Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01013211.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13232, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 15571
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32


Found at i:357 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 321--379  Score: 84
    Period size: 30  Copynumber: 2.0  Consensus size: 30

        311 CAAGGGGGAG

                     *                     
        321 GGAATGATGTGCCCAAGG-CTTATCATGGAA
          1 GGAATGATGCG-CCAAGGACTTATCATGGAA

                                   *     
        351 GGAATGATGCGCCAAGGACTTATTATGGA
          1 GGAATGATGCGCCAAGGACTTATCATGGA

        380 CTTGAAGACA


Statistics
Matches: 26,  Mismatches: 2, Indels: 2
        0.87            0.07        0.07

Matches are distributed among these distances:
  29    6  0.23
  30   20  0.77

ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.31, T:0.24


Consensus pattern (30 bp):   
GGAATGATGCGCCAAGGACTTATCATGGAA

Found at i:4519 original size:43 final size:43

Alignment explanation


    Indices: 4455--4540  Score: 145
    Period size: 43  Copynumber: 2.0  Consensus size: 43

       4445 GCTTCCTTCT

                                          *            
       4455 AATTCAAATCCCTTTTCATTTTGGTCATTATTAAGTACATATC
          1 AATTCAAATCCCTTTTCATTTTGGTCATTACTAAGTACATATC

                      *     *                          
       4498 AATTCAAATCTCTTTTTATTTTGGTCATTACTAAGTACATATC
          1 AATTCAAATCCCTTTTCATTTTGGTCATTACTAAGTACATATC

       4541 GTTCCTTAAA


Statistics
Matches: 40,  Mismatches: 3, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
  43   40  1.00

ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.07, T:0.45


Consensus pattern (43 bp):   
AATTCAAATCCCTTTTCATTTTGGTCATTACTAAGTACATATC

Found at i:8272 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 8142--8673  Score: 515
    Period size: 35  Copynumber: 15.3  Consensus size: 35

       8132 GTAAGTAATA

                      *              **          
       8142 GGTAACTTAATTAAGTCAGTAAGT-GGCTTAATTCAG
          1 GGTAA-TTAAGTAAGTCAGTAA-TCAACTTAATTCAG

                             *     *        *     
       8178 GGTAATTAA-TCAAAGTAAGTTAGT-AACTTAGTTCAG
          1 GGTAATTAAGT--AAGTCAG-TAATCAACTTAATTCAG

                           *                    
       8214 GG-AAGTTAAGTAAGGCAG---T-AACTTAATTCAG
          1 GGTAA-TTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                               
       8245 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

              *        *   *                   
       8280 GGAAATTAAGTGAGTAAGTAATCAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                       *   * *                 *
       8315 GGTAATTAAGTGAGTTAATCAAT-AACTTAATTCAA
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGT-AATCAACTTAATTCAG

                           *                       
       8350 GGTAATTAAGTAAGTTAGTAAGTCAATAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TC---AACTTAATTCAG

             *                    *            
       8389 GATAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                               
       8424 GGTAA-T---TAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

            *      *   * *                   * 
       8455 TGTAATTGAGTGATTCAGTAATCAACTTAATTCGG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                  *            
       8490 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                                
       8525 GGTAA-T---TAAGTCAGTAATCAACTTGAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTT-AATTCAG

                       *           *        *   
       8557 GGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCGACTTAAATCCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTT-AATTCAG

                             *                  
       8593 GGTAATTAAGTAAGTCAATAAAT-AACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGT-AATCAACTTAATTCAG

                  *   *      * *   *      *    
       8628 GGTAATAAAGCAAGTCATTGATCGACTTAACTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                       
       8663 GGTAATTAAGT
          1 GGTAATTAAGT

       8674 TTAGTAAGAA


Statistics
Matches: 418,  Mismatches: 51, Indels: 55
        0.80            0.10        0.10

Matches are distributed among these distances:
  31   71  0.17
  32   15  0.04
  33    1  0.00
  34    8  0.02
  35  213  0.51
  36   73  0.17
  37    6  0.01
  38    1  0.00
  39   30  0.07

ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.19, T:0.31


Consensus pattern (35 bp):   
GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

Done.