Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01001365.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig01365, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1890
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.36


Found at i:1206 original size:200 final size:198

Alignment explanation


    Indices: 981--1890  Score: 1064
    Period size: 200  Copynumber: 4.7  Consensus size: 198

        971 AAGCTTTATA

                                        *                  *    *            
        981 ATAAGGATTATTATACAATACACTGTCAATGTAAATTTTGGACTCCAAAAGCAGGTTAAAAAGTT
          1 ATAA-GATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTT

            *                                                                
       1046 TACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC
         65 GACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC

                                             *       *         *             
       1111 ATGTCAACCCTTAAACCATGCACGTGCAGTCTACTAAACTCTACTGACGGTGTATTGTATAATCT
        130 ATGTCAACCCTTAAACC-TGCACGTGCAGTCTATTAAACTCCACTGACGGTATATTGTATAAT-T

               *  
       1176 TTTTTT
        193 TTTCTT

                                     *  *          *              *   *      
       1182 ATAAGATTATTATACAATACACTGTTAGGGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGATAAGAAGTTG
          1 ATAAGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTG

                      *                     **                       *       
       1247 ACACATACCCTATTTCATAATTAATTAAATATAAAATATTAATACATATTCCCTAAGAGGAC-CA
         66 ACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACA

              **           *          *   *            *        *            
       1311 --AAAACCC-----CGTG--CGTGCAATCTGTTAAACTCCACTTACGGTATAATGTATAATTTTT
        131 TGTCAACCCTTAAACCTGCACGTGCAGTCTATTAAACTCCACTGACGGTATATTGTATAATTTTT

               
       1367 -TT
        196 CTT

               *     *              *                           *          * 
       1369 ATATGATTAATATACAAAATACACCGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGGGTT-AAAATT
          1 ATAAGATTATTATAC--AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGT

                        *                                                 * *
       1433 TGACACATACCCTATTTCATAATTAATT-AA-A--TAATATTAATACAATATTCCCTAAGGGAAT
         64 TGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATAC-ATATTCCCTAAGGGGAC

                                *   *         *                  *     *     
       1494 ACATGTCAACCCTTAAACCCCGCAAGTGCAGTCTGTTAAACTCCACTGACGGTGTATTGCATAAT
        128 ACATGTCAACCCTTAAA-CCTGCACGTGCAGTCTATTAAACTCCACTGACGGTATATTGTATAAT

                   
       1559 TTTTCTT
        192 TTTTCTT

               *                    *  * *                            *      
       1566 ATATGATTATTATACAATACACTGCCAATATAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTG
          1 ATAAGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTG

                    *  *                                                     
       1631 ACACATACTCCGTTTC-TAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACA
         66 ACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACA

                                           *     *                           
       1694 TGTCAACCCTTAAATCCTGCAC-T---GTCTGTTAAAATCCACTGACGG-ATATTGTATAATTTT
        131 TGTCAACCCTTAAA-CCTGCACGTGCAGTCTATTAAACTCCACTGACGGTATATTGTATAATTTT

                
       1754 TCTT
        195 TCTT

                           *       *  *                  *             *     
       1758 AT-AGAATTATTATATAATACACCGTTAGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGCGGGTTAACAAGTT
          1 ATAAG-ATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTT

                               *     *                                  *    
       1822 GACACATACCCCATTT-A-CA-TAACTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACAC
         65 GACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC

                   
       1884 ATGTCAA
        130 ATGTCAA


Statistics
Matches: 606,  Mismatches: 80, Indels: 56
        0.82            0.11        0.08

Matches are distributed among these distances:
 184   11  0.02
 185   14  0.02
 186    3  0.00
 187   17  0.03
 188   41  0.07
 189   69  0.11
 190   34  0.06
 191   17  0.03
 192   85  0.14
 193   21  0.03
 194    2  0.00
 195   45  0.07
 196   61  0.10
 197   47  0.08
 198   11  0.02
 199   14  0.02
 200  110  0.18
 201    4  0.01

ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.12, T:0.34


Consensus pattern (198 bp):   
ATAAGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTG
ACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACA
TGTCAACCCTTAAACCTGCACGTGCAGTCTATTAAACTCCACTGACGGTATATTGTATAATTTTT
CTT
Done.