Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013358.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13379, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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5666 TATTTTTCTA
* *
5676 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGTACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGTACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
** *
5741 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCAAAAAATCATACAA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAAACATACAA
** * * * *
5806 AACA-GAACTGTGGCTCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACCATGATTATTAGTACACAATTT
131 AA-ATGAAC-CAGACACTGGAACGCGTTTTTAG--AAAAAAACCATGATGATTAGCACACAATTT
* *
5870 CGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATA-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT
192 CGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTC-AAA-ATATTTTCCTCAATTTTTAGCGAAAATACTCAT
** *
5934 AA-AAATTATATAATTTGACATCAAAAAGATGGAAGGGTCTTTATTTTTTTCCG
255 AAGAAA-TATATAATTCAACACCAAAAAGATGGAAGGGT-TTT-TTTTTTTCCG
* * *
5987 AATTAATTTCTGATTAAAT-GAAACAAGAATTCAAATGCT-CGTAAAAACAAATCCTTAAATCTA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG-ATTCAAATG-TACATAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * *
6050 ATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATTTTTCAAGGAGTCTTGGCACAAAAAAACATGC
64 ATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAAACATAC
* *** *** *
6115 AAAAATGAGCCAGACACTGGAACGCGTTTTTAGTTTAAAATTGTGATGATTAGCACACAATTTTG
129 AAAAATGAACCAGACACTGGAACGCGTTTTTAGAAAAAAACCATGATGATTAGCACACAATTTCG
*
6180 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCAAAATATTTTCCTCAATTTTTAGCGAAAATACTCATAAGC
194 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCAAAATATTTTCCTCAATTTTTAGCGAAAATACTCATAAGA
*
6245 AATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTTTT
259 AATATATAATTCAACACCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTTTT
6286 CACGCTTCAA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 33, Indels: 16
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
305 4 0.02
306 6 0.02
307 60 0.23
308 50 0.19
310 27 0.10
311 113 0.43
312 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (305 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGTACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAAACATACAA
AAATGAACCAGACACTGGAACGCGTTTTTAGAAAAAAACCATGATGATTAGCACACAATTTCGGC
TAAAATTTTGCAAAAATTGACTCAAAATATTTTCCTCAATTTTTAGCGAAAATACTCATAAGAAA
TATATAATTCAACACCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTTTTTTTCCG
Found at i:8944 original size:332 final size:327
Alignment explanation
Indices: 7988--9205 Score: 1245
Period size: 332 Copynumber: 3.7 Consensus size: 327
7978 GTAAAAACAA
* * * * *
7988 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATTCAAA
1 TGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAATGCAAA
* * ** * * * *
8053 ATTAAACTGAATCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-TCCTGATGATTATTACACGATTTCGAT
66 ATTGAACGGAGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACT-CTGATGGTTAGTACACGATTTCG-C
* * * *
8117 TAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCATAATACTCATAAAAA
129 TAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT--AAA
* *
8182 AATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATT
192 AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACG-TTTTAATATCGTTTTTCATA-T
* *
8247 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTTGTAAAAAAAAAATCCTTA
255 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGT-AAAAAAAAATCCTTA
* *
8312 TATGCAATG
319 AATCCAATG
** * * * * *
8321 TGATTAAGATTTTATTATATGAACATAGATATTTCAAGGA-TTTTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
1 TGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT-GGCGCCAAAAATAATGCAA
* * * * *
8385 AACT-AACTGGGGGCCC-GAAACGCGTTATTAGCCAAAAAAACCCTGATGGTTAGTACACGAGTT
65 AATTGAAC-GGAGCCCCAG-AACGCGTTTTTAGCC--AAAAACTCTGATGGTTAGTACACGA-TT
* * * * * * *
8448 TGGCTAAAATCTTGCAAAAAATGACCCGGAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACCCAT
125 TCGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-AAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT
* * * * * * **
8512 -AATATATATAATTTAACGACAAAAAGTTTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTAATTCAT
189 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAC-GTTTTAATATCGTTTTTCAT
* * * *
8576 ATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGTTTGTAAAAACAAATTCTT
253 ATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAAATCCTT
8641 AAATCCAATG
318 AAATCCAATG
* * * *
8651 TGGCTTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGTCGCCAAAAATAATGC-A
1 TGGC-TAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAATGCAA
* * * * * * *
8715 AATCTGAGCAGGAGCCCCATAATGTGTTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTTC
65 AAT-TGAAC-GGAGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTCTGATGGTTAGTACACGA-TTTC
* * *
8780 GCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCAAAAGACATTTCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAA
127 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT-AA
* * * * *
8845 AAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGTCTTTTGACGTTTCTAATATCATTTTTCCTAT
191 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGTTT-TAATATCGTTTTTCATAT
** * * *
8910 TTTTCCAAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAG-TGTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTA
255 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT-TCAGATGCTTGTAAAAAAAAATCCTTA
8974 AATCCAATG
319 AATCCAATG
* * * *
8983 TGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATAG-TATTTAAAGTAGTCTTGGAGCCAAAAATAATGCAAA
1 TGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAATGCAAA
** ** * * *
9047 ATTGTGTCGG-GTCCCCAGAACAAGTTTTTAACCAAAAACTGTGACGGTTTGTTAGTACACGATT
66 ATTG-AACGGAG-CCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTCTGA----TGGTTAGTACACGATT
* * *
9111 TCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACACAAAAGAT-TTATCCTCAATTTTTGGCT-ACATACTCA
125 TC-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATT-TCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCA
*
9174 TAAAAATATATACTTCAACGCCAAAAAGATTG
188 TAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
9206 GATGGCTTTT
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 131, Indels: 57
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.01
330 157 0.22
331 122 0.17
332 228 0.31
333 86 0.12
334 55 0.08
335 67 0.09
336 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (327 bp):
TGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAATGCAAA
ATTGAACGGAGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTCTGATGGTTAGTACACGATTTCGCTA
AAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATA
TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT
GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAA
TG
Found at i:9103 original size:664 final size:650
Alignment explanation
Indices: 7212--9215 Score: 1828
Period size: 664 Copynumber: 3.1 Consensus size: 650
7202 CAATTTTTGG
* * * * *
7212 ATAATTTAAAGCCAAACAA-ATTGAAGGACTTTTCATACTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTT
1 ATAATTCAACGCCAAA-AAGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTC
* * *
7276 TGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAGGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAAAAAATTCTTAAA
65 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGT-----AAAAAAAATTCTTAAA
* * * *
7341 TCCAATATAGCTGATG-TTTGATTAGATGAATATGGATATCTCGAA-GAATCTTGGCACCAAAAA
125 TCCAAT-TGGCTGA-GATTTGATTAGATGAATATGGATATCTC-AAGGAGTCTTGACGCCAAAAA
** * * *
7404 TCATGCAAAAGTT-AGCCGGAGCCTGGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATCATGATTAGTACA
187 TCATGC-AAA-TTAAG-CGGAGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTATTACA
* * * * *
7468 CGATTTCGGCTACAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTAGCCACAATA
249 CGATTTC-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATA
* * * * *
7533 ATCATAAAAATTATATAATTCAA-GCCAAAAAGATTGAAAGATGTTTCATG-C-TTTTAATATCC
313 CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AAGGTCTTT--TGACGTTTTAATATCA
*
7595 TTTTTCCTATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATGGAAAC-A--T-GAT--TC----AAAT
375 TTTTTCCTATT-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGTTAGATGCTCGTAAAAAT
* * * *
7650 GATTGCTTTAAATATCCAATGTGGCTCAA-ATTTGATTAGATGAATATATGTATTTTAAGGAGTC
439 AAAT-CCTT-AA-ATCCAATGTGGCT-AAGATTTGATTAGATGAATATA-GTATTTAAAGGAGTC
* * * * **
7714 TTGGCGCCTAAAATAATGCACAACTGACCCGTGGCCTCAGAA-AGCGTTTTTAGCCAAAAA-AAA
499 TTGGCGCCAAAAATAATGCAAAACTGACTCG-GGCCCCAGAACA-CGTTTTTAGCCAAAAACATG
* * * * * ** *
7777 ACCTATGAT-GTTACACGTTTTTGGCTAATATTGTGCAAAAACTGATTCGAAATATTTTTCCTCA
562 A-CTTTGTTAG-TACACG-ATTTGGCTAAAATT-TGCAAAAAATGACACGAAAGATTTTTCCTCA
* * *
7841 ATTTTTAGCCACAATACTCATAGAAATAT
623 ATTTTTGGCTAAAATACTCATA-AAATAT
* * ** * * * *
7870 ATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTATATTTTTTC
1 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTC
* * * *
7935 CGAATTAATTTCCTAGTTAAAACGAAACATGATTCAGATGCTTGT------AA-----AAA--CA
65 TGAATTAATTT-CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAATTCTTAAATCCA
* * * *
7987 A-TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATTCA
129 ATTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGC-
* * ** * *
8051 AAATTAAACTGAATCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-TCCTGATGATTATTACACGATTTCG
193 AAATTAAGCGGAGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACT-ATGATGATTATTACACGATTTCG
* * *
8115 ATTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCATAATACTCATAAA
257 -CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCAT-AA
* * * * *
8180 AAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
320 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGTCTTTTGACG-TTTTAATATCATTTTTCCTA
* * * *
8245 TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTTGTAAAAAAAAAATCCT
384 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG--TTAGATGCTCGT-AAAAATAAATCCT
* * ** * * * * *
8310 TATATGCAATGTGATTAAGATTTTATTATATGAACATAGATATTTCAAGGA-TTTTCGGCGCCAA
446 TAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAG-TATTTAAAGGAGTCTT-GGCGCCAA
* * * * * * * *
8374 AAATCATGCAAAACTAACTGGGGGCCC-GAAACGCGTTATTAGCCAAAAAAACCCTGA--TGGTT
509 AAATAATGCAAAACTGACTCGGGCCCCAG-AACACGTTTTTAGCC--AAAAA-CATGACTTTGTT
* *
8436 AGTACACGAGTTTGGCTAAAATCTTGCAAAAAATGACCCGGAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTGGA
570 AGTACACGA-TTTGGCTAAAAT-TTGCAAAAAATGACAC-GAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* *
8500 TAAAATACCCATAATATAT
632 TAAAATACTCATAAAATAT
* * * **
8519 ATAATTTAACGACAAAAAGTTTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTAATTCATATTTTTCT
1 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT
* *
8584 GAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGTTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAA
66 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAA-AAATTCTTAAATCCAA
* *
8649 TGTGGCTTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGTCGCCAAAAATAATGC
130 T-TGGC-TGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGC
* ** * * * *
8714 AAATCTGAGCAGGAGCCCCATAATGTGTTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTT
193 AAAT-TAAGC-GGAGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTATTACACGA-TTT
* * * * *
8779 CGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCAAAAGACATTTCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATAA
255 CGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAA
*
8844 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGTCTTTTGACGTTTCTAATATCATTTTTCCTA
320 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGTCTTTTGACGTTT-TAATATCATTTTTCCTA
* *
8909 -TTTTTCCAAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGTGTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTT
384 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGT-T-AGATGCTCGTAAAAATAAATCCTT
* * *
8973 AAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATAAATATAGTATTTAAAGTAGTCTTGGAGCCAAAAA
447 AAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGTATTTAAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAA
* ** * * *
9038 TAATGCAAAATTGTGTCGGGTCCCCAGAACAAGTTTTTAACCAAAAACTGTGACGGTTTGTTAGT
512 TAATGCAAAACTGACTCGGG-CCCCAGAACACGTTTTTAGCCAAAAAC-ATGAC--TTTGTTAGT
* * * * *
9103 ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACACAAAAGATTTATCCTCAATTTTTGGCT-AC
573 ACACGATTT-GGCTAAAA-TTTGCAAAAAATGACACGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAA
9167 ATACTCATAAAAATAT
636 ATACTCAT-AAAATAT
*
9183 ATACTTCAACGCCAAAAAGATTGGATGG-CTTTT
1 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGA-GGACTTTT
9216 TATGTAATAC
Statistics
Matches: 1081, Mismatches: 189, Indels: 146
0.76 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
638 2 0.00
639 103 0.10
640 106 0.10
641 33 0.03
642 3 0.00
644 3 0.00
645 1 0.00
646 3 0.00
647 28 0.03
648 18 0.02
649 74 0.07
650 118 0.11
651 12 0.01
652 3 0.00
653 6 0.01
654 2 0.00
657 2 0.00
658 47 0.04
659 19 0.02
660 36 0.03
661 37 0.03
662 61 0.06
663 67 0.06
664 197 0.18
665 94 0.09
666 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (650 bp):
ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT
GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAATTCTTAAATCCAAT
TGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAA
TTAAGCGGAGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTATTACACGATTTCGCTAA
AATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAAAATA
TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGTCTTTTGACGTTTTAATATCATTTTTCCTATTTTTTC
CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGTTAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
GTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGTATTTAAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAATGCAAA
ACTGACTCGGGCCCCAGAACACGTTTTTAGCCAAAAACATGACTTTGTTAGTACACGATTTGGCT
AAAATTTGCAAAAAATGACACGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAATAT
Found at i:11905 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11885--11914 Score: 53
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11875 AAATGGAGTA
11885 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
11900 ATATTATAATCTAAA
1 ATATTATAATCTAAA
11915 AATAATTATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATCTAAAT
Found at i:14974 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14951--15003 Score: 70
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14941 CCGAAACTTC
*
14951 CCGAAGCCCCCAGAGTTG
1 CCGAAGCCCCCAAAGTTG
*
14969 CCGAAGCTCCCAAAGTTG
1 CCGAAGCCCCCAAAGTTG
* *
14987 CCGAAGCTCCCGAAGTT
1 CCGAAGCCCCCAAAGTT
15004 CAGAAAGAAG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 32 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.36, G:0.25, T:0.15
Consensus pattern (18 bp):
CCGAAGCCCCCAAAGTTG
Found at i:24107 original size:974 final size:968
Alignment explanation
Indices: 21720--24453 Score: 3001
Period size: 990 Copynumber: 2.8 Consensus size: 968
21710 AAAATTTTGC
* * * *
21720 AAACAAGATTCAGATGCTCG-AATAAACAAATCGTTCAATCGAATGTGGCTGTGATTTGGTTCA-
1 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAA-AAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTT-AG
* * * *
21783 ATGAATATAGATATTTCAATGAGTATTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-AGGACCCGG
64 ATAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGA-GACCCGA
* * *
21847 AACGCGTTTTTAACTTAAAACCGTGATGGTTAA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAA
128 AACGCG-TTTTAAC-AAAAACCGTGATGG-TAAGTACACGATTTCGGCTAAAA-ATTGACAAGAA
* * * * * *
21910 CTTACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTA--AAAGAATATATATAATTCAA
189 -TT---------ATTTTT-TTCAAATTTCTTGCCACAATACTATGAAA-AAT-TAAAAAATTAAA
* * *
21973 CACCAAAAAAATTGAA-GAGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAAT
241 CGCCAAAAAAATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAAT
* * * *
22037 TTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTCAAATACTCGTTAAAACAAATTCTTAAATCGAATGTGGCTG
306 TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG-TAAAACAAATTCTTAAATCGAATGTGACTG
* *
22102 GGATTTGGTTCGATAAATATAGATATTTCAAGGA-TTCTTTACTTCAAAAATCATGCCAAACTGA
370 GGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTT-TTTACGTCAAAAATCATG-CAAACTGA
** **
22166 GTCGGGGCCCCGGGACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTATAATAAACGATTTCGGCTAAAA-
433 GTC-GGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTA-AGCAAACGATTTCGGCTAAAAT
* * ** * *
22230 TTGAC-----CCA--AAATTTTTTTCCTTAATTCTTTGCCACAATACT-AAAAAAAATATATAAT
496 TTCACAAATGACATGAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
*
22287 TCAACACCAAAATAATTGAAGGATTTTTCACGTTTCTAATATCCTTTTTCCATTTTGTTCCCGAA
561 TCAACACCAAAA-AATTGAAGGATTTTTCACGTTTCT-ATATCGTTTTTCCA-TTTGTTCCCGAA
* * *
22352 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATGTGGAAAAACCAAATCCTTAAATTGAATGTG
623 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATTGAATGTG
* * * *
22417 GCTAGGATATGTCTCGATGAATACAGATATTTCAAGAAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAAC
688 GCTAGGATATGGCTCAATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAAC
* * * *
22482 TGATCCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGCGATGGTTAATACACGATATCGGCTA
753 TGAGCCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA---C-ATCGTAAATACACGATATCAGCTA
*
22547 AAATTTTGCAAAAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAAAAAA
814 AAATTTTGC--AAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAAAAAA
* ** * *
22612 TATATATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGACAAGTTTTTCACGCTTCTGATATTGTTTTTCC
877 TATATATATATAA-TCAATGCAAAAAAAATTGA-AAG--TGGCACGCATCTAATATTGTTTTTCC
* *
22677 ATTTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCG
938 A-TTTTTTTAT-AATATATTTCTAATTAAATCG
*
22710 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAGTCCTTAAAT-TCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
1 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCT-AATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * *
22774 TAAATATAGATATTTCAAGGACTATTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCAGA
65 TAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCGA-A
* * * * * ** *
22839 ACGTGTTTTACCCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTCAAAACCGATC-CGAAAT
129 ACGCGTTTTA-AC-AAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGA-CAAG-AAT
* * *
22903 T-TTTTTTCCTC-AATTTCTTGCCACGATACTCTGAAAAATTAAAAAATTTAACGCCAAAAAAAT
190 TATTTTTT--TCAAATTTCTTGCCACAATACTATGAAAAATTAAAAAATTAAACGCCAAAAAAAT
* * * *
22966 TTAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAAT
253 TGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * *
23031 CGAAACAAGATAT-AGATGCTCGTATAACAAA-TCGTTAAATTGAATGTGTCTGGAATTTGGTTC
318 CGAAACAAGAT-TCAGATGCTCGTAAAACAAATTC-TTAAATCGAATGTGACTGGGATTTGGTTC
* ** * * *
23094 GATGAATATAGATATTTTAAAAAGTATCTATGTCAAAAATCATGCAAGACTGAGTCGGGCCCCTG
381 GATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGTCAAAAATCATGCAA-ACTGAGTCGGGCCCC-G
* *
23159 AAACACGTTTTTAGCCAAAAATCGTGA-TAAGCAAACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAGTTGA
444 AAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTAAGCAAACGATTTCGGCTAAAATTTCACAAA--TGA
* * *
23223 CATGAAAAATTTTTCCTCAACTCTTTGCCAGAATAATCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAA
507 CATGAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAA
*
23288 AAATTTGAAGGATTTTTCACGTTTCTATTATCGTTTTTCCATTTGTTCCCAAATTTATTTCTAAT
572 AAA-TTGAAGGATTTTTCACGTTTCTA-TATCGTTTTTCCATTTGTTCCCGAATTTATTTCTAAT
* *
23353 TAAATCGAAACGAGATTCATATATTCGTAAAACCAAATCCTTAAATTGAATGTGGCTAGGATATG
635 TAAATCGAAACAAGATTCATAT-CTCGTAAAACCAAATCCTTAAATTGAATGTGGCTAGGATATG
* * *
23418 GCTCAATGAATATTGATATTTCAAGAAGTCTTTACGTCAAAAACCATGCAAAATTGAGCC-GGGC
699 GCTCAATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGGGGC
* *
23482 TCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAA-ATCGTAACATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC-AAAA
764 TCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACATCGTAA-ATACACGATATCAGCTAAAATTTTGCAAAAA
* * *
23544 ACTGACCTGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTTTTTGCCAAAATACTCAGAAAAA-ATATATAAT
828 AATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAA-----TTTTTTGCCAAAATACTCA-AAAAATATATAT-AT
* *
23608 TTAA-C-AT-CAAAAAAAATTG-AAG-GGGACGCATCTAATATTGTTTTTCCA-TTTTTTAT-AT
886 ATAATCAATGCAAAAAAAATTGAAAGTGGCACGCATCTAATATTGTTTTTCCATTTTTTTATAAT
23666 ATATTTCTAATTAAATCG
951 ATATTTCTAATTAAATCG
* * * * *
23684 AAACAAGAATCAAATGCTCGTAAGAAATAAATCCTAAAATCTAATGTGGCTGAGACTTGGTTAGA
1 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAA-AAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
*
23749 TAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCCAAAAAACCATGAAAAACTGAGTCGAGACCCGAA
65 TAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCC-AAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCGAA
*
23814 ACGCGTATTTAGC-AAAACCGTGATGGATAAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACAAGAATTA
129 ACGCGT-TTTAACAAAAACCGTGATGG-TAAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACAAGAATTA
* * * *
23878 TTTTTTTCAAAATTTCTTGCCACAATACTATGAAACATTAAACAATTAAATGCCAAAAATATTGA
192 TTTTTTTC-AAATTTCTTGCCACAATACTATGAAAAATTAAAAAATTAAACGCCAAAAAAATTGA
* *
23943 AGGGGTTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
256 AGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * * *
24007 AACAAGATTCAGATGTTCGTAAGAAAAAATTCTTAAATCGAATGTGACTGGGATATGGCTCGATG
321 AACAAGATTCAGATGCTCGTAA-AACAAATTCTTAAATCGAATGTGACTGGGATTTGGTTCGATG
* * *
24072 AATATAGATATTTCAGGGAGTTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCCGAAAC
385 AATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGTCAAAAATCATGC-AAACTGAGTCG-GGCCCCGAAAC
* * * ** * *
24137 ACTTTTTTAGCTAAAAACCGTGATTGTTAGTC-CGCTATTTCGACTAAAATTTCACAAAAAATGA
448 ACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA-T-TAAG-CAAACGATTTCGGCTAAAATTTCAC---AAATGA
* * * *
24201 CCTGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT-AAGCTCCA
507 CATGAAAAATTTTTCCTCAA-TTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAA-CACC-
* * * *
24265 AAAAAAATTGAA-GATAGTTTTGACGCTTCTGATATTGTTTTT-CAATT-TT-CCGAATTTATTT
569 -AAAAAATTGAAGGAT--TTTTCACGTTTCT-ATATCGTTTTTCCATTTGTTCCCGAATTTATTT
*
24326 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGT-TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCT-AATGTGGCT-
630 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-TAT-CTCGTAAAACCAAATCCTTAAAT-TGAATGTGGCTA
* * * * * *
24388 GAGAT-TTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTG
692 G-GATATGGCTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTG
24452 AG
755 AG
24454 TCGAGGTCAA
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AAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCGAAAC
GCGTTTTAACAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACAAGAATTATTTT
TTTCAAATTTCTTGCCACAATACTATGAAAAATTAAAAAATTAAACGCCAAAAAAATTGAAGGGG
TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
GATTCAGATGCTCGTAAAACAAATTCTTAAATCGAATGTGACTGGGATTTGGTTCGATGAATATA
GATATTTCAAGGAGTTTTTACGTCAAAAATCATGCAAACTGAGTCGGGCCCCGAAACACGTTTTT
AGCCAAAAACCGTGATTAAGCAAACGATTTCGGCTAAAATTTCACAAATGACATGAAAAATTTTT
CCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAATTGAAGGATTT
TTCACGTTTCTATATCGTTTTTCCATTTGTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
TCATATCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATTGAATGTGGCTAGGATATGGCTCAATGAATATAGAT
ATTTCAAGAAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTA
GCCAAAAACATCGTAAATACACGATATCAGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAAATTTT
TCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAAAAAATATATATATATAATCAATGCAAAAAAAATTGAAA
GTGGCACGCATCTAATATTGTTTTTCCATTTTTTTATAATATATTTCTAATTAAATCG
Found at i:25255 original size:849 final size:851
Alignment explanation
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Period size: 849 Copynumber: 1.9 Consensus size: 851
23658 TTTTATATAT
*
23668 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAATCAAATGCTCGTAAGAAATAAATCCTAAAATCTAATGTGG
1 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAATCAAATGCTCGTAAGAAATAAATCCTAAAATCCAATGTGG
* *
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* *
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*
23863 AATTGACAAGAATTATTTTTTTCAAAATTTCTTGCCACAATACTATGAAACATTAAACAATTAAA
196 AATTGACAAGAATTATTTTTTTCAAAATTTCTTGCCACAATACTATGAAAAATTAAACAATTAAA
* * *
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* * * *
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326 TCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGA-GTTCGTAAAAAAAAAATCTTAAATCGAATGAGACTGG
*
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390 GATATGGCTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGT
* * * * * *
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455 CGAGACCCCGAAACACTTTTTTAGCTAAAAACAGTGATAGTTAATACGATATTTCGACCAAAATT
** *
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* * *
24253 AATTAAGCTCCAAAAAAAATTGAAGATAGTTTTGACGCTTCTGATATTGTTTTTCAATTTTCCGA
585 AATTAAGCGCC-AAAAAAATTGAAGATA-TTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTCCGA
* ** * * *
24318 ATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATG
648 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCATTAAATCAAATG
* *
24383 TGGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCCAAAAACCATGCAAA
713 CGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCCAAAAACCATGCAAA
24448 ACTGAGTCGAGGTCAAAAATATTAAAGGGTTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTT
778 ACTGAGTCGAGGTCAAAAATATTAAAGGGTTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTT
24513 TCAAAATTA
843 TCAAAATTA
* * * * * * *
24522 ATTTCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTGA-AAATAAATCCTTAATTCCAATGTGG
1 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAATCAAATGCTCGTAAGAAATAAATCCTAAAATCCAATGTGG
* * * * * **
24586 CTTAGATTTGGTTAGATCAATTTAGATATTCCAAGGAGTATTTATACC-AAAAA-TATGCTAAAC
66 CTGAGACTTGGTTAGATAAATATAGATATTCCAAGGAGTATTTATACCAAAAAACCATGAAAAAC
** **
24649 TGAGCC-AGGACCGCGAAACGCAT-TTTAAGCCAAAAGTTGTGATGTTTATAGTACACGA-TTCG
131 TGAGCCGA-GACC-CGAAACGCATATTT-AG-CAAAA-CCGTGATGGATA-AGTACACGATTTCG
** ** * *
24711 GCTAAAAACTT-ACCCGAAATT-TTTTTTTCTTAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAA
190 GCTAAAAA-TTGACAAG-AATTATTTTTTTCAAAATTTCTTGCCACAATACTATGAAAAATTAAA
** * * * * *
24774 TGATTCAATGCTAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATATTT-CCG
253 CAATTAAATGCCAAAAAGATTGAAGGAGTTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTCCATATTTCCCG
*
24838 AATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGA-TTC-TAAAAAAAAAATCGTTAAATCGAAT
318 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAGTTCGTAAAAAAAAAATC-TTAAATCGAAT
* * * **
24901 GAGGCTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGCCAAAAATCATGCTT
382 GAGACTGGGATATGGCTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGCCAAAAATCATGCAA
* * * * *
24966 AGCAT-AGTC-AGGA-CCCGGAAC-GTTTTTTTGCCT-AACACAGTGATAGTTAATAC-ATGATT
447 AAC-TGAGTCGA-GACCCCGAAACACTTTTTTAG-CTAAAAACAGTGATAGTTAATACGAT-ATT
* ** * *
25025 TCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTTACCCAT-AAAA-TTTTTCCTCAAACTTTTTGCCACAAGACT
508 TCGACCAAAATTTCACAAAAAATGA-CC-TGAAAAGTTTTTCCTCAAACTTTTTGCCACAAGACT
* *
25088 CA-AAAAATATATATAATTCTA-CGCC-AAAAAATTGAAGGGT-TTTTCACGCTTCT-ACTATCG
571 CAGAAAAA-ATATATAATT-AAGCGCCAAAAAAATTGAA-GATATTTTCACGCTTCTGA-TATCG
* * * *
25148 TTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTTATGAAAA
632 TTTTT-CA--ATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAA
* * * *
25213 CAAATCATTAAGTCAAATGCGGCTGGGATTTGATTCGATGAATATAGGTATTTCAAGGA
694 CAAATCATTAAATCAAATGCGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
25272 TTCTTTACTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (851 bp):
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TGAGCCGAGACCCGAAACGCATATTTAGCAAAACCGTGATGGATAAGTACACGATTTCGGCTAAA
AATTGACAAGAATTATTTTTTTCAAAATTTCTTGCCACAATACTATGAAAAATTAAACAATTAAA
TGCCAAAAAGATTGAAGGAGTTTTCACGATTCTAATATCGTTTTTCCATATTTCCCGAATTAATT
TCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAGTTCGTAAAAAAAAAATCTTAAATCGAATGAGACTGGG
ATATGGCTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
GAGACCCCGAAACACTTTTTTAGCTAAAAACAGTGATAGTTAATACGATATTTCGACCAAAATTT
CACAAAAAATGACCTGAAAAGTTTTTCCTCAAACTTTTTGCCACAAGACTCAGAAAAAATATATA
ATTAAGCGCCAAAAAAATTGAAGATATTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTCCGAATT
AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCATTAAATCAAATGCGG
CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATGCCAAAAACCATGCAAAACT
GAGTCGAGGTCAAAAATATTAAAGGGTTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTTTCA
AAATTA
Found at i:26443 original size:659 final size:651
Alignment explanation
Indices: 24461--26686 Score: 2093
Period size: 659 Copynumber: 3.4 Consensus size: 651
24451 GAGTCGAGGT
* * **
24461 CAAAAATATTAAAGGGTTTCTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCATTTTTTTTTCAAAATTAATT
1 CAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA--TTTTTTTCCGAATTAATT
* * * * * * * * *
24525 TCTAATTAAGTCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTGAAAATAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTTA
63 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTAA
* * * * * *
24590 GATTTGGTTAGATCAATTTAGATATTCCAAGGAGTATTTATACCAAA-AATATGCTAAACTGAG-
128 GATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAT-CCAAAGAACATGCAAAACTGAGT
* * * ** *
24653 CCAGGACCGCGAAACGCATTTTAAGCCAAAAGTTGTGAT-GTTTATAGTACAC-G-ATTCGGCTA
192 CGA-GACCCCGAAACGCATTTTAAACCAAAAACTGTGATGGTAT-TAGTACACGGTATTCGGCTA
* *
24715 AAAACTTACCCGAAATTTTTTTTTCTTAATTT-TTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATGATT
255 AAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTCTTAATTTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATT
* * *
24779 CAATGCTAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATA--TTTCCGAATT
320 CAACGC-CAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAATT
* * * * *
24842 TATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATTC-TAAAAAAAAAATCGTTAAATCGAATGAGGC
384 TATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCGT-AAAAACAAATCATTAAATCAAATGTGGC
*
24906 TGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTT-TTTACGCCAAAAATCATGC-TTAGC
448 TGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGA-TTCTTTACGCCAAAAATCATGCAATA-C
* * * * * *
24969 AT-AGTC-AGGACCCG-GA-ACGTTTTTTTGCCTAACACAGTGAT-AGTTAATACATGATTTCGG
511 -TGAGTCGGGGCCCCGAGACACG-TTTTTAGCCAAAAACAGTGATGAG-TAATAC--GATTTAGG
* * *
25029 CCAAAATTTTGCAAAAACTT-ACCCATAAAATTTTTCCTCAAACTTTTTGCCACAAGACTCA-AA
571 CTAAAATTTTGCAAAAA-TTGACCCA-AAAATTTTTCCT-AAA-TTTTTGCCACAATACTTAGAA
* *
25092 AAATATATATAATTCTACGC
632 AAAAATATATAATTCAACGC
* *
25112 CAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTACTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCT
1 CAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * * * **
25177 AATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTTATGAAAACAAATCATTAAGT-CAAATGCGGCTGGGA
66 AATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAA-GTGGCTAAGA
* * * * * * *
25241 TTTGATTCGATGAATATAGGTATTTCAAGGATTCTTTA-CTCTAAGAATCACGCAAAACTGAGTC
130 TTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATC-CAAAGAA-CATGCAAAACTGAGTC
* * ** * * *** *
25305 GGGGCCCCGTGACGCATTTTTAACCAAAAACTGTGATGAGTA--AATGATTTTGGCTAAAATTCT
193 GAGACCCCGAAACGCATTTTAAACCAAAAACTGTGATG-GTATTAGT-A-CACGG-T---ATTCG
* * * * *
25368 GC-AAAAATTGACTCGAAA-TTTTTTTCCTTAA-TTCTTTGCCACAATACT-TAGAAAAAATATA
251 GCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTCTTAATTTCTTTGCCACAATACTCT-GAAAAATTAAA
* * * *
25429 TAATTCAACACCAAAACAATTGAAGGATTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTCGTTC
315 TAATTCAACGCCAAAA-GATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATT--TTT
* * * * * * **
25493 CCTAATTTATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCATATGTTCGTAAAACCGAATCCTTAAATTT
377 CCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA--TTCGTAAAAACAAATCATTAAATCA
** * * * *
25558 TTTGTGGCTGGGATATGGCTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTACGCCAAAAATCATG
440 AATGTGGCTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTTACGCCAAAAATCATG
* * * * * *
25623 CAAAACTGAGCCGGGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATG-GTCAATGCACAATT
505 CAATACTGAGTCGGGGCCCCGAGACACGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGAGT-AAT--ACGATT
* * *
25687 TTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATA-TTCAG
567 TAGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAATTTTTCCT-AAATTTTTGCCACAATACTT-AG
*
25751 AAAAAAAAATATAATTCAACGC
630 AAAAAAATATATAATTCAACGC
* * * *
25773 CAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATTGTTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTTA-TTC
1 CAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTTCCGAATTAATTTC
* * *
25837 GAATTAAATCGAAACAAGATTCACATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTAAGA
65 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTAAGA
* * *
25902 TTTAATTAGATAAATATAGATATTTCGAGGAGTATTTATGCCAAAGACCATGCAAAACTGAGTCG
130 TTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTAT-CCAAAGAACATGCAAAACTGAGTCG
* * * * *
25967 AGACCCCGAAACACGTTTTAAACTAAAACACCGTGATGGTATTAGTACACGGTTTTCGGCTAAAA
194 AGACCCCGAAACGCATTTTAAACCAAAA-ACTGTGATGGTATTAGTACACGGTATTCGGCTAAAA
* * *
26032 ACTGACCCTAAATTTTTTTTTTCTCAATTTCTTT-CCACAATACTCTG-AAAATTAAACAATTCA
258 ACTGACCCGAAA-TTTTTTTTTCTTAATTTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCA
* * *
26095 ACGCCAACAAGATTAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTTCCGAATTA
322 ACGCCAA-AAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATA-TTTTTCCGAATTT
*
26160 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCATTAAGTCAAATGTGGC
385 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT--TCGTAAAAACAAATCATTAAATCAAATGTGGC
* * * * * *
26225 TGGGATTTGATTCGATGACTATAGATATTTCAAGGATTCTTCACTCCAAGAATCACGCAATACTG
448 TGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTTACGCCAAAAATCATGCAATACTG
*
26290 AGTCGGGGCCCCGAGACACGTTTTTAGCCAAAAACCA-TGTTGAGTAA-ACGATTTAGGCTAAAA
513 AGTCGGGGCCCCGAGACACGTTTTTAGCCAAAAA-CAGTGATGAGTAATACGATTTAGGCTAAAA
* * * * *
26353 TTCTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTCCCTTAATTCTTTGTCACAATACTTAGAAAAAAATA
577 TTTTGCAAAAATTGAC-CCAAAAATTTTT-CCTAAATT-TTTGCCACAATACTTAGAAAAAAATA
* *
26418 TATAGTTCAACAC
639 TATAATTCAACGC
* * * * *
26431 CAAAATAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTACCTAATTTATTTC
1 CAAAA-AATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTC
* * * * * * ** * * **
26496 TAATTGAATCGAAAAAAGATTCATATGTTCATAAAACCAAATCTTTAAATTGAATGTGGTTGGGA
65 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTAAGA
* * * * * * * * *
26561 TATGACTCGATGAATATAGATATTTTAAGAAGTCTTTACGCCAAA-AATCATGCAAAACTGAGCC
130 TTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTA-TCCAAAGAA-CATGCAAAACTGAGTC
* * * * * * *
26625 GGGGCTCCGAAACGCGGTTTT-AGCCAAAAACTGTGATGG--TTAATACACGAT-TTCGGCTAAA
193 GAGACCCCGAAACGC-ATTTTAAACCAAAAACTGTGATGGTATTAGTACACGGTATTCGGCTAAA
26686 A
257 A
26687 TTTTGCAAAA
Statistics
Matches: 1274, Mismatches: 234, Indels: 130
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
647 1 0.00
648 6 0.00
649 101 0.08
650 66 0.05
651 14 0.01
652 3 0.00
654 7 0.01
655 91 0.07
656 51 0.04
657 25 0.02
658 112 0.09
659 365 0.29
660 126 0.10
661 217 0.17
662 82 0.06
663 5 0.00
664 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (651 bp):
CAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCT
AATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTAAGAT
TTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTATCCAAAGAACATGCAAAACTGAGTCGAG
ACCCCGAAACGCATTTTAAACCAAAAACTGTGATGGTATTAGTACACGGTATTCGGCTAAAAACT
GACCCGAAATTTTTTTTTCTTAATTTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAATTAAATAATTCAACGC
CAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAATTTATTTCT
AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCGTAAAAACAAATCATTAAATCAAATGTGGCTGGGATTT
GGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTTACGCCAAAAATCATGCAATACTGAGTCGGGG
CCCCGAGACACGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGAGTAATACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAA
AATTGACCCAAAAATTTTTCCTAAATTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAAATATATAATTCAACG
C
Done.