Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013511.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13532, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13097
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.16, T:0.35
Found at i:1844 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1825--1851 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
1815 TTCTTACTAA
1825 ACTTAATTACCCTT
1 ACTTAATTACCCTT
1839 ACTTAATTACCCT
1 ACTTAATTACCCT
1852 GAATTATGTT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.30, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
ACTTAATTACCCTT
Found at i:1878 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1836--2766 Score: 1047
Period size: 35 Copynumber: 26.8 Consensus size: 34
1826 CTTAATTACC
* *
1836 CTTACTTAATTACCCTGAATTATGTTACTTATTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* * *
1871 CTCACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTAATTAATGA
1 CTTACTTAATTACCCT-GAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
1907 CTCAGTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
1942 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
1977 TTTGCTTAATTACCCTGAATTAAATTGATTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATT-AA--G-TTATTACTGA
*
2015 CTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
2050 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
2085 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A-T--TACTGA
* *
2123 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
2158 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
2193 CTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTATTACTGA
*
2231 CTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
2266 CTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
2301 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A-T--TACTGA
2339 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTCTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG----TTATTACTGA
* *
2377 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
2412 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
2447 CTCACTTAATTACCATGAATTAAGTTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
2482 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG----T--T-A
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGA
*
2509 CTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
2542 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
2574 CTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
2608 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* *
2640 CTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACT-A
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* * * *
2674 ---ACTTAATTACCATGAAATAAGTTACTAACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
2706 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTAATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
* *
2741 CTGACTTAATTATCCTGAATTAAGTT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
2767 GCTTATTATG
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 59, Indels: 105
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 20 0.03
27 4 0.01
28 1 0.00
30 1 0.00
31 83 0.11
32 1 0.00
33 1 0.00
34 14 0.02
35 458 0.58
36 43 0.05
37 4 0.01
38 147 0.19
39 4 0.01
40 1 0.00
41 1 0.00
42 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (34 bp):
CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGA
Found at i:2051 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 1836--2767 Score: 1109
Period size: 108 Copynumber: 8.9 Consensus size: 108
1826 CTTAATTACC
* * * *
1836 CTTACTTAATTACCCTGAATTATGTT-ACTTATTGACTCACTTAATTACCCTGGATTTAAGTT-A
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATTACCCT-GAATTAAGTTGA
* * * *
1899 --ATTAATGACTCAGTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGA
64 TTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
* * *
1942 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTTGCTTAATTACCCTGAATTAAATTGATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
*
2007 ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTTGATTACTGA
66 ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
* *
2050 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
* * *
2115 ACTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATGA
66 ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
*
2158 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
*
2223 ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTTGATTACTGA
66 ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
* * *
2266 CTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
* *
2331 AATACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTCTTATTACTGA
66 ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAG--T-TGATTACTGA
* *
2377 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
* * *
2439 ATTACTGACTCACTTAATTACCATGAATTAAGTTTATTACTGA
66 ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
*
2482 CTTACTTAATTACCCTGAATTAA---G--T--T-ACTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGCT-A--
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
* *
2535 CTTACTG----ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTAACTGA
66 ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGA
* *
2574 CTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTG----ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-AC
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
* *
2633 TA--ACTGACTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTACT-A
65 TATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGA
* * * * *
2674 ---ACTTAATTACCATGAAATAAGTT-ACTAACTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-A-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
* *
2733 -ATTACTGACTGACTTAATTATCCTGAATTAAGTTG
65 TATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
2768 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 730, Mismatches: 64, Indels: 68
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
91 1 0.00
92 50 0.07
96 27 0.04
97 57 0.08
98 1 0.00
99 2 0.00
100 2 0.00
101 77 0.11
102 1 0.00
105 40 0.05
106 46 0.06
107 1 0.00
108 358 0.49
110 1 0.00
111 66 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (108 bp):
CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
Found at i:2515 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 2481--2567 Score: 111
Period size: 26 Copynumber: 3.1 Consensus size: 26
2471 TTTATTACTG
2481 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 ACTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGTT
2508 ACTTCTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTT
1 ACTTCTTAATTACCCTGAATTAAG----TT
*
2538 ACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 ACT-TCTTAATTACCCTGAATTAAGTT
2565 ACT
1 ACT
2568 AACTGACTTG
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 1, Indels: 10
0.83 0.02 0.15
Matches are distributed among these distances:
26 20 0.37
27 9 0.17
30 5 0.09
31 20 0.37
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (26 bp):
ACTTCTTAATTACCCTGAATTAAGTT
Found at i:6418 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 6292--6423 Score: 96
Period size: 33 Copynumber: 4.0 Consensus size: 33
6282 TTGAAGAACG
*
6292 ACCACCCTCGATCATTCTGACGCAAA--AAAG-
1 ACCACCCTCGATCATTCTGACACAAACTAAAGA
* * * * *
6322 ACCACCCTGGGTCA-ACTGGA-ATAAACTGAAGAA
1 ACCACCCTCGATCATTCT-GACACAAACTAAAG-A
* **
6355 TGACCACCCTCGATCATTCCGGAC-TGAACTAAAGA
1 --ACCACCCTCGATCATT-CTGACACAAACTAAAGA
6390 ACCACCCTCGATCATTCTGACACAAACTAAAGA
1 ACCACCCTCGATCATTCTGACACAAACTAAAGA
6423 A
1 A
6424 AGATCACCCT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 15, Indels: 19
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
29 5 0.07
30 14 0.18
31 3 0.04
32 4 0.05
33 26 0.34
35 13 0.17
36 10 0.13
37 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.30, G:0.15, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
ACCACCCTCGATCATTCTGACACAAACTAAAGA
Found at i:6455 original size:104 final size:98
Alignment explanation
Indices: 6244--6494 Score: 313
Period size: 104 Copynumber: 2.5 Consensus size: 98
6234 TAAAATAAGT
* ** *
6244 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCAAACTAAATTGAAGAACGACCACCCTCGATCATTC
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTCGATCATTCCGGACTAAACTGAAG-A--ACCACCCTCGATCATTC
* *
6309 TGACGCAAAAAAGACCACCCTGGGTCAACTGGAATA
63 TGACACAAAAAAGACCACCCTGGGTCAACTGAAATA
* * *
6345 AACTGAAGAATGACCACCCTCGATCATTCCGGACTGAACTAAAGAACCACCCTCGATCATTCTGA
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTCGATCATTCCGGACTAAACTGAAGAACCACCCTCGATCATTCTG-
*
6410 CACAAACTAAAGAAAGATCACCCTGGGTCAACTGAAATA
65 -AC--AC-AAA-AAAGACCACCCTGGGTCAACTGAAATA
* *
6449 AACTGAAGAACGACCACCCTTGATCATTCCGGACTAAACTGAAGAA
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTCGATCATTCCGGACTAAACTGAAGAA
6495 AGACCACCCT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 14, Indels: 9
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
98 19 0.15
100 3 0.02
101 37 0.28
102 1 0.01
103 3 0.02
104 67 0.52
ACGTcount: A:0.39, C:0.27, G:0.16, T:0.18
Consensus pattern (98 bp):
AACTGAAGAAAGACCACCCTCGATCATTCCGGACTAAACTGAAGAACCACCCTCGATCATTCTGA
CACAAAAAAGACCACCCTGGGTCAACTGAAATA
Found at i:6512 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 6244--6512 Score: 184
Period size: 36 Copynumber: 7.8 Consensus size: 36
6234 TAAAATAAGT
**
6244 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCAAACTA
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCGGACTA
* * * *
6280 AATTGAAGAACGACCACCCTCGATCATT-CTGAC--
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCGGACTA
* * * * * *
6313 -GC--AAAAAAGACCACCCTGGGTCA-ACTGGAATA
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCGGACTA
* * *
6345 AACTGAAGAATGACCACCCTCGATCATTCCGGACTG
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCGGACTA
* * * *
6381 AACT-AA-AGA-ACCACCCTCGATCATT-CTGACACA
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCGGAC-TA
* * * * * * *
6414 AACTAAAGAAAGATCACCCTGGGTCA-ACTGAAATA
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCGGACTA
* *
6449 AACTGAAGAACGACCACCCTTGATCATTCCGGACTA
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCGGACTA
*
6485 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGGTCATT
1 AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATT
6513 GAAGCATTGA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 51, Indels: 26
0.69 0.21 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 19 0.11
32 4 0.02
33 21 0.12
34 3 0.02
35 46 0.27
36 76 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.28, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (36 bp):
AACTGAAGAAAGACCACCCTGGATCATTCCGGACTA
Found at i:6522 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 6509--6539 Score: 53
Period size: 8 Copynumber: 3.9 Consensus size: 8
6499 CACCCTGGGT
6509 CATTGAAG
1 CATTGAAG
6517 CATTGAAG
1 CATTGAAG
*
6525 GATTGAAG
1 CATTGAAG
6533 CATTGAA
1 CATTGAA
6540 TAATTGGAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 21 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (8 bp):
CATTGAAG
Found at i:6545 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6510--6558 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
6500 ACCCTGGGTC
*
6510 ATTGAAGCATTGAAGG
1 ATTGAAGCATTGAAGA
*
6526 ATTGAAGCATTGAATA
1 ATTGAAGCATTGAAGA
*
6542 ATTGGAA-AATTGAAGA
1 ATT-GAAGCATTGAAGA
6558 A
1 A
6559 AGACCACCCT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 25 0.89
17 3 0.11
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.24, T:0.27
Consensus pattern (16 bp):
ATTGAAGCATTGAAGA
Found at i:6603 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 6552--6639 Score: 97
Period size: 35 Copynumber: 2.5 Consensus size: 35
6542 ATTGGAAAAT
* * * * *
6552 TGAAGAAAGACCACCCTGGATC-ATTGAAGTAAAT
1 TGAAGAAAGATCGCCCTGGACCAATTGAAATAAAC
* * *
6586 TGAAGGATGATCGCCCTGGACCAATTGAAATTAAC
1 TGAAGAAAGATCGCCCTGGACCAATTGAAATAAAC
6621 TGAAGAAAGATCGCCCTGG
1 TGAAGAAAGATCGCCCTGG
6640 TTAAATTGGA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 10, Indels: 1
0.80 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 17 0.40
35 26 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (35 bp):
TGAAGAAAGATCGCCCTGGACCAATTGAAATAAAC
Found at i:6647 original size:35 final size:33
Alignment explanation
Indices: 6594--6673 Score: 79
Period size: 35 Copynumber: 2.4 Consensus size: 33
6584 ATTGAAGGAT
* * *
6594 GATCGCCCTGGACCAATTGAAATTAACTGAAGAAA
1 GATCGCCCTGGACAAATTGAAAGT--CTAAAGAAA
** *
6629 GATCGCCCTGGTTAAATTGGAAGTCTAAAGAAA
1 GATCGCCCTGGACAAATTGAAAGTCTAAAGAAA
*
6662 GATAGCCCTGGA
1 GATCGCCCTGGA
6674 TCATATGAGA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 2
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 18 0.49
35 19 0.51
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (33 bp):
GATCGCCCTGGACAAATTGAAAGTCTAAAGAAA
Found at i:8010 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7977--8036 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
7967 ACTGCCCTTT
7977 TTGCTCTTTTCTTCTCTTGCTC
1 TTGCTCTTTTCTTCTCTTGCTC
* *
7999 TTGCTC-TTTCTTCTTTTTCTC
1 TTGCTCTTTTCTTCTCTTGCTC
* *
8020 TTTCTTTTTTCTT-TCTT
1 TTGCTCTTTTCTTCTCTT
8037 TTCTTTTTCG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 3
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 20 0.62
22 12 0.38
ACGTcount: A:0.00, C:0.27, G:0.05, T:0.68
Consensus pattern (22 bp):
TTGCTCTTTTCTTCTCTTGCTC
Found at i:8024 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 8005--8038 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.1 Consensus size: 11
7995 GCTCTTGCTC
8005 TTTC-TTCTTT
1 TTTCTTTCTTT
8015 TTCTCTTTCTTT
1 TT-TCTTTCTTT
8027 TTTCTTTCTTT
1 TTTCTTTCTTT
8038 T
1 T
8039 CTTTTTCGAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.09
11 12 0.55
12 8 0.36
ACGTcount: A:0.00, C:0.21, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (11 bp):
TTTCTTTCTTT
Found at i:8045 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 7997--8045 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
7987 CTTCTCTTGC
* *
7997 TCTTGCTCTTTCTTCT
1 TCTTTCTCTTTCTTTT
8013 T-TTTCTCTTTCTTTTT
1 TCTTTCTCTTTC-TTTT
8029 TCTTTCT-TTTCTTTT
1 TCTTTCTCTTTCTTTT
8044 TC
1 TC
8046 GATTGCTTCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 5
0.81 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 15 0.52
16 9 0.31
17 5 0.17
ACGTcount: A:0.00, C:0.24, G:0.02, T:0.73
Consensus pattern (16 bp):
TCTTTCTCTTTCTTTT
Found at i:8920 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 8861--8921 Score: 63
Period size: 13 Copynumber: 4.3 Consensus size: 14
8851 AATTCAACTT
8861 TTTTTCTCTTTT-C
1 TTTTTCTCTTTTCC
* *
8874 TTTTTTTCTTTTCA
1 TTTTTCTCTTTTCC
8888 TTTTTCATTCTTTTCAC
1 TTTTTC--TCTTTTC-C
8905 TTTTTCT-TTTTCC
1 TTTTTCTCTTTTCC
8918 TTTT
1 TTTT
8922 CAGGTGGGAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 8
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
13 16 0.40
14 10 0.25
15 1 0.03
16 7 0.17
17 6 0.15
ACGTcount: A:0.05, C:0.20, G:0.00, T:0.75
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTCTCTTTTCC
Found at i:8921 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 8867--8923 Score: 71
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
8857 ACTTTTTTTC
** *
8867 TCTTTTCTTTTTTTCTTTTCATTTTTCAT
1 TCTTTTCACTTTTTCTTTTCACTTTTCAT
8896 TCTTTTCACTTTTTCTTTTTC-CTTTTCA
1 TCTTTTCACTTTTTC-TTTTCACTTTTCA
8924 GGTGGGAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 19 0.79
30 5 0.21
ACGTcount: A:0.07, C:0.21, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (29 bp):
TCTTTTCACTTTTTCTTTTCACTTTTCAT
Found at i:11896 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 11847--12581 Score: 830
Period size: 35 Copynumber: 20.8 Consensus size: 34
11837 CTTGATTACC
*
11847 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* * *
11882 CTCACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTAATTAATGA
1 CTTACTTAATTACCCT-GAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
11918 CTCAGTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
* *
11953 CTTAATTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
11988 TTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A-T--TACTGA
*
12026 CTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
12061 CTTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
*
12096 CTTACGTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A-T--TACTGA
*
12134 CTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTTCTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG----TTATTACTGA
* * *
12172 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATGT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
12207 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
12242 CTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTATTACTGA
* *
12280 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
12315 CTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
12350 CTCACTTAATTACCATGAATTAAGTTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
* *
12385 CTTACTTAATTACCATGAATTAAGTTACTAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* * *
12420 CCTGCTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
12454 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* * *
12486 CTTGCTTAATTACCCTGAATTAATTTACTAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
12521 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTAATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
*
12556 CTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
12582 GCTTATTATG
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 58, Indels: 59
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 28 0.05
34 12 0.02
35 408 0.67
36 40 0.07
37 2 0.00
38 117 0.19
39 2 0.00
40 1 0.00
41 1 0.00
42 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (34 bp):
CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGA
Found at i:11957 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11902--12411 Score: 107
Period size: 19 Copynumber: 28.5 Consensus size: 17
11892 TACCCTGGAT
*
11902 TTAAGTTAATTAATG-A
1 TTAAGTTAATTACTGAA
* *
11918 CTCAGTTAATTACCCTGAA
1 TTAAGTTAATTA--CTGAA
* *
11937 TTAAGTTTATTACTGAC
1 TTAAGTTAATTACTGAA
11954 TTAA-TTAATTACCTTGAA
1 TTAAGTTAATTA-C-TGAA
*
11972 TTAAGTTGATTACTG-A
1 TTAAGTTAATTACTGAA
*
11988 TT-TGCTTAATTACCCTGAA
1 TTAAG-TTAATTA--CTGAA
* *
12007 TTAAGTTGATTAATACTGAC
1 TTAAGTT-A--ATTACTGAA
*
12027 TT-ACTTAATTACCCTGAA
1 TTAAGTTAATTA--CTGAA
* * *
12045 CTAAGTTGATTACTGAC
1 TTAAGTTAATTACTGAA
*
12062 TT-ATTTAATTACCCTGAA
1 TTAAGTTAATTA--CTGAA
*
12080 TTAAGTTTATTACT-AA
1 TTAAGTTAATTACTGAA
*
12096 CTTACG-TAATTACCCTGAA
1 -TTAAGTTAATTA--CTGAA
* *
12115 TTAAGTTGATTACTACTGAC
1 TTAAGTT-A--ATTACTGAA
*
12135 TT-ACTTAATTACCTTGAA
1 TTAAGTTAATTA-C-TGAA
*
12153 TTAAGTTTCTTATTACTG-A
1 TTAAG--T-TAATTACTGAA
* * *
12172 CTCACTTAATTACCCTGAA
1 TTAAGTTAATTA--CTGAA
* * **
12191 TTAAGTTGATTAATGTC
1 TTAAGTTAATTACTGAA
*
12208 TT-ACTTAATTACCCTGAA
1 TTAAGTTAATTA--CTGAA
*
12226 TTAAGTTGATTACTG-A
1 TTAAGTTAATTACTGAA
* * *
12242 CTGACTTAATTACCCTGAA
1 TTAAGTTAATTA--CTGAA
12261 TTAAGTTGATTATTACTG-A
1 TTAAGTT-A--ATTACTGAA
* * *
12280 CTCACTTAATTACCCTGAA
1 TTAAGTTAATTA--CTGAA
* * *
12299 TTAAGTTGATTAATGAC
1 TTAAGTTAATTACTGAA
* *
12316 TT-ACTTAATTACCCTAAA
1 TTAAGTTAATTA--CTGAA
*
12334 TTAAGTTGATTACTG-A
1 TTAAGTTAATTACTGAA
* * *
12350 CTCACTTAATTACCATGAA
1 TTAAGTTAATTA-C-TGAA
* *
12369 TTAAGTTTATTACTGAC
1 TTAAGTTAATTACTGAA
*
12386 TT-ACTTAATTACCATGAA
1 TTAAGTTAATTA-C-TGAA
12404 TTAAGTTA
1 TTAAGTTA
12412 CTAACTGACC
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 93, Indels: 113
0.62 0.17 0.21
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.00
16 93 0.27
17 45 0.13
18 63 0.18
19 103 0.30
20 21 0.06
21 2 0.01
22 15 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
TTAAGTTAATTACTGAA
Found at i:12060 original size:108 final size:105
Alignment explanation
Indices: 11847--12582 Score: 878
Period size: 108 Copynumber: 6.9 Consensus size: 105
11837 CTTGATTACC
* * * *
11847 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGACTCACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATTACCCT-GAATTAAGTTGA
* * *
11911 TTAATGACTCAGTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGA
64 TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
* * * *
11953 CTTAATTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGATTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-T
* *
12018 AATACTGACTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTTGATTACTGA
65 --TACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
* * * *
12061 CTTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTAACTTACGTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-T
* * *
12126 ACTACTGACTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTTCTTATTACTGA
65 --TACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG--T-TGATTACTGA
* * *
12172 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATGTCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
*
12237 ACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTACTGA
66 ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---ATTACTGA
* * *
12280 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATGACTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
* *
12345 ACTGACTCACTTAATTACCATGAATTAAGTTTATTACTGA
66 ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
* * * * *
12385 CTTACTTAATTACCATGAATTAAGTT-ACTAACTGACCTGCTTAATTACCCTGAATTAAGCT-AC
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-
*
12448 TTACTG----ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTAACTGA
64 TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGA
* * * * *
12486 CTTGCTTAATTACCCTGAATTAA-TTTACTAACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTAAT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
*
12550 TACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
65 TACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
12583 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 53, Indels: 40
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
100 3 0.01
101 88 0.16
102 1 0.00
104 2 0.00
105 99 0.18
106 45 0.08
107 1 0.00
108 251 0.45
110 2 0.00
111 65 0.12
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (105 bp):
CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
Done.