Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013815.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13836, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13838
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.16, T:0.31
Found at i:1917 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1858--1925 Score: 84
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
1848 TAAGCCCTTT
*
1858 ATTTACTTAGTTACACCCAATTAAGCA-AATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCCAATTAAG-ATAATTACTG
** *
1893 ATTTACTTAATTACACTGAGTTAAGATAATTAC
1 ATTTACTTAATTACACCCAATTAAGATAATTAC
1926 CAAGTTACTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 1 0.04
35 27 0.96
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
ATTTACTTAATTACACCCAATTAAGATAATTACTG
Found at i:2006 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1954--2428 Score: 449
Period size: 43 Copynumber: 10.8 Consensus size: 43
1944 TATCAAATTG
* * *
1954 CTTAGTTACACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
1997 CTTAATTACACCGAATTAAGTTATTTACTAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
*
2040 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
2083 CTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTAC-------C---A---AATTACCAATTTA
2139 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
*
2182 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTA-C--TTAA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* * * * *
2222 TTTAA-T-CACC-AATT-ACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTT-GTT-TACC--A--AA-----TTACCAATTTA
*
2272 CTTAATTACACCGAATCAAGTTG--------ATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
*
2307 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
2350 CTTAATTACACCGAATTAAGTTCTTTACCAAATTACGAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
2393 CTTAATTACACTGAACTAAGTTGTTTACCAAATTAC
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
2429 TTAATTACAC
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 32, Indels: 78
0.77 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
35 32 0.09
36 3 0.01
37 6 0.02
38 7 0.02
39 1 0.00
40 9 0.02
42 3 0.01
43 237 0.66
46 1 0.00
47 3 0.01
48 1 0.00
49 1 0.00
50 7 0.02
51 1 0.00
52 4 0.01
53 4 0.01
54 3 0.01
56 38 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (43 bp):
CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
Found at i:2148 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 2031--2272 Score: 441
Period size: 99 Copynumber: 2.5 Consensus size: 99
2021 TTACTAAATT
*
2031 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
*
2096 AATTAAGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGTCGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
2130 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
*
2195 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
66 AATTAAGTCGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
*
2229 ACCAA-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTAC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
2273 TTAATTACAC
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 4, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
98 38 0.27
99 101 0.73
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (99 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
AATTAAGTCGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:2240 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 2173--2278 Score: 196
Period size: 55 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56
2163 TTACCAAATT
*
2173 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATC
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACTTAATTTAATC
2229 ACCAA-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACTTAATT
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACTTAATT
2279 ACACCGAATC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 1
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 44 0.90
56 5 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACTTAATTTAATC
Found at i:2271 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2232--2456 Score: 227
Period size: 35 Copynumber: 6.0 Consensus size: 35
2222 TTTAATCACC
2232 AATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCA
1 AATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCA
* *
2267 AATTACTTAATTACACCGAATCAAGTTGATTACCA
1 AATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCA
*
2302 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTA
1 AATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACC-----A
2342 CCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT-CTTTACCAAATTA
1 --AA-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGC-TTACC-----A
* * *
2385 CGAATTTACTTAATTACACTGAACTAAGTTGTTTACCA
1 --AA-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCA
*
2423 AATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC
1 AATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACC
2457 CACTGATTTA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 13, Indels: 20
0.83 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 93 0.56
36 2 0.01
38 1 0.01
40 1 0.01
42 2 0.01
43 68 0.41
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (35 bp):
AATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCA
Found at i:2334 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2241--2334 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 5.3 Consensus size: 19
2231 CAATTACTTA
2241 ATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
* * * *
2260 CTT--ACCAAATT-ACTTA
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
*
2276 ATTACACCGAATCAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
* * *
2295 ATT--ACC-AATTTACTTA
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
2311 ATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACACCGAATTAAGTTG
*
2330 CTTAC
1 ATTAC
2335 CAAATTACCA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 17, Indels: 12
0.64 0.21 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.27
17 10 0.19
18 9 0.17
19 19 0.37
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
ATTACACCGAATTAAGTTG
Found at i:3398 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 3300--3400 Score: 121
Period size: 52 Copynumber: 1.9 Consensus size: 52
3290 GCTAATAGCC
* * *
3300 TAAAAGTTCAAACTTTAATTCAAAGATGACATTTTATTCACAAATTACTTTT
1 TAAAACTTCAAACTTTAATTCAAAGATGACATCTCATTCACAAATTACTTTT
* * * * * *
3352 TAAAACTTCAATCTTTTATTCAAAGGTTACATCTCATTTACTAATTACT
1 TAAAACTTCAAACTTTAATTCAAAGATGACATCTCATTCACAAATTACT
3401 CTAAAAATCA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 9, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 40 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (52 bp):
TAAAACTTCAAACTTTAATTCAAAGATGACATCTCATTCACAAATTACTTTT
Found at i:3464 original size:50 final size:49
Alignment explanation
Indices: 3389--3687 Score: 426
Period size: 50 Copynumber: 6.1 Consensus size: 49
3379 TACATCTCAT
* * * *
3389 TTACTAATTACTCTAAAAA-TCAATCTTCTGCTCC-AAGGTGACATCTTTAC
1 TTACTAATTA--CTAAAAATTCAATCTTTTAC-CCAAAGATGACATTTTTAC
* * *
3439 TTACTAATCACTAAAAGTTTCAATCTTTTACCCAAAGATAACATTTTTAC
1 TTACTAATTACTAAAA-ATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
*
3489 TTACTAATTACTAAAAGTTTCAATCTTTTACCCAAAGATGAACATTTTTAC
1 TTACTAATTACTAAAA-ATTCAATCTTTTACCCAAAGATG-ACATTTTTAC
* *
3540 -TACTAATTACAAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGGCATTTTTAC
1 TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
3588 -TACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
1 TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
3636 TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
1 TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
3685 TTA
1 TTA
3688 AGTTATTTAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 14, Indels: 11
0.90 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
48 61 0.27
49 75 0.33
50 84 0.37
51 10 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (49 bp):
TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
Found at i:3577 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 3427--3687 Score: 391
Period size: 49 Copynumber: 5.3 Consensus size: 49
3417 TGCTCCAAGG
* * **
3427 TGACATCTTTACTTACTAATCACTAAAAGTTTCAATCTTTTACCCAAAGA
1 TGACATTTTTACTTACTAATTAC-AAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
* **
3477 TAACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAGTTTCAATCTTTTACCCAAAGA
1 TGACATTTTTACTTACTAATTAC-AAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
3527 TGAACATTTTTAC-TACTAATTACAAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
1 TG-ACATTTTTACTTACTAATTACAAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
* *
3576 TGGCATTTTTAC-TACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
1 TGACATTTTTACTTACTAATTACAAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
*
3624 TGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
1 TGACATTTTTACTTACTAATTACAAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
3673 TGACATTTTTACTTA
1 TGACATTTTTACTTA
3688 AGTTATTTAA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 9, Indels: 5
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
48 55 0.28
49 77 0.38
50 58 0.29
51 10 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (49 bp):
TGACATTTTTACTTACTAATTACAAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGA
Found at i:3644 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 3390--3685 Score: 409
Period size: 97 Copynumber: 3.0 Consensus size: 97
3380 ACATCTCATT
* * * * *
3390 TACTAATTACTCTAAAAA-TCAATCTTCTGCTCC-AAGGTGACATCTTTACTTACTAATCACTAA
1 TACTAATTA--CTAAAAATTCAATCTTTTAC-CCAAAGATGACATTTTTACTTACTAATTAC-AA
** *
3453 AAGTTTCAATCTTTTACCCAAAGATAACATTTTTAC
62 AAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
*
3489 TTACTAATTACTAAAAGTTTCAATCTTTTACCCAAAGATGAACATTTTTAC-TACTAATTACAAA
1 -TACTAATTACTAAAA-ATTCAATCTTTTACCCAAAGATG-ACATTTTTACTTACTAATTACAAA
*
3553 AAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGGCATTTTTAC
63 AAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
*
3588 TACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAA
1 TACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTACTTACTAATTACAAAAAA
3653 TTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
66 TTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
3685 T
1 T
3686 TAAGTTATTT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 13, Indels: 13
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
96 10 0.06
97 69 0.39
98 21 0.12
99 36 0.20
100 33 0.19
101 9 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (97 bp):
TACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTACTTACTAATTACAAAAAA
TTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
Found at i:3722 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3687--3744 Score: 73
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
3677 ATTTTTACTT
*
3687 AAGTTA-TTTAAAGCTTCAATCTTTTATTTAC
1 AAGTTACTTGAAAGC-TCAA-CTTTTATTTAC
*
3718 AAGTTACTTGAAATCTCAACTTTTATT
1 AAGTTACTTGAAAGCTCAACTTTTATT
3745 CCAAGGTGTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 8 0.33
31 10 0.42
32 6 0.25
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (30 bp):
AAGTTACTTGAAAGCTCAACTTTTATTTAC
Done.