Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01013939.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig13960, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Found at i:3100 original size:20 final size:20
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Indices: 3075--3118 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
3065 TATATTCATT
3075 ATAATATTACTAAAAAC-TTA
1 ATAATATTACT-AAAACTTTA
3095 ATAATATTACTAAAACTTTA
1 ATAATATTACTAAAACTTTA
3115 ATAA
1 ATAA
3119 GGTTTTTAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.22
20 18 0.78
ACGTcount: A:0.55, C:0.09, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
ATAATATTACTAAAACTTTA
Found at i:4853 original size:199 final size:199
Alignment explanation
Indices: 4223--5218 Score: 1241
Period size: 199 Copynumber: 5.0 Consensus size: 199
4213 ATAAGTTTAT
** * * * **
4223 TATAAGAAAAA-TATA-AATACACCGTCAGTGAAATTTAGCAGACTTCACGTTTGGGGTTTTAAG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAACGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGG-TTTAAG
* *
4286 GGTTGTCATGAGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
65 GGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
*
4351 GTATGTGTCAACTTCTTAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
130 GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
4416 AATC-
195 AATCA
* * * *
4420 TCATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTC-GAGTTTAACAGATTGCACGTGCAAGGTTTAA
1 T-ATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCA-ACGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC--GG----G
* * * * * *
4484 CTTTAAGGGTTGGCATGTGTACACTTAGGAAATATGTATTAACATT-AA-A--T-A-T--TTATG
58 GTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATG
* * *
4541 AAAT-GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATGTACACTGACAGTGTATA
123 AAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATT
* *
4605 ATATAATAGA-CC
188 GTATAATA-ATCA
* * **
4617 TATAAGAAAAATTTTACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAACGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* *
4682 GTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAGTATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGG
66 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGG
* * * *
4747 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATTGTGTCTAAAATTTACACTGACATTGTATTGTATAATA
131 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA
4812 ATCA
196 ATCA
* * **
4816 TATAAGGAAAATTATACCATACACCGTCAACGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTAGGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAACGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* *
4881 GTTGACATGTGTCCTCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATGTT-ATTAATTATGAAATGGG
66 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATAT-TTAATTAATTATGAAATGGG
* * *
4945 GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTATTGTATAAT
130 GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
*
5010 AATCC
195 AATCA
* * * ** *
5015 TATAAGAAATATTATACGATACACCGTAAATAGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAACGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* * * * *
5080 GTAGGCATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTAGTAATATTAAATATTTAATTAATTA-AAAAGTGGG
66 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAA-TGGG
** *
5144 GTATGCATCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAAT
130 GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
5209 AATCA
195 AATCA
5214 TATAA
1 TATAA
5219 CTTCTTAACC
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 86, Indels: 50
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
190 38 0.06
191 2 0.00
192 1 0.00
194 3 0.00
195 1 0.00
196 111 0.16
197 12 0.02
198 25 0.04
199 419 0.61
200 30 0.04
201 1 0.00
202 2 0.00
203 1 0.00
204 2 0.00
205 39 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (199 bp):
TATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAACGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGG
TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA
ATCA
Found at i:5232 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 5153--5282 Score: 242
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
5143 GGTATGCATC
5153 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT
* *
5217 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTTTATTTTATAATAATCATAT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT
5281 AA
1 AA
5283 GAACAATTAT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
64 64 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (64 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT
Found at i:5421 original size:263 final size:263
Alignment explanation
Indices: 4954--5481 Score: 733
Period size: 263 Copynumber: 2.0 Consensus size: 263
4944 GGTATGTGTC
*
4954 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTATTGTATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTATTGTATAATAATCATATA
* *
5019 AGAAATATTATACGATACACCGTAAATAGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTAG
66 AGAAATATTATACAATACACCGTAAATAGAGTTTAGCAGACTACACGTGCAGGGTTTAAGGGTAG
* ** *
5084 GCATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTAGTAATATTAAATATTTAATTAATTAAAAAGTGGGGTATG
131 ACATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTAGTAATATTAAATATTTAATTAATTAAAAAGTAAGGTATA
5149 CATCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACA-TTGACA-GTGTATTGTATAATAAT
196 CATCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTT-A-ATGTGTATTGTATAATAAT
5212 CATAT
259 CATAT
* * * *
5217 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTTTATTTTATAATAATCATATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTATTGTATAATAATCATATA
* * * * * * * *
5282 AGAACA-ATTATACAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACGCTTGTAGGGTTTAAGGGTT
66 AGAA-ATATTATACAATACACCGTAAATAGAGTTTAGCAGACTACACGTGCAGGGTTTAAGGGTA
* * *
5346 GACATGTGTCCCCTTA-AGGAATATGTATTAATATTAAATATTTGATTAATTATGAAA-TAAGGT
130 GACATGTGTCCCCTTAGA-GAATATGTAGTAATATTAAATATTTAATTAATTA-AAAAGTAAGGT
** * *
5409 ATATTTCAACTTCTTAACCCGCTTATTGAGTTCAAAATTTACACTTAATGTGTATTGTATAATAA
193 ATACATCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTTAATGTGTATTGTATAATAA
*
5474 TCCTAT
258 TCATAT
5480 AA
1 AA
5482 GAAAAATTGT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 27, Indels: 10
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
262 2 0.01
263 225 0.97
264 6 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (263 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTATTGTATAATAATCATATA
AGAAATATTATACAATACACCGTAAATAGAGTTTAGCAGACTACACGTGCAGGGTTTAAGGGTAG
ACATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTAGTAATATTAAATATTTAATTAATTAAAAAGTAAGGTATA
CATCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTTAATGTGTATTGTATAATAATCA
TAT
Found at i:5886 original size:199 final size:197
Alignment explanation
Indices: 5217--5898 Score: 765
Period size: 199 Copynumber: 3.4 Consensus size: 197
5207 ATAATCATAT
* * * * *
5217 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGTTTATTTTATAATAATCATATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGAAAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* * * * * * *
5282 AGAACAATTATACAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACGCTTGTAGGGTTTAAGGGTTG
66 AGAAAAATTATACTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTG
* * *
5347 ACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTGATTAATTATGAAATAAGGTATA
131 ACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT-A-TATGAAATGAGGTATG
*
5412 TTTC
194 TGTC
* * * *
5416 AACTTCTTAACCCGCTTATTGAGTTCAAAATTTACACTTAATGTGTATTGTATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGAAAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* * * * * *
5481 AGAAAAATTGTACCATACATCATCAGTCGAGTTTAGCAGACTACATGTGCGGGACGTGCGGGGTT
66 AGAAAAATTATACTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAG---AC---TGC---ACGTGCAGGGTT
*
5546 TAAGGGTTGACATTTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTTAA-T-TATGAAAT
122 TAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATA-TTTAATTATATGAAAT
**
5609 GTCGTATGTGTC
186 GAGGTATGTGTC
* * * * *
5621 AATTTCTTAACCCGCTTTTGGAGTCCAAAATTTACAGTGATAGTTTATTGTATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGAAAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
* * *
5686 AGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTAAAGAGTTG
66 AGAAAAATTATACTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTG
* * * **
5751 ACATGTGTCTCCTTAGGGAATTTGTATTAATATTGTATATTTAATTGATGATGAAATGAGGTATG
131 ACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT-AT-ATGAAATGAGGTATG
5816 TGTC
194 TGTC
* ** * * * * *
5820 AACTTCTTAACCCTCTTATAAAGTCTAAAATTTACACTGAAAGCGTGTTGTATGATAATTCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGAAAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
*
5885 AGAACAATTATACT
66 AGAAAAATTATACT
5899 CCCTCCGTCC
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 68, Indels: 28
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
195 5 0.01
196 52 0.13
198 1 0.00
199 173 0.43
202 4 0.01
205 106 0.26
208 56 0.14
209 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (197 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGAAAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
AGAAAAATTATACTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTG
ACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATATGAAATGAGGTATGTG
TC
Found at i:6026 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 5737--6082 Score: 656
Period size: 173 Copynumber: 2.0 Consensus size: 173
5727 TGCACGTGCA
5737 GGGTTAAAGAGTTGACATGTGTCTCCTTAGGGAATTTGTATTAATATTGTATATTTAATTGATGA
1 GGGTTAAAGAGTTGACATGTGTCTCCTTAGGGAATTTGTATTAATATTGTATATTTAATTGATGA
* *
5802 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCTCTTATAAAGTCTAAAATTTACACTGAAAGCGTG
66 TAAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCTCTTATAAAGTCTAAAATTTACACTAAAAGCGTG
*
5867 TTGTATGATAATTCTATAAGAACAATTATACTCCCTCCGTCCC
131 TTGTATGATAATTCTATAAGAAAAATTATACTCCCTCCGTCCC
5910 GGGTTAAAGAGTTGACATGTGTCTCCTTAGGGAATTTGTATTAATATTGTATATTTAATTGATGA
1 GGGTTAAAGAGTTGACATGTGTCTCCTTAGGGAATTTGTATTAATATTGTATATTTAATTGATGA
5975 TAAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCTCTTATAAAGTCTAAAATTTACACTAAAAGCGTG
66 TAAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCTCTTATAAAGTCTAAAATTTACACTAAAAGCGTG
*
6040 TTGTATGATAATTCTATAAGAAAAATTATACTCCCTTCGTCCC
131 TTGTATGATAATTCTATAAGAAAAATTATACTCCCTCCGTCCC
6083 ATATTATCTG
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 4, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
173 169 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
GGGTTAAAGAGTTGACATGTGTCTCCTTAGGGAATTTGTATTAATATTGTATATTTAATTGATGA
TAAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCTCTTATAAAGTCTAAAATTTACACTAAAAGCGTG
TTGTATGATAATTCTATAAGAAAAATTATACTCCCTCCGTCCC
Found at i:6735 original size:200 final size:200
Alignment explanation
Indices: 6359--6756 Score: 550
Period size: 200 Copynumber: 2.0 Consensus size: 200
6349 AGGGAGTATA
* * * * * *
6359 ATACACCGACAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTTACATGTGTCCCCTT
1 ATACACCGACAGTCGAATTTAGCAGACGGCACGTGCAGAGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTT
* * *
6424 AGGGAATGTGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTAATATGTCAACTCCTTA
66 AAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAGGAAATGAGGTAATATGTCAACTCCTTA
* * * * *
6489 ACCTGTTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGGATTGTATAATAATCTTATAAGAAAAATT
131 ACCTGCTTAGGGAGTTCAAAATTTACACTGAAAGTGGATAGTATAATAATCCTATAAGAAAAATT
6554 ATACT
196 ATACT
*
6559 ATACACCGTCAGTCGAATTTAGCAGACGGCACGTGCAGAGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTT
1 ATACACCGACAGTCGAATTTAGCAGACGGCACGTGCAGAGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTT
* * * * * *
6624 AAGGAATATGTTTTAATTTTAAATATTTAATTTATTAGGAAATGGGGT-ATGTGTCAACTTCTTA
66 AAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAGGAAATGAGGTAATATGTCAACTCCTTA
*
6688 ATCC-GCTTAGGGAGTGT-AAAATTTACACTGAAAAGTGTATAGTATAATAATCCTATAAGAAAA
131 A-CCTGCTTAGGGAGT-TCAAAATTTACACTG-AAAGTGGATAGTATAATAATCCTATAAGAAAA
6751 ATTATA
193 ATTATA
6757 TAAAGTGATT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 22, Indels: 6
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
199 37 0.21
200 136 0.79
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (200 bp):
ATACACCGACAGTCGAATTTAGCAGACGGCACGTGCAGAGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTT
AAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAGGAAATGAGGTAATATGTCAACTCCTTA
ACCTGCTTAGGGAGTTCAAAATTTACACTGAAAGTGGATAGTATAATAATCCTATAAGAAAAATT
ATACT
Found at i:7660 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 7653--7692 Score: 71
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
7643 TCTAACCTAG
7653 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TCA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA TA TA TA TA TA TA T
7693 TTAAAACAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 35 0.95
3 2 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:7916 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7893--7930 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
7883 AATAAGGGAA
7893 TTACTAAATACCGCCCCCTT
1 TTACTAAATACCGCCCCCTT
**
7913 TTACTAGGTACCGCCCCC
1 TTACTAAATACCGCCCCC
7931 CCTTTGGACT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.42, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
TTACTAAATACCGCCCCCTT
Found at i:17950 original size:199 final size:198
Alignment explanation
Indices: 17604--17961 Score: 473
Period size: 199 Copynumber: 1.8 Consensus size: 198
17594 GAACGTACGA
* **
17604 GGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTATATTAAATATTTAAATAATTGTG
1 GGTTTAAGAGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTATATTAAATATTTAAATAATAATG
* ** * * * **
17669 AAATGAAGTATGTGCCAACTTCTTGACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTGACATTGACAGTGTATT
66 AAATGAAGTATGTGCCAACTTCTTAACCCGCTTATAAAGTCCAAAATTGACACTAAAAGCATATT
* *
17734 GTATAATAATCCTATAAGAACAATTATACGATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG
131 GTATAATAATACTATAAGAAAAATTATACGATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG
17799 CAG
196 CAG
* * ** * *
17802 GGTTTAAGAGTTGACATGTGTCTCCTTATGGAATATGTATTAATATTGTATATTTAATTGATAAT
1 GGTTTAAGAGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATT-ATATTAAATATTTAAATAATAAT
* * * * * *
17867 GAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCTCTTATAAAGTCTAAAATTTACACTAAAAGCATGT
65 GAAATGAAGTATGTGCCAACTTCTTAACCCGCTTATAAAGTCCAAAATTGACACTAAAAGCATAT
*
17932 TGTATGATAATACTATAAGAAAAATTATAC
130 TGTATAATAATACTATAAGAAAAATTATAC
17962 TCCCTCCGTC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 26, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
198 38 0.29
199 95 0.71
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (198 bp):
GGTTTAAGAGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTATATTAAATATTTAAATAATAATG
AAATGAAGTATGTGCCAACTTCTTAACCCGCTTATAAAGTCCAAAATTGACACTAAAAGCATATT
GTATAATAATACTATAAGAAAAATTATACGATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG
CAG
Found at i:18601 original size:193 final size:195
Alignment explanation
Indices: 18268--18635 Score: 519
Period size: 193 Copynumber: 1.9 Consensus size: 195
18258 GACAGTGGAG
* * * * *
18268 TTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAATGGTTGACATGTGTCCTCTTAGGGAATATGTGTTAAT
1 TTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTAACATGAGTCCCCTTAAGGAATA-GTGTT-AT
* * *
18333 ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATATGTCTACTTCTTAACCCATTTATGGAGTCCA
64 ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATATGTCAAATTCTTAA-CCATTTATGGAGTACA
* * * *
18398 AAATTTACACTG-ACATTGGATTGTATAATAATCTTATAAGAAAATTTATACTATACCGTCAGTC
128 AAATTTACACTGAAAAGTGGATTGTATAAGAATCCTATAAGAAAATTTATACTATACCGTCAGTC
18462 GAA
193 GAA
18465 TTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTAACATGAGTCCCCTTAAGGAATA-TGTT-TAT
1 TTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTAACATGAGTCCCCTTAAGGAATAGTGTTATAT
* * *
18528 TAAATATTTAATTGATTATGAAATGGGGTATGTGTCAAATTCTTAA-CATGCTTATGGAGTATAA
66 TAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATATGTCAAATTCTTAACCAT--TTATGGAGTACAA
*
18592 AATTTACACTGAAAAGTGTATTGTATAAGAATCCTATAAGAAAA
129 AATTTACACTGAAAAGTGGATTGTATAAGAATCCTATAAGAAAA
18636 ATAATATAAA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 16, Indels: 9
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
191 3 0.02
193 67 0.44
194 27 0.18
195 4 0.03
197 51 0.34
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (195 bp):
TTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTAACATGAGTCCCCTTAAGGAATAGTGTTATAT
TAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATATGTCAAATTCTTAACCATTTATGGAGTACAAAA
TTTACACTGAAAAGTGGATTGTATAAGAATCCTATAAGAAAATTTATACTATACCGTCAGTCGAA
Found at i:20638 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 20633--20668 Score: 72
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
20623 TTTTCGTAGA
20633 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
20669 GCACTCTCCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 34 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.