Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013195.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13216, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 73150
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Found at i:5908 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5853--6611 Score: 880
Period size: 35 Copynumber: 21.7 Consensus size: 34
5843 TGATTACCCT
* * * * *
5853 TACTTAATTACCTTGGATTAAGTTAACTATTCAAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
*
5888 TACTTAATGACCCTGAATTAAGGTTGATTACTAAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGATTACTAAC
* *
5923 TTACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAAT
1 -TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
* *
5959 TCCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAC
*
5993 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAAT
1 T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
*
6029 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAAT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
*
6064 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAC
*
6098 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
1 -TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAC
** * *
6133 TCACCCAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAAT
1 T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
* *
6169 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACTGAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAC
* *
6203 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTTGAAT
1 T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-CT-AAC
*
6240 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAAT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
* *
6275 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTT-ATTAACTGAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTAAC
* *
6309 TGACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
1 T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAC
* *
6344 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAAT
1 -TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
6380 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTGACT--C
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTAAC
** * *
6413 -ACCCAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTTAAT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC-TAAC
* *
6447 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACTGAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAC
* *
6481 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAAT
1 T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
*
6517 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAAT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AAC
* *
6552 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTT-ATTAACTGACC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACT-AAC
*
6587 TTACTCAATTACCCTGAATTAAGTT
1 -TACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
6612 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 65, Indels: 49
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.00
32 25 0.04
34 17 0.03
35 496 0.78
36 92 0.15
37 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (34 bp):
TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAC
Found at i:6015 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5854--6611 Score: 1085
Period size: 70 Copynumber: 10.8 Consensus size: 70
5844 GATTACCCTT
* * * * * * * *
5854 ACTTAATTACCTTGGATTAAGTTAACTATTCAACTACTTAATGACCCTGAATTAAGGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGATTAC
* *
5919 TAACTT
65 TGACTC
* *
5925 ACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTCCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
5990 GACTC
66 GACTC
5995 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* *
6060 GAATT
66 GACTC
*
6065 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
6130 GACTC
66 GACTC
** * *
6135 ACCCAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
6200 GACTC
66 GACTC
*
6205 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* *
6270 TGAATT
65 TGACTC
* * * *
6276 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTT-ATTAACTGACTGACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
*
6340 TGACTT
65 TGACTC
*
6346 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-T--T
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
6408 GACTC
66 GACTC
** * * *
6413 ACCCAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
6478 GACTC
66 GACTC
*
6483 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* *
6548 GAATT
66 GACTC
* * *
6553 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTT-ATTAACTGACCTTACTCAATTACCCTGAATTAAGTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGA-ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
6612 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 618, Mismatches: 61, Indels: 16
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
67 60 0.10
69 4 0.01
70 421 0.68
71 133 0.22
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (70 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
GACTC
Found at i:6056 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 5852--6611 Score: 1093
Period size: 105 Copynumber: 7.2 Consensus size: 105
5842 TTGATTACCC
* * * * * * *
5852 TTACTTAATTACCTTGGATTAAGTTAACTATTCAACT-ACTTAATGACCCTGAATTAAGGTTGAT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-GACTCACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGAT
*
5916 TACT-AACTTACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
64 TACTGAA-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
*
5958 TTCCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
6023 CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
66 CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
*
6063 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
* * ** *
6128 CTGACTCACCCAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAA
66 CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
*
6168 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
*
6233 TTTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
66 -CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
* * *
6274 TTACTTAATTACCTTGAATTAAGTT-ATTAACTGACTGACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTGATT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
* *
6338 ACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAA
65 ACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
** *
6379 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-T--TGACTCACCCAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
* * *
6441 CTTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACTGAC
66 CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
* * * *
6481 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
* *
6546 CTGAATTACTTAATTACCTTGAATTAAGTT-ATTAACTGACC
66 CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGA-A
*
6587 TTACTCAATTACCCTGAATTAAGTT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
6612 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 53, Indels: 20
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
102 90 0.15
103 1 0.00
104 2 0.00
105 334 0.57
106 164 0.28
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (105 bp):
TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
CTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA
Found at i:9779 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9679--9783 Score: 131
Period size: 33 Copynumber: 3.2 Consensus size: 33
9669 TTTCAAAGAG
* *
9679 TGTTTTAGATGTTGTTTGCGATGATACTAAATC
1 TGTTTTAGGTGTTGTTTGCGATGAAACTAAATC
** * *
9712 TAATTT-GAGTGTTGTTTGCAATGACACTAAATC
1 TGTTTTAG-GTGTTGTTTGCGATGAAACTAAATC
*
9745 TGTTTTAGGTGTTGTTTGTGATGAAACTAAATC
1 TGTTTTAGGTGTTGTTTGCGATGAAACTAAATC
9778 TGTTTT
1 TGTTTT
9784 GGATGCTAAT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 10, Indels: 4
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
32 1 0.02
33 58 0.97
34 1 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.21, T:0.46
Consensus pattern (33 bp):
TGTTTTAGGTGTTGTTTGCGATGAAACTAAATC
Found at i:9797 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9732--9811 Score: 92
Period size: 33 Copynumber: 2.4 Consensus size: 33
9722 GTTGTTTGCA
* * **
9732 ATGACACTAAATCTGTTTTAGGTGTTGTTTGTG
1 ATGAAACTAAATCTGTTTTAGGTGCTAATTGTG
9765 ATGAAACTAAATCTGTTTT-GGATGCTAATTGTG
1 ATGAAACTAAATCTGTTTTAGG-TGCTAATTGTG
9798 ATGAAAAC-AAATCT
1 ATG-AAACTAAATCT
9812 CTTGAAAACA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 4
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.05
33 35 0.85
34 4 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.20, T:0.39
Consensus pattern (33 bp):
ATGAAACTAAATCTGTTTTAGGTGCTAATTGTG
Found at i:23189 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 23142--23225 Score: 116
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
23132 CATGGGTCGC
23142 CGCACGGGAC-ATCGCACAAGCCATCCGGCCACAACCGGCCAT
1 CGCACGGGACAAT-GCACAAGCCATCCGGCCACAACCGGCCAT
* ***
23184 CGCACGGGCCAATGCATGCGCCATCCGGCCACAACCGGCCAT
1 CGCACGGGACAATGCACAAGCCATCCGGCCACAACCGGCCAT
23226 TCGATCCATT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 35 0.95
43 2 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.43, G:0.25, T:0.08
Consensus pattern (42 bp):
CGCACGGGACAATGCACAAGCCATCCGGCCACAACCGGCCAT
Found at i:26085 original size:102 final size:103
Alignment explanation
Indices: 25945--26152 Score: 348
Period size: 102 Copynumber: 2.0 Consensus size: 103
25935 GATTTGTTTG
25945 TTTTTTTTTTTTGGCCAGAAATACTTGATTTGTATGATTAATCTGAAATCCACAAAGAAAGGAAA
1 TTTTTTTTTTTTGGCCAGAAATACTTGATTTGTATGATTAATCTGAAATCCACAAAGAAAGGAAA
*
26010 GGTTTAGAAGAAGTG-CAGTCTAAATTTCTACACATGT
66 GGTTTAGAAGAAGTGACAGTATAAATTTCTACACATGT
* *
26047 TTTTTTTTTTTTTGCCAGAAATACTCT-ATTTGTTTGATTAATCTGAAATCCACAAAGAAAGGAA
1 TTTTTTTTTTTTGGCCAGAAATACT-TGATTTGTATGATTAATCTGAAATCCACAAAGAAAGGAA
*
26111 ATGTTTAGAAGAAGTGCACAGTATAAATTTCTACACATGT
65 AGGTTTAGAAGAAGTG-ACAGTATAAATTTCTACACATGT
26151 TT
1 TT
26153 CAAATTCAAC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 4, Indels: 4
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
102 75 0.76
103 1 0.01
104 23 0.23
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (103 bp):
TTTTTTTTTTTTGGCCAGAAATACTTGATTTGTATGATTAATCTGAAATCCACAAAGAAAGGAAA
GGTTTAGAAGAAGTGACAGTATAAATTTCTACACATGT
Found at i:27017 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 27008--27041 Score: 68
Period size: 6 Copynumber: 5.7 Consensus size: 6
26998 TTCCATACCC
27008 CACTGG CACTGG CACTGG CACTGG CACTGG CACT
1 CACTGG CACTGG CACTGG CACTGG CACTGG CACT
27042 CCTCCTTGGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 28 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (6 bp):
CACTGG
Found at i:34994 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 34955--35023 Score: 129
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
34945 TTATTCTTTC
34955 AATTTCAATAATTAAAGTTTAACATTGATCAT
1 AATTTCAATAATTAAAGTTTAACATTGATCAT
*
34987 AATTTCAATAATTAGAGTTTAACATTGATCAT
1 AATTTCAATAATTAAAGTTTAACATTGATCAT
35019 AATTT
1 AATTT
35024 ATTCTCTTAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 36 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (32 bp):
AATTTCAATAATTAAAGTTTAACATTGATCAT
Found at i:35467 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 35432--35596 Score: 172
Period size: 31 Copynumber: 5.3 Consensus size: 31
35422 AGATGTCAAT
* *
35432 TTTTTGGTATACATGGCGTGACACGTGTCAC
1 TTTTTGGTACACATGGCGTGACATGTGTCAC
* * *
35463 TTTTTGGCATACGTGGCGTGACATGTGTCAC
1 TTTTTGGTACACATGGCGTGACATGTGTCAC
* * *
35494 TTTTTGGCACACATGGCGTGCCATGTGT-AA
1 TTTTTGGTACACATGGCGTGACATGTGTCAC
* * *
35524 TTTTTTGTCACACGTGGCATG-CAATGTGTCAC
1 TTTTTGGT-ACACATGGCGTGAC-ATGTGTCAC
* * *
35556 TTTTTTGTACACATGGCGTGTCACGTGTCAC
1 TTTTTGGTACACATGGCGTGACATGTGTCAC
35587 TTTTTGGTAC
1 TTTTTGGTAC
35597 GCGTGGCATG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 16, Indels: 8
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 8 0.07
31 96 0.84
32 10 0.09
ACGTcount: A:0.18, C:0.20, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
TTTTTGGTACACATGGCGTGACATGTGTCAC
Found at i:35508 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 35432--35607 Score: 219
Period size: 62 Copynumber: 2.8 Consensus size: 62
35422 AGATGTCAAT
* * *
35432 TTTTTGGTATACATGGCGTGACACGTGTCACTTTTTGGCATACGTGGCGTG-ACATGTGTCAC
1 TTTTTGGTACACATGGCGTGACACGTGTCACTTTTTGGCACACGTGGCATGCA-ATGTGTCAC
* * * * * *
35494 TTTTTGGCACACATGGCGTGCCATGTGTAATTTTTTGTCACACGTGGCATGCAATGTGTCAC
1 TTTTTGGTACACATGGCGTGACACGTGTCACTTTTTGGCACACGTGGCATGCAATGTGTCAC
* * * *
35556 TTTTTTGTACACATGGCGTGTCACGTGTCACTTTTTGGTACGCGTGGCATGC
1 TTTTTGGTACACATGGCGTGACACGTGTCACTTTTTGGCACACGTGGCATGC
35608 CACGTTAGAC
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 18, Indels: 2
0.83 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
62 94 0.99
63 1 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (62 bp):
TTTTTGGTACACATGGCGTGACACGTGTCACTTTTTGGCACACGTGGCATGCAATGTGTCAC
Found at i:41924 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 41917--41946 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
41907 TTTCTTCTTA
41917 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
41947 TACTTTCTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.50, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
CT
Found at i:43683 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 43649--43711 Score: 92
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
43639 CATCTTCAAG
* *
43649 TCCATGATAAGTCCTT-GGCGCTTCATTCCC
1 TCCATGATAA-CCCTTGGGCGCATCATTCCC
43679 TCCATGATAACCCTTGGGCGCATCATTCCC
1 TCCATGATAACCCTTGGGCGCATCATTCCC
43709 TCC
1 TCC
43712 CCCTTGAAGA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.13
30 26 0.87
ACGTcount: A:0.17, C:0.37, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (30 bp):
TCCATGATAACCCTTGGGCGCATCATTCCC
Found at i:45971 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 45947--45986 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
45937 CTTGCTCTTG
* *
45947 TCAACGGATCTAATGGCATCT
1 TCAAAGGATCAAATGGCATCT
45968 TCAAAGGATCAAATGGCAT
1 TCAAAGGATCAAATGGCAT
45987 TTTAATGGCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
TCAAAGGATCAAATGGCATCT
Found at i:53660 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 53624--53680 Score: 89
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
53614 CATCTTCAAG
53624 TCCATGATAAGTCCTT-GGCGCATCATTCCT
1 TCCATGATAAG-CCTTGGGCGCATCATTCCT
*
53654 TCCATGATAAGCCTTGGGTGCATCATT
1 TCCATGATAAGCCTTGGGCGCATCATT
53681 TCAAAGTTAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.16
30 21 0.84
ACGTcount: A:0.21, C:0.26, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (30 bp):
TCCATGATAAGCCTTGGGCGCATCATTCCT
Found at i:62226 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 62182--62227 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
62172 CCAGGGCACA
* *
62182 TGGGTGCCCAGGCCAACCGGC
1 TGGGTGCCCAGGCAAACCGCC
* *
62203 TGGGTGCGCAGGCAAAGCGCC
1 TGGGTGCCCAGGCAAACCGCC
62224 TGGG
1 TGGG
62228 CGCACAGCCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.30, G:0.43, T:0.11
Consensus pattern (21 bp):
TGGGTGCCCAGGCAAACCGCC
Found at i:67069 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 67050--67077 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
67040 CCTCTTGTAA
67050 AGTCGACTTCTCCT
1 AGTCGACTTCTCCT
67064 AGTCGACTTCTCCT
1 AGTCGACTTCTCCT
67078 CTAATCGGCC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.36, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (14 bp):
AGTCGACTTCTCCT
Done.