Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013876.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13897, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8300
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.19, T:0.33
Found at i:1290 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1218--1764 Score: 640
Period size: 35 Copynumber: 16.2 Consensus size: 35
1208 CATAATAAGC
*
1218 AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
1249 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * *
1284 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
1318 AAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
1350 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * *
1385 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
1419 AAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
1451 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCCGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
1486 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
1520 AAACCTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
1556 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
1590 AAACCTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
1622 AGCTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
1657 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
1691 AAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
1723 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1758 AACTTAA
1 AACTTAA
1765 GTGAGTCAGT
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 51, Indels: 56
0.80 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 108 0.25
32 13 0.03
34 19 0.04
35 292 0.67
36 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (35 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
Found at i:1341 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 1218--1764 Score: 584
Period size: 66 Copynumber: 8.1 Consensus size: 67
1208 CATAATAAGC
* *
1218 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A--AGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGTAACTTAATTCAGGGTAATT-A-TAAGTCAGT
1280 TAGT
64 TAGT
* * * *
1284 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAA-T-TAAGTCAGTA
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTATAAGTCAGTT
1347 AGT
65 AGT
* * *
1350 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAGTAACTTAATTCAGGGTAATT-A-TAAGTCAG
*
1415 -TAAT
63 TTAGT
* * *
1419 AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A--AGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCCG
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGTAACTTAATTCAGGGTAATT-A-TAAGTCAG
1481 TTAGT
63 TTAGT
* * *
1486 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACCTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGT-AACTTAATTCAGGGTAATT-A-TAAGTCAG
1551 TTAGT
63 TTAGT
* * * *
1556 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACCTAATTCAGGGTAA-T-TAAGTCAGTA
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTATAAGTCAGTT
1619 AGT
65 AGT
* * *
1622 AGCTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAGTAACTTAATTCAGGGTAATT-A-TAAGTCAG
*
1687 -TAAT
63 TTAGT
* *
1691 AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A--AGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGTAACTTAATTCAGGGTAATT-A-TAAGTCAG
1753 TTAGT
63 TTAGT
1758 AACTTAA
1 AACTTAA
1765 GTGAGTCAGT
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 41, Indels: 44
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
66 226 0.54
67 16 0.04
69 12 0.03
70 164 0.39
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (67 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTATAAGTCAGTTA
GT
Found at i:1393 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 1218--1745 Score: 707
Period size: 101 Copynumber: 5.2 Consensus size: 101
1208 CATAATAAGC
1218 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
1283 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATA
66 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATA
1319 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
1384 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATA
66 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATA
*
1420 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCCGTTAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
*
1485 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATA
66 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATA
* * * *
1521 AACCTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* * * * *
1586 -TAATAAACCTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TA--AGT-
62 TTAGT-AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATA
* * * * *
1622 AGCTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* * * *
1687 -TAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TA--AGT-
62 TTAGT-AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATA
*
1723 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1746 AAGTCAGTTA
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 18, Indels: 14
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
97 5 0.01
100 1 0.00
101 329 0.81
102 3 0.01
104 4 0.01
105 62 0.15
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (101 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATA
Found at i:1766 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1736--1774 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
1726 TTAATTCAGG
1736 GTAATTAAGTAAGTCAGTTA
1 GTAATTAAGTAAGTCAGTTA
*
1756 GTAACTTAAGTGAGTCAGT
1 GTAA-TTAAGTAAGTCAGT
1775 AATCAACTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.24
21 13 0.76
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
GTAATTAAGTAAGTCAGTTA
Found at i:1782 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1740--1785 Score: 58
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
1730 TTCAGGGTAA
*
1740 TTAAGTAAGTCAGTTAGTAAC
1 TTAAGTAAGTCAGTTAATAAC
*
1761 TTAAGTGAGTCAG-TAATCAAC
1 TTAAGTAAGTCAGTTAAT-AAC
1782 TTAA
1 TTAA
1786 ATTTAAGGTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.14
21 19 0.86
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
TTAAGTAAGTCAGTTAATAAC
Found at i:3789 original size:75 final size:74
Alignment explanation
Indices: 3666--3814 Score: 271
Period size: 75 Copynumber: 2.0 Consensus size: 74
3656 CTGTTGTGAT
*
3666 GTGTAGTGTGCCCTAGTAGATCGCATTGCACTGAATTATTTAGTTGAATTCTGTCTTTTTTGGCG
1 GTGTAGCGTGCCCTAGTAGATCGCATTGCACTGAATTATTTAGTTGAATTCTGTC-TTTTTGGCG
*
3731 ATCTTGTATG
65 ATCATGTATG
3741 GTGTAGCGTGCCCTAGTAGATCGCATTGCACTGAATTATTTAGTTGAATTCTGTCTTTTTGGCGA
1 GTGTAGCGTGCCCTAGTAGATCGCATTGCACTGAATTATTTAGTTGAATTCTGTCTTTTTGGCGA
3806 TCATGTATG
66 TCATGTATG
3815 CTTCTTTCAT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 2, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
74 18 0.25
75 54 0.75
ACGTcount: A:0.19, C:0.15, G:0.24, T:0.41
Consensus pattern (74 bp):
GTGTAGCGTGCCCTAGTAGATCGCATTGCACTGAATTATTTAGTTGAATTCTGTCTTTTTGGCGA
TCATGTATG
Done.