Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013364.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13385, whole genome shotgun sequence
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* * *
39 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATG
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* * * * * ** *
104 A-TTTTTGCCAGAAAGGCTCCTTAAAATATATATATTCATCTAACAAAATCCCAACCACATTGGA
66 ATTTTTTG-CAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGA
* * * * * * *
168 TTTAAAGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATAAATTAGG---
130 ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
** * * * * **
230 -GCA---AAACACGATAATAGAAGCTTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACGTTAAATTATATAA
195 AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATAT-A
* ** **
291 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCA-AGAAAAAACTTTTTGGGTTGGTTTTTAGCCGAAA
259 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA-AAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
355 T
323 T
* * * * * * *
356 CGTGTACTTATCTATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGTCGCGGCTCAGTTTTGCA
1 CGTGTAC-TAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCA
* * * * *
421 TGATTTTTGGCAGAAATACTCCTT-AAAGTATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
64 TGATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAA-TATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTG
* * * * *
485 GATTTATA-GATTTGTTTTTTATGAGCATTTGAATCTTGTTTCAATGTAATTAGAAATTAATTCG
128 GAATTA-AGGATTTG-TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
* * * * * *
549 GAAAAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGTGTTAAAAGCTCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATT
191 G--AAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATT
* * *
614 ATATATTTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAATATTGAG-AAAAAACTTTTCAGGTCAATTTTTAGCC
254 ATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCC
678 GAAAT
319 GAAAT
* * * *
683 CGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTTGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATA
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATG
* *
748 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCATGAAATATCTATATAT-ATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGA
66 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGA
* * * * ** *
812 ATTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATCTTCTTTCAATTTAATTTCAAATTAATTCAG-AA
130 ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
* * * ** * *
876 AAAATGGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCAATCAATCTTTTTGGCGTTACATTATATAT
195 AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATAT
* * * * *
941 TTTTTCTGAGTATTATAGCAAAAATTATG-GAAAAAAAATTTTC-GAGTCAATTTTTAG-CGAAA
260 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT-TGAGAAAAAAACTTTTCAG-GTCAGTTTTTAGCCG-AA
1003 AT
322 AT
* * * * * * * * *
1005 AGTTTACTAGCCATCACAGTTTTTAGACTAAAATCGCGTTTC-GGGTCCTA-CTCAGTTTTGCAT
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCAT
* * * * * * *
1068 GATTTTTGGCAGAAATACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAAGCAAATATCAGTCACATTGGA
65 GATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGA
* * ** * * * * * * *
1133 CTAAAGGATTTAATTTTACGGGAATATGAATCTTGTTTGGATTTTATTAAAAATTAATTCCGAAA
130 ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
* * *
1198 AAAAAT-AAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTTTT-GTGTTAAATTATAT-T
195 AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATAT
* * ** * *
1260 TTTTTCTGAGCATAGTGGCAAAAACCTGAGAAAAACTATTCGGATCAGTTTTTTTC-GGACCCGT
260 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA--A-----A-C-----TTTTCAGG-TCAGT
1324 TTTTAGCCGAAAT
311 TTTTAGCCGAAAT
* * * * * * **
1337 TGTGTA-TTA-CATCACAGTTTTTGGCTGAAAAATGTGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGGTTTATAT
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT-AAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCAT
* * * *
1400 GATTTTTAGCAGGAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCATCCACATTGGA
65 GATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGA
* * * * *
1465 TTTAAGGCTTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATTAAATC-GTAA
130 ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
** ** * *
1528 AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTCCAAAGCCTATCACTCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT
195 AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATAT
** * *
1593 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAGGAGAAAAAAACTTTTCAGGCCAGTTTTTAGTCGAAAT
260 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
* * * * * *
1657 CGTGTACTAACGATCACGGTTTTTGGATAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCAGCTTAGATTTGCATT
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATG
* * * *
1722 ATTTTTTGCAGGTAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAA
66 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGAA
*
1787 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGGAAA
131 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GG-AA
* * *
1852 AAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATA
194 AAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATA
* * * *
1917 TTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAATATTGAG-AAAAAACTTCTCAGGTCAG-TTATAGCCGAAAT
259 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
* * * *
1980 CGTGTACT-ACCATCACGCTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTCGGGG-CCCAGCTTAGATTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATG
* * *
2043 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAA
66 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGAA
* *
2108 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAA
131 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA
* *
2173 AAATTTAAAAACGATATTAGTAA-CGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATAT
196 AAATTGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATAT
* *
2237 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAATATTGAG-AAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAC
260 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
* *
2300 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATA
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATG
* * *
2365 ATTTTTTGCAGGAAGTCTCCATGAAATATCTATATAT-ATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGA
66 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGA
* * * * ** *
2429 ATTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATCTTCTTTCAATTTAATTTCAAATTAATTCAGAAA
130 ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
* * * ** * **
2494 AAAATGGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCAATCAATTTTTTTGGCATTAAATTATATAT
195 AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATAT
* * * * * *
2559 TTTTTCTGAGTATTATAGC-AAAAATTCAGGAAAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTAG-CGAAA
260 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-G-AAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCG-AA
2622 AT
322 AT
* * * * * * * *
2624 AGTTTACTAGCCATCACGGTTTTTAGACTAAAATCGCGTTTC-GGACCCCGGCTCAGTTTTGCAT
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCAT
* * * * * ** * *
2688 GATTTTTGGCAGAAATACACCTTGAAGTATCTATATTCATCTAAGTAAATATCAGTCACATTGGA
65 GATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGA
* ** * * * * * *
2753 TTTAAGGATTTAATTTTACGGGAATATGAATCTTGTTTGGATTTTAA-TAAAAATTAATTCCGAA
130 ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGGAA
* * * *
2817 AAAAAAT-AAAAACGATATTAGATGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTTTT-GTATTAAATTATAT-
194 AAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATA
* * * * *
2879 TTTTTTCTGAGCATAGTGGCAAAAACA-TGAGAAAAAATCATTCGGATCAGTTTTTTTCGGACCC
259 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA-ATTGAGAAAAAAAC-TT---TTCAG-----GTC--A---
2943 GTTTTTAGCCGAAAT
309 GTTTTTAGCCGAAAT
* * * * * * **
2958 TGTGTA-TTA-TATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGGTTTATATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATG
* * *
3021 ATTTTTAGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAT
66 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGAA
* * * *
3086 TTAAGGCTTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATTAAATC-GTAAA
131 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA
* * ** * *
3149 AAGTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCTATCACTCTTTTTGGTGTTGAATTATATATT
196 AAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATT
* *
3214 TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAGATAGAGAAAAAAACTTTTCATGG-AAGTTTTTAGCCGAAAT
261 TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA-ATTGAGAAAAAAACTTTTCA-GGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
* * *
3278 CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGTG-TAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCAGCTTAGATTTGCAT
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG-GCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCAT
* * *
3341 GATTTTTTGCAGGAAGACT-CTATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGACACAATGG
65 GATTTTTTGCAGGAAGACTCCT-TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGG
* * *
3405 AATTAAGGATTTGTTGTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAA
129 AATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAA
Statistics
Matches: 2604, Mismatches: 412, Indels: 190
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
317 7 0.00
318 15 0.01
319 236 0.09
320 136 0.05
321 611 0.23
322 444 0.17
323 75 0.03
324 228 0.09
325 206 0.08
326 16 0.01
327 35 0.01
328 28 0.01
329 52 0.02
330 46 0.02
331 166 0.06
332 216 0.08
333 60 0.02
334 25 0.01
335 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (323 bp):
CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATG
ATTTTTTGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGAA
TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA
AAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATT
TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
Found at i:2306 original size:643 final size:643
Alignment explanation
Indices: 39--3469 Score: 3536
Period size: 653 Copynumber: 5.3 Consensus size: 643
29 CTAACTAAAA
* * * *
39 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGC-TTTTCGGGGCCCAGCTCAGATTTGCATG
* * * * * ** * *
104 A-TTTTTGCCAGAAAGGCTCCTTAAAATATATATATTCATCTAACAAAATCCCAACCACATTGGA
65 ATTTTTTG-CAGGAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGA
* * * * * * *
168 TTTAAAGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATAAATTAGG---
129 ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAAA
** * * * * **
230 -GCA---AAACACGATAATAGAAGCTTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACGTTAAATTATATAA
194 AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATAT-A
* ** **
291 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAAGAAAAAACTTTTTGGGTTGGTTTTTAGCCGAAAT
258 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT-GAGAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
* * * * * * *
356 CGTGTACTTATCTATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGTCGCGGCTCAGTTTTGCA
322 CGTGTAC-TAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCA
* * *
421 TGATTTTTGGCAGAAATACTCCTT-AAAGTATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
385 TGATTTTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAA-TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
* * * *
485 GATTTATA-GATTTGTTTTTTATGAGCATTTGAATCTTGTTTCAATGTAATTAGAAATTAATTCG
449 GAATTA-AGGATTTG-TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCG
* * *
549 GAAAAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGTGTTAAAAGCTCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATT
512 G-AAAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATT
* *
614 ATATATTTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAATATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTCAATTTTTAGCCG
576 ATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA-ATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTCAAGTTTTAGCCG
679 AAAT
640 AAAT
* * * *
683 CGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTTGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATA
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTCGGGG-CCCAGCTCAGATTTGCATG
*
748 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCATGAAATATCTATATAT-ATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGA
65 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCATAAAATATCTATAT-TCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGA
* * * * *
812 ATTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATCTTCTTTCAATTTAATT-TCAAATTAATTCAG-A
129 ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAT-AAATTAATTCGGAA
* * * ** * *
875 AAAAATGGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCAATCAATCTTTTTGGCGTTACATTATATA
193 AAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATA
* * * * *
940 TTTTTTCTGAGTATTATAGCAAAAATTATG-GAAAAAAAATTTTC-GAGTCAATTTTTAG-CGAA
258 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT-TGAG-AAAAAACTTTTCAG-GTCAGTTTTTAGCCG-A
* * * * * * * * *
1002 AATAGTTTACTAGCCATCACAGTTTTTAGACTAAAATCGCGTTTC-GGGTCCTA-CTCAGTTTTG
319 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTG
* * * * * *
1065 CATGATTTTTGGCAGAAATACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAAGCAAATATCAGTCACATT
383 CATGATTTTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATT
* * ** * * * ** * * *
1130 GGACTAAAGGATTTAATTTTACGGGAATATGAATCTTGTTTGGATTTTATTAAAAATTAATTCCG
448 GGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGG
* * * *
1195 AAAAAAAA--TAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTTTT-GTGTTAAATTAT
513 AAAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATTAT
* * * *
1257 AT-TTTTTTCTGAGCATAGTGGCAAAAACCTGAG-AAAAACTATTCGGATCAGTTTTTTTCGGAC
578 ATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA-TTGAGAAAAAACT-TT----TCAG-----GTC--A-
*
1320 CCGTTTTTAGCCGAAAT
629 -AG-TTTTAGCCGAAAT
* * * * * * **
1337 TGTGTA-TTA-CATCACAGTTTTTGGCTGAAAAATG-TGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGGTTTATA
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT-AAAAACGCT-TTTCGGGG-CCCAGCTCAGATTTGCA
* * * * * * *
1399 TGATTTTTAGCAGGAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCATCCACATTGG
63 TGATTTTTTGCAGGAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGG
* * * * * *
1464 ATTTAAGGCTTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATTAAATC-GTA
128 AATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAA
** ** * *
1527 AAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTCCAAAGCCTATCACTCTTTTTGGTGTTGAATTATATA
193 AAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATA
** * *
1592 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAGGAGAAAAAAACTTTTCAGGCCAGTTTTTAGTCGAAAT
258 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
* * * * * *
1657 CGTGTACTAACGATCACGGTTTTTGGATAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCAGCTTAGATTTGCATT
322 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATG
* * * * * *
1722 ATTTTTTGCAGGTAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAA
387 ATTTTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAA
* *
1787 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGGAAA
452 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAA
1852 AAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATA
516 AAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATA
* * *
1917 TTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGAAAAAACTTCTCAGGTC-AGTTATAGCCGAAAT
581 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA-ATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTCAAGTTTTAGCCGAAAT
* *
1980 CGTGTACT-ACCATCACGCTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTCGGGGCCCAGCTTAGATTTGCATGA
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTCGGGGCCCAGCTCAGATTTGCATGA
2044 TTTTTTGCAGGAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAAT
66 TTTTTTGCAGGAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAAT
*
2109 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAAA
131 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAAA
* *
2174 AATTTAAAAACGATATTAGTAA-CGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATATT
196 AATTGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATT
* *
2238 TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAACCGT
260 TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT
* *
2303 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATAATT
325 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATGATT
* * * * *
2368 TTTTGCAGGAAGTCTCCATGAAATATCTATATAT-ATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAATT
390 TTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAATT
* * * ** *
2432 AAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATCTTCTTTCAATTTAATTTCAAATTAATTCAG-AAAAA
454 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA
** * * ** * ** *
2496 AATGGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCAATCAATTTTTTTGGCATTAAATTATATATTT
519 AATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATATTT
* * * * * *
2561 TTTCTGAGTATTATAGCAAAAATTCAGGAAAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTAG-CGAAAAT
584 TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAATT---GAGAAAAAACTTTTCAGGTCAAGTTTTAGCCG-AAAT
* * * * * * ** * *
2624 AGTTTACTAGCCATCACGGTTTTTAGACTAAAATCGCGTTTCGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCTTTTCGGGGCCCAGCTCAGATTTGCATG
* * * * * * * ** * * * *
2689 ATTTTTGGCAGAAATACACCTTGAAGTATCTATATTCATCTAAGTAAATATCAGTCACATTGGAT
65 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAA
** * * * * * *
2754 TTAAGGATTTAATTTTACGGGAATATGAATCTTGTTTGGATTTTAA-TAAAAATTAATTCCGAAA
130 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTATAAATTAATTCGGAAA
* * * *
2818 AAAAAT-AAAAACGATATTAGATGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTTTT-GTATTAAATTATAT-T
194 AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATAT
* * * *
2880 TTTTTCTGAGCATAGTGGCAAAAACA-TGAGAAAAAATCATTCGGATCAGTTTTTTTCGGACCCG
259 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA-ATTGAGAAAAAA-C-TT---TTCAG-----GTC--A---G
* * * * * *
2944 TTTTTAGCCGAAATTGTGTA-TTA-TATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCCGG
308 TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAG
** *
3007 CTCAGGTTTATATGATTTTTAGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
373 CTCAGGTTTGCATGATTTTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * *
3072 CAGCCACATTGGATTTAAGGCTTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAA
438 CAGCCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAA
* * * * * ** * *
3136 ATTAAATC-G-TAAAAAGTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCTATCACTCTTTTTGGT
503 ATTAATTCGGAAAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGT
*
3199 GTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAGATAGAGAAAAAAACTTTTCATGG--A
568 GTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAA-ATTGAG-AAAAAACTTTTCA-GGTCA
3262 AGTTTTTAGCCGAAAT
629 AG-TTTTAGCCGAAAT
* * *
3278 CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGTG-TAAAAACGCGTTTCGGGGCCCAGCTTAGATTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG-GCTAAAAACGCTTTTCGGGGCCCAGCTCAGATTTGCATG
* *
3342 ATTTTTTGCAGGAAGACTCTATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGACACAATGGAA
65 ATTTTTTGCAGGAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAA
* *
3407 TTAAGGATTTGTTGTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAA
130 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAA
Statistics
Matches: 2319, Mismatches: 377, Indels: 173
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
639 8 0.00
640 30 0.01
641 91 0.04
642 120 0.05
643 332 0.14
644 293 0.13
645 100 0.04
646 215 0.09
647 18 0.01
648 31 0.01
649 57 0.02
650 47 0.02
651 16 0.01
652 193 0.08
653 350 0.15
654 146 0.06
655 50 0.02
656 154 0.07
657 15 0.01
658 45 0.02
659 8 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (643 bp):
CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTTCGGGGCCCAGCTCAGATTTGCATGA
TTTTTTGCAGGAAGACTCCATAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACAATGGAAT
TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAAA
AATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATTT
TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTG
TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGGTTTGCATGATTT
TTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAATTAA
GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAA
TTTAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTT
TCTGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTCAAGTTTTAGCCGAAAT
Done.