Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01012946.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig12967, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20791
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.19, T:0.33
Found at i:5162 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5138--5186 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
5128 CAGCTGGGGG
* * *
5138 CCCATGTGGTATGCTTGGCGC
1 CCCATGTGGTATGCCTCGCGA
*
5159 CCCATGTGGTTTGCCTCGCGA
1 CCCATGTGGTATGCCTCGCGA
5180 CCCATGT
1 CCCATGT
5187 CCTCCAGTGC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 24 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.33, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
CCCATGTGGTATGCCTCGCGA
Found at i:9094 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 9055--9463 Score: 462
Period size: 35 Copynumber: 11.8 Consensus size: 34
9045 AGTAATAAGA
9055 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTGAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AAT
* * *
9090 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTAAGTCAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AAT
* * *
9125 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
* * * * *
9160 GATTTAATTTAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
9194 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-AT
* * *
9229 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
* * *
9264 AATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
9298 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-AT
*
9333 AACTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGTCAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-T
* **
9368 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
* *
9403 AACTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-T
*
9438 AATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
9464 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 46, Indels: 22
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 65 0.21
35 247 0.78
36 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (34 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
Found at i:9271 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 9045--9463 Score: 533
Period size: 139 Copynumber: 3.0 Consensus size: 139
9035 AAGGTGAATC
9045 AGTAATAAGA-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-GAATAACTTAATTCAGGGTAAT
1 AGTAAT-AGATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAG-ATAACTTAATTCAGGGTAAT
* * * * * * *
9108 TAAGTTAGTAAGTCAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTGATTTAATTTAGG
64 TAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAATTTAATTCAGG
9173 GTAATTAAGTA
129 GTAATTAAGTA
* * *
9184 ATTTAGTA-ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGATAACTTAATTCAGGGTAAT
1 A-GTAATAGAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGATAACTTAATTCAGGGTAAT
* * * * * * *
9247 TAAGAAATTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGG
64 TAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAATTTAATTCAGG
9312 GTAATTAAGTA
129 GTAATTAAGTA
* * *
9323 AGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGTCAGTA-AGTAGCTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTAATAGATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGA-TAACTTAATTCAGGGTAATT
* * * * *
9387 AAGTAAGTCAGTTAGCAACTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAAGTAATTTAATTCAGGG
65 AAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAATTTAATTCAGGG
9452 TAATTAAGTA
130 TAATTAAGTA
9462 AG
1 AG
9464 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 35, Indels: 14
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
138 32 0.13
139 175 0.74
140 31 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (139 bp):
AGTAATAGATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGATAACTTAATTCAGGGTAATTA
AGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAATTTAATTCAGGGT
AATTAAGTA
Found at i:9278 original size:104 final size:104
Alignment explanation
Indices: 9058--9459 Score: 567
Period size: 104 Copynumber: 3.8 Consensus size: 104
9048 AATAAGAAAC
*
9058 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTGAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTAAGTC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAA-T-
*
9122 AG-TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTGAT
63 AGATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTAAT
* * *
9163 TTAATTTAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGA
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGA
9228 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTAAT
66 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTAAT
* * *
9267 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGG
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGA
** * * * **
9332 TAACTTAATTCAGGGTAATTAATTAAGTCAGTAAGTAGC
66 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTAAT
* * *
9371 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGCAACTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATA-
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAG
*
9435 AGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAG
65 A-TAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
9460 TAAGGGTAAT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 22, Indels: 8
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
103 2 0.01
104 191 0.70
105 78 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (104 bp):
TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGA
TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTAAT
Found at i:9465 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 9448--9474 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
9438 AATTTAATTC
9448 AGGGTAATTAAGTA
1 AGGGTAATTAAGTA
9462 AGGGTAATTAAGT
1 AGGGTAATTAAGT
9475 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (14 bp):
AGGGTAATTAAGTA
Found at i:11651 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 11614--11678 Score: 78
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
11604 ACTGCTAGGG
*
11614 GCGTTT-TTACAAATAAAACGCCGTTGGATTGTA
1 GCGTTTATTACAAA-AAAACGCCGCTGGATTGTA
* * *
11647 GCGTTTATTAGAAACAAACGCCGCTGTATTGT
1 GCGTTTATTACAAAAAAACGCCGCTGGATTGT
11679 GGCCCAAAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 21 0.78
34 6 0.22
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (33 bp):
GCGTTTATTACAAAAAAACGCCGCTGGATTGTA
Found at i:12701 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 12621--12726 Score: 185
Period size: 53 Copynumber: 2.0 Consensus size: 53
12611 AACATAAAGC
* *
12621 TTTCAACAACAATTAAAAAGTGAGTAACCCAAAAAACTGCTTGAATGATCCAA
1 TTTCAACAACAATTAAAAAGTGAGTAACCAAAAAAACTCCTTGAATGATCCAA
*
12674 TTTCAACAACAATTAAAAAGTGAGTAACTAAAAAAACTCCTTGAATGATCCAA
1 TTTCAACAACAATTAAAAAGTGAGTAACCAAAAAAACTCCTTGAATGATCCAA
12727 GAACCATATA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 50 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.18, G:0.10, T:0.24
Consensus pattern (53 bp):
TTTCAACAACAATTAAAAAGTGAGTAACCAAAAAAACTCCTTGAATGATCCAA
Found at i:17888 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17864--17906 Score: 86
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
17854 CATTCTATAA
17864 ATATAACTTTATTATCTCAAC
1 ATATAACTTTATTATCTCAAC
17885 ATATAACTTTATTATCTCAAC
1 ATATAACTTTATTATCTCAAC
17906 A
1 A
17907 GCGTATTTCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
ATATAACTTTATTATCTCAAC
Found at i:19473 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19449--19489 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
19439 CGTATATGTC
*
19449 TTTGAAGA-TTGATTGAA
1 TTTGAAGATTTGATGGAA
19466 TATTGAAGATTTGATGGAA
1 T-TTGAAGATTTGATGGAA
19485 TTTGA
1 TTTGA
19490 GTCAAAGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.05
18 11 0.52
19 9 0.43
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.24, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
TTTGAAGATTTGATGGAA
Done.