Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01001314.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig01314, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 8925
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.33


Found at i:650 original size:352 final size:353

Alignment explanation


    Indices: 2--651  Score: 1189
    Period size: 352  Copynumber: 1.8  Consensus size: 353

          1 A

                                                                          *  
          2 AAGACTTAAGGTGCATTAAAGTTGTTAAGTAATGAACAAACAAAAATAGAACTACAACTTGAGAT
          1 AAGACTTAAGGTGCATTAAAGTTGTTAAGTAATGAACAAACAAAAATAGAACTACAACTTGAAAT

                                                                             
         67 AAGTTAATTATGGGAGAAAAAAGCTTTAATTATTAATCAAATAAAGTTATTAAAACGGACCCTAT
         66 AAGTTAATTATGGGAGAAAAAAGC-TT-ATTATTAATCAAATAAAGTTATTAAAACGGACCCTAT

                                                  *                   *      
        132 CCTTTTTTTTTATTGACTCCTTTAGGTTGATATATCTATTTTGTGCTCGCTATTATACTTCATAT
        129 CCTTTTTTTTTATTGACTCCTTTAGGTTGA-ATATCTACTTTGTGCTCGCTATTATACCTCATAT

                                                                             
        197 ATCTATCTCTACATAATTATTATTCCCATAAAACTACAAAAGCATATGTTTCAACCTTTCAAATT
        193 ATCTATCTCTACATAATTATTATTCCCATAAAACTACAAAAGCATATGTTTCAACCTTTCAAATT

                                                                             
        262 TAAGATTAAGTTAAAGTACTTAAATGTTGATTATTAATTATTTAGTTATTCAATTTTTAATAGTA
        258 TAAGATTAAGTTAAAGTACTTAAATGTTGATTATTAATTATTTAGTTATTCAATTTTTAATAGTA

                                           
        327 TACATATTGGTAGGCCCTATATAATATATAT
        323 TACATATTGGTAGGCCCTATATAATATATAT

                                                                             
        358 AAGACTTAAGGTGCATTAAAGTTGTTAAGTAATGAACAAACAAAAATAGAACTACAACTTGAAAT
          1 AAGACTTAAGGTGCATTAAAGTTGTTAAGTAATGAACAAACAAAAATAGAACTACAACTTGAAAT

                                                                             
        423 AAGTTAATTATGGGAGAAAAAAAGC-T-TTATTAATCAAATAAAGTTATTAAAACGGACCCTATC
         66 AAGTTAATTATGGGAG-AAAAAAGCTTATTATTAATCAAATAAAGTTATTAAAACGGACCCTATC

                            *                                                
        486 CTTTTTTTTTCATTGAGTCCTTTAGGTTG-ATATCTACTTTGTGCTCGCTATTATACCTCATATA
        130 CTTTTTTTTT-ATTGACTCCTTTAGGTTGAATATCTACTTTGTGCTCGCTATTATACCTCATATA

                                                              *              
        550 TCTATCTCTACATAATTATTATTCCCATAAAACTACAAAAGCATATGTTTGAACCTTTCAAATTT
        194 TCTATCTCTACATAATTATTATTCCCATAAAACTACAAAAGCATATGTTTCAACCTTTCAAATTT

                                                 
        615 AAGATTAAGTTAAAGTACTTAAATGTTGATTATTAAT
        259 AAGATTAAGTTAAAGTACTTAAATGTTGATTATTAAT

        652 AATATAGGAT


Statistics
Matches: 287,  Mismatches: 5, Indels: 8
        0.96            0.02        0.03

Matches are distributed among these distances:
 352  134  0.47
 353   47  0.16
 354   17  0.06
 355    1  0.00
 356   80  0.28
 357    8  0.03

ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.38


Consensus pattern (353 bp):   
AAGACTTAAGGTGCATTAAAGTTGTTAAGTAATGAACAAACAAAAATAGAACTACAACTTGAAAT
AAGTTAATTATGGGAGAAAAAAGCTTATTATTAATCAAATAAAGTTATTAAAACGGACCCTATCC
TTTTTTTTTATTGACTCCTTTAGGTTGAATATCTACTTTGTGCTCGCTATTATACCTCATATATC
TATCTCTACATAATTATTATTCCCATAAAACTACAAAAGCATATGTTTCAACCTTTCAAATTTAA
GATTAAGTTAAAGTACTTAAATGTTGATTATTAATTATTTAGTTATTCAATTTTTAATAGTATAC
ATATTGGTAGGCCCTATATAATATATAT
Done.