Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01013797.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13818, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3216
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.39


Found at i:2393 original size:202 final size:201

Alignment explanation


    Indices: 2109--2588  Score: 764
    Period size: 202  Copynumber: 2.4  Consensus size: 201

       2099 AAGTGCGTAG

                      *                                              *      *
       2109 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTGTGAAATG
          1 TTTAAGGGTTAACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATA

                      *              *                       * *             
       2174 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGAAGTCCAAAATTCACACTGATAGTGTATTGTATA
         66 GGGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTCACACTAACAGTGTATTGTATA

                  *                         *    **                          
       2239 ATAATCTTATAAGAAAA-TTTATACAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGTGCGGA
        131 ATAATCCTATAAGAAAATTTTA-ACAATACACCGTCAAAGGAGTTTAGCAGACTACACGTGCGGA

                   
       2303 GTTTAAC
        195 GTTTAAC

                                *                                            
       2310 TTTTAAGGGTTAACATGTGTTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT
          1 -TTTAAGGGTTAACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT

                                            *   *       *                    
       2375 AGGGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTAT
         65 AGGGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTCACACTAACAGTGTATTGTAT

                                                                  *         *
       2440 AATAATCCTATAAGAAAATTTTAACAATACACCGTCAAAGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGG
        130 AATAATCCTATAAGAAAATTTTAACAATACACCGTCAAAGGAGTTTAGCAGACTACACGTGCGGA

                   
       2505 GTTTAAC
        195 GTTTAAC

                       *                                                     
       2512 TTTAAGGGTTGTACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT
          1 TTTAAGGGTT-AACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT

                        
       2577 AGGGTATGTGTT
         65 AGGGTATGTGTT

       2589 TTTCTCTCTA


Statistics
Matches: 257,  Mismatches: 19, Indels: 4
        0.92            0.07        0.01

Matches are distributed among these distances:
 201   10  0.04
 202  243  0.95
 203    4  0.02

ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.19, T:0.36


Consensus pattern (201 bp):   
TTTAAGGGTTAACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATA
GGGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTCACACTAACAGTGTATTGTATA
ATAATCCTATAAGAAAATTTTAACAATACACCGTCAAAGGAGTTTAGCAGACTACACGTGCGGAG
TTTAAC
Done.