Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013184.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13205, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 817
Length: 1362
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.21, T:0.32
Found at i:312 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 270--1346 Score: 992
Period size: 35 Copynumber: 31.7 Consensus size: 35
260 TCAGTAATAT
*
270 GTAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
305 ATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC----A
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
336 GCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAG
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
370 GTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
401 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAA
* *
437 GTAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGTAAGTC----A
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
468 GCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAG
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
502 GTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
533 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAA
* * **
569 GTAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGT--G--AGCCA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
600 GTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAATTCAGTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
635 TTAACTTAATTCAGAGTGATTAAGTAAGTCAGTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
670 -TCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA
1 GT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
705 -TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA
1 GT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
741 -TCAACTTTAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTCGGTAA
1 GT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
777 -TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA
1 GT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
812 -TCAACTTTAATTCGGGGTAATTAAGTGATTCAGTAA
1 GT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
** *
848 -TAAGCTTAATTCA-GG--A-CGATTAAGTCAGTAA
1 GTAA-CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * * * *
879 GTAGCTTAATTAAGGGTAATTAAGCAGGTCAGTTA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
914 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACTCATTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
949 GAAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAATTCAGTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
** *
984 -TAAGCTTAATTCAGGGCGA-T---TAAGTCAGTAC
1 GTAA-CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * * * *
1015 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGCAGGTCATTTA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
1050 GTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACTCATTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
** *
1085 AAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
1120 TTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTTAGTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAA
1155 -TCAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAA
1 GT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
1186 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
1221 GTAACTTAACTCAGGGTAAATT-AG---GTCAGTAA
1 GTAACTTAATTCAGGGT-AATTAAGTAAGTCAGTAA
* * * **
1253 GTAGCTTATTTCAGGATAATTAAGTAAGTCAGTTG
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
1288 GTAACTTAATTCAGGGTAATT-AGTAAGTCATTGA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
1322 -TCGACCTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 GT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1347 TTAGTAAGAT
Statistics
Matches: 862, Mismatches: 126, Indels: 108
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 10 0.01
31 189 0.22
32 36 0.04
33 4 0.00
34 74 0.09
35 385 0.45
36 164 0.19
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
Found at i:510 original size:101 final size:100
Alignment explanation
Indices: 270--1346 Score: 808
Period size: 101 Copynumber: 10.6 Consensus size: 100
260 TCAGTAATAT
* * *
270 GTAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTAAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAAT-AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
335 ----AGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATA
65 AGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT--CA
* *
369 GGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT--A-AGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGT
1 -GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGT
* *
431 CAGTTAGTAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGTAAGTCA
64 CAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
*
468 GCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTC
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATA-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
528 AGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTA
65 AGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTC----A
* * * * * *
569 GTAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGTGAG-C--CAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAATTCA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * * *
631 GTAATTAACTTAATTCAGAGTGATTAAGTAAGTCA
66 GTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * * *
666 GTAATCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 G---T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * * *
731 GAGTCAG-TAATCAACTTTAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTCGGTA
60 AAGTCAGTTAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC---A
* * * * * * *
776 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCGGGGTAATTAAGTGAT
1 GT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *** * *
841 TCAG-TAATAAGCTTAATTCAGGACGATTAAGTCAGTAA
63 TCAGTTAGTAA-CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * * * * *
879 GTAGCTTAATTAAGGGTAATTAAGCAGGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACTC
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA-ATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * *
944 A-TTAAGAAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAATTCA
65 AGTT-AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
** * * * * *
980 GTAATAAGCTTAATTCAGGGCGATTAAGTCAGT--A-CGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGCAG
1 G---TAA-CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
* * *
1042 GTCATTTAGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACTCA
62 GTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * * *
1081 TTAAAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGT-
1 GT----AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA-ATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * *
1145 AGTTTAG-TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAA
61 AG-TCAGTTAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * *
1186 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAACTCAGGGTAAATT-AG---GT
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA-ATAGTAACTTAATTCAGGGT-AATTAAGTAAGT
* * * *
1247 CAGTAAGTAGCTTATTTCAGGATAATTAAGTAAGTCA
64 CAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * *
1284 GTTGGTAACTTAATTCAGGGTAATT-AGTAAGTC-ATTGATCGACCTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 ----GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAG-T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1347 TTAGTAAGAT
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 119, Indels: 120
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
96 55 0.07
97 13 0.02
98 73 0.09
99 9 0.01
100 35 0.04
101 294 0.37
102 90 0.11
103 5 0.01
104 8 0.01
105 73 0.09
106 49 0.06
107 92 0.12
110 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (100 bp):
GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
GTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
Found at i:629 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 606--670 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 3.8 Consensus size: 17
596 GCCAGTAACT
606 TAATTCAGGATAATTAAG
1 TAATTCA-GATAATTAAG
*
624 TAATTCAG-TAATTAACT
1 TAATTCAGATAATTAA-G
*
641 TAATTCAGAGTGATTAAG
1 TAATTCAGA-TAATTAAG
*
659 TAAGTCAG-TAAT
1 TAATTCAGATAAT
671 CAACTTAGTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 8
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.26
17 9 0.23
18 14 0.36
19 6 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
TAATTCAGATAATTAAG
Found at i:1277 original size:67 final size:66
Alignment explanation
Indices: 270--1310 Score: 422
Period size: 66 Copynumber: 15.3 Consensus size: 66
260 TCAGTAATAT
* * * *
270 GTAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTAAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATT-AG---GTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTC
335 ----A
62 AGTTA
* * * * *
336 GCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAGGTCAGT-A-A-GTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTCA
*
397 GTAA
63 GTTA
* * * *
401 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTAGTTCAGGGA-AATTAAGTAAG
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATT-AG----GTCAGTAAGTAGCTTAATTCA-GGATAATTAAGTAAG
465 TC----A
60 TCAGTTA
* * * * *
468 GCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCA
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAGGTCAGT-A-A-GTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTCA
*
529 GTAA
63 GTTA
* * * *
533 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTAGTTCAGGGA-AATTAAGT--G
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATT-AG----GTCAGTAAGTAGCTTAATTCA-GGATAATTAAGTAAG
**
595 --AGCCA
60 TCAGTTA
* * * * *
600 GTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAATTCAGTAATTAACTTAATTCA-GAGTGATTAAGTAAGT
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATT-AG---GTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGA-TAATTAAGTAAGT
664 CAG-TA
61 CAGTTA
* * * * *
669 ATCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGA
1 GT-AACTTAATTCAGGGTAATT-A--G-GTCAGTAAGT-AGC-TTAATTCAGGATAATTAAGTAA
733 GTCAG-TA
59 GTCAGTTA
* * * * * *
740 ATCAACTTTAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTCGGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGA
1 GT-AAC-TTAATTCAGGGTAATT-A--G-GTCAGTAAGT-AGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAA
804 GTCAG-TA
59 GTCAGTTA
* * **
811 ATCAACTTTAATTCGGGGTAATTAAGTGATTCAGTAA-TAAGCTTAATTCAGGACGA-T---TAA
1 GT-AAC-TTAATTCAGGGTAATT-AG-G--TCAGTAAGT-AGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAA
*
871 GTCAGTAA
59 GTCAGTTA
* * * * * *
879 GTAGCTTAATTAAGGGTAATTAAGCAGGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACTC
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATT----AGGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTC
944 A-TTAA
62 AGTT-A
* * * ***
949 GAAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAATTCAGTAA-TAAGCTTAATTCAGGGCGA-T---TAAGT
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATT-AG---GTCAGTAAGT-AGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGT
1009 CAG-TA
61 CAGTTA
* * * ** * *
1014 CGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGCAGGTCATTTAGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACT
1 -GTAACTTAATTCAGGGTAATT----AGGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGT
1079 CA-TTAA
61 CAGTT-A
** * * ** *
1085 AAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTT
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATT-AG---GTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAG-T
*
1149 TAG-TA
61 CAGTTA
* * *
1154 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
1 GT-AACTTAATTCAGGGTAATTAGGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTCAGT
1219 TA
65 TA
* *
1221 GTAACTTAACTCAGGGTAAATTAGGTCAGTAAGTAGCTTATTTCAGGATAATTAAGTAAGTCAGT
1 GTAACTTAATTCAGGGT-AATTAGGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTCAGT
*
1286 TG
65 TA
1288 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAG
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAG
1311 TAAGTCATTG
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 115, Indels: 170
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
61 12 0.02
62 10 0.01
63 1 0.00
64 8 0.01
65 74 0.10
66 176 0.23
67 156 0.20
68 12 0.02
69 17 0.02
70 165 0.21
71 110 0.14
72 34 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (66 bp):
GTAACTTAATTCAGGGTAATTAGGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTCAGTT
A
Found at i:1315 original size:136 final size:134
Alignment explanation
Indices: 270--1346 Score: 848
Period size: 136 Copynumber: 7.9 Consensus size: 134
260 TCAGTAATAT
* *
270 GTAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTAAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG--AGTCAGT-AATAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTC
* * *
335 A-GCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAG
63 AGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
*
394 TCAGTAA
128 TCAGTTA
* * *
401 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTAGTTCAGGGA-AATTAAGTAAG
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG---AGTCAG-TAATAACTTAATTCA-GGATAATTAAGTAAG
* * *
465 TCA-GCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TA
61 TCAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
524 AGTCAGTAA
126 AGTCAGTTA
* * * *
533 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTAGTTCAGGGA-AATTAAGTGAG
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG---AGTCAG-TAATAACTTAATTCA-GGATAATTAAGTAAG
* * * * * *
597 CCA-GTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAATTCAGTAATTAACTTAATTCAGAGTGATTAAGTA
61 TCAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
661 AGTCAG-TA
126 AGTCAGTTA
* * * *
669 ATCAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG
1 GT-AACTTAATTCAGGGTAATTAA--GAGTCAGTAAT-AAC-TTAATTCAGGATAATTAAGTAAG
* * * *
734 TCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTCGGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATT
61 TCAG--GT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATT
*
798 AAGTGAGTCAG-TA
121 AAGTAAGTCAGTTA
* * * ** *
811 ATCAACTTTAATTCGGGGTAATTAAGTGATTCAGTAATAAGCTTAATTCAGGACGATTAAGTCAG
1 GT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAA--GAGTCAGTAATAA-CTTAATTCAGGATAATTAAGTAAG
* * * * * *
876 T-AAGTAGCTTAATTAAGGGTAATTAAGCAGGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
61 TCAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
940 ACTCA-TTAA
126 AGTCAGTT-A
* * * *** *
949 GAAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAATTCAGTAATAAGCTTAATTCAGGGCGATTAAGTCAGT-
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG--AGTCAGTAATAA-CTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTC
* * * * * * * *
1013 ACGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGCAGGTCATTTAGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAC
63 AGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1078 TCA-TTAA
128 TCAGTT-A
** * * *
1085 AAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTT
1 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG--AGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAG-T
* * *
1149 TAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAG
62 CAG--GT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1210 TAAGTCAGTTA
124 TAAGTCAGTTA
* * *
1221 GTAACTTAACTCAGGGTAAATT-AG-GTCAGTAAGTAGCTTATTTCAGGATAATTAAGTAAGTCA
1 GTAACTTAATTCAGGGT-AATTAAGAGTCAGTAA-TAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTCA
* * * *
1284 GTTGGTAACTTAATTCAGGGTAATT-AGTAAGTCATTGA-TCGACCTAATTCAGGGTAATTAAGT
64 ---GGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1347 TTAGTAAGAT
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 93, Indels: 83
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
131 22 0.03
132 191 0.24
133 66 0.08
134 6 0.01
135 6 0.01
136 264 0.33
137 113 0.14
138 4 0.00
139 4 0.00
140 17 0.02
141 5 0.01
142 82 0.10
143 29 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (134 bp):
GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGTCAGG
TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
GTTA
Done.