Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013582.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13603, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7810
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Found at i:1596 original size:25 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1544--1596 Score: 74
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
1534 TTACTCAACT
**
1544 AAAAACTCTATTTTTATTTTTCTGTAA
1 AAAAACTCTATTTTTATTTTAATGTAA
1571 AAAAACTCTATTTTTA-TTTAAT-TAA
1 AAAAACTCTATTTTTATTTTAATGTAA
1596 A
1 A
1597 TCTAATATCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 4 0.17
26 4 0.17
27 16 0.67
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (27 bp):
AAAAACTCTATTTTTATTTTAATGTAA
Found at i:1695 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1666--1717 Score: 61
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
1656 GACATATTAG
*
1666 AATTTTTA-AAATATATTCTTTTAC
1 AATTTTTAGAAATA-A-ACTTTTAC
1690 AATTTTTTAGAAATAAACTTTTAC
1 AA-TTTTTAGAAATAAACTTTTAC
1714 AATT
1 AATT
1718 ATTCTACTAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.08
24 11 0.44
25 7 0.28
26 5 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (23 bp):
AATTTTTAGAAATAAACTTTTAC
Found at i:6720 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 6680--7300 Score: 423
Period size: 35 Copynumber: 17.3 Consensus size: 35
6670 TTATTTGATT
* * *
6680 ATTTACTTAATTACACCAAATTAAGCTAATTATTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* *
6715 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
**
6750 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * * *
6785 AATTACTTAATTTAATTACC-AATTTACTTAATTGCACTG
1 ATTTACTTAA-TT-A-CACCGAATTAAGTTAATT--ACTG
* * * * * *
6824 AATTAAGTTGATT--ACCAAATT-ACTTAATTACACCG
1 -ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATT--ACTG
* * * * * **
6859 AATTAAGTTGATT--ACCAAATTTCTTAATTTAATTACCA
1 -ATTTACTTAATTACACCGAA----TTAAGTTAATTACTG
* **
6897 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* *
6932 ATTCACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* *
6967 ATTTACTTAATTACACCGAATTAACTTGATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
** * *
7002 ATTTACCCAATTTCACCGAATTAAGTTGATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * * * *
7037 ATCTACCTAATCACACCGAATTAAGTTATTTACTA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * * *
7072 ATTCACTTAATTACACCGAATTAAGCTGATTA-TCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACT-G
* **
7107 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * * **
7142 AATTACTTAATTTAATTACC-AATTTACTTAATTGAATTACCA
1 ATTTACTTAA-TT-A-CACCGAA-TTA---AGTT-AATTACTG
*
7184 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCT-
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTA-CTG
* * * *
7219 ATTCACTTGATTAGACCGAATTAAGTTGATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * *
7254 ATTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACTA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
*
7289 AATTACTTAATT
1 ATTTACTTAATT
7301 TAATCTCCAA
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 73, Indels: 54
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.01
35 381 0.78
36 12 0.02
37 24 0.05
38 12 0.02
39 17 0.03
40 16 0.03
41 5 0.01
42 16 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
Found at i:6755 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 6680--7300 Score: 484
Period size: 70 Copynumber: 8.7 Consensus size: 70
6670 TTATTTGATT
* * *** *
6680 ATTTACTTAATTACACCAAATTAAGCTAATTATTGATTTACTTAATTACACCGAATTAAATTGAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
6745 TACTG
66 TACTG
* * * *
6750 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAAATTACTTAATTTAATTACC-AATTTACTT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAA-TT-A-CACCGAATTAAGTT
*
6814 AATTGCACTG
63 GATT--ACTG
* * * * * * * * *
6824 AATTAAGTTGATT--ACCAAATT-ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATT--ACCAAATTTCTT
1 -ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATT--ACC-AATTTACTTAATTACACCGAA----TT
* * **
6884 AATTTAATTACCA
58 AAGTTGATTACTG
* *
6897 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTCACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
6962 TACTG
66 TACTG
* * ** ** *
6967 ATTTACTTAATTACACCGAATTAACTTGATTACTGATTTACCCAATTTCACCGAATTAAGTTGAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
7032 TACTG
66 TACTG
* * * * * * *
7037 ATCTACCTAATCACACCGAATTAAGTTATTTACTAATTCACTTAATTACACCGAATTAAGCTGAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
*
7102 TA-TCA
66 TACT-G
* * *
7107 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAATTACC-AATTTACTT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAA-TT-A-CACCGAA-TTA---
* **
7171 AATTGAATTACCA
59 AGTTG-ATTACTG
* * * * *
7184 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCTATTCACTTGATTAGACCGAATTAAGTTGAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
7249 TACTG
66 TACTG
* * * *
7254 ATTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAATT
7301 TAATCTCCAA
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 83, Indels: 60
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
69 1 0.00
70 254 0.58
71 10 0.02
72 40 0.09
73 21 0.05
74 27 0.06
75 34 0.08
76 5 0.01
77 46 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (70 bp):
ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
TACTG
Found at i:6799 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6770--6817 Score: 78
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
6760 TTACACCGAA
*
6770 TTAAGTTAATTACCAAATTAC
1 TTAATTTAATTACCAAATTAC
*
6791 TTAATTTAATTACCAATTTAC
1 TTAATTTAATTACCAAATTAC
6812 TTAATT
1 TTAATT
6818 GCACTGAATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 25 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
TTAATTTAATTACCAAATTAC
Found at i:6810 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 6715--7582 Score: 627
Period size: 91 Copynumber: 9.4 Consensus size: 91
6705 CTAATTATTG
* ** *
6715 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTACTGATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
6780 TACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
66 TACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
* * *
6806 ATTTACTTAATTGCACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
*
6871 TACCAAATTTCTTAATTTAATTACCA
66 TACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
*
6897 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTCACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
** * *
6962 TACTGATTTACTTAA-TT-A-CACCGA
66 TACCAAATTACTTAATTTAATTACC-A
* * * * * * * * * * *
6986 ATTAACTTGATT--ACTGATTTACCCAATT--TCACCGAATTAAGTTGATT--ACTG-ATCT-AC
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTA---AGTTGATTACC-AATTTACTTAATTACACCGAAT-TAAG
* * * ** * * *
7043 CTAATCACACCGA--A-TTAAGTTATTTACTA
61 TTGATTAC-CAAATTACTTAATTTAATTACCA
* * *
7072 ATTCACTTAATTACACCGAATTAAGCTGATTATCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
7137 TACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
66 TACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
* * * * * * * * *
7163 ATTTACTTAATTGAATTACC-AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATT--ACC-TATTCA
1 ATTTACTTAATT--A-CACCGAATTAAGTTGATT--ACC-AATTTACTTAATTACACCGAATTAA
* * * * **
7224 CTTGATTAGACC-GA--A-TTAAGTTGATTACTG
60 GTTGATT--ACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
* * * * * *
7254 ATTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATTTA-ATCTCCAATTTACTT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTTACTTAA-TTACA-C-CGAATTAAGTT
* * * *
7318 AATTACACCGAATTAAGTT-GTTTACCAAATTACCA
63 GATT--ACCAAATT-ACTTAATTT----AATTACCA
7353 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG--------ATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATT
*
7418 AAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCT-CCA
58 AAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAAT-TACCA
*
7452 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTGATTTACTTAATTACACCGAATTAAGT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC-A---ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGT
*
7517 TGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCT-CCA
62 TGATTACCAAATTACTTAATTTAAT-TACCA
*
7547 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAA
7583 CTGATTTAAC
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 109, Indels: 118
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
84 4 0.01
85 5 0.01
86 36 0.06
87 20 0.03
88 24 0.04
89 41 0.07
90 7 0.01
91 221 0.36
92 3 0.00
93 20 0.03
94 8 0.01
95 98 0.16
96 12 0.02
99 66 0.11
100 1 0.00
102 3 0.00
103 10 0.02
105 10 0.02
106 4 0.01
107 16 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (91 bp):
ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGAT
TACCAAATTACTTAATTTAATTACCA
Found at i:6847 original size:126 final size:124
Alignment explanation
Indices: 6684--7537 Score: 508
Period size: 126 Copynumber: 6.6 Consensus size: 124
6674 TTGATTATTT
* * * *** *
6684 ACTTAATTACACCAAATTAAGCTAATTATTGATTTACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTACT
1 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTACT
* *
6749 GATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTAC-CAAATTACTTAATTTAATTACCAATTT
66 GATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACACAAA--A-TTAAGTTAATTACCAATTC
* * *
6810 ACTTAATTGCACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC
1 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTA-C
** * * * ** *
6875 AAATTT-CTTAATTTAATTACC-AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAATTC
65 TGATTTACTTAA-TT-A-CACCGAATTAAGTTAATTACACAAAATTAAGTTAATTACCAATTC
** * *
6936 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTGATTTACTTAATTACACCGAATTAACTTGATTACT
1 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTACT
** * *
7001 GATTTACCCAATTTCACCGAATTAAGTTGATTACTGATCTACCTAATCACACCGAATTAAGTTAT
66 GATTTACTTAATTACACCGAATTAA---G-TTA---AT-TA-C--A-CA-A---AATTAAGTTAA
*
7066 TTACTAATTC
115 TTACCAATTC
* * * * *
7076 ACTTAATTACACCGAATTAAGCTGATTATCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC
1 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTACT
* * * ** * *
7141 AAATTACTTAATT-----TAATT-A-CCAATT-TAC----TTAA-TTGAATTACCAATTT
66 GATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACACAAAATTAAGTT-AATTACCAATTC
* * * *
7188 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC-TATTCACTTGATTAGACCGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATT-ACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTAC
* * * * *
7252 TGATTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACTA-AATTACTTAATTTAATCT-CCAATTT
65 TGATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTAC-ACAA--AATTAAGTTAAT-TACCAATTC
* *
7314 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGT
1 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTG--------ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAAT
** ** *
7379 TGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTAC-CAAATTACTTAATT
58 TG--------ATTACTGATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACACAAA--A-TTAAGT
*
7443 TAATCT-CCAATTT
112 TAAT-TACCAATTC
* * *
7456 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTGATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTT
1 ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAA---A-TTACTTAATTACACCGAATTAAATTGAT
** *
7521 TACCAAATTACTTAATT
62 TACTGATTTACTTAATT
7538 TAATCTCCAA
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 83, Indels: 130
0.73 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
111 4 0.01
112 79 0.14
117 4 0.01
118 1 0.00
119 3 0.01
120 1 0.00
121 2 0.00
123 3 0.01
124 5 0.01
125 8 0.01
126 174 0.30
127 11 0.02
128 17 0.03
129 6 0.01
130 17 0.03
131 2 0.00
132 2 0.00
133 1 0.00
134 36 0.06
135 7 0.01
136 1 0.00
138 26 0.04
139 1 0.00
140 86 0.15
141 2 0.00
142 79 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (124 bp):
ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAATTGATTACT
GATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACACAAAATTAAGTTAATTACCAATTC
Found at i:6893 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6869--6908 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
6859 AATTAAGTTG
6869 ATTACCAAATTT-CTTAATTTA
1 ATTACC-AATTTACTTAATTTA
6890 ATTACCAATTTACTTAATT
1 ATTACCAATTTACTTAATT
6909 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.28
21 13 0.72
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
ATTACCAATTTACTTAATTTA
Found at i:6941 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 6834--6943 Score: 186
Period size: 56 Copynumber: 2.0 Consensus size: 56
6824 AATTAAGTTG
*
6834 ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTTCTTAATTTA
1 ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTA
*
6890 ATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC-AATTCACTTAATT
1 ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATT-ACTTAATT
6944 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 2, Indels: 2
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
55 4 0.08
56 47 0.92
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.05, T:0.39
Consensus pattern (56 bp):
ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTA
Found at i:7138 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7081--7139 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 3.3 Consensus size: 19
7071 AATTCACTTA
*
7081 ATTACACCGAATTAAGCTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
* * * *
7100 ATT--ATC-AATTTACTTA
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
7116 ATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
7135 ATTAC
1 ATTAC
7140 CAAATTACTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 9, Indels: 6
0.65 0.21 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.32
17 2 0.07
18 2 0.07
19 15 0.54
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
ATTACACCGAATTAAGTTG
Found at i:7159 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7127--7195 Score: 104
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
7117 TTACACCGAA
*
7127 TTAAGTTG-ATTACCAAATTAC
1 TTAA-TTGAATTACCAATTTAC
*
7148 TTAATTTAATTACCAATTTAC
1 TTAATTGAATTACCAATTTAC
7169 TTAATTGAATTACCAATTTAC
1 TTAATTGAATTACCAATTTAC
7190 TTAATT
1 TTAATT
7196 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.05
21 42 0.95
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
TTAATTGAATTACCAATTTAC
Found at i:7215 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7193--7286 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 5.3 Consensus size: 19
7183 AATTTACTTA
7193 ATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
* * *
7212 ATT--ACC-TATTCACTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
*
7228 ATTAGACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
* * * *
7247 ATT--ACTG-ATTTACTTA
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
*
7263 ATTGCACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
7282 ATTAC
1 ATTAC
7287 TAAATTACTT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 15, Indels: 12
0.67 0.19 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 19 0.35
17 6 0.11
18 6 0.11
19 23 0.43
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
ATTACACCGAATTAAGTTG
Found at i:7243 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 6876--7463 Score: 537
Period size: 147 Copynumber: 4.1 Consensus size: 147
6866 TTGATTACCA
* * *
6876 AATTT-CTTAATTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGA-TTACCAATTCACT
1 AATTTACTTAATTGAATTACCAATTTACTTAATCACACCGAATTAAGTT-ATTTACTAATTCACT
* * * ** *
6939 TAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTGATTTACTTAATTACACCGAATTAACTTGATTACTGAT
65 TAATTACACCGAATTAAGCTGATTACTAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAA
** * *
7004 TTACCCAATTTCA-C-CG
130 TTACTTAATTTAATCTCC
* ** * *
7020 AA-TTA---AGTTG-ATTACTGATCTACCTAATCACACCGAATTAAGTTATTTACTAATTCACTT
1 AATTTACTTAATTGAATTACCAATTTACTTAATCACACCGAATTAAGTTATTTACTAATTCACTT
7080 AATTACACCGAATTAAGCTGATTA-TCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAA
66 AATTACACCGAATTAAGCTGATTACT-AATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAA
7144 TTACTTAATTTAAT-TACC
130 TTACTTAATTTAATCT-CC
*
7162 AATTTACTTAATTGAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGA-TTACCT-ATTCAC
1 AATTTACTTAATTGAATTACCAATTTACTTAATCACACCGAATTAAGTT-ATTTA-CTAATTCAC
* * * * * *
7225 TTGATTAGACCGAATTAAGTTGATTACTGATTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTGATTACTAA
64 TTAATTACACCGAATTAAGCTGATTACTAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAA
7290 ATTACTTAATTTAATCTCC
129 ATTACTTAATTTAATCTCC
* * * * ** * *
7309 AATTTACTTAATT--A-CACCGAATTAAGTT-GT-TTACC-----AA---A-TTACCAATTTACT
1 AATTTACTTAATTGAATTACC-AATTTACTTAATCACACCGAATTAAGTTATTTACTAATTCACT
* * *
7360 TAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGT
65 TAATTACACCGAATTAAGCTG--------ATTACTAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGA
7425 TTACCAAATTACTTAATTTAATCTCC
122 TTACCAAATTACTTAATTTAATCTCC
7451 AATTTACTTAATT
1 AATTTACTTAATT
7464 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 45, Indels: 52
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
133 1 0.00
134 29 0.08
138 2 0.01
139 2 0.01
140 108 0.29
141 3 0.01
142 73 0.20
143 8 0.02
144 6 0.02
145 8 0.02
146 4 0.01
147 125 0.33
148 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (147 bp):
AATTTACTTAATTGAATTACCAATTTACTTAATCACACCGAATTAAGTTATTTACTAATTCACTT
AATTACACCGAATTAAGCTGATTACTAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAAT
TACTTAATTTAATCTCC
Found at i:7355 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7307--7531 Score: 287
Period size: 43 Copynumber: 5.0 Consensus size: 43
7297 AATTTAATCT
7307 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
7350 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
7393 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAA
1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC-----A---AA-TT-A
7446 TCTCCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC--A--A
1 ---CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
**
7488 CTGATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
7531 C
1 C
7532 TTAATTTAAT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 2, Indels: 34
0.82 0.01 0.17
Matches are distributed among these distances:
39 35 0.21
41 1 0.01
42 1 0.01
43 82 0.50
46 1 0.01
48 1 0.01
51 2 0.01
52 2 0.01
53 1 0.01
56 37 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA
Found at i:7434 original size:142 final size:138
Alignment explanation
Indices: 7156--7531 Score: 490
Period size: 142 Copynumber: 2.8 Consensus size: 138
7146 ACTTAATTTA
* * *
7156 ATTACCAATTTACTTAATTGAAT-TACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATT----A
1 ATTACCAAATTACTTAATTTAATCT-CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAA
* * * * ** *
7216 CCTATTCACTTGATTAGACCGAATTAAGTTG--------ATTACTGATTTACTTAATTGCACCGA
65 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGA
7273 ATTAAGTTG
130 ATTAAGTTG
*
7282 ATTACTAAATTACTTAATTTAATCTCCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAA
1 ATTACCAAATTACTTAATTTAATCTCCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC--A
7347 TTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACAC
64 --ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACAC
7412 CGAATTAAGTTG
127 CGAATTAAGTTG
*
7424 TTTACCAAATTACTTAATTTAATCTCCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAC
1 ATTACCAAATTACTTAATTTAATCTCCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAC
**
7489 TGATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
66 CAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
7532 TTAATTTAAT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 15, Indels: 22
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
126 53 0.24
127 1 0.00
134 28 0.13
138 43 0.20
140 1 0.00
142 92 0.42
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (138 bp):
ATTACCAAATTACTTAATTTAATCTCCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAC
CAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAA
TTAAGTTG
Found at i:7484 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7462--7523 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
7452 ATTTACTTAA
7462 TTACACCGAATTAAGTTGT
1 TTACACCGAATTAAGTTGT
* * * **
7481 TTACCAACTG-ATTTACTTAA
1 TTA-C-ACCGAATTAAGTTGT
7501 TTACACCGAATTAAGTTGT
1 TTACACCGAATTAAGTTGT
7520 TTAC
1 TTAC
7524 CAAATTACTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 10, Indels: 6
0.65 0.22 0.13
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.10
19 14 0.47
20 10 0.33
21 3 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
TTACACCGAATTAAGTTGT
Found at i:7495 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 7452--7526 Score: 150
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
7442 TTAATCTCCA
7452 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTG
7491 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAA
7527 ATTACTTAAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 36 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (39 bp):
ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTG
Found at i:7529 original size:95 final size:95
Alignment explanation
Indices: 7350--7600 Score: 439
Period size: 95 Copynumber: 2.6 Consensus size: 95
7340 TACCAAATTA
**
7350 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGA
1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACC--A--ACTGATTTACTTAATTACACCGA
7415 ATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCT
62 ATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCT
7449 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTGATTTACTTAATTACACCGAATTA
1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTGATTTACTTAATTACACCGAATTA
7514 AGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCT
66 AGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCT
7544 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTGATTTAACTTAATTAC
1 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTGATTT-ACTTAATTAC
7601 TAATTTACTG
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 2, Indels: 5
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
95 101 0.68
96 10 0.07
97 1 0.01
99 37 0.25
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (95 bp):
CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTGATTTACTTAATTACACCGAATTA
AGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCT
Found at i:7609 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 7491--7597 Score: 178
Period size: 56 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56
7481 TTACCAACTG
* *
7491 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCTCCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATGACTTAACTTAATCTCCA
* *
7547 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAACTGATTTAACTTAAT
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATGACTTAACTTAAT
7598 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 47 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (56 bp):
ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATGACTTAACTTAATCTCCA
Done.