Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013127.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13148, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9052
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Found at i:708 original size:21 final size:21
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Indices: 682--730 Score: 98
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
672 CAAACATTTT
682 TTCAACATCAAACACATTGCA
1 TTCAACATCAAACACATTGCA
703 TTCAACATCAAACACATTGCA
1 TTCAACATCAAACACATTGCA
724 TTCAACA
1 TTCAACA
731 GAAGCAATTC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 28 1.00
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Consensus pattern (21 bp):
TTCAACATCAAACACATTGCA
Found at i:978 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 970--1066 Score: 167
Period size: 3 Copynumber: 32.3 Consensus size: 3
960 GCTATCCCAC
970 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
* * *
1018 TTA TTA TTA TTA TCA TTA TCA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TCA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1066 T
1 T
1067 CATCATCATC
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 6, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 88 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:4097 original size:202 final size:199
Alignment explanation
Indices: 3403--4259 Score: 963
Period size: 202 Copynumber: 4.3 Consensus size: 199
3393 TTACTAAAAG
* **
3403 ACTTCTTAACCCGCTTAT-GAAATCCAAAATTTACATTGACAAGTGTATTAAATAATAATCCTAT
1 ACTTCTTAACCCGCTTATAG-AGTCCAAAATTTACATTGAC-AGTGTATTGTATAATAATCCTAT
* * * * *
3467 AAGAAAATTTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACGTACGGGATTAAACTTTA
64 AAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGG----GA-TTTA
*
3532 ACGGTTGACATGGGTA-CCC-TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAA
124 AGGGTTGACAT--GTATCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAA
3591 TAGGGTATGTGTCA
187 T-GGGTATGTGTCA
* * * * * *
3605 ACTTCTTAACCCGTTTACAGAGTCCAAAATTTACACTAACA--GTATCGTACAATAATCCTATAA
1 ACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
* * * * ** *
3668 GAACAATTATACAATA-TCCGT-AGGTGGATTTTAGTAGACTGCACGTGC-ATGATTTAGGGGTT
66 GAAAAATTATACAATACACCGTCA-GTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTTAAGGGTT
* * * *
3730 GACATGTGTCCCCTTAGGAAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTAT
130 GACATGTATCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATG-GGTAT
3795 GTGTCA
194 GTGTCA
* * * * * *
3801 ACTTCTTAACCCGTTTACAGAGTCCAAAATTTACACTAATAGTGTATCGTATAATAATCCTATAA
1 ACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
* * *
3866 GAACAATTATGCAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGA-TTAAGGGTTG
66 GAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTTAAGGGTTG
* *
3930 ACATGTATCCCTTTAGGGAATATTTATTAATAATTAAATATCTAATTAATTATGAAATAGGGTAT
131 ACATGTATCCCTTTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGGTAT
3995 GTGTCA
194 GTGTCA
*
4001 ACTTCTTAACCCAGCTTATAGAGTTCAAAATTTAACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTAT
1 ACTTCTTAACCC-GCTTATAGAGTCCAAAATTT-ACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTAT
* * * * **
4066 AAAAAAAATTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGTAGACTGCATGTGCATGG-TTTAAGGGT
64 AAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTTAAGGGT
* * * *
4130 TGATATGTGTCATCTTT-GGGAATATG-ATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGAT
129 TGACATGTATC-CCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG-T
*
4193 ATGTGTTA
192 ATGTGTCA
* * *
4201 ACTTCATAACCCGCTTATGGAGTCCAAAAGTTACATTGACAGTGTATTTGTATAATAAT
1 ACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTA-TTGTATAATAAT
4260 TCTTATTATA
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 68, Indels: 47
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
190 2 0.00
191 3 0.01
192 38 0.07
193 1 0.00
194 1 0.00
195 1 0.00
196 64 0.11
197 1 0.00
198 74 0.13
199 126 0.22
200 93 0.16
201 25 0.04
202 131 0.23
203 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (199 bp):
ACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
GAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTTAAGGGTTG
ACATGTATCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGTATGT
GTCA
Found at i:4213 original size:400 final size:393
Alignment explanation
Indices: 3454--4259 Score: 1027
Period size: 400 Copynumber: 2.0 Consensus size: 393
3444 AGTGTATTAA
3454 ATAATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACGTACG
1 ATAATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACGTACG
3519 GGATTAAACTTTAACGGTTGACATGGGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAAT
66 GG---AAAC-TTAACGGTTGACAT-GGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAAT
*
3584 TATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTACAGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTA
126 TATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTACAGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTA
* * * *
3649 TCGTACAATAATCCTATAAGAACAATTATACAATATCCGTAGGTGGATTTTAGTAGACTGCACGT
191 TCGTACAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATAACCGTAGGTGGAGTTTAGTAGACTGCACGT
* * **
3714 GCATGATTTAGGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGAAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAA
256 GCATGATTTAAGGGTTGACATGTGTCACCTTAGGAAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAA
* * * *
3779 TTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTACAGAGTCCAAAATTTACACTAATAGT
321 TTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCATAACCCGCTTACAGAGTCCAAAAGTTACACTAACAGT
3844 GTA-TCGT
386 GTATTCGT
* * *
3851 ATAATAATCCTATAAGAACAA-TTATGCAATACA-CAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG
1 ATAATAATCCTATAAGAA-AATTTATACAATACACCA-TCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACGTA
* * *
3914 CGGG-GA-TTAAGGGTTGACAT-GTATCCCTTTAGGGAATATTTATTAATAATTAAATATCTAAT
64 CGGGAAACTTAACGGTTGACATGGTA-CCC-TTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATA--T--T
* * * *
3976 TAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCAGCTTATAGAGTTCAAAATTTAACATTG
122 TAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCC-GCTTACAGAGTCCAAAATTT-ACACTA
* *
4041 ACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATACACCGTTA-GTGGAGTTTAGTA
185 ACA--GTATCGTACAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATA-ACCG-TAGGTGGAGTTTAGTA
* * * * * *
4105 GACTGCATGTGCATGGTTTAAGGGTTGATATGTGTCATCTTTGGGAATATG-ATTAATATCAAAT
246 GACTGCACGTGCATGATTTAAGGGTTGACATGTGTCACCTTAGGAAATATGTATTAATATCAAAT
* **
4169 ATTTAATTAATTATGAAATG-GGATATGTGTTAACTTCATAACCCGCTTATGGAGTCCAAAAGTT
311 ATTTAATTAATTATGAAATGAGG-TATGTGTCAACTTCATAACCCGCTTACAGAGTCCAAAAGTT
* * *
4233 ACATTGACAGTGTATTTGT
375 ACACTAACAGTGTATTCGT
4252 ATAATAAT
1 ATAATAAT
4260 TCTTATTATA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 37, Indels: 30
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
389 3 0.01
390 3 0.01
391 31 0.09
392 8 0.02
393 1 0.00
394 1 0.00
396 40 0.11
397 75 0.21
398 9 0.03
399 2 0.01
400 111 0.31
401 69 0.19
402 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (393 bp):
ATAATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACGTACG
GGAAACTTAACGGTTGACATGGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGA
AATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTACAGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTATCGTA
CAATAATCCTATAAAAAAAATTATACAATAACCGTAGGTGGAGTTTAGTAGACTGCACGTGCATG
ATTTAAGGGTTGACATGTGTCACCTTAGGAAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTATG
AAATGAGGTATGTGTCAACTTCATAACCCGCTTACAGAGTCCAAAAGTTACACTAACAGTGTATT
CGT
Found at i:4864 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4835--4877 Score: 77
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
4825 ATATTTACTT
*
4835 TAAATTTTGAATTAAATCCGG
1 TAAAATTTGAATTAAATCCGG
4856 TAAAATTTGAATTAAATCCGG
1 TAAAATTTGAATTAAATCCGG
4877 T
1 T
4878 GCAACGCACG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
TAAAATTTGAATTAAATCCGG
Found at i:8469 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 8425--8471 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
8415 TTTCTAAAGA
*
8425 ATTTGGGAATGGTGCATATGATT
1 ATTTGGGAATGGTGCAAATGATT
* *
8448 ATTTGGGGATGGTGAGAAATGATT
1 ATTTGGGAATGGTG-CAAATGATT
8472 TGTGTATAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 13 0.65
24 7 0.35
ACGTcount: A:0.28, C:0.02, G:0.34, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
ATTTGGGAATGGTGCAAATGATT
Found at i:8757 original size:219 final size:220
Alignment explanation
Indices: 8323--9052 Score: 1072
Period size: 219 Copynumber: 3.3 Consensus size: 220
8313 TTCCACCATT
*
8323 ATATAGACGTGGTTTATTAAATTAATTAG-ATCCGTAAAATATGGATTAAAGCACTTTTTAAAGT
1 ATATAGACGTGGTTTATTCAATTAATTAGAAT-C-TAAAATATGGATTAAAGCACTTTTTAAAGT
* * * * *
8387 CAAATTTGTGTATATGAGAAAATATCAATTTCTAAAGAATTTGGGAATGGTGCATATGATTATTT
64 CAAATTTGTGTATATGAGAAAATGTCAATCTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATAAGATTAATT
* * * *
8452 GGGGATGGTGAGAAATGATTTGTGTATAAAGTATATCACTTTGGGGATACTGAATTTCACATTTT
129 GGGGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCATTTTGGGGATACTGAATTTTACATTTT
*
8517 GTTTAATTATGAGATGACGCTAAAATC
194 GTTTAATTATGAGACGACGCTAAAATC
* *
8544 ATATATACGTGGTTTATTCAATTAATTAG-ATCCTAAAATATGGATTAAAACACTTTTTAAAGTC
1 ATATAGACGTGGTTTATTCAATTAATTAGAAT-CTAAAATATGGATTAAAGCACTTTTTAAAGTC
* *
8608 AAATTTGTGTATACGAAAAAATGTCAATCTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATAAGATTAATT-
65 AAATTTGTGTATATGAGAAAATGTCAATCTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATAAGATTAATTG
* * *
8672 GGGATGATGAAAAATGATTTGGGTATAAACTATATCATTTTGGGGATACTGAATTTTTCATTTTG
130 GGGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCATTTTGGGGATACTGAATTTTACATTTTG
*
8737 TTCAATTATGAGACGACGCTAAAATC
195 TTTAATTATGAGACGACGCTAAAATC
* ** *
8763 ATATAGACGTGGTTTATTCCATTAATTAGAATGAAAAATATGGTTTAAAGCACTTTTTAAAGTCA
1 ATATAGACGTGGTTTATTCAATTAATTAGAATCTAAAATATGGATTAAAGCACTTTTTAAAGTCA
* * * * *
8828 AATTTGTGTATATGAGAGAATGTCAATCTTTAAACAATCTGGGGATGGTGCATAAGATTCATTGG
66 AATTTGTGTATATGAGAAAATGTCAATCTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATAAGATTAATTGG
* *
8893 GGATGATGAGAAATTATTTGGGTATAAAGTATATCATTTTGGGGATACTGAATTTTGCTATTTTT
131 GGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCATTTTGGGGATACTGAATTTTAC-A-TTTT
*
8958 GTTTAATTATGAGAGGACGCTAAAATC
194 GTTTAATTATGAGACGACGCTAAAATC
* *
8985 ATATAGACGTGGTTTATTCAATTAATTAGAAT-GAAAAGTATGGTTTAAAGCTACTTTTTAAAGT
1 ATATAGACGTGGTTTATTCAATTAATTAGAATCTAAAA-TATGGATTAAAGC-ACTTTTTAAAGT
9049 CAAA
64 CAAA
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 40, Indels: 10
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
219 194 0.42
220 144 0.31
221 36 0.08
222 73 0.16
223 16 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (220 bp):
ATATAGACGTGGTTTATTCAATTAATTAGAATCTAAAATATGGATTAAAGCACTTTTTAAAGTCA
AATTTGTGTATATGAGAAAATGTCAATCTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATAAGATTAATTGG
GGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCATTTTGGGGATACTGAATTTTACATTTTGT
TTAATTATGAGACGACGCTAAAATC
Done.