCTTAAAAT-TTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CTCGTTGGATT
*
16500 GGAG
632 GAAG
* * * * * *
16504 GATA-TGTTTTTCGAGCATATGAATCTTCTTTTGATTTAATTACAGATTAAATCGGAAAAGAAAA
1 GATATTTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA-AAAA
* * * * *
16568 TGCAAAAACGATATAAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
65 TGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
* *
16633 TCTGAGTATTG-TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTGT
130 TCTGAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
* * ** * ** * *
16697 -AC-GT-GGGATTTGGCTAAAATAGTGTTCTGCAGTTTTAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCA
195 AACTGTCGGGATTTGGCTAAAATAGCGTTCCGGGGGTTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCG
* * * * * * *
16759 TAAAGACTCCCTAAAATTTCTATATTTATCTAACCAGATCTCAGCTACGTTGGATTCAAGGATAT
260 TAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATAT
* * * *
16824 GTTTTTTAGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAA
325 GTTTTTTCGACCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAA
* * * * * *
16889 CGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCATCAATGTTTTTGGCATAGAATTGTATATTTTTTCTGAGTA
390 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTA
* * * *** *
16954 CTGTGGTTAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTCGGATCAATTTTTAGAATAAATCGTGTAGTAACTA
455 TTGTGG-CAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGATCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTA
** * * * * * *
17019 TTACGGGTTTTAGCTAAAAAAGCATTCTGAGTGCCCAACTCAATTTTACATGATTTTTTGCGTAA
518 ACACGGGTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTG-GGGCCCGACTCAGTTTTGC-TGA-TTTTTGCGTAA
* * * * * * * * *
17084 AGGCTCCCTGAATTTTCTATATTTATCTAAGCAAATCTCAGCGACGTAGGATTGGAG
580 AGTCTCCTTAAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC-TCGTTGGATTGAAG
*
17141 GATATTTTTTTTCGAACATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
1 GATATTTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
* * * * *
17206 GGAAAAACGATATTAGTAGCCTGAAAAGCCCTCCAATGTTTTGGGCGTTTAATTATATATATATT
66 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-T-TT
** * **
17271 TT-T-AGTATTGTTATC-AAAAATTGAGGAAAAGTTTTTTAGGTCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTT
129 TTCTGAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAG-------------TTTTT
* * *** ** * *
17333 GGCAGAAAATCGTGTTCTAACCAACACGAGTTTTTTTTTGGCACAAAGAAAGCGAAAAAAAAACG
181 AGCCG-AAATCGTG---TAA-C-TGTCG-G----GATTTGGC-TAAA-ATA--G---------CG
* * * * ** * ** *
17398 CATTCC-GGAGTCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTTTATGTAAAGTCTCATTCAAATATCTAT
222 --TTCCGGGGGT-TCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTAT
* * * * *
17462 ATTCATCTAACCAAATCTCAG-CATCGTTGGATTGAAGGATATGTTATTTCGAGCATATGCATCT
283 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA-CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGACCATATGAATCT
* *
17526 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAATGGAAAAATGATAATAGAA-CAAAGTGAAA
347 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC---GTGAAA
* * * * *
17588 AGTCCTTCAATCTTTATGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGACTA-T-TGGCGAAAAATTGAGG
409 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG
* * *
17651 TAAAACTTTTTGGATCAAATTTTTAGCCAAAATCGTGTACTAGA-TAATTATCACGGGCTTTAGC
474 -AAAAATTTTTGGATC-AATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTA-ACT-A--A-CACGGGTTTTAGC
* * *
17715 TAAAACCGCGTTCTGGGGCTCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTCCTTAAAAT
532 TAAAAACGCGTTCTGGGGC-CCGACTCAGTTTTGC-TGA-TTTTTGCGTAAAGTCTCCTTAAAAT
** * * *
17780 TTCTATATTCATCTAACCGTATGTCAGTCACGTTGGATTTAAG
594 TTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CTCGTTGGATTGAAG
* *
17823 GATATGTTTTTTT-GAGCATATGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAAA
1 GATAT-TTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CGGAAAAAAA
* * ** * *
17887 ATGGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAATTCCTCCAATGTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTT
64 ATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
* * *** *
17952 TTCTGAATATTG-TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTT-TTATCAGTTTTTAGCCGAAATCTT
129 TTCTGAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT
* * * ** * *
18015 GT-ACGTTATCACGAGATTTGGCTAAAATAGCATTCCACGGCTTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTT
193 GTAAC--TGT--CGGGATTTGGCTAAAATAGCGTTCCGGGGGTTCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * *
18079 TTTCCGTAAAGACTCCCTGAAATTTCTATATTAATCTAACCAAATCTCAGCTACATTGGATTTAA
254 TTTGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA
* *
18144 AGATATGTTTTTTTCGACCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA
319 GGATATG-TTTTTTCGACCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAA
* * * * * *
18209 TGGCAAAAACGATATTATAAGCCTGAAAACCCCTTAAATGTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTT
382 TGG-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
* * * * *
18274 TTCTGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGC
446 TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGA-TCAATTTTTAGCCGAAATCGTGT
* * * * *
18339 ACTAACGAACACAGGTTTTTGCTAAAAACGAGTTCTGGGGCCTGGACTCA---------A----T
510 ACTAACTAACACGGGTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCC-CGACTCAGTTTTGCTGATTTTT
* * * * * *
18391 -C-T-CAGCCTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCTCGTTGGAATGAAG
574 GCGTAAAGTCTCCTTAAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CTCGTTGGATTGAAG
* * * * *
18451 GATATGTTATTTCGTGCATATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC---AGAAAAAT
1 GATATTTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
* * * * *
18513 GGAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCATTAAATTATATATCTTTT
66 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
* * * * *
18578 CAGAGTATTG-TGTCCAAAAAA-TGAAGAAAAAAATTTTCGGGGCAGTTTTTAGTCGAAATCGTG
131 CTGAGTATTGTTG-CCAAAAAATTG-AGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTG
* * * *
18641 TAGACTATCACGGGTTTTGGCTAAAAATA-CGTTCCGGGGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTT
194 TA-ACTGT--CGGGATTTGGCT-AAAATAGCGTTCCGGGGGTTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * * *
18705 TTGCGTAATGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCATATTGGATTTAAA
255 TTGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG
* * * * *
18770 GATATGTTTTTCCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATATAACTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAT
320 GATATGTTTTTTCGACCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAAT
** * * * *
18835 GGAAAAACGATGCTATAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCATTGAATTATATATTATTT
383 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
*
18900 CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG--AAATTTTT---TCAAGTTTTTAGCCTAAGATCGTGTA
448 CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGATCAA-TTTTTAGCCGAA-ATCGTGTA
* * * * ** *
18960 CTAA-TCAACACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCGGTTCAGTTTTGCTTAATTTTT
511 CTAACT-AACACGGGTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCGACTCAGTTTTGC-TGATTTTT
* * * * * *
19024 GACGCAAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTAATCTGACCAAATCTCAGCCTCGTTAGATTGAAG
574 G-CGTAAAGTCTCCTTAAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CTCGTTGGATTGAAG
* * * * *
19088 GATATGTTATTTCGAGCATTTGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATACGG---AAAAAT
1 GATATTTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
* * * * *
19150 GGAAAAACAATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGCCATTGAATTATATATTTTTT
66 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTT
* * * * * * * *
19215 TCTAACTATTATGGCCAAAAAATTGA--AAAAAATATCCGGCTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
130 TCTGAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATC--GT
* * ** *
19278 AGTAACTATCACGGG-TCTTAGCTAAAA-ACGCGTTCCGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTT
193 -GTAACTGT--CGGGAT-TTGGCTAAAATA-GCGTTCCGGGGGTTCGGCTCAGTTTTGCATGATT
* * * * *
19341 TTTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCACCTAACCAAATATCAACCATATTGGATTTA
253 TTTTGCGTAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTA
* * * * *
19406 CGGGTATGTTTTTTCGACCATATAAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAAAA
318 AGGATATGTTTTTTCGACCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAA
* * * *
19471 TGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAACCTTTTTTGCGTTGAATTACATATATTT
382 TGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTT
** * *
19535 TT-TGAGTATTGTGGTGAAAATTTGAGGAAAAA----T---T---TTTTT-G--G--GTCAGT-T
446 TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGATCAATTTTTAGCCGAAATC-GTGT
* * * * ** *
19583 --T---T--CA--GTTTTTAGC-AGAAATCGTGTCCT---AACCAACAT-AGGTTTTGCTTGATT
510 ACTAACTAACACGGGTTTTAGCTA-AAAACGCGTTCTGGGGCCCGAC-TCA-GTTTTGC-TGATT
* * * * * *
19634 TTAGACGTAAAGTCTCATTCAAATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCATCGTTAGATTGA
571 TTTG-CGTAAAGTCTCCTTAAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC-TCGTTGGATTGA
19699 AG
634 AG
* * * * *
19701 GATATGTTTCTTCAAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAGATTAATTCGG-GAAAAAAT
1 GATATTTTTTTTCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
* * *
19765 ------ACGATATTATTAA-CGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTT
66 GGAAAAACGATATTA-GAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
* ** ** * ** * *
19823 TCTGTGTATT-ACGGTAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAGATTTTAGCCGAAATTGTGT
130 TCTGAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
** ** * * * *
19887 ATTA-TCACGGTTTTTGGCTAAAA-ACGTGTTCC-AGGGTCCCGACTC-GATTTTGCATGATTTT
195 A--ACTGTCGGGATTTGGCTAAAATA-GCGTTCCGGGGGT-TCGGCTCAG-TTTTGCATGATTTT
* *** * * * * *
19948 TGGCGCCTAGA-GCCCTTAGAATATCTATATTCGA-CTAGCCAAATCCCAGCCTTATTATTGGAA
255 TTGCGTAAAGACTCCCTGA-AATATCTATATTC-ATCTAACCAAATCTCAGCC--A-CATTGG-A
** * * *
20011 TTT-AGGATATGTTTTTTTAAGCATCA-AAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAA
314 TTTAAGGATATGTTTTTTCGACCAT-ATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAA
* * * ** * * *
20074 AATA-GGAAAAATGATATTAGAAGCCTGAAAAGCTATTTAATCTTTTTGGCGTTAAACTATATAT
378 AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
* * * * * * *
20138 TTTTTATGACTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGATTCAATTTTT-G-CAAAAT--
443 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGA-TCAATTTTTAGCCGAAATCG
* ** * * * * *
20199 T-T--T---T-AC-CGGAATGGT-G-TACAAAC-C---AT-----CCGGCTCAGTTTTACATTAT
507 TGTACTAACTAACACGG-GTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCGACTCAGTTTTGC-TGAT
*** * * * * * * *
20245 TTTTGGCGCCGA-TACTCATTGAAATCTATATATTCTTCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATA
570 TTTT-GCGTAAAGT-CTCCTTAAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCTCGTTGGAT-
20309 T-AA-
631 TGAAG
* * * * * *
20312 -AAATTTGTTTTTATGAGCATCA-GAAACTGGTTTCGATTTAAATAGAAAATAATTC--AAAAAA
1 GATATTT-TTTTT-CGAGCAT-ATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA
* * * * ** * *
20373 TA-GGAAAAAC-AGTACTAGAAGCATGAAAAGCCATTCAATAATTTTGACGTTGAAATATATATT
63 AATGGAAAAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCGTTGAATTATATATT
* * * * *** **
20436 TTTATC-GA-TATTGTGGAC-AAAATTTAAGGAAAAATCATTCAGTTCAATTCTCGCAAAATTTT
127 TTT-TCTGAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAAT--TT---TTC--GGGT--C-AGTTTTT
* * ** * * * * *
20498 AGCGGAAATCGTGTACAAC--ACGGTTTTTGGCTAAAAAAACGTT-CAGGGGTCCTAGCTCAGTT
181 AGCCGAAATCGTGT--AACTGTCGGGATTTGGCTAAAATAGCGTTCCGGGGGTTC-GGCTCAGTT
* * * * * * *
20560 TTGCATGATTTTTGGCGCCAAA-TCTCCTTGGAATATCTATATTGATCTAACCAAATATCAGCCA
243 TTGCATGATTTTTTGCG-TAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
** * * ** * *
20624 TGTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCA-GAATCTTGTTTCGATTTACTTACAAATTAA
307 CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTTCGACCAT-ATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * * * *
20688 TTCAGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTC-ATTTTTTTGGCGTTGCA
371 TTCGGAAAAAAT-GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA
* * * * * *
20752 TTATATATTTTTTTATGACTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTTGGTTCAGTTTTT
435 TTATATA-TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTGGATCAATTTTT
20815 GAAAAATTTT
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CTGAGTATTGTTGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTA
ACTGTCGGGATTTGGCTAAAATAGCGTTCCGGGGGTTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGT
AAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATATG
TTTTTTCGACCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAAC
GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGATCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTAACA
CGGGTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTGATTTTTGCGTAAAGTCTC
CTTAAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTCGTTGGATTGAAG
Found at i:20977 original size:334 final size:325
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* * * ** **
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20550 TA
324 TA
* * * * * *
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1 GCTCAGTTTTGCATGATATTTGGCACCAAACCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * *
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66 ATCAGCCACT-TTGGATTTAA-GATTTGTTTTTATGAGCATCAGAATCTAGTTTCGATTTAATTA
* * * * **
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129 GAAATTAATTC-GAAAAAATAGGAAAAACAATACTAGAAGCATGAAAAGCCATTCAATAATTTTG
* * * * * **
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* * * * *
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*
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311 CGTTCAG-GGCCCCTA
* * *
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* * * * *
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Statistics
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GCTCAGTTTTGCATGATATTTGGCACCAAACCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
ATCAGCCACTTTGGATTTAAGATTTGTTTTTATGAGCATCAGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGA
AATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACAATACTAGAAGCATGAAAAGCCATTCAATAATTTTGACG
TTGAAATATATATTTTTATCGATATCGTGGACAAAAATTAAGGAAAAATCATTCAGTTCAATTCT
CGAAAAATTTTAGCGGAAATCATGTACAACACGGGTTTTCACTAAAAAAACGTTCAGGGCCCCTA
Found at i:21058 original size:38 final size:38
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20997 CAGTTTCAAG
*
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1 TTAATTAGAAATTAATTCGGAACAAAAATAGGAATAA
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TTAATTAGAAATTAATTCGGAACAAAAATAGGAATAAT
Found at i:21090 original size:38 final size:38
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20998 AGTTTCAAGT
* **
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1 TAATTAGAAATTAATTCGGAACAAAAATAGGAATAAGA
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1 TAATTAGAAATTAATTCGGAACAAAAATAGGAATAA-GA
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21093 CCGTCAAAAG
Statistics
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TAATTAGAAATTAATTCGGAACAAAAATAGGAATAAGA
Found at i:22508 original size:322 final size:322
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Period size: 322 Copynumber: 1.9 Consensus size: 322
21903 GGGGCCCTTA
* * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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131 ATAAATTCAAAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGC
* * * * * * * * * * *
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*
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261 TTTGCAAAATTTTAGTCGCAATCGTACGCTTTTTAGCTAATATCACGTTCCGTGGGCCTCGG
* * * *
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* * * * *
22299 TCAGCTACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAACAACCAGTTTT-GATTTAGCTAG
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*
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129 AAATA-AATTCAAAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAAT-ATTTT
* * * * *
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256 CAGTTTTTGCAAAATTTTA
22509 ACCGTAATCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
CAGCCACATTGGATTTAACGATTTGATTTTACGAGAATCACAACCAGTTTTCGATTTAACTAGAA
ATAAATTCAAAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGC
ATTGAACTATATACTTTTATAACGATTTGTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTCGGGTCAGTT
TTTGCAAAATTTTAGTCGCAATCGTACGCTTTTTAGCTAATATCACGTTCCGTGGGCCTCGG
Found at i:26831 original size:36 final size:36
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Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
26772 AAAAAGTGTA
* *
26782 ACCAAACGGGGTGATTTGAGATCACCTGCCAAGATC
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*
26818 ACCAAACGAGGTGATCTGAGATCACCTGCCCAGATC
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1 ACCA
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Consensus pattern (36 bp):
ACCAAACGAGGTGATCTGAGATCACCTGCCAAGATC
Found at i:26873 original size:33 final size:35
Alignment explanation
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Period size: 36 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
26790 GGGTGATTTG
***
26800 AGATCACCTGCCAAGATCACCAAACGAGGTGATCTG
1 AGATCACCTGCCAAGATCACC-AACGAGGTGATAAA
*
26836 AGATCACCTGCCCAGATCACC-AC-AGGTGATAAA
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Statistics
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AGATCACCTGCCAAGATCACCAACGAGGTGATAAA
Found at i:27851 original size:10 final size:9
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1 TTTTTGTTT
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1 TTTTTG
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Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTGTTT
Found at i:27855 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 27835--27874 Score: 53
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27825 TAACGAAAGA
* * *
27835 TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
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Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 33 1.00
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T
Found at i:32316 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 32253--32357 Score: 135
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32243 GATGACCCGT
**
32253 GCCGCCCCAGGAGGGCGGCTT-ACCATGGGCAG
1 GCCGCCCCACTAGGGCGGCTTCACCATGGGCAG
32285 GCCGCCCCACTAGGGCGGCTTCACCATGGGCAG
1 GCCGCCCCACTAGGGCGGCTTCACCATGGGCAG
* * *
32318 GCCGCCCTC-CTGGGGTGGCTTCACCA-CGGCAG
1 GCCGCCC-CACTAGGGCGGCTTCACCATGGGCAG
32350 GCCGCCCC
1 GCCGCCCC
32358 GGTGAGGCGG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 5, Indels: 5
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.02
32 31 0.47
33 33 0.50
34 1 0.02
ACGTcount: A:0.12, C:0.41, G:0.35, T:0.11
Consensus pattern (33 bp):
GCCGCCCCACTAGGGCGGCTTCACCATGGGCAG
Found at i:32521 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 32420--32533 Score: 102
Period size: 33 Copynumber: 3.5 Consensus size: 33
32410 AAAATTATCT
* ** ** *
32420 AGCCGCCCTAGTGGGGCGGCTCCACCATGGCTG
1 AGCCGTCCTAGTGGGAAGGCTCCACCGCGGCGG
* * *
32453 AGCCATCCTAGTGGGGAGGCTCCATCGCGGCGG
1 AGCCGTCCTAGTGGGAAGGCTCCACCGCGGCGG
** * *
32486 AGCCGTCCTAGTGGGAAGGCTCTGCCGTGGTGG
1 AGCCGTCCTAGTGGGAAGGCTCCACCGCGGCGG
*
32519 AGCCGTCTTAGTGGG
1 AGCCGTCCTAGTGGG
32534 GAGACTCAGT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 15, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 66 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.29, G:0.39, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
AGCCGTCCTAGTGGGAAGGCTCCACCGCGGCGG
Found at i:42253 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 42173--42271 Score: 173
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 50
42163 TTAGATATAA
42173 GAAAGTTCTTTAAATGGATATAAGAAATTTACTCTTTATTGAGGCAAATTT
1 GAAAGTTCTTTAAATGGA-ATAAGAAATTTACTCTTTATTGAGGCAAATTT
42224 GAAAGTTCTTTTAAATGG-ATAAGAAATTTACTCTTTATTGAGGCAAAT
1 GAAAGTTC-TTTAAATGGAATAAGAAATTTACTCTTTATTGAGGCAAAT
42272 ACTCGGATGT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 3
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
50 30 0.64
51 8 0.17
52 9 0.19
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (50 bp):
GAAAGTTCTTTAAATGGAATAAGAAATTTACTCTTTATTGAGGCAAATTT
Found at i:46748 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 46727--46761 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
46717 ATAGCAGCTG
46727 CTTCAACAAGGACCCT
1 CTTCAACAAGGACCCT
*
46743 CTTCAACAAGGATCCT
1 CTTCAACAAGGACCCT
46759 CTT
1 CTT
46762 TGTATATCCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 18 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.34, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (16 bp):
CTTCAACAAGGACCCT
Found at i:48538 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 48496--48564 Score: 138
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
48486 ATCCCCACAG
48496 ACACAGAGGGATGATGAAATTGAAAGTGAAGAA
1 ACACAGAGGGATGATGAAATTGAAAGTGAAGAA
48529 ACACAGAGGGATGATGAAATTGAAAGTGAAGAA
1 ACACAGAGGGATGATGAAATTGAAAGTGAAGAA
48562 ACA
1 ACA
48565 GGGCAGCCGC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 36 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.29, T:0.14
Consensus pattern (33 bp):
ACACAGAGGGATGATGAAATTGAAAGTGAAGAA
Done.