Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012858.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12879, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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8570 AAAATTCTAA
8580 TTAAGAAATTTTATAAACACCCTCAATATTATAGTATAATAATTTTTTATAAAATATTCTT
1 TTAAGAAATTTTATAAACACCCTC---A-TATAGTATAATAATTTTTTATAAAATATTCTT
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1 TT
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TTAAGAAATTTTATAAACACCCTCATATAGTATAATAATTTTTTATAAAATATTCTT
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8815 AATTACTTCT
*
8825 TTTTTGATTATAATA
1 TTTTTAATTATAATA
8840 TTTTTAATTATAATA
1 TTTTTAATTATAATA
* *
8855 TTATAATTTATAGTCATGAAAA
1 -T-T--TTTA-A-TTAT-AATA
*
8877 TTTTT-ATTTTAATTA
1 TTTTTAATTATAA-TA
*
8892 TGTTTTGATTATAATA
1 T-TTTTAATTATAATA
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1 TTTTTAATTATAATA
8923 TT
1 TT
8925 ATAATTTATA
Statistics
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TTTTTAATTATAATA
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8816 ATTACTTCTT
8826 TTTTGATTATAATATTTTTAATTATAATATTATAATTTATAGTCATGAAAATTTTTATTTTAATT
1 TTTTGATTATAATATTTTTAATTATAATATTATAATTTATAGTCATGAAAATTTTTATTTTAATT
8891 ATG
66 ATG
*
8894 TTTTGATTATAATATTTTTAATTATAATATTATAATTTATAGTCATGAAATTTTTTATTTTAATT
1 TTTTGATTATAATATTTTTAATTATAATATTATAATTTATAGTCATGAAAATTTTTATTTTAATT
8959 ATG
66 ATG
8962 T
1 T
8963 AAAGATACTG
Statistics
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0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
68 68 1.00
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TTTTGATTATAATATTTTTAATTATAATATTATAATTTATAGTCATGAAAATTTTTATTTTAATT
ATG
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Indices: 8830--8989 Score: 171
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8820 CTTCTTTTTT
*** *
8830 GATTATAATATTTTTAATTATAATATTATAATTTATAGTCATGAAAATTTTTATTTTAATTATGT
1 GATTATAATATTACAAAATATAATATTATAATTTATAGTCATGAAAATTTTTATTTTAATTATGT
***
8895 TTT
66 AAA
*** * *
8898 GATTATAATATTTTTAATTATAATATTATAATTTATAGTCATGAAATTTTTTATTTTAATTATGT
1 GATTATAATATTACAAAATATAATATTATAATTTATAGTCATGAAAATTTTTATTTTAATTATGT
8963 AAA
66 AAA
*
8966 GATACTGTAA-A-TACAAAATATAAT
1 GAT--TATAATATTACAAAATATAAT
8990 TATAATAACT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 9, Indels: 4
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
68 76 0.94
69 1 0.01
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GATTATAATATTACAAAATATAATATTATAATTTATAGTCATGAAAATTTTTATTTTAATTATGT
AAA
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11910 TAAAAACGCG
* * * * * * *
11920 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAATATCGGGGAAAAAAATTTAGAAACAATTTTCTGGT
1 TTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATTTTCTGGT
* * * * * *
11985 CAGTTTTTAACCAAAAACGT-G-TACACCATCACGGAATTTGAGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCC
66 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGATA-ACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGAGTTTCGGGTCC
* * *
12048 CCGACTTAGTTTTGCGA-GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAA-ATCTATATTCATCTAACA
130 CCGACTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTT-AAAATATCTATATTCATCTAACC
* * * *
12111 AAATTTCAGCCCCATTCGACTTAAGGATTTGATTTTACGAGTATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
193 AAATTTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCAATTTAA
* * * *
12176 TTTGAACTTAATTCGTAAAAAAAGGGAAAAACGATACTAGAAGCCTGAAAAGCGTGTCAATCTT
258 TTTGAACTTAATTGGTAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGTGTCAATCTT
* * *
12240 TTTGGCGATGAATTATATATTTTTCTTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATTTTCTGGT
1 TTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATTTTCTGGT
* *
12305 CAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAGTAATAACTAACACCATCACAGATTTTGGGCTAAAAACGCGT
66 CAGTTTTTAGCCGAAATC--GTAG-----A-T-A-ACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGAGT
* * * * * *
12370 TTCGGTTACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAAGCTCTTTAAAATATTTATATTCA
121 TTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCA
*
12435 TCTAACCAAATTTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTATTTC
186 TCTAACCAAATTTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTC
* * * *
12500 AATTTAATTTAGAACTTAATTAGGAAAAAAAATGAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGTGTG
251 AATTTAATTT-GAACTTAATT-GGTAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGTG
*
12565 TCAATATT
314 TCAATCTT
12573 TTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATTTTCTGGT
1 TTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATTTTCTGGT
* * * *
12638 TAGTTTTTAGCCGAAATCGT-G-T-A-CGTCACGGATTTTGGGCTAAAAACGAGTTTTGGGTCCT
66 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGATAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGAGTTTCGGGTCCC
* *
12699 CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCCAACCAAA
131 CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
* * * *
12764 TTTCAGTCACATTTGACTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCT-AGATCTTGTTTCAATTTAATT
196 TTTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGA-ATCTTGTTTCAATTTAATT
* * * ** ** *
12828 GGAACTTAATTCGGTAAAAAAATGGAAAGACGATATTAGAAGCGTGAAAAACGCATTTATCCT
260 TGAACTTAATT-GGTAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGTGTCAATCTT
*
12891 TTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAATTTTCGGG
1 TTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAG-AAAAAATTTTCTGG
* * *
12956 TCAGTTTTTAGCGGAAATCGTAGACTAAACATCACGGATTTTGGGCTAAAAAC-ACGTTTCGGGG
65 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGA-TAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGA-GTTTCGGGT
*
13020 CCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCAGAAAA
128 CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAA
13055 TCAAATTCCA
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 82, Indels: 42
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
318 100 0.14
319 179 0.25
320 74 0.10
322 3 0.00
323 4 0.01
324 62 0.09
330 7 0.01
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332 10 0.01
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CAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGATAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGAGTTTCGGGTCCC
CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
TTTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTT
GAACTTAATTGGTAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGTGTCAATCTT
Found at i:13312 original size:296 final size:302
Alignment explanation
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12449 AGCCACATTA
** * * * *
12459 GACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATC-TGAATCTTATTTCAATTTAATTTAGAACTTAATTAG
1 GACTTAAGGATTTGTTTTTAATAGCATCAAG-ATCTTGTTTCAATTTAA-TTAGAACTTAATTCG
* * * * ** *
12523 GAAAAAAAATGAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGTGTGTCAATATTTTTGGCGTTCAATTA
64 GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTA
* * *
12588 TATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCA-GAAAAAATTTTCTGGTTAGTTTTTAGCCGA
129 TATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGA
* * * * *
12652 AATCGTG---T-A-CGTCACGGATTTTGGGCTAAAAACGAGTTTTGGGTCCTCGACTCAGTTTTG
194 AATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
* *
12712 CATGATTTTTGGCAAAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCCAACCAAATTTCAG
259 CATGATTTTTGGC-AGAAAACTCC-----A-A---ATATTC-TCTAACCAAA-TT--G
* ** * *
12770 TCACATTTGACTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCTAGATCTTGTTTCAATTTAATTGGAACTT
1 --------GACTTAAGGATTTGTTTTTAATAGCATCAAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTT
* * * ** *
12835 AATTCGGTAAAAAAATGGAAAGACGATATTAGAAGCGTGAAAAACGCATTTATCCTTTTGGCGTT
58 AATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTT
* *
12900 CAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTT
123 CAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTT
* * *
12965 AGCGGAAATCGTAG-ACTAAACATCACGGATTTTGGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGACTC
188 AGCCGAAATCGT-GTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTC
* *
13029 AGTTTTGCATAATTTTTGGCAGAAAA-T-C-AA-ATTC-C-AACCATATTG
252 AGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAACTCCAAATATTCTCTAACCAAATTG
* * *
13074 GACTTAAGTATTTGTTTTTAATAGCATCAATATTTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCGGG
1 GACTTAAGGATTTGTTTTTAATAGCATCAAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCGGG
* * **
13139 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAGCGCATCAATATTTTTGGC-ACCGAATTAT
66 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTC-AATTAT
* * * * *
13203 ATAATTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTTGGAAAAAATTTTCTGGTTAGTTTTTAGCCGTA
130 ATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
* * * * * *
13268 ATCGTGTATTAATCATCACAGATTTTGGGCTAAACACGCGTTTCGGGGCCTCGACTAAGTTTTGC
195 ATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
13333 ATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCATGAAATATCTACTTTAATCTAACCAAATTTCAGCTATATTG
260 ATGATTTTTGGCAGAAA-ACTCC---AAATAT-T-C-----TCTAA-C------CA---A-ATTG
** *
13398 GACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCCAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCGGG
1 GACTTAAGGATTTGTTTTTAATAGCATCAAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCGGG
* * * * ** * *
13463 --AAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAAAGCGCGTCAAT-TTTATGGAATTGACTTATA
66 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATA
* ** * * * *
13525 TATTTTTCCTGAGTATCGTGGCGCAATACTCAGG-AAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAGTCCGAA
131 TATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAG-CCGAA
* * * * *
13589 ATTGTATACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCAACTCAGTTTTGC
195 ATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
13654 ATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCCAATTTCAGCCACATTG
260 ATGATTTTTGGCAGAAA-ACTCC-----A-A---ATATTC-TCTAA--C-----CA---A-ATTG
* ** ** *
13719 GAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTATTTCAATTTAATTTAGAACTTAATTCGG
1 GACTTAAGGATTTGTTTTTAATAGCATCAAGATCTTGTTTCAATTTAA-TTAGAACTTAATTCGG
* * * ** *
13784 AAAAAAAATGAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAATGCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTAT
65 GAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTAT
* * ** *** * *
13849 ATATTTTTCCTGAGTATTGTAGCAAAAAATTCA-G--AATTTTTTTTTGTCAGATTTTAGTCGAA
130 ATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
*
13911 ATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGC
195 ATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
13976 ATGATTTTTGGCAGAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTG
260 ATGATTTTTGGCAGAAAACTCC-----A-A---ATATTC-TCTAA-C------CA---A-ATTG
** * * *
14040 GACTTAAGGATTTGTTTTTAGGAGCAT-ATGGATCTTGTTTCAATTTAATTGGAACTTAATTTGG
1 GACTTAAGGATTTGTTTTTAATAGCATCA-AGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCGG
* **
14104 AAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATTTATCTTTTTGGCGTTCAATTA
65 -GAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTA
* * *
14169 TATATTTTTCCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTCA-GAAAAGAATTTTCGGTTCAG-TTTTAGCCG
129 TATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAA-AATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG
* * *
14232 AAATCGTAG-ACTAACCATCACGGTTTTTGGGTTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTT
193 AAATCGT-GTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * *
14296 TGCATAATTTTTGGCAGAAAA-T--GAA-ATT-TC-AGCCACATTG
257 TGCATGATTTTTGGCAGAAAACTCCAAATATTCTCTAACCAAATTG
* * *
14336 GACTTAAGTATTTGTTTTTAATAGCATCCAGATTTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCGGG
1 GACTTAAGGATTTGTTTTTAATAGCATCAAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCGGG
* *
14401 -AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGAGTGTAAAGCGC
66 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGC
14439 GTTGATAAGT
Statistics
Matches: 1418, Mismatches: 185, Indels: 141
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
294 36 0.03
295 2 0.00
296 297 0.21
297 1 0.00
298 1 0.00
299 1 0.00
300 2 0.00
303 2 0.00
304 3 0.00
305 1 0.00
306 4 0.00
307 7 0.00
308 3 0.00
310 7 0.00
311 2 0.00
312 1 0.00
313 2 0.00
314 3 0.00
318 100 0.07
319 74 0.05
320 42 0.03
321 360 0.25
322 142 0.10
323 111 0.08
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326 1 0.00
327 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (302 bp):
GACTTAAGGATTTGTTTTTAATAGCATCAAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCGGG
AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATA
TATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
TCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
TGATTTTTGGCAGAAAACTCCAAATATTCTCTAACCAAATTG
Found at i:14313 original size:645 final size:644
Alignment explanation
Indices: 13070--14315 Score: 1662
Period size: 645 Copynumber: 1.9 Consensus size: 644
13060 TTCCAACCAT
* * * * * *
13070 ATTGGACTTAAGTATTTGTTTTTAATAGCATCAATATTTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATT
1 ATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCAAGATCTTATTTCAATTTAATTAGAACTTAATT
* * * * *
13135 CGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAGCGCATCAATATTTTTGGCACCGAAT
66 CGGAAAAAAAATGAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAACGCATCAATATTTTTGGCACCGAAT
* * * *
13200 TATATAATTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTTGGAAAAAATTTTCTGGTTAGTTTTTAGCC
131 TATATAATTTTCCTGAGTATTGTAGCAAAAAA-TTTGCAAAAAATTTTCTGGTCAGATTTTAGCC
* * * * *
13265 GTAATCGTGTATTAATCATCACAGATTTTGGGCTAAACACGCGTTTCGGGGCCTCGACTAAGTTT
195 GAAATCGTGTACTAACCATCACAGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTAAGTTT
* * *
13330 TGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCATGAAATATCTACTTTAATCTAACCAAATTTCAGCTATA
260 TGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCATAAAATATCTACTTTAATCTAACCAAATTTCAGCCACA
*
13395 TTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCCAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTC
325 TTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATACAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTC
* * * *
13460 GGGAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAAAGCGCGTCAATTTTATGGAATTGACTTATA
390 GGAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAAAGCGCATCAATTTTATGGAATTCAATTATA
*** * *
13525 TATTTTTCCTGAGTATCGTGGCGCAATACTCAGGAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAGTCCGAAA
455 TATTTTTCCTGAGTATCGTGGAAAAAAACTCAGAAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAGTCCGAAA
* *
13590 TTGTATACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCAACTCAGTTTTGCA
520 TCGTAGACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCAACTCAGTTTTGCA
*
13655 TGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCCAATTTCAGCCAC
585 TAATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCCAATTTCAGCCAC
* **
13715 ATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTATTTCAATTTAATTTAGAACTTAAT
1 ATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCAAGATCTTATTTCAATTTAA-TTAGAACTTAAT
* * * **
13780 TCGGAAAAAAAATGAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAATGCGTCAATCTTTTTGGCGTTC-A
65 TCGGAAAAAAAATGAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAACGCATCAATATTTTTGGC-ACCGA
* * ** * * *
13844 ATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTAGCAAAAAA-TT-CAGAATTTTTTTTTGTCAGATTTTAGT
129 ATTATATAATTTTCCTGAGTATTGTAGCAAAAAATTTGCAAAAAATTTTCTGGTCAGATTTTAGC
* * *
13907 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTT
194 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTAAGTT
* *
13972 TTGCATGATTTTTGGCAGAAA-ACTCCTTAAAATATCTA-TATTCATCTAACCAAATTTCAGCCA
259 TTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCATAAAATATCTACT-TTAATCTAACCAAATTTCAGCCA
* ** *
14035 CATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTAGGAGCATATGGATCTTGTTTCAATTTAATTGGAACTTAAT
323 CATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATACAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAAT
* * * ** * **
14100 TTGGAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCATTTATCTTTTTGGCGTTCA
388 TCGG---AAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAAAGCGCATCAAT-TTTATGGAATTCA
* * * *
14165 ATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTCAGAAAAGAATTTTCGGTTCAG-TTTTAG
449 ATTATATATTTTTCCTGAGTATCGTGGAAAAAAACTCAGAAAA-AATTTTCGGGTAAGTTTTTAG
* ** *
14229 -CCGAAATCGTAGACTAACCATCACGGTTTTTGGGTTAAAAACGCGTTTCGGAG-CCCCGACTCA
513 TCCGAAATCGTAGACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGG-GTCCCCAACTCA
14292 GTTTTGCATAATTTTTGGCAGAAA
577 GTTTTGCATAATTTTTGGCAGAAA
14316 ATGAAATTTC
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 76, Indels: 18
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
641 1 0.00
642 98 0.19
643 96 0.19
644 2 0.00
645 159 0.31
646 147 0.28
647 13 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (644 bp):
ATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCAAGATCTTATTTCAATTTAATTAGAACTTAATT
CGGAAAAAAAATGAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAACGCATCAATATTTTTGGCACCGAAT
TATATAATTTTCCTGAGTATTGTAGCAAAAAATTTGCAAAAAATTTTCTGGTCAGATTTTAGCCG
AAATCGTGTACTAACCATCACAGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTAAGTTTT
GCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCATAAAATATCTACTTTAATCTAACCAAATTTCAGCCACAT
TGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATACAGATCTTGTTTCAATTTAATTAGAACTTAATTCG
GAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAAAGCGCATCAATTTTATGGAATTCAATTATAT
ATTTTTCCTGAGTATCGTGGAAAAAAACTCAGAAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAGTCCGAAAT
CGTAGACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCAACTCAGTTTTGCAT
AATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCCAATTTCAGCCAC
Found at i:18117 original size:323 final size:324
Alignment explanation
Indices: 17163--18308 Score: 1618
Period size: 324 Copynumber: 3.5 Consensus size: 324
17153 GCACCGAATT
* ** * *
17163 AAAGCGCGTCAATCTTTTTGGC-ACCAAATTATATAATTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTT
1 AAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTC-AATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTC
* * * * * * *
17227 TGGAAAAAATTTTCTGGTCAGTTTTTAGTCGTAATCGT-GTACTAACCATCACGGATTTTGGGTT
65 AGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAG-ACTAACCATCACGAATTTTGGGCT
* * *
17291 AAAAACGCGTTTCGGGTCCCAGACTTAGTTTTGCAAGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATA
129 AAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATA
*
17356 TCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCTGG
194 TCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGT-TTTACGAGCATCTGG
17421 ATCTTGTTTCAATTTAATTGGAACTTAATTC-GG-AAAAAAATGGAAAAACGATAATTAGAAGCG
258 ATCTTGTTTCAATTTAATTGGAACTTAATTCGGGAAAAAAAATGGAAAAACGA-AATTAGAAGCG
17484 TGA
322 TGA
** *
17487 AAAGCGCATTTATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGCCAAAAAATTCA
1 AAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCA
17552 GAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGACTAACCATCAC-AGATTTTGGGCTA
66 GAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGACTAACCATCACGA-ATTTTGGGCTA
* *
17616 AAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCGTGAAATAT
130 AAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATAT
* * * * * * *
17681 C-----TCATCTGACCAAACTTCAGCGATACTGGACTTAAAGATTTATTTTTACGAGCATCTGGA
195 CTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTT-GTTTTACGAGCATCTGGA
* * ** * * * *
17741 TCTTGTTTTAATTTAATTTAGAACTTAATTCAGAAAAAATAAAATGAAAAAACGACATTGGAAGT
259 TCTTGTTTCAATTTAA-TTGGAACTTAATTC-GGGAAAA-AAAATGGAAAAACGAAATTAGAAGC
17806 GTGA
321 GTGA
*
17810 AAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCA
1 AAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCA
* *
17875 G-AAAAAATTTTCTGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT-GTACTAGCCATCACGAATTTTGGGCTA
66 GAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAG-ACTAACCATCACGAATTTTGGGCTA
*
17938 AAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACGC-GTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATAT
130 AAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATAT
*
18002 CTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAGA
195 CTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTGGA
* * *
18067 TCTTGTTTCAATTTAATTGGAGCTTAATTCGGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTC
259 TCTTGTTTCAATTTAATTGGAACTTAATTCGGGAAAAAAAATGGAAAAACGAAATTAGAAGCGTG
18132 A
324 A
* *
18133 AAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATCATATATTTTTCCTGATTATTGTGGCAAAAAATTCA
1 AAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCA
* *
18198 GAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGACTAACCATCACGGATTTTAGGCTAA
66 GAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGACTAACCATCACGAATTTTGGGCTAA
* * * *
18263 AAACGCGTTTCAAGG-CACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTCTGGCAG
131 AAACGCGTTTC-GGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
18309 GAAATGAAAT
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 75, Indels: 41
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 64 0.09
320 14 0.02
321 39 0.05
322 80 0.11
323 164 0.23
324 263 0.36
325 37 0.05
326 65 0.09
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (324 bp):
AAAGCGCATCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCA
GAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAGACTAACCATCACGAATTTTGGGCTAA
AAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTAAAATATC
TATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTACGAGCATCTGGATC
TTGTTTCAATTTAATTGGAACTTAATTCGGGAAAAAAAATGGAAAAACGAAATTAGAAGCGTGA
Found at i:19022 original size:320 final size:322
Alignment explanation
Indices: 18315--21173 Score: 3228
Period size: 320 Copynumber: 8.9 Consensus size: 322
18305 GCAGGAAATG
* * *** *
18315 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGTATTTGTTTTTACTAGCATCCATATTTTGTTTCAATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* * * *
18380 TTAGAACTTAATTCCGGAAAAAATGGAATAACGATATTAGAAGCGTGTAAGGCGCGTTAATCTTT
66 TTAGAACTTAATT-CGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTT
*** * * ** **
18445 TTGGCACCGAATTATATAATTTTCCTGAGTATTGTGGTAA-AAA-ATTTTGGAAAAAATTTTCTT
130 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGG-AAGAAATACTCAGG-AAAAATTTTCAG
* ** * * *
18508 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGAACCATCATAGATTTTGGGCTAAACACGCGTTTCGGGG
193 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGT
* * * * * *
18573 CCCCGACTCAGGTTTGCATGGTTTTTGGCAGAAAGACTCCATGAAATATCTATTTTAATCTAACC
258 CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACC
* * **
18638 AAATTTCAACTACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCCAGATCTTGTTTCAATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* *
18703 TTAGAACTTAATTCGGGAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTA
66 TTAGAACTTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTT
*** * * * *
18768 TGAAATTGACTTATATATTTTTCCTGAGTATCGTGG-AGCAATACTAAGGAAAAATTTTCAGGTC
131 TGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGAAGAAATACTCAGGAAAAATTTTCAGGTC
* * * *
18832 AGTTTTTAGCCGAAATTGTATACTAACCATCACTGATTTTGGACTAAAAACGTGTTTCGGGTCCC
196 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCC
* * * * *
18897 CAACTCAGTTTTGAATGAATTTTGGCAGAAAGACTCCTT-CAATCTCTATATTCATCTAACC
261 CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACC
* ** *
18958 AAATTTCAGCTACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCCAGATCTTATTTCAATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* *
19023 TTAGAACTTAATTCGGGAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTA
66 TTAGAACTTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTT
** * * * *
19088 TGGAATTGACTTATATATTTTTCCTGAGTATCGTGG-CGCAATACTCAGGAAAAATTTTCAGGTC
131 TGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGAAGAAATACTCAGGAAAAATTTTCAGGTC
* * * * *
19152 AGTTTTCAGCCGAAATTGTATACTAACCATCACAGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTGGGGTCCC
196 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCC
* * * *
19217 CAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGCCTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACC
261 CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACC
*
19279 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTATTTCAATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* * * ** *
19344 TTTAGAACTTAATTCGGAAAAAAAATGAAAAAACGACATTAGAAACCAGAAAAGTGCGTCAATCT
66 -TTAGAACTTAATTCGG--AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCT
* *
19409 TTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAA-AAA-AATCA-GAAAAATTTTCT
128 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGG-AAGAAATACTCAGGAAAAATTTTC-
* * * *
19471 A-GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGATTTTGGGCTAAAAAAGCGATTCGG
191 AGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGG
* ** *
19535 GTCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTAAGCAGAAA-ATCTCCTTAAAATATCTATATATTATCT
256 GTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA-CTCCTTAAAATATCTATAT-TCATCT
19599 AACC
319 AACC
* * *
19603 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACTAGCATGTGGATATTGTTTCAATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* * * * **
19668 TTGGAACTTAATTCGTGAAAAAAATGGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACGCATTTATCTT
66 TTAGAACTTAATTCG-G-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTT
* * * * * * *
19733 TTTGGCGGTCAATTATAAATTTTTCCT-AGTTTTATGGCAA-AAA-ATTCAGAGAAAAAAAAATT
129 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGG-AAGAAATACTCAG-G---AAAAATTT
* *
19795 TCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAG-ACTAACCATCACGGATTTTGGTCTAAAAACGCGTTT
189 TCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT-GTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTT
* * * * * * *
19859 CGGGGCCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCATGAAATATGTATTTTAATC
253 CGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATC
19924 TAACC
318 TAACC
* * **
19929 AAATTTCAGCTACATTGGACTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCAGATCTTGTTTCAATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* * *
19994 TTAGAACTTAATTCGG-GAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCACGTCAATCTTTA
66 TTAGAACTTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTT
** * * * * * *
20058 TGGAATTGACTTATATATTCTTCCTGAGTATCGTGG-CGCAATACTTAGGAAAAATTTTCAGGTC
131 TGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGAAGAAATACTCAGGAAAAATTTTCAGGTC
* *
20122 AGTTTTTAGCCGAAAT--TGTA-T-A-CGTCACGTATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCC
196 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCC
** * * *
20182 AAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGCCTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACA
261 CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACC
* * * * * **
20244 AAACTTCAGCAACATTAGACTTAAGGATTTGATTTTACGAGCAACTGGATCAAGTTTCAATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* ** * * * * * * *
20309 TTTGATTTTAATTCGGAAAAAATGGAAAACCAATATTAAAAGCCTTAAAAGCACGTTAATCTTTT
66 TTAGAACTTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTT
** * *
20374 TGGCGTCCAATTATATATTTTTCCT-AGATATTGTGGAA-AGAAT--TCAGAAAAAAAATTAT-A
131 TGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAG-TATTGTGGAAGA-AATACTCAG--GAAAAATTTTCA
* * *
20434 -GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGGATTTTGGACTAAAAACGTGTTTCGAG
192 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGG
* * * * *
20498 TCCCCAACTTAGTTTTACAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAA-ATCCATATTCATCTAA
257 TCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTT-AAAATATCTATATTCATCTAA
20562 CC
321 CC
* * * * **
20564 GAATTTCAACCACATTGGACTTAAGGATTTGATTTTACGAGCAACTGGATCAAGTTTCAATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* ** ** * * * *
20629 TTTGATTTTAATTCGGAAAAGCTGGAAAAACAATATTAAAAGCTTGAAAAGCGCGTTAATCTTTT
66 TTAGAACTTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTT
** * * *
20694 TGGCGTCCAATTATATATTTTTCCTGACTATTGTGGAA-AGAAT--TCAGAAAAAATTTT-ATAG
131 TGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGAAGA-AATACTCAGGAAAAATTTTCA-GG
* *
20755 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTC
194 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTC
* * *
20820 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTGGGCAGAAAAACTCCTTAAAATATC-----CCATCTAACC
259 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACC
* *
20879 AAATTTCAGCTACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGGATCTTGTTT-AATTTAA
1 AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
* * * * * *
20943 TTAGAACATAATTCTGGAAAAAAATGG-GAAACAATATTAGAAACCTAAAAAGCGCGTCAATCTT
66 TTAGAACTTAATTC-GG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTT
* * * * * *
21007 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTTGATTATCGTCGGAA-AAA-ATTCAGAAAAAAATTTTCT
129 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGT-GGAAGAAATACTCAG-GAAAAATTTTCA
* * *
21070 GGTCAGTTTATAGCCGAAAACGTGTACTAACCATCACGGATTTT-GAGCTAATAACGCGTTTCGG
192 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGA-CTAAAAACGCGTTTCGG
* * * * *
21134 GTCTCTGACTTAGTTTTGCATAATTTTAGGCAGAAAGACT
256 GTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACT
21174 ACTTGCCACA
Statistics
Matches: 2203, Mismatches: 285, Indels: 102
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
314 17 0.01
315 302 0.14
316 85 0.04
317 117 0.05
318 13 0.01
319 5 0.00
320 680 0.31
321 190 0.09
322 113 0.05
323 323 0.15
324 160 0.07
325 3 0.00
326 81 0.04
327 112 0.05
328 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (322 bp):
AAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGGATCTTGTTTCAATTTAA
TTAGAACTTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTT
TGGCGTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGAAGAAATACTCAGGAAAAATTTTCAGGTC
AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGACTAAAAACGCGTTTCGGGTCCC
CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACC
Found at i:22082 original size:320 final size:318
Alignment explanation
Indices: 21213--22516 Score: 1523
Period size: 321 Copynumber: 4.1 Consensus size: 318
21203 TTTACGAGCT
* * * * *
21213 TAACCATCACGGATTTTGAGCTAAAAACGCATTTCGGGTCTCCGATTTAGTTTTGCATGATTTTT
1 TAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * * *
21278 GACAGAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGG
66 GGCAGAAAAACTCCTTGAAATATC-ATACTCATCTAACTAAACTTC-GCCACATTGGACTTAAGG
* * * * *
21343 ATTTGA-TTTTACAAGCTTCTGGATCATGTTTTAATTTAATTGGAACTTAATTCGGAAAAAAAAT
129 ATTT-ATTTTTACGAGCATCTGAATCCTGTTTTAATTTAATTAGAACTTAATTC-G-AAAAAAAT
* * * * * *
21407 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAATGCGCTTCAATCTTTATAGG-GTTGAATTATATATTTTT
191 GAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTT-TTGGCGTTCAATTATATATTTTT
* * ** *
21471 CCTGAGTATTGTGTCAAAAAATTCAGAAAAAAAAAATTTC--GTCAGTTTTTTTGCATAATTCGT
255 CCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAG---AAAAAAATTTCTGGTCAG--TTTTAGCCGAAATCGT
*
21534 CTAC
315 GTAC
* * * * * * * * *
21538 TATCTATCACGGATTTTGGGCTAAAAATGCGTTTTTGGG-CCCCTACTAAGTTTTTCGTGACTTT
1 TAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCG-TTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * * * * *
21602 TGGCAGACAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC-AAAATT--TCACATTAGACTTAAGA
65 TGGCAGAAAAACTCCTTGAAATATC-ATACTCATCTAACTAAACTTCGCCACATTGGACTTAAGG
* * * *
21664 ATTTGTTTTAACCAGCATCTGAGT-CT-TTTTACAATTTAATTAGAACTTAATTCGAAAAAAAAA
129 ATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCCTGTTTT--AATTTAATTAGAACTTAATTCG--AAAAAAA
* * * * * * *
21727 TGGAAAAACGATATTAGAAGCCTAAAAAGCGCGTCAATATTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTT
190 TGAAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTT
* * *
21792 CTTGTGTATTGT-GCAAAAAAATTCAGAAAAAAATTTCTTGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
255 CCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTCAGAAAAAAATTTCTGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
*
21856 TAACCATCACGGATTTGGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
1 TAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* *
21921 GGCAGAAAAACTTCTTGAAATATC-TCCTCATCTAACTAAACTTCCGCCACATTGGACTTAAGGA
66 GGCAGAAAAACTCCTTGAAATATCATACTCATCTAACTAAACTT-CGCCACATTGGACTTAAGGA
* *
21985 TTTATTTTTACGAGCATTTGAATCCTGTTTTAATTTAATTTAGAACTTAATTCGGAAAAAATGAA
130 TTTATTTTTACGAGCATCTGAATCCTGTTTTAATTTAA-TTAGAACTTAATTCGAAAAAAATG-A
*
22050 AAAAACGACATTAGATGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCT
193 AAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCT
* * *
22115 AAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATTTTCTGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
258 GAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAATTTCTGGTC-AGTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * *
22177 TAACCATCACGGATTTGGGGCTAGAAACGCGTTTCGAGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
1 TAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* *
22242 GGCAGAAAAACTTCTTG-AA-AT-AT-CTCATCTAACTAAACTTCTGCCACATTGGATTTAAGGA
66 GGCAGAAAAACTCCTTGAAATATCATACTCATCTAACTAAACTTC-GCCACATTGGACTTAAGGA
* *
22303 TTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATTTAGAACTTAATTCGAAAAAAATGAA
130 TTTATTTTTACGAGCATCTGAATCCTGTTTTAATTTAA-TTAGAACTTAATTCGAAAAAAATG-A
*
22368 AAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATA-TTTTCTT
193 AAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCT
* *
22432 GAGTATTGTGGC-AAAAATTC--AAAAAAATTTCTGGTCAGTTTCTACCCGAAATCGTGTAT
258 GAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAATTTCTGGTCAGTTT-TAGCCGAAATCGTGTAC
*
22491 TAACCCATCACGAATTTTGGGCTAAA
1 TAA-CCATCACGGATTTTGGGCTAAA
Statistics
Matches: 856, Mismatches: 99, Indels: 58
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
313 4 0.00
314 33 0.04
315 19 0.02
316 18 0.02
317 29 0.03
318 247 0.29
319 15 0.02
320 141 0.16
321 255 0.30
322 4 0.00
324 5 0.01
325 80 0.09
326 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (318 bp):
TAACCATCACGGATTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGCAGAAAAACTCCTTGAAATATCATACTCATCTAACTAAACTTCGCCACATTGGACTTAAGGAT
TTATTTTTACGAGCATCTGAATCCTGTTTTAATTTAATTAGAACTTAATTCGAAAAAAATGAAAA
AACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTCCTGAG
TATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAATTTCTGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
Done.