Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013263.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13284, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14973
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.17, T:0.31
Found at i:618 original size:327 final size:327
Alignment explanation
Indices: 1--2782 Score: 2944
Period size: 327 Copynumber: 8.5 Consensus size: 327
* * * *
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTAGATGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAGG
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATAT-GCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
* * *
66 TATTTTAAGGACTCTTAGCGCCAAATATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
65 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAGGAACCCATAATGCGTTCTT
* * *
131 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGAAAAAACTGACCCGAAA-
130 TTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
* *
195 TTTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAAT-T-TATACTTCAACTCCATAAAGAT
195 TTTTT-CTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATATAAACTTCAACTCCATAAAGAT
** **
258 TGAAGGGAATTTCACGCCGCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAATC
259 TGAAGGGCCTTTCAC-CTTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAATC
323 GAAAA
323 GAAAA
* * * *
328 AAGATTCTCATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATAGCTGAGATTTTGTTAGAATAATATAGA
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATAT-GCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
* * *
393 TATTTCAAGGACTCTTAGTGCCAAAGATTATGCAAAATTGAGCCAGGAACCCATAATGCGTTCTT
65 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAGGAACCCATAATGCGTTCTT
* * *
458 TTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAG
130 TTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
* * * * * *
523 TTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAAT-A-AAAAAATATATAAAAC-TCAAGAT-CAAAAAGA
195 TTTTTCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATAT-AAACTTCAA-CTCCATAAAGA
* * * *
584 TTGAAGGGCCTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCT-TTTTT-TTGAATTAATTTCTAATTAAA
258 TTGAAGGGCCTTTCAC-CTTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCT-AATTAATTTCTAATAAAA
*
647 TCGGAAA
321 TCGAAAA
** * * * * * * *
654 GGGATTCA-GATGCTTGTTAAAACAAATCCTTAAAT-TCAACATGTCTTATATTTCGTAAGATA-
1 AAGATT-ATGATAC----T-CAACAAATCCTTAAATCT-AATATG-CTGAGATTTGGTTAGA-AG
* * * * * * * * * * * *
716 AATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGAGG-TCCTAGAA
57 AATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAG-CTAGGAACCCATAA
* * * *
780 AGCGTT-TTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGAAAAAATT
121 TGCGTTCTTTTGCC-AAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATT
* * *
844 TACACGAAA-TTTTTCTCTCAATTTTCGGACACAATAATCATAAAAAATATAT--ACTTCAACTC
185 GACCCGAAAGTTTTTCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATATAAACTTCAACTC
* * *
906 CATAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGTATCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTC
250 CATAAAGATTGAAGGGCCTTTCACCT-TCTATTATCGTTTTTCCTA-TTTTTCCTAATTAATTTC
*
971 TAAT-AAATAGAAAA
313 TAATAAAATCGAAAA
* * * *
985 AAGATTATGATACTCAAAAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAAATTTGGTTAGAAGAGTATA-A
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATAT-GCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
*
1049 GTATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCT
65 -TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAGGAACCCATAATGCGTTCT
* * *
1114 TTTGCCAAAAACTATCATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAA
129 TTTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAA
* * **
1179 GTTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAAT-T-TATTCTTCAACTCCATAAAGAT
194 GTTTTTCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATATAAACTTCAACTCCATAAAGAT
* * * *
1242 TGAAGGGCATTTCAAGCCGT-TATTATCGTTTTTCCAATTTTTCCTTATTAATTTCTAATAAAAT
259 TGAAGGGCCTTTC-A-CCTTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAAT
1306 CGAAAA
322 CGAAAA
1312 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATAGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATAT-GCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
* **
1377 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGTTCATGTGAAATTGAG-TCATGG-ACCCATAATGCGTTC
65 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCT-A-GGAACCCATAATGCGTTC
* * * * *
1440 TTTTGCCAAAAACTGTAAAGGTTAGTAAACGATTTCGGCTAAGATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
128 TTTTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAA
* * * * * * * *
1505 AGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAATAAAAAATATA-AAA-ATCAAGAT-CAAAAAG
193 AGTTTTTCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATATAAACTTCAA-CTCCATAAAG
* * * * * *
1567 ATTGAAGGGCCATTCACGCTTCAAATATTGTTTTTCCGT-TTTTT--GAATTAATTTCTAATTAA
257 ATTGAAGGGCCTTTCAC-CTTCTATTATCGTTTTTCC-TATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAA
1629 ATCGGAAAGA
320 ATC-GAAA-A
* * * * * * * * * *
1639 AA-ATTCA-GATGCTTGGAAAAATAAATTCTTATAT-TCAACATGTCTGATATTTCGTAAGATGA
1 AAGATT-ATGATAC-T----CAACAAATCCTTAAATCT-AATATG-CTGAGATTTGGTTAGAAGA
* * * * * * * * *** *
1701 ATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGG-ACCTGGAAG
58 ATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAG-CTAGGAACCCATAAT
** * *
1765 GCGTT-TTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGAAAAAATTGA
122 GCGTTCTTTTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGA
* * *
1829 CCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATAGAT--ACTTTAACTCCA
187 CCCGAAAGTTTTTCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATATAAACTTCAACTCCA
** *
1892 TAAAGATTGAAGGGATTTTCACGTCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTAA
252 TAAAGATTGAAGGGCCTTTCACCT-TCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTAA
1957 TAAAATCGAAAA
316 TAAAATCGAAAA
* * * * *
1969 AAGATTATGATACTCAACGAATCCTTAAATCTAATGTGGTTGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAGC
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATAT-GCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
*
2034 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
65 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAGGAACCCATAATGCGTTCTT
* * *
2099 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAGATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAG
130 TTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
* * * * * * *
2164 TTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAATAAAAAATATA-AAAC-TCAAGAT-CAAAAAGAT
195 TTTTTCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATATAAACTTCAA-CTCCATAAAGAT
* * * * ** *
2226 TGAAGGGCCTTTCACGCTTCTAATGTTGTTTTTCCTTTTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAAT
259 TGAAGGGCCTTTCAC-CTTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCT-AATTAATTTCTAATAAAAT
*
2291 CGGAAA
322 CGAAAA
* * * * * * *
2297 GAGATTCA-GATGCTTGGAAAAACAAATCCTTAAAT-TCAACATGTCTGATATTTCGTAAGATA-
1 AAGATT-ATGATAC-T----CAACAAATCCTTAAATCT-AATATG-CTGAGATTTGGTTAGA-AG
* * * * * * * * *
2359 AATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGAGG--CCC-TGG
57 AATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAG-CTAGGAACCCAT--
* * *
2421 AAGGCGTT-TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAT
119 AATGCGTTCTTTTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAT
* *
2485 TGACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAAT-T-TATACTTCAACT
184 TGACCCGAAAGTTTTTCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATATAAACTTCAACT
* *
2548 CCATAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTT
249 CCATAAAGATTGAAGGGCCTTTCACCT-TCTATTATCGTTTTTCCTA-TTTTTCCTAATTAATTT
2613 CTAATAAAATCGAAAA
312 CTAATAAAATCGAAAA
* * *
2629 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAGG
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATAT-GCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
*
2694 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
65 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAGGAACCCATAATGCGTTCTT
*
2759 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGT
130 TTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGT
2783 GATCGGTCGT
Statistics
Matches: 2004, Mismatches: 349, Indels: 203
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
325 35 0.02
326 286 0.14
327 805 0.40
328 80 0.04
329 12 0.01
330 217 0.11
331 254 0.13
332 228 0.11
333 83 0.04
334 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (327 bp):
AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGAT
ATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAGGAACCCATAATGCGTTCTTT
TGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGT
TTTTCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATATATAAACTTCAACTCCATAAAGATTG
AAGGGCCTTTCACCTTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
AA
Found at i:1275 original size:657 final size:650
Alignment explanation
Indices: 1--2782 Score: 2897
Period size: 657 Copynumber: 4.2 Consensus size: 650
* * * * *
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTAGATGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAGG
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCAAATGT--CTTAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
* * * * *
66 TATTTTAAGGACTCTTAGCGCCAAATATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
64 TATTTCAAGGACTCTTAGCG-CAAAAATTATGCAAAATTGAG-TCAGGACCCATAATGCGTTCTT
* * *
131 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGAAAAAACTGACCCGAAA-
127 TTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
* * * * * * *
195 TTTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAATTTATACTTCAA-CTCCATAAAGATT
192 TTTTT-CGCTCAATTTTTGGACACAATAATAATAAAAAATATAAACTTCAAGAT-CAAAAAGATT
** ** * *
259 GAAGGGAATTTCACGCCGCTATTATCGTTTTTCCTA-TTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAATC
255 GAAGGGCCTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATC
** * * * * *
323 GAAAAAAGATTCTCATAC-T--CAACAAATCCTTAAATCTAATATAG-CTGAGATTTTGTTAGAA
320 GAAAAAAGATTCAGATACTTGAAAACAAATCCTTAAATC-AACAT-GTCTGATATTTCGTAAGAA
* * * * * * * *
384 TAATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGTGCCAAAGATTATGCAAAATTGAGCCAGGAACCCATAA
383 GAATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAG-TAAGAACCCATAA
* * * * * *
449 TGCGTTCTTTTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAATTG
447 GGCGTT-TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTG
* * * * * * *
514 ACCCGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAAT-A-AAAAAATATATAAAAC-TCAAGAT
511 ACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAAT-T-T-ATACTTCAA-CT
* * * * *
576 -CAAAAAGATTGAAGGGCCTTTCACA-CTTCTAATATTGTTTTTCCT-TTTTTTTGAATTAATTT
572 CCATAAAGATTGAAGGGCATTTCA-AGCCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTTT-AATTAATTT
* *
638 CTAATTAAATCGGAAA
635 CTAATAAAATCGAAAA
** * * * * *
654 GGGATTCA-GATGCTTGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTTATATTTCGTAAGATA-A
1 AAGATT-ATGATAC----T-CAACAAATCCTTAAA-TCAA-ATGTCTTAGATTTGGTTAGA-AGA
* * * * * * * * *
717 ATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGAGGTCCTAGAAAG
57 ATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGCGC-AAAAATTATGCAAAATTGAGTC-AGGACCCATAATG
* * * *
782 CGTT-TTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGAAAAAATTTA
120 CGTTCTTTTGCC-AAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGA
* * * * * * *
846 CACGAAA-TTTTTCTCTCAATTTTCGGACACAATAATCATAAAAAATATATACTTCAA-CTCCAT
184 CCCGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTGGACACAATAATAATAAAAAATATAAACTTCAAGAT-CAA
* * *
909 AAAGATTAAAGGGCTTTTCACG-TATCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTCTA
248 AAAGATTGAAGGGCCTTTCACGCT-TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTCTA
* * * *
973 A-TAAATAGAAAAAAGATT-ATGATAC-T-CAAA-AAATCCTTAAATCTA-ATGTGGCTGAAATT
312 ATTAAATCGAAAAAAGATTCA-GATACTTGAAAACAAATCCTTAAATCAACATGT--CTGATATT
* * * * * *
1032 TGGTTAGAAGAGTATA-AGTATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAA
374 TCGTAAGAAGAATATAGA-TATTTCAAGGACTCTTAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAG-TAA
* * ** * *
1096 GAACCCATAATGCGTTCTTTTGCCAAAAACTATCATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTT
437 GAACCCATAAGGCGTT-TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* * * *
1161 GAAAAAATTGACCCGAAAGTTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAATTTATTCT
501 GAAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATTTATACT
*
1226 TCAACTCCATAAAGATTGAAGGGCATTTCAAGCCGT-TATTATCGTTTTTCCAATTTTTCCTT-A
566 TCAACTCCATAAAGATTGAAGGGCATTTCAAGCC-TCTATTATCGTTTTTCCTATTTTT--TTAA
1289 TTAATTTCTAATAAAATCGAAAA
628 TTAATTTCTAATAAAATCGAAAA
*
1312 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATAG-CTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAG
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATC-AA-AT-GTCTTAGATTTGGTTAGAAGAATATAG
* * **
1376 ATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGTTCATGTGAAATTGAGTCATGGACCCATAATGCGTTCT
63 ATATTTCAAGGACTCTTAGCGCAAAAATT-ATGCAAAATTGAGTCA-GGACCCATAATGCGTTCT
* * * * *
1441 TTTGCCAAAAACTGTAAAGGTTAGTAAACGATTTCGGCTAAGATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
126 TTTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAA
* * * **
1506 GTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAATAAAAAATATAAAAATCAAGATCAAAAAGATTG
191 GTTTTTCGCTCAATTTTTGGACACAATAATAATAAAAAATATAAACTTCAAGATCAAAAAGATTG
* * * * *
1571 AAGGGCCATTCACGCTTCAAATATTGTTTTTCC-GTTTTTT--GAATTAATTTCTAATTAAATCG
256 AAGGGCCTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATC-
* * * *
1633 GAAAGAAA-ATTCAGATGCTTGGAAAAATAAATTCTTATATTCAACATGTCTGATATTTCGTAAG
320 GAAA-AAAGATTCAGATACTT-G-AAAACAAATCCTTA-AATCAACATGTCTGATATTTCGTAAG
* * * * * * * ***
1697 ATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGACCTGG
381 AAGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGT-AAGAACCCAT
* *
1762 AAGGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGAAAAAATT
445 AAGGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATT
** *
1827 GACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATAGATACTTTAACTCCA
510 GACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATTTATACTTCAACTCCA
* * *
1892 TAAAGATTGAAGGG-ATTTTCACGTCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTA
575 TAAAGATTGAAGGGCA-TTTCAAGCCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTT-TTAATTAATTTCTA
1956 ATAAAATCGAAAA
638 ATAAAATCGAAAA
* * * * *
1969 AAGATTATGATACTCAACGAATCCTTAAATCTAATGTGGTTGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAGC
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCAAATGT-CTT-AGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
* * * *
2034 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
64 TATTTCAAGGACTCTTAGCG-CAAAAATTATGCAAAATTGAG-TCAGGACCCATAATGCGTTCTT
* * *
2099 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAGATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAG
127 TTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
* * *
2164 TTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAATAAAAAATATAAAAC-TCAAGATCAAAAAGATTG
192 TTTTTCGCTCAATTTTTGGACACAATAATAATAAAAAATAT-AAACTTCAAGATCAAAAAGATTG
* * **
2228 AAGGGCCTTTCACGCTTCTAATGTTGTTTTTCCT-TTTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATC
256 AAGGGCCTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCT-AATTAATTTCTAATTAAATC
* * *
2292 GGAAAGAGATTCAGATGCTTGGAAAAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTGATATTTCGTAAGA
320 GAAAAAAGATTCAGATACTT-G-AAAACAAATCCTTAAA-TCAACATGTCTGATATTTCGTAAGA
* * * * * * *
2357 TA-AATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGT-CGAGGCCC-T
382 -AGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTAAGA-ACCCAT
2419 GGAAGGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAA
445 --AAGGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAA
2484 TTGACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATTTATACTTCAACTC
508 TTGACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATTTATACTTCAACTC
* * *
2549 CATAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTC
573 CATAAAGATTGAAGGGCATTTCAAGCCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTT--TAATTAATTTC
2614 TAATAAAATCGAAAA
636 TAATAAAATCGAAAA
* * * *
2629 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAGG
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCAAATGT--CTTAGATTTGGTTAGAAGAATATAGA
* * * *
2694 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
64 TATTTCAAGGACTCTTAGCG-CAAAAATTATGCAAAATTGAG-TCAGGACCCATAATGCGTTCTT
*
2759 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGT
127 TTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGT
2783 GATCGGTCGT
Statistics
Matches: 1840, Mismatches: 214, Indels: 143
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
651 13 0.01
652 14 0.01
653 154 0.08
654 92 0.05
655 6 0.00
656 12 0.01
657 767 0.42
658 285 0.15
659 292 0.16
660 203 0.11
661 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (650 bp):
AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCAAATGTCTTAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATA
TTTCAAGGACTCTTAGCGCAAAAATTATGCAAAATTGAGTCAGGACCCATAATGCGTTCTTTTGC
CAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGTTTT
TCGCTCAATTTTTGGACACAATAATAATAAAAAATATAAACTTCAAGATCAAAAAGATTGAAGGG
CCTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAA
AGATTCAGATACTTGAAAACAAATCCTTAAATCAACATGTCTGATATTTCGTAAGAAGAATATAG
ATATTTCAAGGACTCTTAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTAAGAACCCATAAGGCGTTTTT
AGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGT
TTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATTTATACTTCAACTCCATAAAGATTGAA
GGGCATTTCAAGCCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTTTAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAA
Found at i:1913 original size:984 final size:984
Alignment explanation
Indices: 1--2539 Score: 3629
Period size: 984 Copynumber: 2.6 Consensus size: 984
* *
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTAGATGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAGG
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGATGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAAG
* *
66 TATTTTAAGGACTCTTAGCGCCAAATATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
66 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
* * *
131 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGAAAAAACTGACCCGAAAT
131 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
196 TTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAATTTATACTTCAACTCCATAAAGATTGA
196 TTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAATTTATACTTCAACTCCATAAAGATTGA
* *
261 AGGGAATTTCACGCCGCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
261 AGGGAATTTCAAGCCGCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
* * *
326 AAAAGATTCTCATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATAGCTGAGATTTTGTTAGAATAATATA
326 AAAAGATTATCATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATAGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATA
*
391 GATATTTCAAGGACTCTTAGTGCCAAAGATTATGCAAAATTGAGCCAGGAACCCATAATGCGTTC
391 GATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATTATGCAAAATTGAGCCAGGAACCCATAATGCGTTC
* * * *
456 TTTTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
456 TTTTGCCAAAAACTGTAAAGGTTAGTAAACGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
*
521 AGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAAAAAAATATATAAAACTCAAGATCAAAAAGATT
521 AGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAAAAAAATATATAAAAATCAAGATCAAAAAGATT
* * *
586 GAAGGGCCTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCTTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGG
586 GAAGGGCCATTCACACTTCAAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGG
** ** *
651 AAAGGGATTCAGATGCTTGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTTATATTTCGTAAGATA
651 AAAGAAATTCAGATGCTTGGAAAAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTGATATTTCGTAAGATA
* *
716 AATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGAGGTCCTAGAAA
716 AATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGACCTAGAAA
* * *
781 GCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGAAAAAATTTA
781 GCGTTTTAAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGA
* *
846 CACGAAATTTTTCTCTCAATTTTCGGACACAATAATCATAAAAAATATATACTTCAACTCCATAA
846 CACGAAATTTTTCTCTAAATTTTCGGACACAATAATCATAAAAAATAGATACTTCAACTCCATAA
*
911 AGATTAAAGGGCTTTTCACGTATCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTCTAAT-
911 AGATTAAAGGGATTTTCACGTATCTATTATCGTTTTTCCTA-TTTTTCCTAATTAATTTCTAATA
975 AAATAGAAAA
975 AAATAGAAAA
* * *
985 AAGATTATGATACTCAAAAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAAATTTGGTTAGAAGAGTATAAG
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGATGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAAG
1050 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
66 TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
* *
1115 TTGCCAAAAACTATCATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
131 TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
*
1180 TTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAATTTATTCTTCAACTCCATAAAGATTGA
196 TTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAATTTATACTTCAACTCCATAAAGATTGA
* * *
1245 AGGGCATTTCAAGCCGTTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCCTTATTAATTTCTAATAAAATCGAA
261 AGGGAATTTCAAGCCGCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
*
1310 AAAAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATAGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATA
326 AAAAGATTATCATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATAGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATA
** *
1375 GATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAG-TTCATGTGAAATTGAGTCATGG-ACCCATAATGCGT
391 GATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATT-ATGCAAAATTGAGCCA-GGAACCCATAATGCGT
1438 TCTTTTGCCAAAAACTGTAAAGGTTAGTAAACGATTTCGGCT-AAGATTTTGCAAAAATTGACCC
454 TCTTTTGCCAAAAACTGTAAAGGTTAGTAAACGATTTCGGCTGAA-ATTTTGCAAAAATTGACCC
1502 GAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAATAAAAA-ATATAAAAATCAAGATCAAAAA
518 GAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAA-AAAAATATATAAAAATCAAGATCAAAAA
*
1566 GATTGAAGGGCCATTCACGCTTCAAATATTGTTTTTCC-GTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAA
582 GATTGAAGGGCCATTCACACTTCAAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * *
1630 TCGGAAAGAAAATTCAGATGCTTGGAAAAATAAATTCTTATATTCAACATGTCTGATATTTCGTA
647 TCGGAAAG-AAATTCAGATGCTTGGAAAAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTGATATTTCGTA
*
1695 AGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGACCT
711 AGATAAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGACCT
* * *
1760 GGAAGGCGTTTTAAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGAAAAA
776 AGAAAGCGTTTTAAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAA
* * *
1824 ATTGACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATAGATACTTTAACT
841 ATTGACACGAAA-TTTTTCTCTAAATTTTCGGACACAATAATCATAAAAAATAGATACTTCAACT
* *
1889 CCATAAAGATTGAAGGGATTTTCACGTCTCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTC
905 CCATAAAGATTAAAGGGATTTTCACGTATCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTC
*
1954 TAATAAAATCGAAAA
970 TAATAAAATAGAAAA
* *
1969 AAGATTATGATACTCAACGAATCCTTAAATCTAATGTGGTTGAGATTTGGTTAGAAGAGTAT-AG
1 AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGATGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAAG
2033 CTATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCT
66 -TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCT
* *
2098 TTTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAGATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
130 TTTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAA
* * * * * * * * * * *
2163 GTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAATAAAAAATATAAAAC-TCAAGAT-CAAAAAGAT
195 GTTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAAT-TTATACTTCAA-CTCCATAAAGAT
** * ** * * * ** ** *
2226 TGAAGGGCCTTTCACGCTTCTAATGTTGTTTTTCCTTTTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAAT
258 TGAAGGGAATTTCAAGCCGCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCCT-AATTAATTTCTAATAAAAT
* * * ** * * *
2291 CGGAAAGAGATTCAGATGCTTGGA-AAAACAAATCCTTAAAT-TCAACAT-GTCTGATATTTCGT
322 CGAAAAAAGATT---AT-CAT--ACTCAACAAATCCTTAAATCT-AATATAG-CTGAGATTTGGT
* * * * * * * * * * *
2353 AAGATA-AATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGAGG--
379 TAGA-AGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATTATGCAAAATTGAG-CCAGGAA
* * * * * * *
2415 CCC-TGGAAGGCGTT-TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
442 CCCAT--AATGCGTTCTTTTGCCAAAAACTGTAAAGGTTAGTAAACGATTTCGGCTGAAATTTTG
* * * * * * *
2478 AAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCTCTAAATTTTTGGACACAATAATCATAAAAAATTTATA
505 CAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAAT-A-AAAAAATATATA
2540 CTTCAACTCC
Statistics
Matches: 1396, Mismatches: 131, Indels: 49
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
983 116 0.08
984 1056 0.76
985 38 0.03
988 3 0.00
989 88 0.06
990 86 0.06
991 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (984 bp):
AAGATTATGATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGATGAGATTTGGTTAGAAGAGTATAAG
TATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATCATGCAAAATTGAGCTAAGAACCCATAATGCGTTCTT
TTGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAG
TTTTCCTCTCAATTTTTGGACACAATAATCATATAAAATTTATACTTCAACTCCATAAAGATTGA
AGGGAATTTCAAGCCGCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
AAAAGATTATCATACTCAACAAATCCTTAAATCTAATATAGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATA
GATATTTCAAGGACTCTTAGCGCCAAAGATTATGCAAAATTGAGCCAGGAACCCATAATGCGTTC
TTTTGCCAAAAACTGTAAAGGTTAGTAAACGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
AGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCATAATAATAAAAAAATATATAAAAATCAAGATCAAAAAGATT
GAAGGGCCATTCACACTTCAAATATTGTTTTTCCTGTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGG
AAAGAAATTCAGATGCTTGGAAAAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTGATATTTCGTAAGATA
AATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGACCTAGAAA
GCGTTTTAAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGA
CACGAAATTTTTCTCTAAATTTTCGGACACAATAATCATAAAAAATAGATACTTCAACTCCATAA
AGATTAAAGGGATTTTCACGTATCTATTATCGTTTTTCCTATTTTTCCTAATTAATTTCTAATAA
AATAGAAAA
Found at i:5927 original size:334 final size:328
Alignment explanation
Indices: 5155--6107 Score: 842
Period size: 334 Copynumber: 2.9 Consensus size: 328
5145 TCATAGTTAA
* * * *
5155 TACAAGATTTCGGCTAAGATTTTGCAAAAATTGAACAGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCAT
1 TACACGATTTCGGCTAAGATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCAT
* * *
5220 AATAATAATAAAAAATATAAAACTCAAGATCAAAAGGACTGAAGGGTCTTTCACGCTTCTAATAT
66 AATAATAATAAAAAATATATAACTCAAGATCAAAAAGATTGAAGGGTCTTTCACGCTTCTAATAT
** ** **** * * * *
5285 TGTTTTTCTTTTCTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGGAAAGAGATTCAGATGCTTGTAA
131 CATTTTTCGATTCTTTCACAGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * *
5350 AAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTGATATTTCGTAAGATAAATATAGATATTTTAATGTTCT
196 AAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTGAGATTTCGTAAGATAAATATAGATATTTCAAGGCTCT
* *
5415 TTGGCACAAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
261 TAGGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCT-GAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
5480 ATGGTTAG
325 A----TAG
* * * *
5488 TACACGATTTCGACTAA-AGTTTTGAAAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCTCTCAATTTTTGGAC
1 TACACGATTTCGGCTAAGA-TTTTG-AAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCC
* * * * * *
5552 ACAATAATCATAGAAAATATAT-ACTTCAACG-CCAGAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG-TCTCT
64 ATAATAATAATAAAAAATATATAAC-TCAA-GATCAAAAAGATTGAAGGGTCTTTCACGCT-TCT
* **
5614 ATTATCATTTTTCCGATT-TTTCACAGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAAAGATTTTGATGC
126 AATATCATTTTT-CGATTCTTTCACAGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAAAGATTCAGATGC
* * *
5678 TCGTAAAAACAAATCCTTAAA-TCTA-ATGTGGCTGAGA-TTC-TATTAGA-AGAGTATAGGTAT
190 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAACATGT--CTGAGATTTCGTA--AGATA-AATATAGATAT
* *
5738 TTCAAGGACTCTTAGCGC-C-AAAGATCATGCAAAATTGAG-CTG-GGAACCCAT-AACACGTTT
250 TTCAAGG-CTCTTAG-GCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GAGG--CCC-TGAACACG---
*
5798 TTTTTTTTTGCCAAAAACCGT-A-ACG
306 ---TTTTTAGCCAAAAACCGTGATA-G
5823 TACACGATTTCGGCTAAGATTTTG-AAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCAT
1 TACACGATTTCGGCTAAGATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCAT
* *
5887 AATAATAATAAAAAATATATAACTCAAGATAAAAAAAGATTGAAGGGTCTTTCATGCTTCTAATA
66 AATAATAATAAAAAATATATAACTCAAGAT-CAAAAAGATTGAAGGGTCTTTCACGCTTCTAATA
***** * * * * *
5952 T--TGTTTTC--TT-TTTTTTTTAATTATTTTCTAGTTAAATCGGAAAAAGATTCTA-ATGCTTG
130 TCAT-TTTTCGATTCTTTCACAGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAAAGATTC-AGATGCTCG
* * * * * *
6011 TAAAAACAAATTCTTAAATCCAATATGTCTGAGATTTCGTTAGATTAATATAGATATTTTAATGA
193 TAAAAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTGAGATTTCGTAAGATAAATATAGATATTTCAA-G-
* *
6076 G-TCTT-GACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGT
256 GCTCTTAGGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGT
6108 TTGGGCCCCG
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 80, Indels: 84
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
328 1 0.00
329 2 0.00
330 99 0.20
331 6 0.01
332 16 0.03
333 95 0.19
334 222 0.44
335 36 0.07
336 4 0.01
339 1 0.00
340 17 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (328 bp):
TACACGATTTCGGCTAAGATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTCGCTCAATTTTTTGCCAT
AATAATAATAAAAAATATATAACTCAAGATCAAAAAGATTGAAGGGTCTTTCACGCTTCTAATAT
CATTTTTCGATTCTTTCACAGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAAAGATTCAGATGCTCGTAA
AAACAAATCCTTAAATTCAACATGTCTGAGATTTCGTAAGATAAATATAGATATTTCAAGGCTCT
TAGGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
TAG
Found at i:14728 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14702--14746 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
14692 AAAAACTGGA
14702 TTGCTAAAT-ACCGCCCCATTT
1 TTGCT-AATCACCGCCCCATTT
*
14723 TTGCTATTCACCGCCCCATTT
1 TTGCTAATCACCGCCCCATTT
14744 TTG
1 TTG
14747 ACGCTTTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.09
21 20 0.91
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
TTGCTAATCACCGCCCCATTT
Done.