Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013416.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13437, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5491
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Found at i:1049 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--2204 Score: 2289
Period size: 333 Copynumber: 6.7 Consensus size: 330
*
1 TTGGATTTAAGG-TTTAGGTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTATG-AATTAAT
1 TTGGATTTAAGGATTT-GTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTA-GAAATTAAT
* * *
64 T-TGATAAAAATAGGAGAGACAATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAA
64 TCGGA-AAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAA-AGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAA
* * *
128 TTACATATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAAATGAGGAAGATTCTTT-GGGTCAATTTTTA
127 TT--ATATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTG
* * * * *
192 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGGACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCT
190 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGAGGC-
* * * * * *
257 CCGGCTCAGTTTAGCATTATTTTTGGCGCCAAAACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACAAA
254 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACGAA
** *
322 ATCTCGGCCAAA
319 ATCTTAGCCACA
* * * * *
334 TTGGATTTAAGGATGTGTTTTTACGAGCATCTCAATC-CGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATG-TTTCGATTCAATTAGAAATTAATT
** * * * *
398 CGG-AAAAATAAAAAAAAACAATATTAAAAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAAT
65 CGGAAAAAAT-AGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGA-AAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAAT
* * * * *
462 TATAAATTTTTTATGAATATGGTGGCCAGAAATTGA-G-AAATT-TTCCCGGGTCAATTTTTGCA
128 TATATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTT-TCGGGTCAATTTTTGCA
* * ** * * *
524 AAATTTTAGCTGAAATTGTGTACTAACCATCACAATTTTTTGACTAAAAACACGTT-CTAGAGCC
192 AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG-CTAAAAACGCATTCCGAG-GCC
* * ** * * *
588 CAGGCTCAGTTTGGCACAATTTTTGGCGTCAAGTCTCATTGAAATATC------CATCTAACTAA
255 C-GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACGAA
*
647 A-CTTTACCCACA
319 ATC-TTAGCCACA
*
659 TTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTC
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTC
** * *
724 GGAAAAAATAGGAAAAATTATATTAGAAACGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGTTGTTGAATTA
66 GGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAA-AGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
* * * * * * **
789 TATACTTTCTATGAGTATCGTAGCTAAAAATTGAGGAAAATTCTTTTGAGTCAATTTTTAAAAAA
130 TATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
* * * * ***
854 ATTTAGCCAAAATCGGTGTATTACCCATCACGGTTTTTTGCTAAATTTGCATTCCGAGGCCTCGA
195 TTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGAGGCC-CGA
* * *
919 CTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATCT
258 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCT
*
984 CAGCCACA
323 TAGCCACA
* * * * ** *
992 TTGGATCTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTC
* * * ***
1057 -GAGAAAATAGAAAAAAAAAATATTAGAAGCGTGAGAAGCCCTTT-AATCTTTTTGGCACTGAAT
66 GGAAAAAATAG-GAAAAACAATATTAGAAGCGTGA-AAG-CCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAAT
* * * * ** *
1120 TATATACTTTTTATGAATATGGTGGTCGGAAATTGAGGAGAAA--CTTCTCGGGTCAATTCTTGC
128 TATATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGA-AAATTCTT-TCGGGTCAATTTTTGC
* * * * * * *
1183 AAAATTTTAGCTGAAATCTTGTACTAACCATCATGGTTTTTTTACTAAAAACACATTCTGGAGTC
191 AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCATTC-CGAGGC
* * * * *
1248 CCGACTCAGTTTTGCACGATTTTTGGCGCCAAGTCTGATTG--ATATCTATATCCATCTAACCAA
254 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACGAA
*
1311 ATCTTACCCACA
319 ATCTTAGCCACA
* *
1323 TTGGATTTAAGGATTTG-TTTTATGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTAATTC
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTC
* * * * * *
1387 GAAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTTCAATCTATTTGGTTTTGAATTA
66 GGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTG-AAAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
* * * *
1452 TTTATTTTTTATAAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAA
130 TATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
** * ** *
1517 TTCCAGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACCATTTTTTGCTAAAAACGAATTCCG-GGTCCCCG
195 TTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGAGG--CCCG
* * * * *
1581 ACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAAATCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATC
257 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACGAAATC
*
1646 TAAGCCACA
322 TTAGCCACA
* * * * *
1655 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTCAATC-CGTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATG-TTTCGATTCAATTAGAAATTAATT
* *
1719 CGGAAAAAATAGAAAAAAAACAATATTAGAAGCGTGACAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAA
65 CGGAAAAAATAG--GAAAAACAATATTAGAAGCGTGA-AAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAA
* * ** ** * *
1784 TTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGGAAATTGAGTTTAAATT-TCTCGGGTCGATTTTTGC
127 TTATATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAG-GAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTGC
* * * * * *
1848 AAAATTTTAGCTGAAATCGTATACTAACCATCACAGGTTTTTAT--TAAAGATGCATTCTGGAGA
191 AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTT-TGCTAAAAACGCATTC-CGAGG
** * * * *
1911 CCCGGTTCAG-TTTACA--ATTTTTGGCACCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAAAC-
253 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCT-AACG
1972 AAATCTTA-CCGACA
317 AAATCTTAGCC-ACA
* * *
1986 TTGGAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTGATTC
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTC
* * *
2051 GGAACAAATAGGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
66 GGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAA-AGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
* *
2116 TATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAA
130 TATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
2181 TTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAA
195 TTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAA
2205 AATTATATTT
Statistics
Matches: 1528, Mismatches: 282, Indels: 125
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
324 2 0.00
325 144 0.09
326 8 0.01
327 79 0.05
328 36 0.02
329 124 0.08
330 252 0.16
331 261 0.17
332 85 0.06
333 368 0.24
334 51 0.03
335 111 0.07
336 7 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTC
GGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTAT
ATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGAGGCCCGACTC
AGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTAG
CCACA
Found at i:1619 original size:663 final size:662
Alignment explanation
Indices: 1--2204 Score: 3019
Period size: 663 Copynumber: 3.3 Consensus size: 662
* **
1 TTGGATTTAAGG-TTTAGGTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTATGAATTAATT
1 TTGGATTTAAGGATTT-GTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTAATT
* * * * *
65 TGATAAAAATAGGAGAGACAATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATT
65 CGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATT
* *
130 ACATATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAAATGAGGAAGATTCTTT-GGGTCAATTTTTACA
130 --ATATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTACA
* * * *
194 AAATTTTAGCCGAAATC-GTGGACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTC
193 AAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTCC-GGGCCC
* * * * *
258 CGGCTCAGTTTAGCATTATTTTTGGCGCCAAAACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACAAAA
257 CGACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAA
* * *
323 TCTCGGCCAAATTGGATTTAAGGATGTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGATTTCGATTTAATTA
322 TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGATTTCGATTTAATTA
*
388 GAAATTAATTCG-GAAAAATA-AAAAAAAACAATATTAAAAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTT
387 GAAATTAATTCGAG-AAAATAGAAAAAAAACAATATTAGAAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTT
* * * * *
451 TTGCGTTGAATTATAAATTTTTTATGAATATGGTGGCCAGAAATTGA-GAAATTTTCCCGGGTCA
451 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATGGTGGCCGGAAATTGAGGAAAATTTCTCGGGTCA
* * *
515 ATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAAT-TGTGTACTAACCATCACA-ATTTTTTGACTAAAAACACG
516 ATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCT-TGTACTAACCATCA-AGGTTTTTTTACTAAAAACACA
* * *
578 TTCTAGAGCCCAGGCTCAGTTTGGCACAATTTTTGGCGTCAAGTCTCATTGA-A---ATATCCAT
579 TTCTGGAGCCC-GGCTCAGTTTTGCACAATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGATATCTATATCCAT
*
639 CTAACTAAA-CTTTACCCACA
643 CTAACCAAATC-TTACCCACA
* *
659 TTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAGAAATTAATTC
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTAATTC
* ** * *
724 GGAAAAAATAGGAAAAATTATATTAGAAACGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGTTGTTGAATTA
66 GAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
* * * * * * *
789 TATACTTTCTATGAGTATCGTAGCTAAAAATTGAGGAAAATTCTTTTGAGTCAATTTTTAAAAAA
131 TATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAA
* * * * * *** *
854 ATTTAGCCAAAATCGGTGTATTACCCATCACGGTTTTTTGCTAAATTTGCATTCCGAGGCCTCGA
196 TTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCG-GGCCCCGA
* *
919 CT-TAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATC
260 CTCT-GTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATC
* * *
983 TCAGCCACATTGGATCTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGA
324 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGATTTCGATTTAATTAGA
*
1048 AATTAATTCGAGAAAATAGAAAAAAAA-AATATTAGAAGCGTGAGAAGCCCTTTAATCTTTTTGG
389 AATTAATTCGAGAAAATAGAAAAAAAACAATATTAGAAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
** * * *
1112 CACTGAATTATATACTTTTTATGAATATGGTGGTCGGAAATTGAGGAGAAACTTCTCGGGTCAAT
454 CGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATGGTGGCCGGAAATTGAGGA-AAATTTCTCGGGTCAAT
* *
1177 TCTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCTTGTACTAACCATCATGGTTTTTTTACTAAAAACACATTCT
518 TTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCTTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTTACTAAAAACACATTCT
* * *
1242 GGAGTCCCGACTCAGTTTTGCACGATTTTTGGCGCCAAGTCTGATTGATATCTATATCCATCTAA
583 GGAG-CCCGGCTCAGTTTTGCACAATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGATATCTATATCCATCTAA
1307 CCAAATCTTACCCACA
647 CCAAATCTTACCCACA
*
1323 TTGGATTTAAGGATTTG-TTTTATGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTAATTC
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTAATTC
* * * * *
1387 GAAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTTCAATCTATTTGGTTTTGAATTA
66 GAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
* * * *
1452 TTTATTTTTTATAAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAA
131 TATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAA
** ** *
1517 TTCCAGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACCATTTTTTGCTAAAAACGAATTCCGGGTCCCCGA
196 TTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGGG-CCCCGA
* *
1582 CTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAAATCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATCT
260 CTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATCT
* * *
1647 AAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTCAATCCGTTTTCGATTTAATTAGAA
325 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGATTTCGATTTAATTAGAA
* *
1712 ATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAACAATATTAGAAGCGTGACAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
390 ATTAATTC-GAGAAAATAGAAAAAAAACAATATTAGAAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
* * ** *
1777 TGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGGAAATTGAGTTTAAATTTCTCGGGTCGAT
454 CGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATGGTGGCCGGAAATTGAG-GAAAATTTCTCGGGTCAAT
* * * * **
1842 TTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTATACTAACCATCACAGG--TTTTTATTAAAGATGCATTC
518 TTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCTTGTACTAACCATCA-AGGTTTTTTTACTAAAAACACATTC
* *
1905 TGGAGACCCGGTTCAG-TTT--ACAATTTTTGGCACCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATC
582 TGGAG-CCCGGCTCAGTTTTGCACAATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTG--ATATCTATATCCATC
* *
1967 TAAACAAATCTTACCGACA
644 TAACCAAATCTTACCCACA
* *
1986 TTGGAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTGATTC
1 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTAATTC
* * *
2051 GGAACAAATAGGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
66 GAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
* *
2116 TATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAA
131 TATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAA
2181 TTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAA
196 TTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAA
2205 AATTATATTT
Statistics
Matches: 1356, Mismatches: 164, Indels: 46
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
656 41 0.03
657 29 0.02
658 352 0.26
659 14 0.01
660 109 0.08
661 28 0.02
662 2 0.00
663 380 0.28
664 273 0.20
665 126 0.09
666 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (662 bp):
TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGATTCAATTAAAAATTAATTC
GAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
TATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAA
TTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGGGCCCCGAC
TCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATCTC
AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAA
TTAATTCGAGAAAATAGAAAAAAAACAATATTAGAAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
TTGAATTATATATTTTTTATGAATATGGTGGCCGGAAATTGAGGAAAATTTCTCGGGTCAATTTT
TGCAAAATTTTAGCTGAAATCTTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTTACTAAAAACACATTCTGGA
GCCCGGCTCAGTTTTGCACAATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGATATCTATATCCATCTAACCAA
ATCTTACCCACA
Done.