Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013639.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13660, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 25332
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Indices: 7782--7813 Score: 64
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7772 CCATTTGTTT
7782 AAGTGTCAAAAACC
1 AAGTGTCAAAAACC
7796 AAGTGTCAAAAACC
1 AAGTGTCAAAAACC
7810 AAGT
1 AAGT
7814 CACCAACCAT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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14 18 1.00
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Consensus pattern (14 bp):
AAGTGTCAAAAACC
Found at i:11798 original size:109 final size:109
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Indices: 11607--11808 Score: 377
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11597 TCCTGTCTCT
* *
11607 TCTTCCTCTGTTTCTTACTCTATGAATTTCAATGTGGATATCCATCTATTTGTATGTATGCATTT
1 TCTTCCTCTGTTTCTCACTCTATGAACTTCAATGTGGATATCCATCTATTTGTATGTATGCATTT
*
11672 GTTTGTTTCTCTTGAATTCATTAATGTATATATATAGATGCATA
66 GTTTGTTTCTATTGAATTCATTAATGTATATATATAGATGCATA
11716 TCTTCCTCTGTTTCTCACTCTATGAACTTCAATGTGGATATCCATCTATTTGTATGTATGCATTT
1 TCTTCCTCTGTTTCTCACTCTATGAACTTCAATGTGGATATCCATCTATTTGTATGTATGCATTT
11781 GTTTGTTTCTATTGAATTCATTAATGTA
66 GTTTGTTTCTATTGAATTCATTAATGTA
11809 CATTTTTTTT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
109 90 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.16, G:0.13, T:0.49
Consensus pattern (109 bp):
TCTTCCTCTGTTTCTCACTCTATGAACTTCAATGTGGATATCCATCTATTTGTATGTATGCATTT
GTTTGTTTCTATTGAATTCATTAATGTATATATATAGATGCATA
Found at i:23569 original size:333 final size:333
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Indices: 21968--25315 Score: 3794
Period size: 333 Copynumber: 10.1 Consensus size: 333
21958 CGGCTAAAAG
* ** * *
21968 TTTGCAAAATTTTAGCTAAAATCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTT-GG
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTA-CTAAAAACGCGTTCCG
* * ** * *
22032 GGGCCCCGACTCAGTTTTACATCATTTTTGGTATCAAGACT-CTTTGAAATATCTATATTCATTT
65 GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTT-AAATATCTATATTCATCT
* * * * * *
22096 AACAAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTATGAGCATCTCAATTCGATTTCGAT
129 AACGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGAT
* * * * **
22161 TTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTGGAAGTCATTCAAT
194 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTAT
*** * *
22226 -ATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAAATGAGGAGAAAATTTT
259 AATTTTTTTTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAACTAAGGAGAAAATTTT
22290 -TGGGTCAATT
324 CT-GGTCAATT
* * * *
22300 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAAACCATCATGTTTTTTTACTAAAAATGCGTT----
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGG
* * *
22361 --------CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACCAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
66 GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTAA
* * * *
22418 CGAAATCACAGTCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCCGGTTTCGATTT
131 CGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATTT
*
22483 AATTAGAAATTAATTTC-GAAAAAA-AGGAAAAACGATATTA-AATGCGTTGGAAGCCC--TT-C
196 AATTAGAAATTAA-TTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAA-GCGTTGGAAGCCCTTTTAT
* * * * * * * *
22542 AATCTTTTTCG-CG--TTA-ATTTTTTTTA-GAAGTATCGT-GATCAAAAATTGA-G-GAAAATC
259 AATTTTTTTTGTTGAATTATATATTTTTTATG-AGTATTGTAG-CCAAAAACTAAGGAGAAAAT-
* * *
22599 CCTTC-GGTTAAAAT
321 -TTTCTGG-TCAATT
* * * ** *
22613 TTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCATCACGGGCTTTTAGCTAAAAACGCGTTTCG
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTA-CTAAAAACGCGTTCCG
*
22678 GGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT-ATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATTTATATTCATCTA
65 GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTA
* *
22742 ACGAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTTAATCCGGTTTCGATT
130 ACGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATT
* * * **
22807 TAATTAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTACAAGCGTTGAAAACCCTTCAA
195 TAATTAGAAATTAATTC-GG-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTA
** * *
22872 T-ATTTTTGATATTGAATTATATGTTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAACTAAGGAGAAAATTT
258 TAATTTTTTTTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAACTAAGGAGAAAATTT
* * *
22936 TCGGGCCAACT
323 TCTGGTCAATT
* * * ** *
22947 TTTGCAAAATTTTAACTGAAATTGTGTATTAATAATCACGGTTTTTTACTCAAAACGCGTTCC-G
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGG
*
23011 GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGA-ACCAAGACTCCTTAAAATATATATATATATATA
66 GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT-GACACCAAGACTCC--------T-T-TA-A-ATATC
* * *
23075 TATATTCTTCTAACGAAATCACAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
118 TATATTCATCTAACGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
* *
23140 CCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAACAATATGAGAAGCGTTGG
183 CCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGG
* * * * * *
23205 AAG-CC-TTT-CAATATTTTTGGCATTAAATTATATATTTCTTATAAGTATT-TCAGCCAAAAAC
247 AAGCCCTTTTATAATTTTTTTTG--TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT-AGCCAAAAAC
* *
23266 TTAGGAGAAAACTTTCTGGTCAATT
309 TAAGGAGAAAATTTTCTGGTCAATT
*
23291 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTCCCGG
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGG
* * * * *
23356 GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTACACCAACACTCCTTTAAATATTTATACTCATATAA
66 GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTAA
* ** *
23421 CCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTTAATCCGGTTTCGATTT
131 CGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATTT
* *
23486 AATTAGAAATTAATTCGGGAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTATAA
196 AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTATAA
*
23551 TTTTTTTTGTTGAATTATATGTATTTTTT-T-AGTATTGTAGCCAAAAACTAAGTAGAAAATTTT
261 TTTTTTTTGTTGAATTATA--TATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAACTAAGGAGAAAATTTT
*
23614 CAGGTCAATT
324 CTGGTCAATT
* *
23624 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCTGG
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGG
* * * *
23689 GGGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
66 GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTAA
* * * * *
23754 CGAAATTTAAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTCAATCTGGTTTCGATTT
131 CGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATTT
* * *
23819 AATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTTAGAAGCCCTTTTATAA
196 AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTATAA
* *
23884 TTGTTTTTGTTGAATTATATATATTTTT-T-AGTATTGTAGCCAAAAACTAACGAGAAAATTTTC
261 TTTTTTTTGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAACTAAGGAGAAAATTTTC
*
23947 GGGTCAATT
325 TGGTCAATT
* * * *
23956 TTTGCAAAACTGTAACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCG
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCG
* * * * * *
24021 GGGGCCCGACTTAGTTTTCCAAGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
65 GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTA
** * * *
24086 ATAAAATTTAAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATT
130 ACGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATT
* * **
24151 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAGAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTTGGAAGCCGTTCAAT
195 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAA-AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTAT
* * * * *
24216 -A-TTTTTTTGCTTTAAATTATATATTTTTTTATGAGTATT-TCGTCCAAATACTTAGGAGAACA
259 AATTTTTTTTG--TTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTATTGTAG-CCAAAAACTAAGGAGAAAA
* * *
24278 TTTTATTGAT-AAGT
320 TTTT-CTGGTCAATT
* * * * *
24292 TTTGCAAAATTTTAACCAAAATCGAGTACAAACCATCACGGTTTTTTACTTAAAACACGTTCC-G
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGG
* ** * * *
24356 GGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTCGA-TTCAAGACTACTTGAAATATCTAAATTCATCTA
66 GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT-GACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTA
* * * * * *
24420 ACGAAATCACAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGA-CAATTTCAATCTGTTTTCGAT
130 ACGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC-ATCTCAATCCGGTTTCGAT
* * **
24484 TTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTCAA
194 TTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTA
*
24549 T-ATTTTTTGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATT-TCAGCCAAAAACTAAGGAGAAAATT
258 TAATTTTTTTTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT-AGCCAAAAACTAAGGAGAAAATT
* *
24612 TTCTTGTTAATT
322 TTCTGGTCAATT
* *
24624 TTTGCTAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTTTTACTAAAAACGCGTTC
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG---TTTTTTACTAAAAACGCGTTC
* * * * * * * **
24689 CGAGGCACCGACTTAGTTTTGCGTGATTCTTGTCACCAAGACTCCTTTAAATATTTATATTCAAA
63 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATC
* ** * * * * *
24754 TAACAAAATAGCAGCCACGTTGGGATTTATGGTTTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCCAGTTTCG
128 TAACGAAATCTCAGCCACATT-GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCG
* * * *
24819 ATTTGATTAGAAATTAACTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGTGTTAGAAGCCCTTTT
192 ATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTT
* * *
24884 ATAATATTTTTTGTTGAATTATATATATTTTTCT-AGTATTGTAGCTC-GAAACTAAGGAGAAAA
257 ATAATTTTTTTTGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTGTAGC-CAAAAACTAAGGAGAAAA
*
24947 TTTTCGGGTCAATT
320 TTTTCTGGTCAATT
* * *
24961 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTTTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCATTCCGA
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGG
* * * ** * * *
25026 GGCACCGACTTAGTTTTGCGTGATTTTTTTCACCAAGACTCCTTT-TATATTTATATTCATATAA
66 GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTAA
* *
25090 C-AAGATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGCAATCCGGTTTCGATT
131 CGAA-ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATT
*
25154 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGG-AAAACGATATTAGATGCGTTGGAAGCCCTTTTATA
195 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTATA
*
25218 A-TTTTTTTGTTGAATTATATATAAATATATTT-T-AGTATTGTAGCCAAAAGCTAAGGAGAAAA
260 ATTTTTTTTGTTGAATTATATAT---T-T-TTTATGAGTATTGTAGCCAAAAACTAAGGAGAAAA
*
25280 TTTTCAGGTCAA-T
320 TTTTCTGGTCAATT
* *
25293 TTTGCAAAATTTTAGCTGAAATC
1 TTTGCAAAATTTTAACCGAAATC
25316 CGCAACTAAC
Statistics
Matches: 2578, Mismatches: 339, Indels: 198
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
311 6 0.00
312 5 0.00
313 71 0.03
314 15 0.01
316 1 0.00
317 7 0.00
318 2 0.00
319 26 0.01
320 119 0.05
321 6 0.00
324 3 0.00
325 112 0.04
326 13 0.01
327 6 0.00
328 27 0.01
329 2 0.00
330 25 0.01
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332 353 0.14
333 669 0.26
334 359 0.14
335 82 0.03
336 171 0.07
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338 8 0.00
341 1 0.00
342 7 0.00
343 5 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGG
GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTAA
CGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATTT
AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTGGAAGCCCTTTTATAA
TTTTTTTTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAACTAAGGAGAAAATTTTCT
GGTCAATT
Done.