Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013304.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13325, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2064
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.18, T:0.31
Found at i:591 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 552--1286 Score: 795
Period size: 35 Copynumber: 21.6 Consensus size: 34
542 AGTAATAAGA
* *
552 AACTTAATTCAAGGCAATTAAGTAAGTCAGTGAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AAT
* *
587 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGCAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
621 ---TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-AT
* * *
652 AACTTAGTTCA----AAGTAATTAAGTCAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
682 AAACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAATTCAGTGATT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AAT
*
718 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
752 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-T
*
788 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
822 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-T
* * * *
858 ACCTTATTTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
*
893 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG-TAAT
* *
929 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACTCAG-CAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
962 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
997 CAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTGATTCAGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
1032 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTCAGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-GTCAGTAAT
* * * *
1068 CAACTTAATTAAGGGTAATTAAATGAGTCAG---C
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
1100 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-T-AG--GT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
1130 AACTTAATTTAGGGTAATTAAGTGAGTCGGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
1164 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
1199 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
1234 CAACTTTAATTCGGGGTAATTAAGTGAGTC-G-AGT
1 -AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
1268 AACTTAATTCAGGGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATT
1287 GATACGAATC
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 66, Indels: 57
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 2 0.00
30 37 0.06
31 60 0.10
32 16 0.03
33 4 0.01
34 45 0.07
35 349 0.57
36 94 0.15
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (34 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
Found at i:1134 original size:61 final size:62
Alignment explanation
Indices: 1069--1286 Score: 222
Period size: 61 Copynumber: 3.3 Consensus size: 62
1059 TTCAGTAATC
* * * *
1069 AACTTAATTAAGGGTAATTAAATGAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATAGGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAATGAGTCATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGGT
* *
1130 AACTTAATTTAGGGTAATTAAGTGAGTCGGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAATGAGTC----ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGG
1195 TAAT
62 ---T
* * *
1199 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTAATCAACTTTAATTCGGGGTAATTAAGTGAGTC
1 -AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAATGAGTCATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1264 GAGT
60 G-GT
1268 AACTTAATTCAGGGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATT
1287 GATACGAATC
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 10, Indels: 27
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
61 26 0.20
64 1 0.01
65 25 0.19
66 4 0.03
67 1 0.01
68 17 0.13
69 2 0.02
70 22 0.17
71 26 0.20
72 1 0.01
74 7 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (62 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAATGAGTCATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGGT
Found at i:1163 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1142--1198 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
1132 CTTAATTTAG
1142 GGTAATTAAGTGAGTC
1 GGTAATTAAGTGAGTC
* * * *
1158 GGTAATCAACTTAATTC
1 GGTAATTAA-GTGAGTC
1175 AGGGTAATTAAGTGAGTC
1 --GGTAATTAAGTGAGTC
1193 GGTAAT
1 GGTAAT
1199 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 8, Indels: 6
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.47
17 4 0.13
18 4 0.13
19 8 0.27
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (16 bp):
GGTAATTAAGTGAGTC
Done.